src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 import java.io.*;\r
  31 import javax.swing.*;\r
  32 import java.beans.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  85     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  86 \r
  87     fontChanged();\r
  88 \r
  89     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  90    seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91 \r
  92     setScrollValues(0, 0);\r
  93 \r
  94     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  95 \r
  96     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  97     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  98 \r
  99     final AlignmentPanel ap = this;\r
 100     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
 101     {\r
 102       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 103       {\r
 104         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 105         {\r
 106           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
 107                                  av.getSequenceSetId(),\r
 108                                  true,\r
 109                                  true);\r
 110           alignmentChanged();\r
 111         }\r
 112       }\r
 113       });\r
 114 \r
 115     adjustAnnotationHeight();\r
 116 \r
 117   }\r
 118 \r
 119   public void alignmentChanged()\r
 120   {\r
 121     av.alignmentChanged(this);\r
 122 \r
 123     if (overviewPanel != null)\r
 124       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 125 \r
 126     repaint();\r
 127   }\r
 128 \r
 129 \r
 130 \r
 131   /**\r
 132    * DOCUMENT ME!\r
 133    */\r
 134   public void fontChanged()\r
 135   {\r
 136     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 137     // to prevent drawing old image\r
 138     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 139 \r
 140     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 141         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 142     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 143         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 144 \r
 145     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 146     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 147     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 148 \r
 149     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 150     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 151     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 152     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 153 \r
 154     if (overviewPanel != null)\r
 155       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 156 \r
 157     repaint();\r
 158   }\r
 159 \r
 160   /**\r
 161    * DOCUMENT ME!\r
 162    *\r
 163    * @return DOCUMENT ME!\r
 164    */\r
 165   public Dimension calculateIdWidth()\r
 166   {\r
 167     Container c = new Container();\r
 168 \r
 169     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
 170       new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
 171 \r
 172     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 173 \r
 174     int i = 0;\r
 175     int idWidth = 0;\r
 176     String id;\r
 177 \r
 178     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 179     {\r
 180       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 181 \r
 182       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 183 \r
 184       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 185       {\r
 186         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 187       }\r
 188 \r
 189       i++;\r
 190     }\r
 191 \r
 192     // Also check annotation label widths\r
 193     i = 0;\r
 194 \r
 195     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 196     {\r
 197       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 198 \r
 199       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 200       {\r
 201         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 202 \r
 203         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 204         {\r
 205           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 206         }\r
 207 \r
 208         i++;\r
 209       }\r
 210     }\r
 211 \r
 212     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 213   }\r
 214 \r
 215   /**\r
 216    * DOCUMENT ME!\r
 217    *\r
 218    * @param results DOCUMENT ME!\r
 219    */\r
 220   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 221   {\r
 222     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 223 \r
 224     // do we need to scroll the panel?\r
 225     if (results != null)\r
 226     {\r
 227       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 228       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 229       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 230       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 231 \r
 232       if(!av.wrapAlignment)\r
 233       {\r
 234         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 235            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 236         {\r
 237           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 238         }\r
 239       }\r
 240       else\r
 241       {\r
 242         scrollToWrappedVisible(start);\r
 243       }\r
 244     }\r
 245   }\r
 246 \r
 247   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 248   {\r
 249     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 250     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 251     {\r
 252       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 253       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 254     }\r
 255   }\r
 256 \r
 257   /**\r
 258    * DOCUMENT ME!\r
 259    *\r
 260    * @return DOCUMENT ME!\r
 261    */\r
 262   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 263   {\r
 264     return overviewPanel;\r
 265   }\r
 266 \r
 267   /**\r
 268    * DOCUMENT ME!\r
 269    *\r
 270    * @param op DOCUMENT ME!\r
 271    */\r
 272   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 273   {\r
 274     overviewPanel = op;\r
 275   }\r
 276 \r
 277   /**\r
 278    * DOCUMENT ME!\r
 279    *\r
 280    * @param b DOCUMENT ME!\r
 281    */\r
 282   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 283   {\r
 284     if (!av.wrapAlignment)\r
 285     {\r
 286       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 287       annotationScroller.setVisible(b);\r
 288     }\r
 289     repaint();\r
 290   }\r
 291 \r
 292   public void adjustAnnotationHeight()\r
 293   {\r
 294     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
 295     {\r
 296       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
 297     }\r
 298 \r
 299     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 300 \r
 301     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 302     {\r
 303       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 304     }\r
 305 \r
 306     annotationScroller.setPreferredSize(\r
 307         new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 308                       height));\r
 309 \r
 310     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 311         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 312         height));\r
 313 \r
 314     repaint();\r
 315   }\r
 316 \r
 317   /**\r
 318    * DOCUMENT ME!\r
 319    *\r
 320    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 321    */\r
 322   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 323   {\r
 324     av.startSeq = 0;\r
 325     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 326     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 327     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 328 \r
 329     if (wrap)\r
 330     {\r
 331       annotationScroller.setVisible(false);\r
 332       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 333     }\r
 334     else if (av.showAnnotation)\r
 335     {\r
 336       annotationScroller.setVisible(true);\r
 337       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 338     }\r
 339 \r
 340     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 341 \r
 342     repaint();\r
 343   }\r
 344 \r
 345   // return value is true if the scroll is valid\r
 346   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 347   {\r
 348     if (up)\r
 349     {\r
 350       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 351       {\r
 352         return false;\r
 353       }\r
 354 \r
 355       fastPaint = false;\r
 356       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 357     }\r
 358     else\r
 359     {\r
 360       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 361       {\r
 362         return false;\r
 363       }\r
 364 \r
 365       fastPaint = false;\r
 366       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 367     }\r
 368 \r
 369     fastPaint = true;\r
 370 \r
 371     return true;\r
 372   }\r
 373 \r
 374   /**\r
 375    * DOCUMENT ME!\r
 376    *\r
 377    * @param right DOCUMENT ME!\r
 378    *\r
 379    * @return DOCUMENT ME!\r
 380    */\r
 381   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 382   {\r
 383     if (!right)\r
 384     {\r
 385       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 386       {\r
 387         return false;\r
 388       }\r
 389 \r
 390       fastPaint = false;\r
 391       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 392     }\r
 393     else\r
 394     {\r
 395       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 396       {\r
 397         return false;\r
 398       }\r
 399 \r
 400       fastPaint = false;\r
 401       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 402     }\r
 403 \r
 404     fastPaint = true;\r
 405 \r
 406     return true;\r
 407   }\r
 408 \r
 409   /**\r
 410    * DOCUMENT ME!\r
 411    *\r
 412    * @param x DOCUMENT ME!\r
 413    * @param y DOCUMENT ME!\r
 414    */\r
 415   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 416   {\r
 417 \r
 418     int width = av.alignment.getWidth();\r
 419     int height = av.alignment.getHeight();\r
 420 \r
 421     if(av.hasHiddenColumns)\r
 422      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 423 \r
 424     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 425 \r
 426     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 427     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 428 \r
 429     if (hextent > width)\r
 430     {\r
 431       hextent = width;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     if (vextent > height)\r
 435     {\r
 436       vextent = height;\r
 437     }\r
 438 \r
 439     if ( (hextent + x) > width)\r
 440     {\r
 441       x = width - hextent;\r
 442     }\r
 443 \r
 444     if ( (vextent + y) > height)\r
 445     {\r
 446       y = height - vextent;\r
 447     }\r
 448 \r
 449     if (y < 0)\r
 450     {\r
 451       y = 0;\r
 452     }\r
 453 \r
 454     if (x < 0)\r
 455     {\r
 456       x = 0;\r
 457     }\r
 458 \r
 459     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 460     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 461   }\r
 462 \r
 463   /**\r
 464    * DOCUMENT ME!\r
 465    *\r
 466    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 467    */\r
 468   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 469   {\r
 470 \r
 471     int oldX = av.getStartRes();\r
 472     int oldY = av.getStartSeq();\r
 473 \r
 474     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 475     {\r
 476       int x = hscroll.getValue();\r
 477       av.setStartRes(x);\r
 478       av.setEndRes( (x +\r
 479                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 480     }\r
 481 \r
 482     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 483     {\r
 484       int offy = vscroll.getValue();\r
 485 \r
 486       if (av.getWrapAlignment())\r
 487       {\r
 488         if(offy>-1)\r
 489         {\r
 490           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 491               seqCanvas.getWidth());\r
 492           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 493           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 494         }\r
 495         else\r
 496         {\r
 497           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 498           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 499           //as preference setting\r
 500           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 501               {\r
 502                 public void run()\r
 503                 {\r
 504                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 505                 }\r
 506               });\r
 507         }\r
 508       }\r
 509       else\r
 510       {\r
 511         av.setStartSeq(offy);\r
 512         av.setEndSeq(offy +\r
 513                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 514       }\r
 515     }\r
 516 \r
 517     if (overviewPanel != null)\r
 518     {\r
 519       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 520     }\r
 521 \r
 522     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 523     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 524 \r
 525     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 526     {\r
 527       repaint();\r
 528     }\r
 529     else\r
 530     {\r
 531       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 532       // larger than the visible window\r
 533       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 534         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 535       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 536         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 537 \r
 538       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 539       {\r
 540         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 541         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 542                                      scrollY);\r
 543         scalePanel.repaint();\r
 544 \r
 545         if (av.getShowAnnotation())\r
 546         {\r
 547           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 548         }\r
 549       }\r
 550     }\r
 551   }\r
 552 \r
 553   /**\r
 554    * DOCUMENT ME!\r
 555    *\r
 556    * @param g DOCUMENT ME!\r
 557    */\r
 558   public void paintComponent(Graphics g)\r
 559   {\r
 560     invalidate();\r
 561 \r
 562     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 563     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 564     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 565     validate();\r
 566 \r
 567     if (av.getWrapAlignment())\r
 568     {\r
 569       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 570 \r
 571       if (av.hasHiddenColumns)\r
 572         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 573 \r
 574       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 575             if(canvasWidth>0)\r
 576       {\r
 577         int max = maxwidth /\r
 578             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 579             getWidth()) +\r
 580             1;\r
 581         vscroll.setMaximum(max);\r
 582         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 583         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 584       }\r
 585     }\r
 586     else\r
 587     {\r
 588       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 589     }\r
 590 \r
 591     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 592         && overviewPanel != null)\r
 593         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 594   }\r
 595 \r
 596   /**\r
 597    * DOCUMENT ME!\r
 598    *\r
 599    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 600    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 601    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 602    *\r
 603    * @return DOCUMENT ME!\r
 604    *\r
 605    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 606    */\r
 607   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 608       throws PrinterException\r
 609   {\r
 610     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 611 \r
 612     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 613     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 614 \r
 615     if (av.getWrapAlignment())\r
 616     {\r
 617       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 618     }\r
 619     else\r
 620     {\r
 621       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 622     }\r
 623   }\r
 624 \r
 625   /**\r
 626    * DOCUMENT ME!\r
 627    *\r
 628    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 629    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 630    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 631    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 632    *\r
 633    * @return DOCUMENT ME!\r
 634    *\r
 635    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 636    */\r
 637   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 638       throws PrinterException\r
 639   {\r
 640     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 641     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 642     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 643 \r
 644     pg.setColor(Color.white);\r
 645     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 646     pg.setFont(av.getFont());\r
 647 \r
 648     ////////////////////////////////////\r
 649     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 650     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 651 \r
 652     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 653         1;\r
 654 \r
 655     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 656 \r
 657     /////////////////////////////\r
 658     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 659     int startRes;\r
 660 \r
 661     /////////////////////////////\r
 662     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 663     int endRes;\r
 664 \r
 665     /////////////////////////////\r
 666     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 667     int startSeq;\r
 668 \r
 669     /////////////////////////////\r
 670     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 671     int endSeq;\r
 672     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 673     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 674 \r
 675     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 676     {\r
 677       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 678     }\r
 679 \r
 680     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 681     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 682 \r
 683     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 684     {\r
 685       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 686     }\r
 687 \r
 688     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 689 \r
 690     if (av.showAnnotation)\r
 691     {\r
 692       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 693     }\r
 694 \r
 695     pagesHigh /= pheight;\r
 696 \r
 697     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 698     {\r
 699       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 700     }\r
 701 \r
 702     //draw Scale\r
 703     pg.translate(idWidth, 0);\r
 704     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 705     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 706 \r
 707     ////////////////\r
 708     // Draw the ids\r
 709     Color currentColor = null;\r
 710     Color currentTextColor = null;\r
 711 \r
 712     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 713                         Font.ITALIC,\r
 714                         av.getFont().getSize()));\r
 715     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 716     {\r
 717       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 718           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 719               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 720       {\r
 721         currentColor = Color.gray;\r
 722         currentTextColor = Color.black;\r
 723       }\r
 724       else\r
 725       {\r
 726         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 727         currentTextColor = Color.black;\r
 728       }\r
 729 \r
 730       pg.setColor(currentColor);\r
 731       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 732                   av.getCharHeight());\r
 733 \r
 734       pg.setColor(currentTextColor);\r
 735 \r
 736       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 737           ( av.getShowJVSuffix());\r
 738 \r
 739       pg.drawString(string, 0,\r
 740                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 741                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 742     }\r
 743 \r
 744     pg.setFont(av.getFont());\r
 745 \r
 746     // draw main sequence panel\r
 747     pg.translate(idWidth, 0);\r
 748     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 749 \r
 750     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 751     {\r
 752       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 753       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 754       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 755       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 756                                     1);\r
 757     }\r
 758 \r
 759     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 760   }\r
 761 \r
 762   /**\r
 763    * DOCUMENT ME!\r
 764    *\r
 765    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 766    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 767    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 768    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 769    *\r
 770    * @return DOCUMENT ME!\r
 771    *\r
 772    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 773    */\r
 774   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 775                                    int pi)\r
 776       throws PrinterException\r
 777   {\r
 778 \r
 779     int annotationHeight = 0;\r
 780     AnnotationLabels labels = null;\r
 781     if (av.showAnnotation)\r
 782     {\r
 783       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 784       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 785     }\r
 786 \r
 787     int hgap = av.charHeight;\r
 788     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 789       hgap += av.charHeight;\r
 790 \r
 791     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 792         + hgap\r
 793         + annotationHeight;\r
 794 \r
 795     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 796 \r
 797     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 798     if (av.hasHiddenColumns)\r
 799       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 800 \r
 801 \r
 802     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 803         idWidth);\r
 804 \r
 805     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 806 \r
 807     pg.setColor(Color.white);\r
 808     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 809     pg.setFont(av.getFont());\r
 810 \r
 811     ////////////////\r
 812     // Draw the ids\r
 813     pg.setColor(Color.black);\r
 814 \r
 815     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 816 \r
 817     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 818 \r
 819     int ypos = hgap;\r
 820     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 821                            av.getFont().getSize());\r
 822     pg.setFont(italic);\r
 823 \r
 824     do\r
 825     {\r
 826       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 827       {\r
 828         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 829         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 830 \r
 831         pg.drawString(string, 0,\r
 832                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 833                       (av.charHeight / 5));\r
 834       }\r
 835       if (labels != null)\r
 836       {\r
 837         pg.translate(-3,\r
 838                      ypos +\r
 839                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 840 \r
 841         pg.setFont(av.getFont());\r
 842         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 843         pg.setFont(italic);\r
 844         pg.translate(+3,\r
 845                      -ypos -\r
 846                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 847       }\r
 848 \r
 849       ypos += cHeight;\r
 850     }\r
 851     while (ypos < totalHeight);\r
 852 \r
 853     pg.translate(idWidth, 0);\r
 854 \r
 855     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 856 \r
 857     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 858     {\r
 859       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 860 \r
 861     }\r
 862     else\r
 863     {\r
 864       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 865     }\r
 866   }\r
 867 \r
 868   int getVisibleIdWidth()\r
 869   {\r
 870     return\r
 871         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
 872         calculateIdWidth().width + 4;\r
 873   }\r
 874 \r
 875   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 876   {\r
 877     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 878     if (av.hasHiddenColumns)\r
 879       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
 880 \r
 881     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 882     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
 883 \r
 884     if (av.getWrapAlignment())\r
 885     {\r
 886       height = getWrappedHeight();\r
 887       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 888           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 889       {\r
 890         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
 891       }\r
 892       else\r
 893         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
 894 \r
 895     }\r
 896     else if (av.getShowAnnotation())\r
 897     {\r
 898       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 899     }\r
 900 \r
 901     try\r
 902     {\r
 903 \r
 904     jalview.util.ImageMaker im;\r
 905     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 906       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 907                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 908                                         "Create PNG image from alignment",\r
 909                                         width, height, file, null);\r
 910     else\r
 911       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 912                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 913                                        "Create EPS file from alignment",\r
 914                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
 915 \r
 916       if (av.getWrapAlignment())\r
 917       {\r
 918         if(im.getGraphics()!=null)\r
 919         {\r
 920           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 921           im.writeImage();\r
 922         }\r
 923       }\r
 924       else\r
 925       {\r
 926         if(im.getGraphics()!=null)\r
 927         {\r
 928           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 929           im.writeImage();\r
 930         }\r
 931       }\r
 932     }\r
 933     catch (OutOfMemoryError err)\r
 934     {\r
 935       System.out.println("########################\n"\r
 936                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 937                          + "########################");\r
 938 \r
 939       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 940                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 941                                             +\r
 942                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 943                                             , "Out of memory",\r
 944                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 945       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 946       System.gc();\r
 947 \r
 948     }\r
 949     catch (Exception ex)\r
 950     {\r
 951       ex.printStackTrace();\r
 952     }\r
 953   }\r
 954   /**\r
 955    * DOCUMENT ME!\r
 956    */\r
 957   public void makeEPS(File epsFile)\r
 958   {\r
 959     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
 960   }\r
 961 \r
 962   /**\r
 963    * DOCUMENT ME!\r
 964    */\r
 965   public void makePNG(File pngFile)\r
 966   {\r
 967     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
 968   }\r
 969 \r
 970   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 971   {\r
 972     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 973     //////////////////////////////////////////////\r
 974     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 975     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 976     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 977 \r
 978     // Gen image map\r
 979     //////////////////////////////////\r
 980     if (imgMapFile != null)\r
 981     {\r
 982       try\r
 983       {\r
 984         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
 985             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
 986         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
 987         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 988         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 989         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 990                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 991                     + "<map name=\"Map\">");\r
 992 \r
 993         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 994         {\r
 995           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 996 \r
 997           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 998           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 999           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1000           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1001           {\r
1002             text = new StringBuffer();\r
1003             Object obj = null;\r
1004             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1005               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1006             else\r
1007               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1008                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1009 \r
1010               if (obj == null)\r
1011                   continue;\r
1012 \r
1013             String triplet = obj.toString();\r
1014             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1015             gSize = groups.length;\r
1016             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1017             {\r
1018               if(text.length()<1)\r
1019               {\r
1020                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1021                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1022                   + sy + ","\r
1023                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1024                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1025                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1026                   + alIndex + " " + triplet );\r
1027               }\r
1028 \r
1029               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1030                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1031             }\r
1032 \r
1033             if (features != null)\r
1034             {\r
1035               if(text.length()<1)\r
1036               {\r
1037                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1038                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1039                   + sy + ","\r
1040                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1041                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1042                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1043                   + alIndex + " " + triplet );\r
1044               }\r
1045                 fSize = features.length;\r
1046                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1047                 {\r
1048 \r
1049                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1050                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1051                   {\r
1052                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1053                     {\r
1054                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1055                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1056                       {\r
1057                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1058                                        features[f].getEnd());\r
1059                       }\r
1060                     }\r
1061                     else\r
1062                     {\r
1063                       text.append("<br>");\r
1064                       text.append(features[f].getType());\r
1065                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1066                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1067 \r
1068                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1069                       {\r
1070                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1071                       }\r
1072                     }\r
1073                   }\r
1074 \r
1075                 }\r
1076               }\r
1077               if(text.length()>1)\r
1078               {\r
1079                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1080                 out.println(text.toString());\r
1081               }\r
1082             }\r
1083           }\r
1084         out.println("</map></body></html>");\r
1085         out.close();\r
1086 \r
1087       }\r
1088       catch (Exception ex)\r
1089       {\r
1090         ex.printStackTrace();\r
1091       }\r
1092     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1093 \r
1094   }\r
1095 \r
1096   int getWrappedHeight()\r
1097   {\r
1098     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1099 \r
1100     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1101     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1102               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1103     {\r
1104       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth();\r
1105     }\r
1106 \r
1107     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1108         seqPanelWidth\r
1109           );\r
1110 \r
1111     int hgap = av.charHeight;\r
1112     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1113       hgap += av.charHeight;\r
1114 \r
1115     int annotationHeight = 0;\r
1116     if (av.showAnnotation)\r
1117     {\r
1118       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1119     }\r
1120 \r
1121     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1122         + hgap\r
1123         + annotationHeight;\r
1124 \r
1125     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1126     if (av.hasHiddenColumns)\r
1127       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1128 \r
1129 \r
1130     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1131 \r
1132     return height;\r
1133   }\r
1134 \r
1135   /**\r
1136    * DOCUMENT ME!\r
1137    *\r
1138    * @author $author$\r
1139    * @version $Revision$\r
1140    */\r
1141   class Preview\r
1142       extends JFrame\r
1143   {\r
1144     /**\r
1145      * Creates a new Preview object.\r
1146      *\r
1147      * @param image DOCUMENT ME!\r
1148      */\r
1149     public Preview(Image image)\r
1150     {\r
1151       setResizable(true);\r
1152       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1153       setVisible(true);\r
1154       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1155       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1156       validate();\r
1157       repaint();\r
1158     }\r
1159   }\r
1160 \r
1161   /**\r
1162    * DOCUMENT ME!\r
1163    *\r
1164    * @author $author$\r
1165    * @version $Revision$\r
1166    */\r
1167   class PreviewPanel\r
1168       extends JPanel\r
1169   {\r
1170     Image image;\r
1171 \r
1172     /**\r
1173      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1174      *\r
1175      * @param image DOCUMENT ME!\r
1176      */\r
1177     public PreviewPanel(Image image)\r
1178     {\r
1179       this.image = image;\r
1180     }\r
1181 \r
1182     /**\r
1183      * DOCUMENT ME!\r
1184      *\r
1185      * @param g DOCUMENT ME!\r
1186      */\r
1187     public void paintComponent(Graphics g)\r
1188     {\r
1189       if (image != null)\r
1190       {\r
1191         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1192       }\r
1193       else\r
1194       {\r
1195         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1196       }\r
1197     }\r
1198   }\r
1199 }\r