src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  12 {\r
  13 \r
  14   AlignViewport     av;\r
  15   OverviewPanel overviewPanel;\r
  16   SeqPanel   seqPanel;\r
  17   IdPanel    idPanel;\r
  18   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  19   public AlignFrame alignFrame;\r
  20   ScalePanel scalePanel;\r
  21   ScorePanel scorePanel;\r
  22 \r
  23   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  24   {\r
  25     alignFrame = af;\r
  26     this.av         = av;\r
  27     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  28     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  29     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  30     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  31     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  32 \r
  33     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     idPanel.addNotify();\r
  36     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  37     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  38     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     setScrollValues(0,0);\r
  40 \r
  41     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  42     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  43 \r
  44     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  45    {\r
  46      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  47      {\r
  48           RefreshPanels();\r
  49      }\r
  50    });\r
  51 \r
  52 \r
  53    hscroll.setFocusable(false);\r
  54    vscroll.setFocusable(false);\r
  55    setFocusable(true);\r
  56 \r
  57    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  58    {\r
  59      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  60      {\r
  61        switch(evt.getKeyCode())\r
  62        {\r
  63          case  27: // escape key\r
  64            av.setRubberbandGroup(null);\r
  65            RefreshPanels();\r
  66            break;\r
  67          case KeyEvent.VK_X:\r
  68            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  69            break;\r
  70          case KeyEvent.VK_C:\r
  71            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  72            break;\r
  73          case KeyEvent.VK_V:\r
  74            alignFrame.paste(true);\r
  75            break;\r
  76          case KeyEvent.VK_A:\r
  77            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  78            break;\r
  79         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  80           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  81           break;\r
  82         case KeyEvent.VK_UP:\r
  83           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  84           break;\r
  85         case KeyEvent.VK_F:\r
  86           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
  87           break;\r
  88        }\r
  89      }\r
  90    });\r
  91   }\r
  92 \r
  93 \r
  94  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  95  {\r
  96    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  97 \r
  98    // do we need to scroll the panel?\r
  99    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 100                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 101                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 102                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 103        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 104 \r
 105 \r
 106  }\r
 107 \r
 108 \r
 109  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 110  {\r
 111    return overviewPanel;\r
 112  }\r
 113 \r
 114  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 115  {\r
 116    overviewPanel = op;\r
 117  }\r
 118 \r
 119 \r
 120   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 121   {\r
 122     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 123     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 124 \r
 125     RefreshPanels();\r
 126     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 127     RefreshPanels();\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 131   {\r
 132     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 133     RefreshPanels();\r
 134   }\r
 135 \r
 136   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 137   {\r
 138     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 139     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 140     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 141 \r
 142     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 143 \r
 144     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 145     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 146 \r
 147     RefreshPanels();\r
 148 \r
 149   }\r
 150 \r
 151 \r
 152   public void setColourScheme()\r
 153   {\r
 154     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 155 \r
 156     if(av.getConservationSelected())\r
 157     {\r
 158 \r
 159        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 160        Conservation c = new Conservation("All",\r
 161                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 162                             al.getWidth() );\r
 163 \r
 164        c.calculate();\r
 165        c.verdict(false, 100);\r
 166        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 167 \r
 168        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 169 \r
 170     }\r
 171 \r
 172     RefreshPanels();\r
 173   }\r
 174 \r
 175   public void RefreshPanels()\r
 176   {\r
 177     requestFocus();\r
 178     invalidate();\r
 179     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 180     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 181     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 182 \r
 183     if(av.getWrapAlignment())\r
 184     {\r
 185       int max = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 186 \r
 187       int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 188       vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 189       vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 190     }\r
 191     else\r
 192 \r
 193     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 194     av.getConsensus(true);\r
 195     if(overviewPanel!=null)\r
 196       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 197 \r
 198     validate();\r
 199     repaint();\r
 200 \r
 201   }\r
 202 \r
 203   int hextent = 0;\r
 204   int vextent = 0;\r
 205 \r
 206   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 207   {\r
 208     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 209     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 210 \r
 211     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 212       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 213 \r
 214     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 215       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 216 \r
 217     if(y<0)\r
 218       y = 0;\r
 219 \r
 220     if(x<0)\r
 221       x=0;\r
 222 \r
 223     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 224     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 225 \r
 226 \r
 227     repaint();\r
 228 \r
 229   }\r
 230 \r
 231 \r
 232   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 233   {\r
 234 \r
 235     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 236     {\r
 237       int x = hscroll.getValue();\r
 238       av.setStartRes(x);\r
 239       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 240     }\r
 241 \r
 242     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 243     {\r
 244       int offy = vscroll.getValue();\r
 245       if (av.getWrapAlignment())\r
 246       {\r
 247         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 248         // System.out.println(vscroll.getValue()+" "+ av.getChunkWidth());\r
 249       //  int resSpan = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 250      //   int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 251       //  vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 252      //   vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 253 \r
 254 \r
 255       // av.setStartSeq(  );\r
 256       }\r
 257       else\r
 258       {\r
 259         av.setStartSeq(offy);\r
 260         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 261       }\r
 262     }\r
 263 \r
 264 \r
 265     if(overviewPanel!=null)\r
 266       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 267 \r
 268     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 269     repaint();\r
 270   }\r
 271 \r
 272 \r
 273 \r
 274   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 275   {\r
 276     if(av.getWrapAlignment())\r
 277     {\r
 278      return PrintWrappedAlignment(pg, pf, pi);\r
 279     }\r
 280 \r
 281     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 282 \r
 283     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 284     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 285     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 286 \r
 287 \r
 288     pg.setColor(Color.white);\r
 289     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 290     pg.setFont( av.getFont() );\r
 291 \r
 292     ////////////////////////////////////\r
 293     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 294     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 295     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 296     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 297     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 298 \r
 299     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 300      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 301 \r
 302     /////////////////////////////\r
 303     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 304     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 305     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 306     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 307     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 308       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 309 \r
 310      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 311      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 312      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 313        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 314 \r
 315 \r
 316     ////////////////\r
 317     //draw Scale\r
 318     pg.translate(idWidth,0);\r
 319     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 320 \r
 321     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 322     ////////////////\r
 323     // Draw the ids\r
 324     Color currentColor=null;\r
 325     Color currentTextColor=null;\r
 326     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 327     {\r
 328       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 329       {\r
 330         currentColor = Color.gray;\r
 331         currentTextColor = Color.black;\r
 332       }\r
 333       else\r
 334       {\r
 335         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 336         currentTextColor = Color.black;\r
 337       }\r
 338 \r
 339       pg.setColor(currentColor);\r
 340       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 341                               idWidth,\r
 342                               av.getCharHeight());\r
 343 \r
 344       pg.setColor(currentTextColor);\r
 345 \r
 346       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 347       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 348                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 349     }\r
 350 \r
 351     // draw main sequence panel\r
 352     pg.translate(idWidth,0);\r
 353     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 354     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 355 \r
 356     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 357   }\r
 358 \r
 359   class VPanel extends javax.swing.JPanel\r
 360   {\r
 361     Image image;\r
 362     public VPanel(Image i)\r
 363     {\r
 364       image = i;\r
 365       repaint();\r
 366     }\r
 367     public void paintComponent(Graphics g)\r
 368     {\r
 369       if(image!=null)\r
 370         g.drawImage(image,0,0,this);\r
 371     }\r
 372 \r
 373   }\r
 374 \r
 375   public int PrintWrappedAlignment(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 376   {\r
 377     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 378 \r
 379     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 380     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 381     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 382 \r
 383     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 384       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 385 \r
 386     pg.setColor(Color.white);\r
 387     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 388     pg.setFont( av.getFont() );\r
 389 \r
 390     ////////////////////////////////////\r
 391     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 392     AlignmentI da = av.alignment;\r
 393     int endy   = da.getHeight();\r
 394     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 395     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 396 \r
 397     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 398     int totalChunks = endy / chunkHeight;\r
 399 \r
 400     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 401      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 402 \r
 403     ////////////////\r
 404     // Draw the ids\r
 405     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 406 \r
 407     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 408     pg.setColor(Color.black);\r
 409     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 410         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 411         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 412     {\r
 413       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 414       {\r
 415         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 416         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 417                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 418                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 419       }\r
 420     }\r
 421 \r
 422     // draw main sequence panel\r
 423     pg.translate(idWidth,0);\r
 424     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 425 \r
 426 \r
 427     return Printable.NO_SUCH_PAGE;//.PAGE_EXISTS;\r
 428 \r
 429   }\r
 430 }\r
 431 \r
 432 \r
 433 \r