src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 public class AnnotationColourChooser\r
  32     extends JPanel\r
  33 {\r
  34   JInternalFrame frame;\r
  35   AlignViewport av;\r
  36   AlignmentPanel ap;\r
  37   ColourSchemeI oldcs;\r
  38   Hashtable oldgroupColours;\r
  39   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  40   boolean adjusting = false;\r
  41 \r
  42   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)\r
  43   {\r
  44     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  45     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  46     {\r
  47       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  48       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  49       SequenceGroup sg;\r
  50       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  51       {\r
  52         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
  53         if (sg.cs != null)\r
  54         {\r
  55           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  56         }\r
  57       }\r
  58     }\r
  59     this.av = av;\r
  60     this.ap = ap;\r
  61     frame = new JInternalFrame();\r
  62     frame.setContentPane(this);\r
  63     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  64     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
  65 \r
  66     try\r
  67     {\r
  68       jbInit();\r
  69     }\r
  70     catch (Exception ex)\r
  71     {}\r
  72 \r
  73     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  74     {\r
  75       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  76       {\r
  77         if (!adjusting)\r
  78         {\r
  79           thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
  80           valueChanged();\r
  81         }\r
  82       }\r
  83     });\r
  84     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  85         {\r
  86           public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  87           {\r
  88             ap.paintAlignment(true);\r
  89           }\r
  90         });\r
  91 \r
  92     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  93     {\r
  94       return;\r
  95     }\r
  96 \r
  97     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  98     {\r
  99       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
 100       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
 101       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
 102     }\r
 103     else\r
 104     {\r
 105       minColour.setBackground(Color.orange);\r
 106       maxColour.setBackground(Color.red);\r
 107     }\r
 108 \r
 109     adjusting = true;\r
 110     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 111     {\r
 112       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)\r
 113       {\r
 114         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
 115       }\r
 116     }\r
 117 \r
 118     threshold.addItem("No Threshold");\r
 119     threshold.addItem("Above Threshold");\r
 120     threshold.addItem("Below Threshold");\r
 121 \r
 122     adjusting = false;\r
 123 \r
 124     changeColour();\r
 125 \r
 126   }\r
 127 \r
 128   public AnnotationColourChooser()\r
 129   {\r
 130     try\r
 131     {\r
 132       jbInit();\r
 133     }\r
 134     catch (Exception ex)\r
 135     {\r
 136       ex.printStackTrace();\r
 137     }\r
 138   }\r
 139 \r
 140   private void jbInit()\r
 141       throws Exception\r
 142   {\r
 143     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 144     minColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 145     minColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));\r
 146     minColour.setToolTipText("Minimum Colour");\r
 147     minColour.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 148     {\r
 149       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 150       {\r
 151         if (minColour.isEnabled())\r
 152         {\r
 153           minColour_actionPerformed();\r
 154         }\r
 155       }\r
 156     });\r
 157     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 158     maxColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 159     maxColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));\r
 160     maxColour.setToolTipText("Maximum Colour");\r
 161     maxColour.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 162     {\r
 163       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 164       {\r
 165         if (maxColour.isEnabled())\r
 166         {\r
 167           maxColour_actionPerformed();\r
 168         }\r
 169       }\r
 170     });\r
 171     ok.setOpaque(false);\r
 172     ok.setText("OK");\r
 173     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 174     {\r
 175       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 176       {\r
 177         ok_actionPerformed(e);\r
 178       }\r
 179     });\r
 180     cancel.setOpaque(false);\r
 181     cancel.setText("Cancel");\r
 182     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 183     {\r
 184       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 185       {\r
 186         cancel_actionPerformed(e);\r
 187       }\r
 188     });\r
 189     this.setLayout(borderLayout1);\r
 190     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 191     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 192     {\r
 193       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 194       {\r
 195         annotations_actionPerformed(e);\r
 196       }\r
 197     });\r
 198     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 199     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 200     threshold.addActionListener(new ActionListener()\r
 201     {\r
 202       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 203       {\r
 204         threshold_actionPerformed(e);\r
 205       }\r
 206     });\r
 207     jPanel3.setLayout(flowLayout2);\r
 208     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()\r
 209     {\r
 210       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 211       {\r
 212         thresholdValue_actionPerformed(e);\r
 213       }\r
 214     });\r
 215     slider.setPaintLabels(false);\r
 216     slider.setPaintTicks(true);\r
 217     slider.setBackground(Color.white);\r
 218     slider.setEnabled(false);\r
 219     slider.setOpaque(false);\r
 220     slider.setPreferredSize(new Dimension(150, 32));\r
 221     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 222     thresholdValue.setColumns(10);\r
 223     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 224     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 225     currentColours.setOpaque(false);\r
 226     currentColours.setText("Use Original Colours");\r
 227     currentColours.addActionListener(new ActionListener()\r
 228     {\r
 229       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 230       {\r
 231         currentColours_actionPerformed(e);\r
 232       }\r
 233     });\r
 234     jPanel1.add(ok);\r
 235     jPanel1.add(cancel);\r
 236     jPanel2.add(annotations);\r
 237     jPanel2.add(currentColours);\r
 238     jPanel2.add(minColour);\r
 239     jPanel2.add(maxColour);\r
 240     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 241     jPanel3.add(threshold);\r
 242     jPanel3.add(slider);\r
 243     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 244     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 245     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 246   }\r
 247 \r
 248   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 249   JPanel minColour = new JPanel();\r
 250   JPanel maxColour = new JPanel();\r
 251   JButton ok = new JButton();\r
 252   JButton cancel = new JButton();\r
 253   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 254   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 255   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 256   JComboBox threshold = new JComboBox();\r
 257   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 258   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 259   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
 260   JSlider slider = new JSlider();\r
 261   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);\r
 262   JCheckBox currentColours = new JCheckBox();\r
 263 \r
 264   public void minColour_actionPerformed()\r
 265   {\r
 266     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 267                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 268                                          minColour.getBackground());\r
 269     if (col != null)\r
 270     {\r
 271       minColour.setBackground(col);\r
 272     }\r
 273     minColour.repaint();\r
 274     changeColour();\r
 275   }\r
 276 \r
 277   public void maxColour_actionPerformed()\r
 278   {\r
 279     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 280                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 281                                          maxColour.getBackground());\r
 282     if (col != null)\r
 283     {\r
 284       maxColour.setBackground(col);\r
 285     }\r
 286     maxColour.repaint();\r
 287     changeColour();\r
 288   }\r
 289 \r
 290   void changeColour()\r
 291   {\r
 292     // Check if combobox is still adjusting\r
 293     if (adjusting)\r
 294     {\r
 295       return;\r
 296     }\r
 297 \r
 298     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 299     // so allow for them again here\r
 300     int nograph = 0, graph = -1;\r
 301     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 302     {\r
 303       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 304       {\r
 305         nograph++;\r
 306       }\r
 307       else\r
 308       {\r
 309         graph++;\r
 310       }\r
 311 \r
 312       if (graph == annotations.getSelectedIndex())\r
 313       {\r
 314         break;\r
 315       }\r
 316     }\r
 317 \r
 318     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];\r
 319 \r
 320     int aboveThreshold = -1;\r
 321     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 322     {\r
 323       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 324     }\r
 325     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 326     {\r
 327       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 328     }\r
 329 \r
 330     slider.setEnabled(true);\r
 331     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 332 \r
 333     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 334     {\r
 335       slider.setEnabled(false);\r
 336       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 337       thresholdValue.setText("");\r
 338     }\r
 339     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 340              currentAnnotation.threshold == null)\r
 341     {\r
 342       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 343                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 344                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 345                                       "Threshold",\r
 346                                       Color.black));\r
 347     }\r
 348 \r
 349     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 350     {\r
 351       adjusting = true;\r
 352       float range = currentAnnotation.graphMax * 1000 -\r
 353           currentAnnotation.graphMin * 1000;\r
 354 \r
 355       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 356       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 357       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 358       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 359       slider.setMajorTickSpacing( (int) (range / 10f));\r
 360       slider.setEnabled(true);\r
 361       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 362       adjusting = false;\r
 363     }\r
 364 \r
 365     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 366     if (currentColours.isSelected())\r
 367     {\r
 368       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 369           currentAnnotation,\r
 370           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 371     }\r
 372     else\r
 373     {\r
 374       acg =\r
 375           new AnnotationColourGradient(\r
 376               currentAnnotation,\r
 377               minColour.getBackground(),\r
 378               maxColour.getBackground(),\r
 379               aboveThreshold);\r
 380     }\r
 381 \r
 382     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 383 \r
 384     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 385     {\r
 386       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 387       SequenceGroup sg;\r
 388       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 389       {\r
 390         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 391 \r
 392         if (sg.cs == null)\r
 393         {\r
 394           continue;\r
 395         }\r
 396 \r
 397         if (currentColours.isSelected())\r
 398         {\r
 399           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 400               currentAnnotation,\r
 401               sg.cs, aboveThreshold);\r
 402         }\r
 403         else\r
 404         {\r
 405           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 406               currentAnnotation,\r
 407               minColour.getBackground(),\r
 408               maxColour.getBackground(),\r
 409               aboveThreshold);\r
 410         }\r
 411 \r
 412       }\r
 413     }\r
 414 \r
 415     ap.paintAlignment(false);\r
 416   }\r
 417 \r
 418   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 419   {\r
 420     changeColour();\r
 421     try\r
 422     {\r
 423       frame.setClosed(true);\r
 424     }\r
 425     catch (Exception ex)\r
 426     {}\r
 427   }\r
 428 \r
 429   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 430   {\r
 431     reset();\r
 432     try\r
 433     {\r
 434       frame.setClosed(true);\r
 435     }\r
 436     catch (Exception ex)\r
 437     {}\r
 438   }\r
 439 \r
 440   void reset()\r
 441   {\r
 442     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 443     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 444     {\r
 445       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 446       SequenceGroup sg;\r
 447       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 448       {\r
 449         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 450         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);\r
 451       }\r
 452     }\r
 453   }\r
 454 \r
 455   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 456   {\r
 457     changeColour();\r
 458   }\r
 459 \r
 460   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 461   {\r
 462     changeColour();\r
 463   }\r
 464 \r
 465   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 466   {\r
 467     changeColour();\r
 468   }\r
 469 \r
 470   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 471   {\r
 472     try\r
 473     {\r
 474       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());\r
 475       slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 476     }\r
 477     catch (NumberFormatException ex)\r
 478     {}\r
 479   }\r
 480 \r
 481   public void valueChanged()\r
 482   {\r
 483     if (currentColours.isSelected()\r
 484         && ! (av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 485     {\r
 486       changeColour();\r
 487     }\r
 488 \r
 489     currentAnnotation.threshold.value = (float) slider.getValue() / 1000f;\r
 490     ap.paintAlignment(false);\r
 491   }\r
 492 \r
 493   public void currentColours_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 494   {\r
 495     if (currentColours.isSelected())\r
 496     {\r
 497       reset();\r
 498     }\r
 499 \r
 500     maxColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 501     minColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 502 \r
 503     changeColour();\r
 504   }\r
 505 \r
 506 }\r