src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import javax.swing.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationColourChooser\r
  31     extends JPanel\r
  32 {\r
  33   JInternalFrame frame;\r
  34   AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36   ColourSchemeI oldcs;\r
  37   Hashtable oldgroupColours;\r
  38   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  39 \r
  40   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  41   {\r
  42     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  43     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  44     {\r
  45       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  46       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  47       SequenceGroup sg;\r
  48       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  49       {\r
  50         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
  51         oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  52       }\r
  53     }\r
  54     this.av = av;\r
  55     this.ap = ap;\r
  56     frame = new JInternalFrame();\r
  57     frame.setContentPane(this);\r
  58     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  59     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145, false);\r
  60 \r
  61     try\r
  62     {\r
  63       jbInit();\r
  64     }\r
  65     catch (Exception ex)\r
  66     {}\r
  67 \r
  68     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  69     {\r
  70       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  71       {\r
  72         thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
  73         valueChanged();\r
  74       }\r
  75     });\r
  76 \r
  77     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  78       return;\r
  79 \r
  80     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  81     {\r
  82       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  83       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  84       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  85     }\r
  86     else\r
  87     {\r
  88       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  89       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  90     }\r
  91 \r
  92     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  93     {\r
  94       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)\r
  95         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
  96     }\r
  97 \r
  98     threshold.addItem("No Threshold");\r
  99     threshold.addItem("Above Threshold");\r
 100     threshold.addItem("Below Threshold");\r
 101 \r
 102   }\r
 103 \r
 104   public AnnotationColourChooser()\r
 105   {\r
 106     try\r
 107     {\r
 108       jbInit();\r
 109     }\r
 110     catch (Exception ex)\r
 111     {\r
 112       ex.printStackTrace();\r
 113     }\r
 114   }\r
 115 \r
 116   private void jbInit()\r
 117       throws Exception\r
 118   {\r
 119     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 120     minColour.setToolTipText("");\r
 121     minColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
 122     minColour.setText("Min Colour");\r
 123     minColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 124     {\r
 125       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 126       {\r
 127         minColour_actionPerformed(e);\r
 128       }\r
 129     });\r
 130     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 131     maxColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
 132     maxColour.setText("Max Colour");\r
 133     maxColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 134     {\r
 135       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 136       {\r
 137         maxColour_actionPerformed(e);\r
 138       }\r
 139     });\r
 140     ok.setOpaque(false);\r
 141     ok.setText("OK");\r
 142     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 143     {\r
 144       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 145       {\r
 146         ok_actionPerformed(e);\r
 147       }\r
 148     });\r
 149     cancel.setOpaque(false);\r
 150     cancel.setText("Cancel");\r
 151     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 152     {\r
 153       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 154       {\r
 155         cancel_actionPerformed(e);\r
 156       }\r
 157     });\r
 158     this.setLayout(borderLayout1);\r
 159     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 160     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 161     {\r
 162       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 163       {\r
 164         annotations_actionPerformed(e);\r
 165       }\r
 166     });\r
 167     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 168     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 169     threshold.addActionListener(new ActionListener()\r
 170     {\r
 171       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 172       {\r
 173         threshold_actionPerformed(e);\r
 174       }\r
 175     });\r
 176     jPanel3.setLayout(flowLayout2);\r
 177     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()\r
 178     {\r
 179       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 180       {\r
 181         thresholdValue_actionPerformed(e);\r
 182       }\r
 183     });\r
 184     slider.setPaintTicks(true);\r
 185     slider.setBackground(Color.white);\r
 186     slider.setEnabled(false);\r
 187     slider.setOpaque(false);\r
 188     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 189     thresholdValue.setColumns(10);\r
 190     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 191     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 192     currentColours.setOpaque(false);\r
 193     currentColours.setText("Use Original Colours");\r
 194     currentColours.addActionListener(new ActionListener()\r
 195     {\r
 196       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 197       {\r
 198         currentColours_actionPerformed(e);\r
 199       }\r
 200     });\r
 201     jPanel1.add(ok);\r
 202     jPanel1.add(cancel);\r
 203     jPanel2.add(annotations);\r
 204     jPanel2.add(currentColours);\r
 205     jPanel2.add(minColour);\r
 206     jPanel2.add(maxColour);\r
 207     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 208     jPanel3.add(threshold);\r
 209     jPanel3.add(slider);\r
 210     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 211     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 212     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 213   }\r
 214 \r
 215   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 216   JButton minColour = new JButton();\r
 217   JButton maxColour = new JButton();\r
 218   JButton ok = new JButton();\r
 219   JButton cancel = new JButton();\r
 220   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 221   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 222   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 223   JComboBox threshold = new JComboBox();\r
 224   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 225   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 226   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
 227   JSlider slider = new JSlider();\r
 228   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);\r
 229   JCheckBox currentColours = new JCheckBox();\r
 230 \r
 231   public void minColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 232   {\r
 233     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 234                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 235                                          minColour.getBackground());\r
 236     if (col != null)\r
 237       minColour.setBackground(col);\r
 238     minColour.repaint();\r
 239     changeColour();\r
 240   }\r
 241 \r
 242   public void maxColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 243   {\r
 244     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 245                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 246                                          maxColour.getBackground());\r
 247     if (col != null)\r
 248       maxColour.setBackground(col);\r
 249     maxColour.repaint();\r
 250     changeColour();\r
 251   }\r
 252 \r
 253   void changeColour()\r
 254   {\r
 255     // Check if combobox is still adjusting\r
 256     if (threshold.getSelectedIndex() == -1)\r
 257       return;\r
 258 \r
 259     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 260     // so allow for them again here\r
 261     int nograph = 0, graph = -1;\r
 262     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 263     {\r
 264       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 265         nograph++;\r
 266       else\r
 267         graph++;\r
 268 \r
 269       if (graph == annotations.getSelectedIndex())\r
 270         break;\r
 271     }\r
 272 \r
 273     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];\r
 274 \r
 275     int aboveThreshold = -1;\r
 276     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 277       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 278     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 279       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 280 \r
 281     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 282     {\r
 283       currentAnnotation.threshold = null;\r
 284       slider.setEnabled(false);\r
 285       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 286       thresholdValue.setText("");\r
 287     }\r
 288     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 289              currentAnnotation.threshold == null)\r
 290     {\r
 291       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 292                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 293                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 294                                       "Threshold",\r
 295                                       Color.black));\r
 296       float range = currentAnnotation.graphMax * 1000 -\r
 297           currentAnnotation.graphMin * 1000;\r
 298 \r
 299       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 300       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 301       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 302       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 303       slider.setMajorTickSpacing( (int) (range / 10f));\r
 304       slider.setMinorTickSpacing( (int) (range / 100f));\r
 305       slider.setEnabled(true);\r
 306       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 307     }\r
 308 \r
 309     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 310     if (currentColours.isSelected())\r
 311       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 312           currentAnnotation,\r
 313           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 314     else\r
 315       acg =\r
 316           new AnnotationColourGradient(\r
 317               currentAnnotation,\r
 318               minColour.getBackground(),\r
 319               maxColour.getBackground(),\r
 320               aboveThreshold);\r
 321 \r
 322     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 323 \r
 324     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 325     {\r
 326       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 327       SequenceGroup sg;\r
 328       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 329       {\r
 330         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 331 \r
 332         if (sg.cs == null)\r
 333         {\r
 334           continue;\r
 335         }\r
 336 \r
 337         if (currentColours.isSelected())\r
 338           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 339               currentAnnotation,\r
 340               sg.cs, aboveThreshold);\r
 341         else\r
 342           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 343               currentAnnotation,\r
 344               minColour.getBackground(),\r
 345               maxColour.getBackground(),\r
 346               aboveThreshold);\r
 347 \r
 348       }\r
 349     }\r
 350 \r
 351     ap.repaint();\r
 352   }\r
 353 \r
 354   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 355   {\r
 356     changeColour();\r
 357     try\r
 358     {\r
 359       frame.setClosed(true);\r
 360     }\r
 361     catch (Exception ex)\r
 362     {}\r
 363   }\r
 364 \r
 365   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 366   {\r
 367     reset();\r
 368     try\r
 369     {\r
 370       frame.setClosed(true);\r
 371     }\r
 372     catch (Exception ex)\r
 373     {}\r
 374   }\r
 375 \r
 376 \r
 377   void reset()\r
 378   {\r
 379     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 380     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 381     {\r
 382       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 383       SequenceGroup sg;\r
 384       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 385       {\r
 386         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 387         sg.cs = (ColourSchemeI)oldgroupColours.get(sg);\r
 388       }\r
 389     }\r
 390   }\r
 391 \r
 392   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 393   {\r
 394     changeColour();\r
 395   }\r
 396 \r
 397   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 398   {\r
 399     if(currentAnnotation!=null)\r
 400       currentAnnotation.threshold = null;\r
 401     changeColour();\r
 402   }\r
 403 \r
 404   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 405   {\r
 406     changeColour();\r
 407   }\r
 408 \r
 409   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 410   {\r
 411     try\r
 412     {\r
 413       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());\r
 414       slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 415     }\r
 416     catch (NumberFormatException ex)\r
 417     {}\r
 418   }\r
 419 \r
 420   public void valueChanged()\r
 421   {\r
 422     currentAnnotation.threshold.value = (float)slider.getValue()/1000f;\r
 423     ap.repaint();\r
 424   }\r
 425 \r
 426   public void currentColours_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 427   {\r
 428     if(currentColours.isSelected())\r
 429     {\r
 430       reset();\r
 431     }\r
 432 \r
 433     maxColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 434     minColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 435 \r
 436     changeColour();\r
 437   }\r
 438 \r
 439 }\r