src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import javax.swing.*;\r
  22 import java.awt.event.ActionListener;\r
  23 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  24 import java.awt.BorderLayout;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationColourChooser\r
  30     extends JPanel\r
  31 {\r
  32   JInternalFrame frame;\r
  33   AlignViewport av;\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   ColourSchemeI oldcs;\r
  36 \r
  37   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  38   {\r
  39     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  40     this.av = av;\r
  41     this.ap = ap;\r
  42     frame = new JInternalFrame();\r
  43     frame.setContentPane(this);\r
  44     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  45     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 110);\r
  46 \r
  47     try{\r
  48       jbInit();\r
  49     }catch(Exception ex){}\r
  50 \r
  51     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null)\r
  52       return;\r
  53 \r
  54     for(int i=0; i<av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  55     {\r
  56       annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
  57     }\r
  58 \r
  59   //  if(av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient)\r
  60     {\r
  61     //  minColour.\r
  62     }\r
  63   //  else\r
  64     {\r
  65       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  66       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  67     }\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public AnnotationColourChooser()\r
  71   {\r
  72     try\r
  73     {\r
  74       jbInit();\r
  75     }\r
  76     catch (Exception ex)\r
  77     {\r
  78       ex.printStackTrace();\r
  79     }\r
  80   }\r
  81 \r
  82   private void jbInit()\r
  83       throws Exception\r
  84   {\r
  85     minColour.setBounds(new Rectangle(145, 5, 85, 25));\r
  86     minColour.setToolTipText("");\r
  87     minColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
  88     minColour.setText("Min Colour");\r
  89     minColour.addActionListener(new ActionListener()\r
  90     {\r
  91       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  92       {\r
  93         minColour_actionPerformed(e);\r
  94       }\r
  95     });\r
  96     maxColour.setBounds(new Rectangle(235, 5, 89, 25));\r
  97     maxColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
  98     maxColour.setText("Max Colour");\r
  99     maxColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 100     {\r
 101       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 102       {\r
 103         maxColour_actionPerformed(e);\r
 104       }\r
 105     });\r
 106     thresholdCheck.setOpaque(false);\r
 107     thresholdCheck.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);\r
 108     thresholdCheck.setSelectedIcon(null);\r
 109     thresholdCheck.setText("Above Threshold");\r
 110     thresholdCheck.setBounds(new Rectangle(329, 6, 109, 23));\r
 111     apply.setOpaque(false);\r
 112     apply.setSelectedIcon(null);\r
 113     apply.setText("Apply");\r
 114     apply.addActionListener(new ActionListener()\r
 115     {\r
 116       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 117       {\r
 118         apply_actionPerformed(e);\r
 119       }\r
 120     });\r
 121     ok.setOpaque(false);\r
 122     ok.setText("OK");\r
 123     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 124     {\r
 125       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 126       {\r
 127         ok_actionPerformed(e);\r
 128       }\r
 129     });\r
 130     cancel.setOpaque(false);\r
 131     cancel.setText("Cancel");\r
 132     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 133     {\r
 134       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 135       {\r
 136         cancel_actionPerformed(e);\r
 137       }\r
 138     });\r
 139     this.setLayout(borderLayout1);\r
 140     jPanel2.setLayout(null);\r
 141     annotations.setBounds(new Rectangle(5, 7, 135, 21));\r
 142     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 143     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 144     jPanel1.add(apply);\r
 145     jPanel1.add(ok);\r
 146     jPanel1.add(cancel);\r
 147     jPanel2.add(annotations);\r
 148     jPanel2.add(minColour);\r
 149     jPanel2.add(maxColour);\r
 150     jPanel2.add(thresholdCheck);\r
 151     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 152     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 153   }\r
 154 \r
 155   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 156   JButton minColour = new JButton();\r
 157   JButton maxColour = new JButton();\r
 158   JCheckBox thresholdCheck = new JCheckBox();\r
 159   JButton apply = new JButton();\r
 160   JButton ok = new JButton();\r
 161   JButton cancel = new JButton();\r
 162   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 163   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 164   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 165   public void apply_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 166   {\r
 167     changeColour();\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public void minColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 171   {\r
 172     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 173                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 174                                          minColour.getBackground());\r
 175     if (col != null)\r
 176       minColour.setBackground(col);\r
 177     minColour.repaint();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public void maxColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 181   {\r
 182     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 183                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 184                                          maxColour.getBackground());\r
 185     if (col != null)\r
 186       maxColour.setBackground(col);\r
 187     maxColour.repaint();\r
 188   }\r
 189 \r
 190   void changeColour()\r
 191   {\r
 192     jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[annotations.getSelectedIndex()];\r
 193 \r
 194     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,\r
 195      minColour.getBackground(),\r
 196      maxColour.getBackground(),\r
 197      thresholdCheck.isSelected());\r
 198 \r
 199    if(thresholdCheck.isSelected() && aa.graphLines==null)\r
 200    {\r
 201      aa.addGraphLine(new jalview.datamodel.GraphLine((aa.graphMax-aa.graphMin)/2f, "Threshold", Color.black));\r
 202    }\r
 203 \r
 204    av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 205    ap.repaint();\r
 206 \r
 207   }\r
 208 \r
 209   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 210   {\r
 211     changeColour();\r
 212     try{\r
 213       frame.setClosed(true);\r
 214     }catch(Exception ex){}\r
 215   }\r
 216 \r
 217   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 218   {\r
 219     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 220     try{\r
 221       frame.setClosed(true);\r
 222     }catch(Exception ex){}\r
 223   }\r
 224 \r
 225 }\r