src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import javax.swing.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  29 import java.awt.Dimension;\r
  30 import javax.swing.BorderFactory;\r
  31 \r
  32 public class AnnotationColourChooser\r
  33     extends JPanel\r
  34 {\r
  35   JInternalFrame frame;\r
  36   AlignViewport av;\r
  37   AlignmentPanel ap;\r
  38   ColourSchemeI oldcs;\r
  39   Hashtable oldgroupColours;\r
  40   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;\r
  41   boolean adjusting = false;\r
  42 \r
  43   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  44   {\r
  45     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  46     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
  47     {\r
  48       oldgroupColours = new Hashtable();\r
  49       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
  50       SequenceGroup sg;\r
  51       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
  52       {\r
  53         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
  54         if(sg.cs!=null)\r
  55           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);\r
  56       }\r
  57     }\r
  58     this.av = av;\r
  59     this.ap = ap;\r
  60     frame = new JInternalFrame();\r
  61     frame.setContentPane(this);\r
  62     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  63     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 145);\r
  64 \r
  65     try\r
  66     {\r
  67       jbInit();\r
  68     }\r
  69     catch (Exception ex)\r
  70     {}\r
  71 \r
  72     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  73     {\r
  74       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  75       {\r
  76         if(!adjusting)\r
  77         {\r
  78           thresholdValue.setText( ( (float) slider.getValue() / 1000f) + "");\r
  79           valueChanged();\r
  80         }\r
  81       }\r
  82     });\r
  83 \r
  84     if (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null)\r
  85       return;\r
  86 \r
  87     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  88     {\r
  89       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;\r
  90       minColour.setBackground(acg.getMinColour());\r
  91       maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());\r
  92     }\r
  93     else\r
  94     {\r
  95       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  96       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  97     }\r
  98 \r
  99     adjusting = true;\r
 100     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 101     {\r
 102       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph > 0)\r
 103         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
 104     }\r
 105 \r
 106     threshold.addItem("No Threshold");\r
 107     threshold.addItem("Above Threshold");\r
 108     threshold.addItem("Below Threshold");\r
 109 \r
 110     adjusting = false;\r
 111 \r
 112     changeColour();\r
 113 \r
 114   }\r
 115 \r
 116   public AnnotationColourChooser()\r
 117   {\r
 118     try\r
 119     {\r
 120       jbInit();\r
 121     }\r
 122     catch (Exception ex)\r
 123     {\r
 124       ex.printStackTrace();\r
 125     }\r
 126   }\r
 127 \r
 128   private void jbInit()\r
 129       throws Exception\r
 130   {\r
 131     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 132     minColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 133     minColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));\r
 134     minColour.setToolTipText("Minimum Colour");\r
 135     minColour.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 136     {\r
 137       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 138       {\r
 139         if (minColour.isEnabled())\r
 140           minColour_actionPerformed();\r
 141       }\r
 142     });\r
 143     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 144     maxColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 145     maxColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));\r
 146     maxColour.setToolTipText("Maximum Colour");\r
 147     maxColour.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 148     {\r
 149       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 150       {\r
 151         if (maxColour.isEnabled())\r
 152           maxColour_actionPerformed();\r
 153       }\r
 154     });\r
 155     ok.setOpaque(false);\r
 156     ok.setText("OK");\r
 157     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 158     {\r
 159       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 160       {\r
 161         ok_actionPerformed(e);\r
 162       }\r
 163     });\r
 164     cancel.setOpaque(false);\r
 165     cancel.setText("Cancel");\r
 166     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 167     {\r
 168       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 169       {\r
 170         cancel_actionPerformed(e);\r
 171       }\r
 172     });\r
 173     this.setLayout(borderLayout1);\r
 174     jPanel2.setLayout(flowLayout1);\r
 175     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 176     {\r
 177       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 178       {\r
 179         annotations_actionPerformed(e);\r
 180       }\r
 181     });\r
 182     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 183     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 184     threshold.addActionListener(new ActionListener()\r
 185     {\r
 186       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 187       {\r
 188         threshold_actionPerformed(e);\r
 189       }\r
 190     });\r
 191     jPanel3.setLayout(flowLayout2);\r
 192     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()\r
 193     {\r
 194       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 195       {\r
 196         thresholdValue_actionPerformed(e);\r
 197       }\r
 198     });\r
 199     slider.setPaintLabels(false);\r
 200     slider.setPaintTicks(true);\r
 201     slider.setBackground(Color.white);\r
 202     slider.setEnabled(false);\r
 203     slider.setOpaque(false);\r
 204     slider.setPreferredSize(new Dimension(150, 32));\r
 205     thresholdValue.setEnabled(false);\r
 206     thresholdValue.setColumns(10);\r
 207     jPanel3.setBackground(Color.white);\r
 208     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 209     currentColours.setOpaque(false);\r
 210     currentColours.setText("Use Original Colours");\r
 211     currentColours.addActionListener(new ActionListener()\r
 212     {\r
 213       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 214       {\r
 215         currentColours_actionPerformed(e);\r
 216       }\r
 217     });\r
 218     jPanel1.add(ok);\r
 219     jPanel1.add(cancel);\r
 220     jPanel2.add(annotations);\r
 221     jPanel2.add(currentColours);\r
 222     jPanel2.add(minColour);\r
 223     jPanel2.add(maxColour);\r
 224     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 225     jPanel3.add(threshold);\r
 226     jPanel3.add(slider);\r
 227     jPanel3.add(thresholdValue);\r
 228     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 229     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);\r
 230   }\r
 231 \r
 232   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 233   JPanel minColour = new JPanel();\r
 234   JPanel maxColour = new JPanel();\r
 235   JButton ok = new JButton();\r
 236   JButton cancel = new JButton();\r
 237   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 238   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 239   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 240   JComboBox threshold = new JComboBox();\r
 241   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 242   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 243   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();\r
 244   JSlider slider = new JSlider();\r
 245   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);\r
 246   JCheckBox currentColours = new JCheckBox();\r
 247 \r
 248   public void minColour_actionPerformed()\r
 249   {\r
 250     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 251                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 252                                          minColour.getBackground());\r
 253     if (col != null)\r
 254       minColour.setBackground(col);\r
 255     minColour.repaint();\r
 256     changeColour();\r
 257   }\r
 258 \r
 259   public void maxColour_actionPerformed()\r
 260   {\r
 261     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 262                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 263                                          maxColour.getBackground());\r
 264     if (col != null)\r
 265       maxColour.setBackground(col);\r
 266     maxColour.repaint();\r
 267     changeColour();\r
 268   }\r
 269 \r
 270   void changeColour()\r
 271   {\r
 272     // Check if combobox is still adjusting\r
 273     if (adjusting)\r
 274       return;\r
 275 \r
 276     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 277     // so allow for them again here\r
 278     int nograph = 0, graph = -1;\r
 279     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 280     {\r
 281       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 282         nograph++;\r
 283       else\r
 284         graph++;\r
 285 \r
 286       if (graph == annotations.getSelectedIndex())\r
 287         break;\r
 288     }\r
 289 \r
 290     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph + nograph];\r
 291 \r
 292     int aboveThreshold = -1;\r
 293     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 294       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 295     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 296       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 297 \r
 298     slider.setEnabled(true);\r
 299     thresholdValue.setEnabled(true);\r
 300 \r
 301     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 302     {\r
 303       slider.setEnabled(false);\r
 304       thresholdValue.setEnabled(false);\r
 305       thresholdValue.setText("");\r
 306     }\r
 307     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD &&\r
 308              currentAnnotation.threshold == null)\r
 309     {\r
 310       currentAnnotation.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine\r
 311                                      ( (currentAnnotation.graphMax -\r
 312                                         currentAnnotation.graphMin) / 2f,\r
 313                                       "Threshold",\r
 314                                       Color.black));\r
 315     }\r
 316 \r
 317     if(aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)\r
 318     {\r
 319       adjusting = true;\r
 320       float range = currentAnnotation.graphMax * 1000 -\r
 321           currentAnnotation.graphMin * 1000;\r
 322 \r
 323       slider.setMinimum( (int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));\r
 324       slider.setMaximum( (int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));\r
 325       slider.setValue( (int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));\r
 326       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");\r
 327       slider.setMajorTickSpacing( (int) (range / 10f));\r
 328       slider.setEnabled(true);\r
 329       thresholdValue.setEnabled(true);\r
 330       adjusting = false;\r
 331     }\r
 332 \r
 333     AnnotationColourGradient acg = null;\r
 334     if (currentColours.isSelected())\r
 335       acg = new AnnotationColourGradient(\r
 336           currentAnnotation,\r
 337           av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);\r
 338     else\r
 339       acg =\r
 340           new AnnotationColourGradient(\r
 341               currentAnnotation,\r
 342               minColour.getBackground(),\r
 343               maxColour.getBackground(),\r
 344               aboveThreshold);\r
 345 \r
 346     av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 347 \r
 348     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 349     {\r
 350       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 351       SequenceGroup sg;\r
 352       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 353       {\r
 354         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 355 \r
 356         if (sg.cs == null)\r
 357         {\r
 358           continue;\r
 359         }\r
 360 \r
 361         if (currentColours.isSelected())\r
 362           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 363               currentAnnotation,\r
 364               sg.cs, aboveThreshold);\r
 365         else\r
 366           sg.cs = new AnnotationColourGradient(\r
 367               currentAnnotation,\r
 368               minColour.getBackground(),\r
 369               maxColour.getBackground(),\r
 370               aboveThreshold);\r
 371 \r
 372       }\r
 373     }\r
 374 \r
 375     ap.repaint();\r
 376   }\r
 377 \r
 378   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 379   {\r
 380     changeColour();\r
 381     try\r
 382     {\r
 383       frame.setClosed(true);\r
 384     }\r
 385     catch (Exception ex)\r
 386     {}\r
 387   }\r
 388 \r
 389   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 390   {\r
 391     reset();\r
 392     try\r
 393     {\r
 394       frame.setClosed(true);\r
 395     }\r
 396     catch (Exception ex)\r
 397     {}\r
 398   }\r
 399 \r
 400 \r
 401   void reset()\r
 402   {\r
 403     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 404     if (av.alignment.getGroups() != null)\r
 405     {\r
 406       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 407       SequenceGroup sg;\r
 408       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)\r
 409       {\r
 410         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);\r
 411         sg.cs = (ColourSchemeI)oldgroupColours.get(sg);\r
 412       }\r
 413     }\r
 414   }\r
 415 \r
 416   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 417   {\r
 418     changeColour();\r
 419   }\r
 420 \r
 421   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 422   {\r
 423     changeColour();\r
 424   }\r
 425 \r
 426   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 427   {\r
 428     changeColour();\r
 429   }\r
 430 \r
 431   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 432   {\r
 433     try\r
 434     {\r
 435       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());\r
 436       slider.setValue( (int) (f * 1000));\r
 437     }\r
 438     catch (NumberFormatException ex)\r
 439     {}\r
 440   }\r
 441 \r
 442   public void valueChanged()\r
 443   {\r
 444     if (currentColours.isSelected()\r
 445         && !(av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))\r
 446     {\r
 447       changeColour();\r
 448     }\r
 449 \r
 450     currentAnnotation.threshold.value = (float)slider.getValue()/1000f;\r
 451     ap.repaint();\r
 452   }\r
 453 \r
 454   public void currentColours_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 455   {\r
 456     if(currentColours.isSelected())\r
 457     {\r
 458       reset();\r
 459     }\r
 460 \r
 461     maxColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 462     minColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());\r
 463 \r
 464     changeColour();\r
 465   }\r
 466 \r
 467 }\r