src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import javax.swing.*;\r
  22 import java.awt.event.ActionListener;\r
  23 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  24 import java.awt.BorderLayout;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationColourChooser\r
  30     extends JPanel\r
  31 {\r
  32   JInternalFrame frame;\r
  33   AlignViewport av;\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   ColourSchemeI oldcs;\r
  36 \r
  37   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  38   {\r
  39     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  40     this.av = av;\r
  41     this.ap = ap;\r
  42     frame = new JInternalFrame();\r
  43     frame.setContentPane(this);\r
  44     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  45     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 110, false);\r
  46 \r
  47     try{\r
  48       jbInit();\r
  49     }catch(Exception ex){}\r
  50 \r
  51     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null)\r
  52       return;\r
  53 \r
  54     if(oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  55     {\r
  56       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient)oldcs;\r
  57       minColour.setBackground( acg.getMinColour() );\r
  58       maxColour.setBackground( acg.getMaxColour() );\r
  59     }\r
  60     else\r
  61     {\r
  62       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  63       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  64     }\r
  65 \r
  66     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  67     {\r
  68       if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph>0)\r
  69         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
  70     }\r
  71 \r
  72   }\r
  73 \r
  74   public AnnotationColourChooser()\r
  75   {\r
  76     try\r
  77     {\r
  78       jbInit();\r
  79     }\r
  80     catch (Exception ex)\r
  81     {\r
  82       ex.printStackTrace();\r
  83     }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   private void jbInit()\r
  87       throws Exception\r
  88   {\r
  89     minColour.setBounds(new Rectangle(145, 5, 85, 25));\r
  90     minColour.setToolTipText("");\r
  91     minColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
  92     minColour.setText("Min Colour");\r
  93     minColour.addActionListener(new ActionListener()\r
  94     {\r
  95       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  96       {\r
  97         minColour_actionPerformed(e);\r
  98       }\r
  99     });\r
 100     maxColour.setBounds(new Rectangle(235, 5, 89, 25));\r
 101     maxColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
 102     maxColour.setText("Max Colour");\r
 103     maxColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 104     {\r
 105       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 106       {\r
 107         maxColour_actionPerformed(e);\r
 108       }\r
 109     });\r
 110     thresholdCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 111     thresholdCheck.setOpaque(false);\r
 112     thresholdCheck.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);\r
 113     thresholdCheck.setSelectedIcon(null);\r
 114     thresholdCheck.setText("Above Threshold");\r
 115     thresholdCheck.setBounds(new Rectangle(329, 6, 126, 23));\r
 116     thresholdCheck.addActionListener(new ActionListener()\r
 117     {\r
 118       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 119       {\r
 120         thresholdCheck_actionPerformed(e);\r
 121       }\r
 122     });\r
 123     ok.setOpaque(false);\r
 124     ok.setText("OK");\r
 125     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 126     {\r
 127       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 128       {\r
 129         ok_actionPerformed(e);\r
 130       }\r
 131     });\r
 132     cancel.setOpaque(false);\r
 133     cancel.setText("Cancel");\r
 134     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 135     {\r
 136       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 137       {\r
 138         cancel_actionPerformed(e);\r
 139       }\r
 140     });\r
 141     this.setLayout(borderLayout1);\r
 142     jPanel2.setLayout(null);\r
 143     annotations.setBounds(new Rectangle(5, 7, 135, 21));\r
 144     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 145     {\r
 146       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 147       {\r
 148         annotations_actionPerformed(e);\r
 149       }\r
 150     });\r
 151     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 152     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 153     jPanel1.add(ok);\r
 154     jPanel1.add(cancel);\r
 155     jPanel2.add(annotations);\r
 156     jPanel2.add(minColour);\r
 157     jPanel2.add(maxColour);\r
 158     jPanel2.add(thresholdCheck);\r
 159     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 160     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 161   }\r
 162 \r
 163   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 164   JButton minColour = new JButton();\r
 165   JButton maxColour = new JButton();\r
 166   JCheckBox thresholdCheck = new JCheckBox();\r
 167   JButton ok = new JButton();\r
 168   JButton cancel = new JButton();\r
 169   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 170   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 171   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 172 \r
 173 \r
 174   public void minColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 175   {\r
 176     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 177                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 178                                          minColour.getBackground());\r
 179     if (col != null)\r
 180       minColour.setBackground(col);\r
 181     minColour.repaint();\r
 182     changeColour();\r
 183   }\r
 184 \r
 185   public void maxColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 186   {\r
 187     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 188                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 189                                          maxColour.getBackground());\r
 190     if (col != null)\r
 191       maxColour.setBackground(col);\r
 192     maxColour.repaint();\r
 193     changeColour();\r
 194   }\r
 195 \r
 196   void changeColour()\r
 197   {\r
 198     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 199     // so allow for them again here\r
 200     int nograph = 0, graph = -1;\r
 201     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 202     {\r
 203       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 204         nograph ++;\r
 205       else\r
 206         graph ++;\r
 207 \r
 208       if(graph==annotations.getSelectedIndex())\r
 209         break;\r
 210     }\r
 211 \r
 212     jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa\r
 213         = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph+nograph];\r
 214 \r
 215     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,\r
 216      minColour.getBackground(),\r
 217      maxColour.getBackground(),\r
 218      thresholdCheck.isSelected());\r
 219 \r
 220    if(thresholdCheck.isSelected() && aa.graphLines==null)\r
 221    {\r
 222      aa.addGraphLine(new jalview.datamodel.GraphLine((aa.graphMax-aa.graphMin)/2f, "Threshold", Color.black));\r
 223    }\r
 224 \r
 225    av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 226    ap.repaint();\r
 227 \r
 228   }\r
 229 \r
 230   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 231   {\r
 232     changeColour();\r
 233     try{\r
 234       frame.setClosed(true);\r
 235     }catch(Exception ex){}\r
 236   }\r
 237 \r
 238   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 239   {\r
 240     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 241     try{\r
 242       frame.setClosed(true);\r
 243     }catch(Exception ex){}\r
 244   }\r
 245 \r
 246   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 247   {\r
 248     changeColour();\r
 249   }\r
 250 \r
 251   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 252   {\r
 253     changeColour();\r
 254   }\r
 255 \r
 256 }\r