src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import javax.swing.*;\r
  22 import java.awt.event.ActionListener;\r
  23 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  24 import java.awt.BorderLayout;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationColourChooser\r
  30     extends JPanel\r
  31 {\r
  32   JInternalFrame frame;\r
  33   AlignViewport av;\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   ColourSchemeI oldcs;\r
  36 \r
  37   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  38   {\r
  39     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  40     this.av = av;\r
  41     this.ap = ap;\r
  42     frame = new JInternalFrame();\r
  43     frame.setContentPane(this);\r
  44     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  45     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 470, 110, false);\r
  46 \r
  47     try{\r
  48       jbInit();\r
  49     }catch(Exception ex){}\r
  50 \r
  51     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null)\r
  52       return;\r
  53 \r
  54     if(oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  55     {\r
  56       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient)oldcs;\r
  57       minColour.setBackground( acg.getMinColour() );\r
  58       maxColour.setBackground( acg.getMaxColour() );\r
  59     }\r
  60     else\r
  61     {\r
  62       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  63       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  64     }\r
  65 \r
  66     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  67     {\r
  68       annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
  69     }\r
  70 \r
  71   }\r
  72 \r
  73   public AnnotationColourChooser()\r
  74   {\r
  75     try\r
  76     {\r
  77       jbInit();\r
  78     }\r
  79     catch (Exception ex)\r
  80     {\r
  81       ex.printStackTrace();\r
  82     }\r
  83   }\r
  84 \r
  85   private void jbInit()\r
  86       throws Exception\r
  87   {\r
  88     minColour.setBounds(new Rectangle(145, 5, 85, 25));\r
  89     minColour.setToolTipText("");\r
  90     minColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
  91     minColour.setText("Min Colour");\r
  92     minColour.addActionListener(new ActionListener()\r
  93     {\r
  94       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  95       {\r
  96         minColour_actionPerformed(e);\r
  97       }\r
  98     });\r
  99     maxColour.setBounds(new Rectangle(235, 5, 89, 25));\r
 100     maxColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
 101     maxColour.setText("Max Colour");\r
 102     maxColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 103     {\r
 104       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 105       {\r
 106         maxColour_actionPerformed(e);\r
 107       }\r
 108     });\r
 109     thresholdCheck.setOpaque(false);\r
 110     thresholdCheck.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.LEADING);\r
 111     thresholdCheck.setSelectedIcon(null);\r
 112     thresholdCheck.setText("Above Threshold");\r
 113     thresholdCheck.setBounds(new Rectangle(329, 6, 109, 23));\r
 114     thresholdCheck.addActionListener(new ActionListener()\r
 115     {\r
 116       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 117       {\r
 118         thresholdCheck_actionPerformed(e);\r
 119       }\r
 120     });\r
 121     ok.setOpaque(false);\r
 122     ok.setText("OK");\r
 123     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 124     {\r
 125       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 126       {\r
 127         ok_actionPerformed(e);\r
 128       }\r
 129     });\r
 130     cancel.setOpaque(false);\r
 131     cancel.setText("Cancel");\r
 132     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 133     {\r
 134       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 135       {\r
 136         cancel_actionPerformed(e);\r
 137       }\r
 138     });\r
 139     this.setLayout(borderLayout1);\r
 140     jPanel2.setLayout(null);\r
 141     annotations.setBounds(new Rectangle(5, 7, 135, 21));\r
 142     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 143     {\r
 144       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 145       {\r
 146         annotations_actionPerformed(e);\r
 147       }\r
 148     });\r
 149     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 150     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 151     jPanel1.add(ok);\r
 152     jPanel1.add(cancel);\r
 153     jPanel2.add(annotations);\r
 154     jPanel2.add(minColour);\r
 155     jPanel2.add(maxColour);\r
 156     jPanel2.add(thresholdCheck);\r
 157     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 158     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 159   }\r
 160 \r
 161   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 162   JButton minColour = new JButton();\r
 163   JButton maxColour = new JButton();\r
 164   JCheckBox thresholdCheck = new JCheckBox();\r
 165   JButton ok = new JButton();\r
 166   JButton cancel = new JButton();\r
 167   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 168   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 169   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 170 \r
 171 \r
 172   public void minColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 173   {\r
 174     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 175                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 176                                          minColour.getBackground());\r
 177     if (col != null)\r
 178       minColour.setBackground(col);\r
 179     minColour.repaint();\r
 180     changeColour();\r
 181   }\r
 182 \r
 183   public void maxColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 184   {\r
 185     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 186                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 187                                          maxColour.getBackground());\r
 188     if (col != null)\r
 189       maxColour.setBackground(col);\r
 190     maxColour.repaint();\r
 191     changeColour();\r
 192   }\r
 193 \r
 194   void changeColour()\r
 195   {\r
 196     jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[annotations.getSelectedIndex()];\r
 197 \r
 198     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,\r
 199      minColour.getBackground(),\r
 200      maxColour.getBackground(),\r
 201      thresholdCheck.isSelected());\r
 202 \r
 203    if(thresholdCheck.isSelected() && aa.graphLines==null)\r
 204    {\r
 205      aa.addGraphLine(new jalview.datamodel.GraphLine((aa.graphMax-aa.graphMin)/2f, "Threshold", Color.black));\r
 206    }\r
 207 \r
 208    av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 209    ap.repaint();\r
 210 \r
 211   }\r
 212 \r
 213   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 214   {\r
 215     changeColour();\r
 216     try{\r
 217       frame.setClosed(true);\r
 218     }catch(Exception ex){}\r
 219   }\r
 220 \r
 221   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 222   {\r
 223     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 224     try{\r
 225       frame.setClosed(true);\r
 226     }catch(Exception ex){}\r
 227   }\r
 228 \r
 229   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 230   {\r
 231     changeColour();\r
 232   }\r
 233 \r
 234   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 235   {\r
 236     changeColour();\r
 237   }\r
 238 \r
 239 }\r