src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import javax.swing.*;\r
  22 import java.awt.event.ActionListener;\r
  23 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  24 import java.awt.BorderLayout;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class AnnotationColourChooser\r
  30     extends JPanel\r
  31 {\r
  32   JInternalFrame frame;\r
  33   AlignViewport av;\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   ColourSchemeI oldcs;\r
  36 \r
  37   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  38   {\r
  39     oldcs = av.getGlobalColourScheme();\r
  40     this.av = av;\r
  41     this.ap = ap;\r
  42     frame = new JInternalFrame();\r
  43     frame.setContentPane(this);\r
  44     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  45     Desktop.addInternalFrame(frame, "Colour by Annotation", 480, 110, false);\r
  46 \r
  47     try{\r
  48       jbInit();\r
  49     }catch(Exception ex){}\r
  50 \r
  51     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null)\r
  52       return;\r
  53 \r
  54     if(oldcs instanceof AnnotationColourGradient)\r
  55     {\r
  56       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient)oldcs;\r
  57       minColour.setBackground( acg.getMinColour() );\r
  58       maxColour.setBackground( acg.getMaxColour() );\r
  59     }\r
  60     else\r
  61     {\r
  62       minColour.setBackground(Color.orange);\r
  63       maxColour.setBackground(Color.red);\r
  64     }\r
  65 \r
  66     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  67     {\r
  68       if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph>0)\r
  69         annotations.addItem(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label);\r
  70     }\r
  71 \r
  72     threshold.addItem("No Threshold");\r
  73     threshold.addItem("Above Threshold");\r
  74     threshold.addItem("Below Threshold");\r
  75 \r
  76   }\r
  77 \r
  78   public AnnotationColourChooser()\r
  79   {\r
  80     try\r
  81     {\r
  82       jbInit();\r
  83     }\r
  84     catch (Exception ex)\r
  85     {\r
  86       ex.printStackTrace();\r
  87     }\r
  88   }\r
  89 \r
  90   private void jbInit()\r
  91       throws Exception\r
  92   {\r
  93     minColour.setBounds(new Rectangle(145, 5, 85, 25));\r
  94     minColour.setToolTipText("");\r
  95     minColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
  96     minColour.setText("Min Colour");\r
  97     minColour.addActionListener(new ActionListener()\r
  98     {\r
  99       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 100       {\r
 101         minColour_actionPerformed(e);\r
 102       }\r
 103     });\r
 104     maxColour.setBounds(new Rectangle(235, 5, 89, 25));\r
 105     maxColour.setMargin(new Insets(2, 2, 2, 2));\r
 106     maxColour.setText("Max Colour");\r
 107     maxColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 108     {\r
 109       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 110       {\r
 111         maxColour_actionPerformed(e);\r
 112       }\r
 113     });\r
 114     ok.setOpaque(false);\r
 115     ok.setText("OK");\r
 116     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 117     {\r
 118       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 119       {\r
 120         ok_actionPerformed(e);\r
 121       }\r
 122     });\r
 123     cancel.setOpaque(false);\r
 124     cancel.setText("Cancel");\r
 125     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 126     {\r
 127       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 128       {\r
 129         cancel_actionPerformed(e);\r
 130       }\r
 131     });\r
 132     this.setLayout(borderLayout1);\r
 133     jPanel2.setLayout(null);\r
 134     annotations.setBounds(new Rectangle(5, 7, 135, 21));\r
 135     annotations.addActionListener(new ActionListener()\r
 136     {\r
 137       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 138       {\r
 139         annotations_actionPerformed(e);\r
 140       }\r
 141     });\r
 142     jPanel1.setBackground(Color.white);\r
 143     jPanel2.setBackground(Color.white);\r
 144     threshold.setBounds(new Rectangle(328, 6, 125, 22));\r
 145     threshold.addActionListener(new ActionListener()\r
 146     {\r
 147       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 148       {\r
 149         threshold_actionPerformed(e);\r
 150       }\r
 151     });\r
 152     jPanel1.add(ok);\r
 153     jPanel1.add(cancel);\r
 154     jPanel2.add(annotations);\r
 155     jPanel2.add(minColour);\r
 156     jPanel2.add(maxColour);\r
 157     jPanel2.add(threshold);\r
 158     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 159     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 160   }\r
 161 \r
 162   JComboBox annotations = new JComboBox();\r
 163   JButton minColour = new JButton();\r
 164   JButton maxColour = new JButton();\r
 165   JButton ok = new JButton();\r
 166   JButton cancel = new JButton();\r
 167   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 168   JPanel jPanel2 = new JPanel();\r
 169   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 170   JComboBox threshold = new JComboBox();\r
 171 \r
 172   public void minColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 173   {\r
 174     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 175                                          "Select Colour for Minimum Value",\r
 176                                          minColour.getBackground());\r
 177     if (col != null)\r
 178       minColour.setBackground(col);\r
 179     minColour.repaint();\r
 180     changeColour();\r
 181   }\r
 182 \r
 183   public void maxColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 184   {\r
 185     Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 186                                          "Select Colour for Maximum Value",\r
 187                                          maxColour.getBackground());\r
 188     if (col != null)\r
 189       maxColour.setBackground(col);\r
 190     maxColour.repaint();\r
 191     changeColour();\r
 192   }\r
 193 \r
 194   void changeColour()\r
 195   {\r
 196     // Check if combobox is still adjusting\r
 197     if(threshold.getSelectedIndex()==-1)\r
 198           return;\r
 199 \r
 200     // We removed the non-graph annotations when filling the combobox\r
 201     // so allow for them again here\r
 202     int nograph = 0, graph = -1;\r
 203     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 204     {\r
 205       if (av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].graph == 0)\r
 206         nograph ++;\r
 207       else\r
 208         graph ++;\r
 209 \r
 210       if(graph==annotations.getSelectedIndex())\r
 211         break;\r
 212     }\r
 213 \r
 214     jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa\r
 215         = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[graph+nograph];\r
 216 \r
 217 \r
 218     int aboveThreshold = -1;\r
 219     if(threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))\r
 220       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;\r
 221     else if(threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))\r
 222       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;\r
 223 \r
 224     if(aboveThreshold!=AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD && aa.threshold==null)\r
 225    {\r
 226      aa.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine((aa.graphMax-aa.graphMin)/2f, "Threshold", Color.black));\r
 227    }\r
 228 \r
 229     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,\r
 230      minColour.getBackground(),\r
 231      maxColour.getBackground(),\r
 232      aboveThreshold );\r
 233 \r
 234 \r
 235 \r
 236 \r
 237    av.setGlobalColourScheme(acg);\r
 238    ap.repaint();\r
 239 \r
 240   }\r
 241 \r
 242   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 243   {\r
 244     changeColour();\r
 245     try{\r
 246       frame.setClosed(true);\r
 247     }catch(Exception ex){}\r
 248   }\r
 249 \r
 250   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 251   {\r
 252     av.setGlobalColourScheme(oldcs);\r
 253     try{\r
 254       frame.setClosed(true);\r
 255     }catch(Exception ex){}\r
 256   }\r
 257 \r
 258   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 259   {\r
 260     changeColour();\r
 261   }\r
 262 \r
 263   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 264   {\r
 265     changeColour();\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 269   {\r
 270     changeColour();\r
 271   }\r
 272 \r
 273 }\r