src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * \r
  32  * GUI dialog for exporting features or alignment annotations depending upon which method is called.\r
  33  * \r
  34  * @author AMW\r
  35  *\r
  36  */\r
  37 public class AnnotationExporter\r
  38     extends JPanel\r
  39 {\r
  40   JInternalFrame frame;\r
  41   AlignmentPanel ap;\r
  42   boolean features = true;\r
  43   AlignmentAnnotation[] annotations;\r
  44   Vector sequenceGroups;\r
  45   Hashtable alignmentProperties;\r
  46 \r
  47   public AnnotationExporter()\r
  48   {\r
  49     try\r
  50     {\r
  51       jbInit();\r
  52     }\r
  53     catch (Exception ex)\r
  54     {\r
  55       ex.printStackTrace();\r
  56     }\r
  57 \r
  58     frame = new JInternalFrame();\r
  59     frame.setContentPane(this);\r
  60     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  61     Desktop.addInternalFrame(frame,\r
  62                              "",\r
  63                              260, 125);\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)\r
  67   {\r
  68     this.ap = ap;\r
  69     features = true;\r
  70     CSVFormat.setVisible(false);\r
  71     frame.setTitle("Export Features");\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,\r
  75                                 AlignmentAnnotation[] annotations,\r
  76                                 Vector sequenceGroups,\r
  77                                 Hashtable alProperties)\r
  78   {\r
  79     this.ap = ap;\r
  80     features = false;\r
  81     GFFFormat.setVisible(false);\r
  82     CSVFormat.setVisible(true);\r
  83     this.annotations = annotations;\r
  84     this.sequenceGroups = sequenceGroups;\r
  85     this.alignmentProperties = alProperties;\r
  86     frame.setTitle("Export Annotations");\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  90   {\r
  91     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
  92         jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
  93 \r
  94     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  95     chooser.setDialogTitle(\r
  96         features ? "Save Features to File" : "Save Annotation to File");\r
  97     chooser.setToolTipText("Save");\r
  98 \r
  99     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 100 \r
 101     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 102     {\r
 103       String text = "No features found on alignment";\r
 104       if (features)\r
 105       {\r
 106         if (GFFFormat.isSelected())\r
 107         {\r
 108           text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
 109               ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 110               ap.av.featuresDisplayed);\r
 111         }\r
 112         else\r
 113         {\r
 114           text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 115               ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 116               ap.av.featuresDisplayed);\r
 117         }\r
 118       }\r
 119       else\r
 120       {\r
 121         if (CSVFormat.isSelected())\r
 122         {\r
 123           text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 124         } else {\r
 125           text = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
 126             annotations,\r
 127             sequenceGroups,\r
 128             alignmentProperties);\r
 129         }\r
 130       }\r
 131 \r
 132       try\r
 133       {\r
 134         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 135             new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
 136 \r
 137         out.print(text);\r
 138         out.close();\r
 139       }\r
 140       catch (Exception ex)\r
 141       {\r
 142         ex.printStackTrace();\r
 143       }\r
 144     }\r
 145 \r
 146     close_actionPerformed(null);\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 150   {\r
 151     String text = "No features found on alignment";\r
 152     if (features)\r
 153     {\r
 154       if (GFFFormat.isSelected())\r
 155       {\r
 156         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
 157             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 158             ap.av.featuresDisplayed);\r
 159       }\r
 160       else\r
 161       {\r
 162         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 163             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 164             ap.av.featuresDisplayed);\r
 165       }\r
 166     }\r
 167     else if (!features)\r
 168     {\r
 169       if (CSVFormat.isSelected())\r
 170       {\r
 171         text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 172       } else {\r
 173         text = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
 174           annotations,\r
 175           sequenceGroups,\r
 176           alignmentProperties);\r
 177       }\r
 178     }\r
 179 \r
 180     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 181     cap.setText(text);\r
 182     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 183                              (features ? "Features for - " :\r
 184                               "Annotations for - ")\r
 185                              + ap.alignFrame.getTitle(),\r
 186                              600,\r
 187                              500);\r
 188 \r
 189     close_actionPerformed(null);\r
 190   }\r
 191 \r
 192   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 193   {\r
 194     try\r
 195     {\r
 196       frame.setClosed(true);\r
 197     }\r
 198     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 199     {}\r
 200   }\r
 201 \r
 202   private void jbInit()\r
 203       throws Exception\r
 204   {\r
 205     this.setLayout(flowLayout1);\r
 206     toFile.setText("to File");\r
 207     toFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 208     {\r
 209       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 210       {\r
 211         toFile_actionPerformed(e);\r
 212       }\r
 213     });\r
 214     toTextbox.setText("to Textbox");\r
 215     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()\r
 216     {\r
 217       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 218       {\r
 219         toTextbox_actionPerformed(e);\r
 220       }\r
 221     });\r
 222     close.setText("Close");\r
 223     close.addActionListener(new ActionListener()\r
 224     {\r
 225       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 226       {\r
 227         close_actionPerformed(e);\r
 228       }\r
 229     });\r
 230     jalviewFormat.setOpaque(false);\r
 231     jalviewFormat.setSelected(true);\r
 232     jalviewFormat.setText("Jalview");\r
 233     GFFFormat.setOpaque(false);\r
 234     GFFFormat.setText("GFF");\r
 235     CSVFormat.setOpaque(false);\r
 236     CSVFormat.setText("CSV(Spreadsheet)");\r
 237     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);\r
 238     jLabel1.setText("Format: ");\r
 239     this.setBackground(Color.white);\r
 240     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 241     jPanel3.setOpaque(false);\r
 242     jPanel1.setOpaque(false);\r
 243     jPanel1.add(toFile);\r
 244     jPanel1.add(toTextbox);\r
 245     jPanel1.add(close);\r
 246     jPanel3.add(jLabel1);\r
 247     jPanel3.add(jalviewFormat);\r
 248     jPanel3.add(GFFFormat);\r
 249     jPanel3.add(CSVFormat);\r
 250     buttonGroup.add(jalviewFormat);\r
 251     buttonGroup.add(GFFFormat);\r
 252     buttonGroup.add(CSVFormat);\r
 253     this.add(jPanel3, null);\r
 254     this.add(jPanel1, null);\r
 255   }\r
 256 \r
 257   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 258   JButton toFile = new JButton();\r
 259   JButton toTextbox = new JButton();\r
 260   JButton close = new JButton();\r
 261   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();\r
 262   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();\r
 263   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();\r
 264   JRadioButton CSVFormat = new JRadioButton();\r
 265   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 266   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 267   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 268 \r
 269 }\r