Remove start end for now??
[jalview.git] / src / jalview / gui / AnnotationExporter.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.gui;\r
21 \r
22 import javax.swing.*;\r
23 import java.awt.event.ActionListener;\r
24 import java.awt.event.ActionEvent;\r
25 \r
26 import jalview.io.*;\r
27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;\r
28 \r
29 import java.awt.Color;\r
30 import java.awt.FlowLayout;\r
31 import javax.swing.BorderFactory;\r
32 \r
33 \r
34 public class AnnotationExporter\r
35     extends JPanel\r
36 {\r
37   JInternalFrame frame;\r
38   AlignmentPanel ap;\r
39   boolean features = true;\r
40   AlignmentAnnotation [] annotations;\r
41 \r
42   public AnnotationExporter()\r
43   {\r
44     try\r
45     {\r
46       jbInit();\r
47     }\r
48     catch (Exception ex)\r
49     {\r
50       ex.printStackTrace();\r
51     }\r
52 \r
53     frame = new JInternalFrame();\r
54     frame.setContentPane(this);\r
55     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
56     Desktop.addInternalFrame(frame,\r
57                              "",\r
58                              260, 125);\r
59   }\r
60 \r
61   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)\r
62   {\r
63     this.ap = ap;\r
64     features = true;\r
65     frame.setTitle("Export Features");\r
66   }\r
67 \r
68   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,\r
69                                 AlignmentAnnotation [] annotations)\r
70   {\r
71     this.ap = ap;\r
72     features = false;\r
73     GFFFormat.setVisible(false);\r
74     this.annotations = annotations;\r
75     frame.setTitle("Export Annotations");\r
76   }\r
77 \r
78   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
79   {\r
80       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
81       jalview.bin.Cache.getProperty( "LAST_DIRECTORY"));\r
82 \r
83       chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
84       chooser.setDialogTitle(\r
85           features ? "Save Features to File" : "Save Annotation to File");\r
86       chooser.setToolTipText("Save");\r
87 \r
88       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
89 \r
90       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
91       {\r
92         String text = "No features found on alignment";\r
93         if (features)\r
94         {\r
95           if (GFFFormat.isSelected())\r
96             text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
97                 ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
98                 ap.av.featuresDisplayed);\r
99           else\r
100             text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
101                 ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
102                 ap.av.featuresDisplayed);\r
103         }\r
104         else\r
105         {\r
106            text = new AnnotationFile().printAnnotations( annotations );\r
107         }\r
108 \r
109         try\r
110         {\r
111           java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
112               new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
113 \r
114           out.print(text);\r
115           out.close();\r
116         }\r
117         catch (Exception ex)\r
118         {\r
119           ex.printStackTrace();\r
120         }\r
121       }\r
122   }\r
123 \r
124   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
125   {\r
126     String text = "No features found on alignment";\r
127     if(features)\r
128     {\r
129       if (GFFFormat.isSelected())\r
130         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
131             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
132             ap.av.featuresDisplayed);\r
133       else\r
134         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
135             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
136                 ap.av.featuresDisplayed);\r
137     }\r
138     else if(!features)\r
139     {\r
140       text = new AnnotationFile().printAnnotations( annotations );\r
141     }\r
142 \r
143 \r
144     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
145     cap.setText(text);\r
146     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
147                              (features ?  "Features for - " : "Annotations for - ")\r
148                              + ap.alignFrame.getTitle(),\r
149                              600,\r
150                              500);\r
151 \r
152 \r
153   }\r
154 \r
155   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)\r
156   {\r
157     try{\r
158       frame.setClosed(true);\r
159     }catch(java.beans.PropertyVetoException ex)\r
160     {}\r
161   }\r
162 \r
163 \r
164 \r
165   private void jbInit()\r
166       throws Exception\r
167   {\r
168     this.setLayout(flowLayout1);\r
169     toFile.setText("to File");\r
170     toFile.addActionListener(new ActionListener()\r
171     {\r
172       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
173       {\r
174         toFile_actionPerformed(e);\r
175       }\r
176     });\r
177     toTextbox.setText("to Textbox");\r
178     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()\r
179     {\r
180       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
181       {\r
182         toTextbox_actionPerformed(e);\r
183       }\r
184     });\r
185     close.setText("Close");\r
186     close.addActionListener(new ActionListener()\r
187     {\r
188       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
189       {\r
190         close_actionPerformed(e);\r
191       }\r
192     });\r
193     jalviewFormat.setOpaque(false);\r
194     jalviewFormat.setSelected(true);\r
195     jalviewFormat.setText("Jalview");\r
196     GFFFormat.setOpaque(false);\r
197     GFFFormat.setText("GFF");\r
198     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);\r
199     jLabel1.setText("Format: ");\r
200     this.setBackground(Color.white);\r
201     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
202     jPanel3.setOpaque(false);\r
203     jPanel1.setOpaque(false);\r
204     jPanel1.add(toFile);\r
205     jPanel1.add(toTextbox);\r
206     jPanel1.add(close);\r
207     jPanel3.add(jLabel1);\r
208     jPanel3.add(jalviewFormat);\r
209     jPanel3.add(GFFFormat);\r
210     buttonGroup.add(jalviewFormat);\r
211     buttonGroup.add(GFFFormat);\r
212     this.add(jPanel3, null);\r
213     this.add(jPanel1, null);\r
214   }\r
215 \r
216   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
217   JButton toFile = new JButton();\r
218   JButton toTextbox = new JButton();\r
219   JButton close = new JButton();\r
220   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();\r
221   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();\r
222   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();\r
223   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
224   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
225   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
226 \r
227 }\r