src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import javax.swing.*;\r
  23 import java.awt.event.ActionListener;\r
  24 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  25 \r
  26 import jalview.io.*;\r
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;\r
  28 \r
  29 import java.awt.Color;\r
  30 import java.awt.FlowLayout;\r
  31 import javax.swing.BorderFactory;\r
  32 \r
  33 \r
  34 public class AnnotationExporter\r
  35     extends JPanel\r
  36 {\r
  37   JInternalFrame frame;\r
  38   AlignmentPanel ap;\r
  39   boolean features = true;\r
  40   AlignmentAnnotation [] annotations;\r
  41 \r
  42   public AnnotationExporter()\r
  43   {\r
  44     try\r
  45     {\r
  46       jbInit();\r
  47     }\r
  48     catch (Exception ex)\r
  49     {\r
  50       ex.printStackTrace();\r
  51     }\r
  52 \r
  53     frame = new JInternalFrame();\r
  54     frame.setContentPane(this);\r
  55     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  56     Desktop.addInternalFrame(frame,\r
  57                              "",\r
  58                              260, 125);\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)\r
  62   {\r
  63     this.ap = ap;\r
  64     features = true;\r
  65     frame.setTitle("Export Features");\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,\r
  69                                 AlignmentAnnotation [] annotations)\r
  70   {\r
  71     this.ap = ap;\r
  72     features = false;\r
  73     GFFFormat.setVisible(false);\r
  74     this.annotations = annotations;\r
  75     frame.setTitle("Export Annotations");\r
  76   }\r
  77 \r
  78   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  79   {\r
  80       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
  81       jalview.bin.Cache.getProperty( "LAST_DIRECTORY"));\r
  82 \r
  83       chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  84       chooser.setDialogTitle(\r
  85           features ? "Save Features to File" : "Save Annotation to File");\r
  86       chooser.setToolTipText("Save");\r
  87 \r
  88       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
  89 \r
  90       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
  91       {\r
  92         String text = "No features found on alignment";\r
  93         if (features)\r
  94         {\r
  95           if (GFFFormat.isSelected())\r
  96             text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
  97                 ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
  98                 ap.av.featuresDisplayed);\r
  99           else\r
 100             text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 101                 ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 102                 ap.av.featuresDisplayed);\r
 103         }\r
 104         else\r
 105         {\r
 106            text = new AnnotationFile().printAnnotations( annotations );\r
 107         }\r
 108 \r
 109         try\r
 110         {\r
 111           java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 112               new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
 113 \r
 114           out.print(text);\r
 115           out.close();\r
 116         }\r
 117         catch (Exception ex)\r
 118         {\r
 119           ex.printStackTrace();\r
 120         }\r
 121       }\r
 122   }\r
 123 \r
 124   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 125   {\r
 126     String text = "No features found on alignment";\r
 127     if(features)\r
 128     {\r
 129       if (GFFFormat.isSelected())\r
 130         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
 131             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 132             ap.av.featuresDisplayed);\r
 133       else\r
 134         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
 135             ap.av.alignment.getDataset().getSequencesArray(),\r
 136                 ap.av.featuresDisplayed);\r
 137     }\r
 138     else if(!features)\r
 139     {\r
 140       text = new AnnotationFile().printAnnotations( annotations );\r
 141     }\r
 142 \r
 143 \r
 144     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 145     cap.setText(text);\r
 146     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 147                              (features ?  "Features for - " : "Annotations for - ")\r
 148                              + ap.alignFrame.getTitle(),\r
 149                              600,\r
 150                              500);\r
 151 \r
 152 \r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 156   {\r
 157     try{\r
 158       frame.setClosed(true);\r
 159     }catch(java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 160     {}\r
 161   }\r
 162 \r
 163 \r
 164 \r
 165   private void jbInit()\r
 166       throws Exception\r
 167   {\r
 168     this.setLayout(flowLayout1);\r
 169     toFile.setText("to File");\r
 170     toFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 171     {\r
 172       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 173       {\r
 174         toFile_actionPerformed(e);\r
 175       }\r
 176     });\r
 177     toTextbox.setText("to Textbox");\r
 178     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()\r
 179     {\r
 180       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 181       {\r
 182         toTextbox_actionPerformed(e);\r
 183       }\r
 184     });\r
 185     close.setText("Close");\r
 186     close.addActionListener(new ActionListener()\r
 187     {\r
 188       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 189       {\r
 190         close_actionPerformed(e);\r
 191       }\r
 192     });\r
 193     jalviewFormat.setOpaque(false);\r
 194     jalviewFormat.setSelected(true);\r
 195     jalviewFormat.setText("Jalview");\r
 196     GFFFormat.setOpaque(false);\r
 197     GFFFormat.setText("GFF");\r
 198     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);\r
 199     jLabel1.setText("Format: ");\r
 200     this.setBackground(Color.white);\r
 201     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 202     jPanel3.setOpaque(false);\r
 203     jPanel1.setOpaque(false);\r
 204     jPanel1.add(toFile);\r
 205     jPanel1.add(toTextbox);\r
 206     jPanel1.add(close);\r
 207     jPanel3.add(jLabel1);\r
 208     jPanel3.add(jalviewFormat);\r
 209     jPanel3.add(GFFFormat);\r
 210     buttonGroup.add(jalviewFormat);\r
 211     buttonGroup.add(GFFFormat);\r
 212     this.add(jPanel3, null);\r
 213     this.add(jPanel1, null);\r
 214   }\r
 215 \r
 216   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 217   JButton toFile = new JButton();\r
 218   JButton toTextbox = new JButton();\r
 219   JButton close = new JButton();\r
 220   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();\r
 221   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();\r
 222   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();\r
 223   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 224   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 225   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 226 \r
 227 }\r