src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * \r
  32  * GUI dialog for exporting features or alignment annotations depending upon\r
  33  * which method is called.\r
  34  * \r
  35  * @author AMW\r
  36  * \r
  37  */\r
  38 public class AnnotationExporter extends JPanel\r
  39 {\r
  40   JInternalFrame frame;\r
  41 \r
  42   AlignmentPanel ap;\r
  43 \r
  44   boolean features = true;\r
  45 \r
  46   AlignmentAnnotation[] annotations;\r
  47 \r
  48   Vector sequenceGroups;\r
  49 \r
  50   Hashtable alignmentProperties;\r
  51 \r
  52   public AnnotationExporter()\r
  53   {\r
  54     try\r
  55     {\r
  56       jbInit();\r
  57     } catch (Exception ex)\r
  58     {\r
  59       ex.printStackTrace();\r
  60     }\r
  61 \r
  62     frame = new JInternalFrame();\r
  63     frame.setContentPane(this);\r
  64     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  65     Desktop.addInternalFrame(frame, "", 260, 125);\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)\r
  69   {\r
  70     this.ap = ap;\r
  71     features = true;\r
  72     CSVFormat.setVisible(false);\r
  73     frame.setTitle("Export Features");\r
  74   }\r
  75 \r
  76   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,\r
  77           AlignmentAnnotation[] annotations, Vector sequenceGroups,\r
  78           Hashtable alProperties)\r
  79   {\r
  80     this.ap = ap;\r
  81     features = false;\r
  82     GFFFormat.setVisible(false);\r
  83     CSVFormat.setVisible(true);\r
  84     this.annotations = annotations;\r
  85     this.sequenceGroups = sequenceGroups;\r
  86     this.alignmentProperties = alProperties;\r
  87     frame.setTitle("Export Annotations");\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  91   {\r
  92     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache\r
  93             .getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
  94 \r
  95     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  96     chooser.setDialogTitle(features ? "Save Features to File"\r
  97             : "Save Annotation to File");\r
  98     chooser.setToolTipText("Save");\r
  99 \r
 100     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 101 \r
 102     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 103     {\r
 104       String text = "No features found on alignment";\r
 105       if (features)\r
 106       {\r
 107         if (GFFFormat.isSelected())\r
 108         {\r
 109           text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.alignment\r
 110                   .getDataset().getSequencesArray(),\r
 111                   getDisplayedFeatureCols());//ap.av.featuresDisplayed//);\r
 112         }\r
 113         else\r
 114         {\r
 115           text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.alignment\r
 116                   .getDataset().getSequencesArray(),\r
 117                   getDisplayedFeatureCols()); // ap.av.featuresDisplayed);\r
 118         }\r
 119       }\r
 120       else\r
 121       {\r
 122         if (CSVFormat.isSelected())\r
 123         {\r
 124           text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 125         }\r
 126         else\r
 127         {\r
 128           text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,\r
 129                   sequenceGroups, alignmentProperties);\r
 130         }\r
 131       }\r
 132 \r
 133       try\r
 134       {\r
 135         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 136                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
 137 \r
 138         out.print(text);\r
 139         out.close();\r
 140       } catch (Exception ex)\r
 141       {\r
 142         ex.printStackTrace();\r
 143       }\r
 144     }\r
 145 \r
 146     close_actionPerformed(null);\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 150   {\r
 151     String text = "No features found on alignment";\r
 152     if (features)\r
 153     {\r
 154       if (GFFFormat.isSelected())\r
 155       {\r
 156         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.alignment\r
 157                 .getDataset().getSequencesArray(), getDisplayedFeatureCols());\r
 158       }\r
 159       else\r
 160       {\r
 161         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.alignment\r
 162                 .getDataset().getSequencesArray(), getDisplayedFeatureCols());\r
 163       }\r
 164     }\r
 165     else if (!features)\r
 166     {\r
 167       if (CSVFormat.isSelected())\r
 168       {\r
 169         text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 170       }\r
 171       else\r
 172       {\r
 173         text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,\r
 174                 sequenceGroups, alignmentProperties);\r
 175       }\r
 176     }\r
 177 \r
 178     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 179     cap.setText(text);\r
 180     Desktop.addInternalFrame(cap, (features ? "Features for - "\r
 181             : "Annotations for - ")\r
 182             + ap.alignFrame.getTitle(), 600, 500);\r
 183 \r
 184     close_actionPerformed(null);\r
 185   }\r
 186 \r
 187   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
 188   {\r
 189     Hashtable fcols = new Hashtable();\r
 190     Enumeration en = ap.av.featuresDisplayed.keys();\r
 191     FeatureRenderer fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer(); // consider higher level method ?\r
 192     while (en.hasMoreElements())\r
 193     {\r
 194       Object col = en.nextElement();\r
 195       fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
 196     }\r
 197     return fcols;\r
 198   }\r
 199 \r
 200   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 201   {\r
 202     try\r
 203     {\r
 204       frame.setClosed(true);\r
 205     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 206     {\r
 207     }\r
 208   }\r
 209 \r
 210   private void jbInit() throws Exception\r
 211   {\r
 212     this.setLayout(flowLayout1);\r
 213     toFile.setText("to File");\r
 214     toFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 215     {\r
 216       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 217       {\r
 218         toFile_actionPerformed(e);\r
 219       }\r
 220     });\r
 221     toTextbox.setText("to Textbox");\r
 222     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()\r
 223     {\r
 224       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 225       {\r
 226         toTextbox_actionPerformed(e);\r
 227       }\r
 228     });\r
 229     close.setText("Close");\r
 230     close.addActionListener(new ActionListener()\r
 231     {\r
 232       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 233       {\r
 234         close_actionPerformed(e);\r
 235       }\r
 236     });\r
 237     jalviewFormat.setOpaque(false);\r
 238     jalviewFormat.setSelected(true);\r
 239     jalviewFormat.setText("Jalview");\r
 240     GFFFormat.setOpaque(false);\r
 241     GFFFormat.setText("GFF");\r
 242     CSVFormat.setOpaque(false);\r
 243     CSVFormat.setText("CSV(Spreadsheet)");\r
 244     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);\r
 245     jLabel1.setText("Format: ");\r
 246     this.setBackground(Color.white);\r
 247     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 248     jPanel3.setOpaque(false);\r
 249     jPanel1.setOpaque(false);\r
 250     jPanel1.add(toFile);\r
 251     jPanel1.add(toTextbox);\r
 252     jPanel1.add(close);\r
 253     jPanel3.add(jLabel1);\r
 254     jPanel3.add(jalviewFormat);\r
 255     jPanel3.add(GFFFormat);\r
 256     jPanel3.add(CSVFormat);\r
 257     buttonGroup.add(jalviewFormat);\r
 258     buttonGroup.add(GFFFormat);\r
 259     buttonGroup.add(CSVFormat);\r
 260     this.add(jPanel3, null);\r
 261     this.add(jPanel1, null);\r
 262   }\r
 263 \r
 264   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 265 \r
 266   JButton toFile = new JButton();\r
 267 \r
 268   JButton toTextbox = new JButton();\r
 269 \r
 270   JButton close = new JButton();\r
 271 \r
 272   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();\r
 273 \r
 274   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();\r
 275 \r
 276   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();\r
 277 \r
 278   JRadioButton CSVFormat = new JRadioButton();\r
 279 \r
 280   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 281 \r
 282   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 283 \r
 284   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 285 \r
 286 }\r