src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import java.util.*;\r
  21 import java.util.List;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * \r
  32  * GUI dialog for exporting features or alignment annotations depending upon\r
  33  * which method is called.\r
  34  * \r
  35  * @author AMW\r
  36  * \r
  37  */\r
  38 public class AnnotationExporter extends JPanel\r
  39 {\r
  40   JInternalFrame frame;\r
  41 \r
  42   AlignmentPanel ap;\r
  43 \r
  44   boolean features = true;\r
  45 \r
  46   AlignmentAnnotation[] annotations;\r
  47 \r
  48   List<SequenceGroup> sequenceGroups;\r
  49 \r
  50   Hashtable alignmentProperties;\r
  51 \r
  52   public AnnotationExporter()\r
  53   {\r
  54     try\r
  55     {\r
  56       jbInit();\r
  57     } catch (Exception ex)\r
  58     {\r
  59       ex.printStackTrace();\r
  60     }\r
  61 \r
  62     frame = new JInternalFrame();\r
  63     frame.setContentPane(this);\r
  64     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  65     Desktop.addInternalFrame(frame, "", frame.getPreferredSize().width,\r
  66             frame.getPreferredSize().height);\r
  67   }\r
  68 \r
  69   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)\r
  70   {\r
  71     this.ap = ap;\r
  72     features = true;\r
  73     CSVFormat.setVisible(false);\r
  74     frame.setTitle("Export Features");\r
  75   }\r
  76 \r
  77   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,\r
  78           AlignmentAnnotation[] annotations, List<SequenceGroup> list,\r
  79           Hashtable alProperties)\r
  80   {\r
  81     this.ap = ap;\r
  82     features = false;\r
  83     GFFFormat.setVisible(false);\r
  84     CSVFormat.setVisible(true);\r
  85     this.annotations = annotations;\r
  86     this.sequenceGroups = list;\r
  87     this.alignmentProperties = alProperties;\r
  88     frame.setTitle("Export Annotations");\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  92   {\r
  93     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
  94             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
  95 \r
  96     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  97     chooser.setDialogTitle(features ? "Save Features to File"\r
  98             : "Save Annotation to File");\r
  99     chooser.setToolTipText("Save");\r
 100 \r
 101     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 102 \r
 103     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 104     {\r
 105       String text = "No features found on alignment";\r
 106       if (features)\r
 107       {\r
 108         if (GFFFormat.isSelected())\r
 109         {\r
 110           text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.getAlignment()\r
 111                   .getDataset().getSequencesArray(),\r
 112                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());// ap.av.featuresDisplayed//);\r
 113         }\r
 114         else\r
 115         {\r
 116           text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.getAlignment()\r
 117                   .getDataset().getSequencesArray(),\r
 118                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats()); // ap.av.featuresDisplayed);\r
 119         }\r
 120       }\r
 121       else\r
 122       {\r
 123         if (CSVFormat.isSelected())\r
 124         {\r
 125           text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 126         }\r
 127         else\r
 128         {\r
 129           text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,\r
 130                   sequenceGroups, alignmentProperties);\r
 131         }\r
 132       }\r
 133 \r
 134       try\r
 135       {\r
 136         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 137                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
 138 \r
 139         out.print(text);\r
 140         out.close();\r
 141       } catch (Exception ex)\r
 142       {\r
 143         ex.printStackTrace();\r
 144       }\r
 145     }\r
 146 \r
 147     close_actionPerformed(null);\r
 148   }\r
 149 \r
 150   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 151   {\r
 152     String text = "No features found on alignment";\r
 153     if (features)\r
 154     {\r
 155       if (GFFFormat.isSelected())\r
 156       {\r
 157         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.getAlignment()\r
 158                 .getDataset().getSequencesArray(),\r
 159                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());\r
 160       }\r
 161       else\r
 162       {\r
 163         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.getAlignment()\r
 164                 .getDataset().getSequencesArray(),\r
 165                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());\r
 166       }\r
 167     }\r
 168     else if (!features)\r
 169     {\r
 170       if (CSVFormat.isSelected())\r
 171       {\r
 172         text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 173       }\r
 174       else\r
 175       {\r
 176         text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,\r
 177                 sequenceGroups, alignmentProperties);\r
 178       }\r
 179     }\r
 180 \r
 181     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 182     try\r
 183     {\r
 184       cap.setText(text);\r
 185       Desktop.addInternalFrame(cap, (features ? "Features for - "\r
 186               : "Annotations for - ") + ap.alignFrame.getTitle(), 600, 500);\r
 187     } catch (OutOfMemoryError oom)\r
 188     {\r
 189       new OOMWarning("generating "\r
 190               + (features ? "Features for - " : "Annotations for - ")\r
 191               + ap.alignFrame.getTitle(), oom);\r
 192       cap.dispose();\r
 193     }\r
 194 \r
 195     close_actionPerformed(null);\r
 196   }\r
 197 \r
 198   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
 199   {\r
 200     Hashtable fcols = new Hashtable();\r
 201     if (ap.av.featuresDisplayed == null)\r
 202     {\r
 203       return fcols;\r
 204     }\r
 205     Enumeration en = ap.av.featuresDisplayed.keys();\r
 206     FeatureRenderer fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer(); // consider\r
 207                                                                      // higher\r
 208                                                                      // level\r
 209                                                                      // method ?\r
 210     while (en.hasMoreElements())\r
 211     {\r
 212       Object col = en.nextElement();\r
 213       fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
 214     }\r
 215     return fcols;\r
 216   }\r
 217 \r
 218   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 219   {\r
 220     try\r
 221     {\r
 222       frame.setClosed(true);\r
 223     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 224     {\r
 225     }\r
 226   }\r
 227 \r
 228   private void jbInit() throws Exception\r
 229   {\r
 230     this.setLayout(new BorderLayout());\r
 231 \r
 232     toFile.setText("to File");\r
 233     toFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 234     {\r
 235       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 236       {\r
 237         toFile_actionPerformed(e);\r
 238       }\r
 239     });\r
 240     toTextbox.setText("to Textbox");\r
 241     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()\r
 242     {\r
 243       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 244       {\r
 245         toTextbox_actionPerformed(e);\r
 246       }\r
 247     });\r
 248     close.setText("Close");\r
 249     close.addActionListener(new ActionListener()\r
 250     {\r
 251       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 252       {\r
 253         close_actionPerformed(e);\r
 254       }\r
 255     });\r
 256     jalviewFormat.setOpaque(false);\r
 257     jalviewFormat.setSelected(true);\r
 258     jalviewFormat.setText("Jalview");\r
 259     GFFFormat.setOpaque(false);\r
 260     GFFFormat.setText("GFF");\r
 261     CSVFormat.setOpaque(false);\r
 262     CSVFormat.setText("CSV(Spreadsheet)");\r
 263     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);\r
 264     jLabel1.setText("Format: ");\r
 265     this.setBackground(Color.white);\r
 266     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 267     jPanel3.setOpaque(false);\r
 268     jPanel1.setOpaque(false);\r
 269     jPanel1.add(toFile);\r
 270     jPanel1.add(toTextbox);\r
 271     jPanel1.add(close);\r
 272     jPanel3.add(jLabel1);\r
 273     jPanel3.add(jalviewFormat);\r
 274     jPanel3.add(GFFFormat);\r
 275     jPanel3.add(CSVFormat);\r
 276     buttonGroup.add(jalviewFormat);\r
 277     buttonGroup.add(GFFFormat);\r
 278     buttonGroup.add(CSVFormat);\r
 279     this.add(jPanel3, BorderLayout.CENTER);\r
 280     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);\r
 281   }\r
 282 \r
 283   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 284 \r
 285   JButton toFile = new JButton();\r
 286 \r
 287   JButton toTextbox = new JButton();\r
 288 \r
 289   JButton close = new JButton();\r
 290 \r
 291   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();\r
 292 \r
 293   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();\r
 294 \r
 295   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();\r
 296 \r
 297   JRadioButton CSVFormat = new JRadioButton();\r
 298 \r
 299   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 300 \r
 301   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 302 \r
 303   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 304 \r
 305 }\r