src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import java.util.*;\r
  21 import java.util.List;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * \r
  32  * GUI dialog for exporting features or alignment annotations depending upon\r
  33  * which method is called.\r
  34  * \r
  35  * @author AMW\r
  36  * \r
  37  */\r
  38 public class AnnotationExporter extends JPanel\r
  39 {\r
  40   JInternalFrame frame;\r
  41 \r
  42   AlignmentPanel ap;\r
  43 \r
  44   boolean features = true;\r
  45 \r
  46   AlignmentAnnotation[] annotations;\r
  47 \r
  48   List<SequenceGroup> sequenceGroups;\r
  49 \r
  50   Hashtable alignmentProperties;\r
  51 \r
  52   public AnnotationExporter()\r
  53   {\r
  54     try\r
  55     {\r
  56       jbInit();\r
  57     } catch (Exception ex)\r
  58     {\r
  59       ex.printStackTrace();\r
  60     }\r
  61 \r
  62     frame = new JInternalFrame();\r
  63     frame.setContentPane(this);\r
  64     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  65     Desktop.addInternalFrame(frame, "", frame.getPreferredSize().width, frame.getPreferredSize().height);\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public void exportFeatures(AlignmentPanel ap)\r
  69   {\r
  70     this.ap = ap;\r
  71     features = true;\r
  72     CSVFormat.setVisible(false);\r
  73     frame.setTitle("Export Features");\r
  74   }\r
  75 \r
  76   public void exportAnnotations(AlignmentPanel ap,\r
  77           AlignmentAnnotation[] annotations, List<SequenceGroup> list,\r
  78           Hashtable alProperties)\r
  79   {\r
  80     this.ap = ap;\r
  81     features = false;\r
  82     GFFFormat.setVisible(false);\r
  83     CSVFormat.setVisible(true);\r
  84     this.annotations = annotations;\r
  85     this.sequenceGroups = list;\r
  86     this.alignmentProperties = alProperties;\r
  87     frame.setTitle("Export Annotations");\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void toFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  91   {\r
  92     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
  93             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
  94 \r
  95     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  96     chooser.setDialogTitle(features ? "Save Features to File"\r
  97             : "Save Annotation to File");\r
  98     chooser.setToolTipText("Save");\r
  99 \r
 100     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 101 \r
 102     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 103     {\r
 104       String text = "No features found on alignment";\r
 105       if (features)\r
 106       {\r
 107         if (GFFFormat.isSelected())\r
 108         {\r
 109           text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.getAlignment()\r
 110                   .getDataset().getSequencesArray(),\r
 111                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());// ap.av.featuresDisplayed//);\r
 112         }\r
 113         else\r
 114         {\r
 115           text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.getAlignment()\r
 116                   .getDataset().getSequencesArray(),\r
 117                   getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats()); // ap.av.featuresDisplayed);\r
 118         }\r
 119       }\r
 120       else\r
 121       {\r
 122         if (CSVFormat.isSelected())\r
 123         {\r
 124           text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 125         }\r
 126         else\r
 127         {\r
 128           text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,\r
 129                   sequenceGroups, alignmentProperties);\r
 130         }\r
 131       }\r
 132 \r
 133       try\r
 134       {\r
 135         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 136                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
 137 \r
 138         out.print(text);\r
 139         out.close();\r
 140       } catch (Exception ex)\r
 141       {\r
 142         ex.printStackTrace();\r
 143       }\r
 144     }\r
 145 \r
 146     close_actionPerformed(null);\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void toTextbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 150   {\r
 151     String text = "No features found on alignment";\r
 152     if (features)\r
 153     {\r
 154       if (GFFFormat.isSelected())\r
 155       {\r
 156         text = new FeaturesFile().printGFFFormat(ap.av.getAlignment()\r
 157                 .getDataset().getSequencesArray(),\r
 158                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());\r
 159       }\r
 160       else\r
 161       {\r
 162         text = new FeaturesFile().printJalviewFormat(ap.av.getAlignment()\r
 163                 .getDataset().getSequencesArray(),\r
 164                 getDisplayedFeatureCols(), true, ap.av.isShowNpFeats());\r
 165       }\r
 166     }\r
 167     else if (!features)\r
 168     {\r
 169       if (CSVFormat.isSelected())\r
 170       {\r
 171         text = new AnnotationFile().printCSVAnnotations(annotations);\r
 172       }\r
 173       else\r
 174       {\r
 175         text = new AnnotationFile().printAnnotations(annotations,\r
 176                 sequenceGroups, alignmentProperties);\r
 177       }\r
 178     }\r
 179 \r
 180     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 181     try\r
 182     {\r
 183       cap.setText(text);\r
 184       Desktop.addInternalFrame(cap, (features ? "Features for - "\r
 185               : "Annotations for - ") + ap.alignFrame.getTitle(), 600, 500);\r
 186     } catch (OutOfMemoryError oom)\r
 187     {\r
 188       new OOMWarning("generating "\r
 189               + (features ? "Features for - " : "Annotations for - ")\r
 190               + ap.alignFrame.getTitle(), oom);\r
 191       cap.dispose();\r
 192     }\r
 193 \r
 194     close_actionPerformed(null);\r
 195   }\r
 196 \r
 197   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
 198   {\r
 199     Hashtable fcols = new Hashtable();\r
 200     if (ap.av.featuresDisplayed == null)\r
 201     {\r
 202       return fcols;\r
 203     }\r
 204     Enumeration en = ap.av.featuresDisplayed.keys();\r
 205     FeatureRenderer fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer(); // consider\r
 206                                                                      // higher\r
 207                                                                      // level\r
 208                                                                      // method ?\r
 209     while (en.hasMoreElements())\r
 210     {\r
 211       Object col = en.nextElement();\r
 212       fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
 213     }\r
 214     return fcols;\r
 215   }\r
 216 \r
 217   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 218   {\r
 219     try\r
 220     {\r
 221       frame.setClosed(true);\r
 222     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 223     {\r
 224     }\r
 225   }\r
 226 \r
 227   private void jbInit() throws Exception\r
 228   {\r
 229     this.setLayout(new BorderLayout());\r
 230     \r
 231     toFile.setText("to File");\r
 232     toFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 233     {\r
 234       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 235       {\r
 236         toFile_actionPerformed(e);\r
 237       }\r
 238     });\r
 239     toTextbox.setText("to Textbox");\r
 240     toTextbox.addActionListener(new ActionListener()\r
 241     {\r
 242       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 243       {\r
 244         toTextbox_actionPerformed(e);\r
 245       }\r
 246     });\r
 247     close.setText("Close");\r
 248     close.addActionListener(new ActionListener()\r
 249     {\r
 250       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 251       {\r
 252         close_actionPerformed(e);\r
 253       }\r
 254     });\r
 255     jalviewFormat.setOpaque(false);\r
 256     jalviewFormat.setSelected(true);\r
 257     jalviewFormat.setText("Jalview");\r
 258     GFFFormat.setOpaque(false);\r
 259     GFFFormat.setText("GFF");\r
 260     CSVFormat.setOpaque(false);\r
 261     CSVFormat.setText("CSV(Spreadsheet)");\r
 262     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.TRAILING);\r
 263     jLabel1.setText("Format: ");\r
 264     this.setBackground(Color.white);\r
 265     jPanel3.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 266     jPanel3.setOpaque(false);\r
 267     jPanel1.setOpaque(false);\r
 268     jPanel1.add(toFile);\r
 269     jPanel1.add(toTextbox);\r
 270     jPanel1.add(close);\r
 271     jPanel3.add(jLabel1);\r
 272     jPanel3.add(jalviewFormat);\r
 273     jPanel3.add(GFFFormat);\r
 274     jPanel3.add(CSVFormat);\r
 275     buttonGroup.add(jalviewFormat);\r
 276     buttonGroup.add(GFFFormat);\r
 277     buttonGroup.add(CSVFormat);\r
 278     this.add(jPanel3, BorderLayout.CENTER);\r
 279     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);\r
 280   }\r
 281 \r
 282   JPanel jPanel1 = new JPanel();\r
 283 \r
 284   JButton toFile = new JButton();\r
 285 \r
 286   JButton toTextbox = new JButton();\r
 287 \r
 288   JButton close = new JButton();\r
 289 \r
 290   ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();\r
 291 \r
 292   JRadioButton jalviewFormat = new JRadioButton();\r
 293 \r
 294   JRadioButton GFFFormat = new JRadioButton();\r
 295 \r
 296   JRadioButton CSVFormat = new JRadioButton();\r
 297 \r
 298   JLabel jLabel1 = new JLabel();\r
 299 \r
 300   JPanel jPanel3 = new JPanel();\r
 301 \r
 302   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();\r
 303 \r
 304 }\r