src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener, ActionListener\r
  38 {\r
  39     static String ADDNEW = "Add New Row";\r
  40     static String HIDE = "Hide This Row";\r
  41     static String DELETE = "Delete This Row";\r
  42     static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";\r
  43     static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  44     boolean active = false;\r
  45     Image image;\r
  46     AlignmentPanel ap;\r
  47     boolean resizing = false;\r
  48     int oldY;\r
  49     int mouseX;\r
  50     int selectedRow = 0;\r
  51     int scrollOffset = 0;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Creates a new AnnotationLabels object.\r
  55      *\r
  56      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  57      */\r
  58     public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  59     {\r
  60         this.ap = ap;\r
  61 \r
  62         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");\r
  63         Image temp = null;\r
  64 \r
  65         if (url != null)\r
  66         {\r
  67             temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  68         }\r
  69 \r
  70         try\r
  71         {\r
  72             MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  73             mt.addImage(temp, 0);\r
  74             mt.waitForID(0);\r
  75         }\r
  76         catch (Exception ex)\r
  77         {\r
  78         }\r
  79 \r
  80         BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),\r
  81                 temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
  82         Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
  83         g.rotate(Math.toRadians(90));\r
  84         g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);\r
  85         image = (Image) bi;\r
  86 \r
  87         addMouseListener(this);\r
  88         addMouseMotionListener(this);\r
  89     }\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param y DOCUMENT ME!\r
  95      */\r
  96     public void setScrollOffset(int y)\r
  97     {\r
  98         scrollOffset = y;\r
  99         repaint();\r
 100     }\r
 101 \r
 102     /**\r
 103      * DOCUMENT ME!\r
 104      *\r
 105      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 106      */\r
 107     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 108     {\r
 109         int dif = 0;\r
 110         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 111 \r
 112         if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))\r
 113         {\r
 114             String label = JOptionPane.showInputDialog(this,\r
 115                     "Label for annotation");\r
 116 \r
 117             if (label == null)\r
 118             {\r
 119                 label = "";\r
 120             }\r
 121 \r
 122             ap.av.alignment.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(label,\r
 123                     "New description",\r
 124                     new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]));\r
 125 \r
 126             dif = aa[aa.length - 1].height;\r
 127         }\r
 128         else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 129         {\r
 130             aa[selectedRow].visible = false;\r
 131 \r
 132             if (aa[selectedRow].label.equals("Conservation"))\r
 133             {\r
 134                 ap.av.showConservation = false;\r
 135             }\r
 136 \r
 137             if (aa[selectedRow].label.equals("Quality"))\r
 138             {\r
 139                 ap.av.showQuality = false;\r
 140             }\r
 141 \r
 142             if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 143             {\r
 144                 ap.av.showIdentity = false;\r
 145             }\r
 146 \r
 147             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 148         }\r
 149         else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))\r
 150         {\r
 151             ap.av.alignment.deleteAnnotation(aa[selectedRow]);\r
 152             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 153         }\r
 154         else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 155         {\r
 156             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 157             {\r
 158                 if (!aa[i].visible)\r
 159                 {\r
 160                     dif += aa[i].height;\r
 161                     aa[i].visible = true;\r
 162                 }\r
 163             }\r
 164         }\r
 165         else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 166         {\r
 167             CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 168             Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 169                 ap.alignFrame.getTitle() + " - " + aa[selectedRow].label, 500,\r
 170                 100);\r
 171             cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 172         }\r
 173 \r
 174         ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 175 \r
 176         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 177         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 178                 d.height + dif));\r
 179         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 180         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 181                 d.height + dif));\r
 182 \r
 183         ap.addNotify();\r
 184     }\r
 185 \r
 186     /**\r
 187      * DOCUMENT ME!\r
 188      *\r
 189      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 190      */\r
 191     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 192     {\r
 193         oldY = evt.getY();\r
 194     }\r
 195 \r
 196     /**\r
 197      * DOCUMENT ME!\r
 198      *\r
 199      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 200      */\r
 201     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 202     {\r
 203         active = false;\r
 204         repaint();\r
 205     }\r
 206 \r
 207     /**\r
 208      * DOCUMENT ME!\r
 209      *\r
 210      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 211      */\r
 212     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 213     {\r
 214         active = true;\r
 215         repaint();\r
 216     }\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * DOCUMENT ME!\r
 220      *\r
 221      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 222      */\r
 223     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 224     {\r
 225         active = false;\r
 226         repaint();\r
 227     }\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * DOCUMENT ME!\r
 231      *\r
 232      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 233      */\r
 234     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 235     {\r
 236         active = true;\r
 237 \r
 238         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 239         int dif = evt.getY() - oldY;\r
 240 \r
 241         dif /= ap.av.charHeight;\r
 242         dif *= ap.av.charHeight;\r
 243 \r
 244         if ((d.height - dif) > 20)\r
 245         {\r
 246             ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 247                     d.height - dif));\r
 248             d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 249             ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 250                     d.width, d.height - dif));\r
 251             ap.repaint();\r
 252         }\r
 253 \r
 254         ap.addNotify();\r
 255     }\r
 256 \r
 257     /**\r
 258      * DOCUMENT ME!\r
 259      *\r
 260      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 261      */\r
 262     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 263     {\r
 264     }\r
 265 \r
 266     /**\r
 267      * DOCUMENT ME!\r
 268      *\r
 269      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 270      */\r
 271     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 272     {\r
 273         int y = evt.getY() - scrollOffset;\r
 274         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 275 \r
 276         if ((aa == null) || (aa.length == 0))\r
 277         {\r
 278             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 279             JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 280             item.addActionListener(this);\r
 281             pop.add(item);\r
 282             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 283 \r
 284             return;\r
 285         }\r
 286 \r
 287         int height = 0;\r
 288 \r
 289         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 290         {\r
 291             if (!aa[i].visible)\r
 292             {\r
 293                 continue;\r
 294             }\r
 295 \r
 296             height += aa[i].height;\r
 297 \r
 298             if (y < height)\r
 299             {\r
 300                 selectedRow = i;\r
 301 \r
 302                 break;\r
 303             }\r
 304         }\r
 305 \r
 306         JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 307         JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 308         item.addActionListener(this);\r
 309         pop.add(item);\r
 310         item = new JMenuItem(HIDE);\r
 311         item.addActionListener(this);\r
 312         pop.add(item);\r
 313         item = new JMenuItem(DELETE);\r
 314         item.addActionListener(this);\r
 315         pop.add(item);\r
 316         item = new JMenuItem(SHOWALL);\r
 317         item.addActionListener(this);\r
 318         pop.add(item);\r
 319         item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 320         item.addActionListener(this);\r
 321         pop.add(item);\r
 322         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 323     }\r
 324 \r
 325     /**\r
 326      * DOCUMENT ME!\r
 327      *\r
 328      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 329      */\r
 330     public void paintComponent(Graphics g1)\r
 331     {\r
 332         Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 333         g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 334             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 335 \r
 336         drawComponent(g);\r
 337     }\r
 338 \r
 339     /**\r
 340      * DOCUMENT ME!\r
 341      *\r
 342      * @param g DOCUMENT ME!\r
 343      */\r
 344     public void drawComponent(Graphics2D g)\r
 345     {\r
 346         FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());\r
 347         g.setColor(Color.white);\r
 348         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 349 \r
 350         g.translate(0, scrollOffset);\r
 351         g.setColor(Color.black);\r
 352 \r
 353         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 354         int y = g.getFont().getSize();\r
 355         int x = 0;\r
 356         int width = getWidth();\r
 357         if(width==0)\r
 358          width = ap.calculateIdWidth().width + 4;\r
 359 \r
 360         if (aa != null)\r
 361         {\r
 362             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 363             {\r
 364                 if (!aa[i].visible)\r
 365                 {\r
 366                     continue;\r
 367                 }\r
 368 \r
 369                 x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 370 \r
 371                 if (aa[i].isGraph)\r
 372                 {\r
 373                     y += (aa[i].height / 3);\r
 374                 }\r
 375 \r
 376                 g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 377 \r
 378                 if (aa[i].isGraph)\r
 379                 {\r
 380                     y += ((2 * aa[i].height) / 3);\r
 381                 }\r
 382                 else\r
 383                 {\r
 384                     y += aa[i].height;\r
 385                 }\r
 386             }\r
 387         }\r
 388 \r
 389         if (active)\r
 390         {\r
 391             if (image != null)\r
 392             {\r
 393                 g.drawImage(image, 2, 0, this);\r
 394             }\r
 395         }\r
 396 \r
 397         if ((aa == null) || (aa.length < 1))\r
 398         {\r
 399             g.drawString("Right click", 2, 8);\r
 400             g.drawString("to add annotation", 2, 18);\r
 401         }\r
 402     }\r
 403 }\r