src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.util.regex.Pattern;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.awt.image.*;
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.io.*;
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,
  39         MouseMotionListener, ActionListener
  40 {
  41   static String TOGGLE_LABELSCALE = "Scale Label to Column";
  42
  43   static String ADDNEW = "Add New Row";
  44
  45   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  46
  47   static String HIDE = "Hide This Row";
  48
  49   static String DELETE = "Delete This Row";
  50
  51   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  52
  53   static String OUTPUT_TEXT = "Export Annotation";
  54
  55   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  56
  57   boolean resizePanel = false;
  58
  59   Image image;
  60
  61   AlignmentPanel ap;
  62
  63   AlignViewport av;
  64
  65   boolean resizing = false;
  66
  67   MouseEvent dragEvent;
  68
  69   int oldY;
  70
  71   int selectedRow;
  72
  73   int scrollOffset = 0;
  74
  75   Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
  76
  77   private boolean hasHiddenRows;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new AnnotationLabels object.
  81    *
  82    * @param ap
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.ap = ap;
  88     av = ap.av;
  89     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  90
  91     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");
  92     Image temp = null;
  93
  94     if (url != null)
  95     {
  96       temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  97     }
  98
  99     try
 100     {
 101       MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 102       mt.addImage(temp, 0);
 103       mt.waitForID(0);
 104     } catch (Exception ex)
 105     {
 106     }
 107
 108     BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 109             temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 110     Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();
 111     g.rotate(Math.toRadians(90));
 112     g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);
 113     image = (Image) bi;
 114
 115     addMouseListener(this);
 116     addMouseMotionListener(this);
 117   }
 118
 119   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 120   {
 121     this.av = av;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * DOCUMENT ME!
 126    *
 127    * @param y
 128    *          DOCUMENT ME!
 129    */
 130   public void setScrollOffset(int y)
 131   {
 132     scrollOffset = y;
 133     repaint();
 134   }
 135
 136   /**
 137    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 138    * y
 139    *
 140    * @param y
 141    *          coordinate position to search for a row
 142    */
 143   void getSelectedRow(int y)
 144   {
 145     int height = 0;
 146     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 147     selectedRow = -2;
 148     if (aa != null)
 149     {
 150       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 151       {
 152         selectedRow = -1;
 153         if (!aa[i].visible)
 154         {
 155           continue;
 156         }
 157
 158         height += aa[i].height;
 159
 160         if (y < height)
 161         {
 162           selectedRow = i;
 163
 164           break;
 165         }
 166       }
 167     }
 168   }
 169
 170   /**
 171    * DOCUMENT ME!
 172    *
 173    * @param evt
 174    *          DOCUMENT ME!
 175    */
 176   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 177   {
 178     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 179
 180     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 181     {
 182       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 183               null, new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 184
 185       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 186       {
 187         return;
 188       }
 189
 190       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 191       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 192     }
 193     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 194     {
 195       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 196       repaint();
 197     }
 198     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 199     {
 200       aa[selectedRow].visible = false;
 201     }
 202     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 203     {
 204       ap.av.getAlignment().deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 205     }
 206     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 207     {
 208       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 209       {
 210         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 211         {
 212           aa[i].visible = true;
 213         }
 214       }
 215     }
 216     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 217     {
 218       new AnnotationExporter().exportAnnotations(ap,
 219               new AlignmentAnnotation[]
 220               { aa[selectedRow] }, null, null);
 221     }
 222     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 223     {
 224       SequenceI cons = null;
 225       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 226       {
 227         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 228       }
 229       else
 230       {
 231         cons = av.getConsensusSeq();
 232       }
 233       if (cons != null)
 234       {
 235         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 236       }
 237
 238     }
 239     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 240     {
 241       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 242     }
 243
 244     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 245     ap.addNotify();
 246     ap.repaint();
 247     //validate();
 248     //ap.paintAlignment(true);
 249   }
 250
 251   /**
 252    * DOCUMENT ME!
 253    *
 254    * @param e
 255    *          DOCUMENT ME!
 256    */
 257   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 258   {
 259     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 260             annotation.description, "       Annotation Name ",
 261             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 262             ap.alignFrame);
 263
 264     if (!dialog.accept)
 265     {
 266       return false;
 267     }
 268
 269     annotation.label = dialog.getName();
 270
 271     String text = dialog.getDescription();
 272     if (text != null && text.length() == 0)
 273     {
 274       text = null;
 275     }
 276     annotation.description = text;
 277
 278     return true;
 279   }
 280
 281   /**
 282    * DOCUMENT ME!
 283    *
 284    * @param evt
 285    *          DOCUMENT ME!
 286    */
 287   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 288   {
 289     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 290     oldY = evt.getY();
 291   }
 292
 293   /**
 294    * DOCUMENT ME!
 295    *
 296    * @param evt
 297    *          DOCUMENT ME!
 298    */
 299   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 300   {
 301     int start = selectedRow;
 302     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 303     int end = selectedRow;
 304
 305     if (start != end)
 306     {
 307       // Swap these annotations
 308       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 309               .getAlignmentAnnotation()[start];
 310       if (end == -1)
 311       {
 312         end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 313       }
 314       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end];
 315
 316       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 317       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 318     }
 319
 320     resizePanel = false;
 321     dragEvent = null;
 322     repaint();
 323     ap.annotationPanel.repaint();
 324   }
 325
 326   /**
 327    * DOCUMENT ME!
 328    *
 329    * @param evt
 330    *          DOCUMENT ME!
 331    */
 332   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 333   {
 334     if (evt.getY() < 10)
 335     {
 336       resizePanel = true;
 337       repaint();
 338     }
 339   }
 340
 341   /**
 342    * DOCUMENT ME!
 343    *
 344    * @param evt
 345    *          DOCUMENT ME!
 346    */
 347   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 348   {
 349     if (dragEvent == null)
 350     {
 351       resizePanel = false;
 352       repaint();
 353     }
 354   }
 355
 356   /**
 357    * DOCUMENT ME!
 358    *
 359    * @param evt
 360    *          DOCUMENT ME!
 361    */
 362   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 363   {
 364     dragEvent = evt;
 365
 366     if (resizePanel)
 367     {
 368       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 369       int dif = evt.getY() - oldY;
 370
 371       dif /= ap.av.charHeight;
 372       dif *= ap.av.charHeight;
 373
 374       if ((d.height - dif) > 20)
 375       {
 376         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,
 377                 d.height - dif));
 378         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 379         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 380                 d.width, d.height - dif));
 381         ap.paintAlignment(true);
 382       }
 383
 384       ap.addNotify();
 385     }
 386     else
 387     {
 388       repaint();
 389     }
 390   }
 391
 392   /**
 393    * DOCUMENT ME!
 394    *
 395    * @param evt
 396    *          DOCUMENT ME!
 397    */
 398   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 399   {
 400     resizePanel = evt.getY() < 10;
 401
 402     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 403
 404     if (selectedRow > -1
 405             && ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 406     {
 407       AlignmentAnnotation aa = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[selectedRow];
 408
 409       StringBuffer desc = new StringBuffer();
 410       if (aa.description != null
 411               && !aa.description.equals("New description"))
 412       {
 413         // TODO: we could refactor and merge this code with the code in jalview.gui.SeqPanel.mouseMoved(..) that formats sequence feature tooltips
 414         desc.append(aa.getDescription(true).trim());
 415         // check to see if the description is an html fragment.
 416         if (desc.length()<6 || (desc.substring(0,6).toLowerCase().indexOf("<html>")<0))
 417         {
 418           // clean the description ready for embedding in html
 419           desc = new StringBuffer(Pattern.compile("<").matcher(desc).replaceAll("&lt;"));
 420           desc.insert(0, "<html>");
 421         } else {
 422                 // remove terminating html if any
 423                 int i=desc.substring(desc.length()-7).toLowerCase().lastIndexOf("</html>");
 424                 if (i>-1) {
 425                   desc.setLength(desc.length()-7+i);
 426                 }
 427         }
 428         if (aa.hasScore())
 429         {
 430           desc.append("<br/>");
 431         }
 432
 433
 434       } else {
 435         // begin the tooltip's html fragment
 436         desc.append("<html>");
 437       }
 438       if (aa.hasScore())
 439       {
 440         // TODO: limit precision of score to avoid noise from imprecise doubles (64.7 becomes 64.7+/some tiny value).
 441         desc.append(" Score: " + aa.score);
 442       }
 443
 444       if (desc.length() > 6)
 445       {
 446         desc.append("</html>");
 447         this.setToolTipText(desc.toString());
 448       }
 449       else
 450         this.setToolTipText(null);
 451     }
 452
 453   }
 454
 455   /**
 456    * DOCUMENT ME!
 457    *
 458    * @param evt
 459    *          DOCUMENT ME!
 460    */
 461   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 462   {
 463     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 464     if (SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 465     {
 466       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 467       {
 468         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 469         {
 470           if (evt.getClickCount() >= 2)
 471           {
 472             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first click highlights/scrolls, second selects
 473             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 474             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 475             aa[selectedRow].groupRef); // );
 476             ap.paintAlignment(false);
 477             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 478             ap.av.sendSelection();
 479           }
 480           else
 481           {
 482             ap.seqPanel.ap.idPanel
 483                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 484                             .getSequences(null));
 485           }
 486           return;
 487         }
 488         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 489         {
 490           Vector sr = new Vector();
 491           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 492           if (evt.getClickCount() == 1)
 493           {
 494             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 495           }
 496           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 497           {
 498             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 499             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 500             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 501             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 502             ap.av.sendSelection();
 503             ap.paintAlignment(false);
 504             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 505           }
 506
 507         }
 508       }
 509     }
 510     if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 511     {
 512       return;
 513     }
 514
 515     JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");
 516     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 517     item.addActionListener(this);
 518     pop.add(item);
 519     if (selectedRow < 0)
 520     {
 521       if (hasHiddenRows)
 522       { // let the user make everything visible again
 523         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 524         item.addActionListener(this);
 525         pop.add(item);
 526       }
 527       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 528       return;
 529     }
 530     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 531     item.addActionListener(this);
 532     pop.add(item);
 533     item = new JMenuItem(HIDE);
 534     item.addActionListener(this);
 535     pop.add(item);
 536     item = new JMenuItem(DELETE);
 537     item.addActionListener(this);
 538     pop.add(item);
 539     if (hasHiddenRows)
 540     {
 541       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 542       item.addActionListener(this);
 543       pop.add(item);
 544     }
 545     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 546     item.addActionListener(this);
 547     pop.add(item);
 548     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 549     // property methods
 550     if (selectedRow < aa.length)
 551     {
 552       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 553       {
 554         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 555         {
 556           // display formatting settings for this row.
 557           pop.addSeparator();
 558           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 559           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 560                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 561           item.addActionListener(this);
 562           pop.add(item);
 563         }
 564       }
 565       else if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 566       {
 567         pop.addSeparator();
 568         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 569         final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 570                 "Ignore Gaps In Consensus",
 571                 (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 572                         .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 573                         .getIgnoreGapsConsensus());
 574         final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 575         cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 576         {
 577           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 578           {
 579             if (aaa.groupRef != null)
 580             {
 581               // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 582               aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 583               ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 584             }
 585             else
 586             {
 587               ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 588             }
 589           }
 590         });
 591         pop.add(cbmi);
 592         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 593         if (aaa.groupRef != null)
 594         {
 595           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 596                   "Show Group Histogram",
 597                   aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 598           chist.addActionListener(new ActionListener()
 599           {
 600             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 601             {
 602               // TODO: pass on reference
 603               // to ap
 604               // so the
 605               // view
 606               // can be
 607               // updated.
 608               aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 609               ap.repaint();
 610               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 611             }
 612           });
 613           pop.add(chist);
 614           final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 615                   "Show Group Logo",
 616                   aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 617           cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 618           {
 619             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 620             {
 621               // TODO: pass on reference
 622               // to ap
 623               // so the
 624               // view
 625               // can be
 626               // updated.
 627               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 628               ap.repaint();
 629               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 630             }
 631           });
 632           pop.add(cprofl);
 633           final JCheckBoxMenuItem cproflnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 634                   "Normalise Group Logo",
 635                   aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 636           cproflnorm.addActionListener(new ActionListener()
 637           {
 638             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 639             {
 640
 641               // TODO: pass on reference
 642               // to ap
 643               // so the
 644               // view
 645               // can be
 646               // updated.
 647               aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cproflnorm.getState());
 648               // automatically enable logo display if we're clicked
 649               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 650               ap.repaint();
 651               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 652             }
 653           });
 654           pop.add(cproflnorm);
 655         }
 656         else
 657         {
 658           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 659                   "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 660           chist.addActionListener(new ActionListener()
 661           {
 662             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 663             {
 664               // TODO: pass on reference
 665               // to ap
 666               // so the
 667               // view
 668               // can be
 669               // updated.
 670               av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 671               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 672               ap.repaint();
 673               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 674             }
 675           });
 676           pop.add(chist);
 677           final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 678                   "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 679           cprof.addActionListener(new ActionListener()
 680           {
 681             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 682             {
 683               // TODO: pass on reference
 684               // to ap
 685               // so the
 686               // view
 687               // can be
 688               // updated.
 689               av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 690               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 691               ap.repaint();
 692               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 693             }
 694           });
 695           pop.add(cprof);
 696           final JCheckBoxMenuItem cprofnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 697                   "Normalise Logo", av.isNormaliseSequenceLogo());
 698           cprofnorm.addActionListener(new ActionListener()
 699           {
 700             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 701             {
 702               // TODO: pass on reference
 703               // to ap
 704               // so the
 705               // view
 706               // can be
 707               // updated.
 708               av.setShowSequenceLogo(true);
 709               av.setNormaliseSequenceLogo(cprofnorm.getState());
 710               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 711               ap.repaint();
 712               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 713             }
 714           });
 715           pop.add(cprofnorm);
 716         }
 717         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 718         consclipbrd.addActionListener(this);
 719         pop.add(consclipbrd);
 720       }
 721     }
 722     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 723   }
 724
 725   /**
 726    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 727    *
 728    * @param sq
 729    *          sequence to be copied to clipboard
 730    */
 731   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 732   {
 733     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 734     { sq };
 735     String[] omitHidden = null;
 736     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[]
 737     { sq.getDatasetSequence() };
 738     if (dseqs[0] == null)
 739     {
 740       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 741       dseqs[0].setSequence(jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 742               jalview.util.Comparison.GapChars, sq.getSequenceAsString()));
 743
 744       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 745     }
 746     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 747     if (av.hasHiddenColumns())
 748     {
 749       omitHidden = av.getColumnSelection().getVisibleSequenceStrings(0,
 750               sq.getLength(), seqs);
 751     }
 752
 753     String output = new FormatAdapter().formatSequences("Fasta", seqs,
 754             omitHidden);
 755
 756     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 757             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 758
 759     Vector hiddenColumns = null;
 760     if (av.hasHiddenColumns())
 761     {
 762       hiddenColumns = new Vector();
 763       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 764       {
 765         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 766                 .elementAt(i);
 767
 768         hiddenColumns.addElement(new int[]
 769         { region[0], region[1] });
 770       }
 771     }
 772
 773     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]
 774     { seqs, ds, // what is the dataset of a consensus sequence ? need to flag
 775         // sequence as special.
 776         hiddenColumns };
 777   }
 778
 779   /**
 780    * DOCUMENT ME!
 781    *
 782    * @param g1
 783    *          DOCUMENT ME!
 784    */
 785   public void paintComponent(Graphics g)
 786   {
 787
 788     int width = getWidth();
 789     if (width == 0)
 790     {
 791       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
 792     }
 793
 794     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 795     if (av.antiAlias)
 796     {
 797       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 798               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 799     }
 800
 801     drawComponent(g2, width);
 802
 803   }
 804
 805   /**
 806    * DOCUMENT ME!
 807    *
 808    * @param g
 809    *          DOCUMENT ME!
 810    */
 811   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 812   {
 813     if (av.getFont().getSize() < 10)
 814     {
 815       g.setFont(font);
 816     }
 817     else
 818     {
 819       g.setFont(av.getFont());
 820     }
 821
 822     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
 823     g.setColor(Color.white);
 824     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 825
 826     g.translate(0, scrollOffset);
 827     g.setColor(Color.black);
 828
 829     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 830     int fontHeight = g.getFont().getSize();
 831     int y = 0;
 832     int x = 0;
 833     int graphExtras = 0;
 834     int offset = 0;
 835
 836     if (aa != null)
 837     {
 838       hasHiddenRows = false;
 839       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 840       {
 841         g.setColor(Color.black);
 842
 843         if (!aa[i].visible)
 844         {
 845           hasHiddenRows = true;
 846           continue;
 847         }
 848
 849         y += aa[i].height;
 850
 851         offset = -aa[i].height / 2;
 852
 853         if (aa[i].hasText)
 854         {
 855           offset += fm.getHeight() / 2;
 856           offset -= fm.getDescent();
 857         }
 858         else
 859           offset += fm.getDescent();
 860
 861         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 862
 863         if (aa[i].graphGroup > -1)
 864         {
 865           int groupSize = 0;
 866           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 867           {
 868             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 869             {
 870               groupSize++;
 871             }
 872           }
 873
 874           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
 875           {
 876             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
 877           }
 878
 879           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 880           {
 881             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 882             {
 883               x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
 884               g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
 885               if (aa[gg].annotations[0] != null)
 886               {
 887                 g.setColor(aa[gg].annotations[0].colour);
 888               }
 889
 890               g.drawLine(x, y - graphExtras - 3,
 891                       x + fm.stringWidth(aa[gg].label), y - graphExtras - 3);
 892
 893               g.setColor(Color.black);
 894               graphExtras += fontHeight + 8;
 895             }
 896           }
 897         }
 898         else
 899         {
 900           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 901         }
 902       }
 903     }
 904
 905     if (resizePanel)
 906     {
 907       g.drawImage(image, 2, 0 - scrollOffset, this);
 908     }
 909     else if (dragEvent != null && aa != null)
 910     {
 911       g.setColor(Color.lightGray);
 912       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 913               dragEvent.getY() - scrollOffset);
 914     }
 915
 916     if ((aa == null) || (aa.length < 1))
 917     {
 918       g.drawString("Right click", 2, 8);
 919       g.drawString("to add annotation", 2, 18);
 920     }
 921   }
 922 }