src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.datatransfer.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import java.awt.image.*;
  26 import javax.swing.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.io.*;
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,
  38         MouseMotionListener, ActionListener
  39 {
  40   static String TOGGLE_LABELSCALE = "Scale Label to Column";
  41
  42   static String ADDNEW = "Add New Row";
  43
  44   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  45
  46   static String HIDE = "Hide This Row";
  47
  48   static String DELETE = "Delete This Row";
  49
  50   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  51
  52   static String OUTPUT_TEXT = "Export Annotation";
  53
  54   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  55
  56   boolean resizePanel = false;
  57
  58   Image image;
  59
  60   AlignmentPanel ap;
  61
  62   AlignViewport av;
  63
  64   boolean resizing = false;
  65
  66   MouseEvent dragEvent;
  67
  68   int oldY;
  69
  70   int selectedRow;
  71
  72   int scrollOffset = 0;
  73
  74   Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
  75
  76   private boolean hasHiddenRows;
  77
  78   /**
  79    * Creates a new AnnotationLabels object.
  80    *
  81    * @param ap
  82    *          DOCUMENT ME!
  83    */
  84   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  85   {
  86     this.ap = ap;
  87     av = ap.av;
  88     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  89
  90     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");
  91     Image temp = null;
  92
  93     if (url != null)
  94     {
  95       temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  96     }
  97
  98     try
  99     {
 100       MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 101       mt.addImage(temp, 0);
 102       mt.waitForID(0);
 103     } catch (Exception ex)
 104     {
 105     }
 106
 107     BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 108             temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 109     Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();
 110     g.rotate(Math.toRadians(90));
 111     g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);
 112     image = (Image) bi;
 113
 114     addMouseListener(this);
 115     addMouseMotionListener(this);
 116   }
 117
 118   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 119   {
 120     this.av = av;
 121   }
 122
 123   /**
 124    * DOCUMENT ME!
 125    *
 126    * @param y
 127    *          DOCUMENT ME!
 128    */
 129   public void setScrollOffset(int y)
 130   {
 131     scrollOffset = y;
 132     repaint();
 133   }
 134
 135   /**
 136    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 137    * y
 138    *
 139    * @param y
 140    *          coordinate position to search for a row
 141    */
 142   void getSelectedRow(int y)
 143   {
 144     int height = 0;
 145     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 146     selectedRow = -2;
 147     if (aa != null)
 148     {
 149       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 150       {
 151         selectedRow = -1;
 152         if (!aa[i].visible)
 153         {
 154           continue;
 155         }
 156
 157         height += aa[i].height;
 158
 159         if (y < height)
 160         {
 161           selectedRow = i;
 162
 163           break;
 164         }
 165       }
 166     }
 167   }
 168
 169   /**
 170    * DOCUMENT ME!
 171    *
 172    * @param evt
 173    *          DOCUMENT ME!
 174    */
 175   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 176   {
 177     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 178
 179     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 180     {
 181       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 182               null, new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]);
 183
 184       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 185       {
 186         return;
 187       }
 188
 189       ap.av.alignment.addAnnotation(newAnnotation);
 190       ap.av.alignment.setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 191     }
 192     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 193     {
 194       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 195       repaint();
 196     }
 197     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 198     {
 199       aa[selectedRow].visible = false;
 200     }
 201     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 202     {
 203       ap.av.alignment.deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 204     }
 205     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 206     {
 207       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 208       {
 209         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 210         {
 211           aa[i].visible = true;
 212         }
 213       }
 214     }
 215     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 216     {
 217       new AnnotationExporter().exportAnnotations(ap,
 218               new AlignmentAnnotation[]
 219               { aa[selectedRow] }, null, null);
 220     }
 221     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 222     {
 223       SequenceI cons = null;
 224       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 225       {
 226         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 227       }
 228       else
 229       {
 230         cons = av.getConsensusSeq();
 231       }
 232       if (cons != null)
 233       {
 234         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 235       }
 236
 237     }
 238     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 239     {
 240       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 241     }
 242
 243     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 244     ap.addNotify();
 245     ap.repaint();
 246     //validate();
 247     //ap.paintAlignment(true);
 248   }
 249
 250   /**
 251    * DOCUMENT ME!
 252    *
 253    * @param e
 254    *          DOCUMENT ME!
 255    */
 256   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 257   {
 258     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 259             annotation.description, "       Annotation Name ",
 260             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 261             ap.alignFrame);
 262
 263     if (!dialog.accept)
 264     {
 265       return false;
 266     }
 267
 268     annotation.label = dialog.getName();
 269
 270     String text = dialog.getDescription();
 271     if (text != null && text.length() == 0)
 272     {
 273       text = null;
 274     }
 275     annotation.description = text;
 276
 277     return true;
 278   }
 279
 280   /**
 281    * DOCUMENT ME!
 282    *
 283    * @param evt
 284    *          DOCUMENT ME!
 285    */
 286   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 287   {
 288     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 289     oldY = evt.getY();
 290   }
 291
 292   /**
 293    * DOCUMENT ME!
 294    *
 295    * @param evt
 296    *          DOCUMENT ME!
 297    */
 298   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 299   {
 300     int start = selectedRow;
 301     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 302     int end = selectedRow;
 303
 304     if (start != end)
 305     {
 306       // Swap these annotations
 307       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.alignment
 308               .getAlignmentAnnotation()[start];
 309       if (end == -1)
 310       {
 311         end = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation().length - 1;
 312       }
 313       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[end];
 314
 315       ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 316       ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 317     }
 318
 319     resizePanel = false;
 320     dragEvent = null;
 321     repaint();
 322     ap.annotationPanel.repaint();
 323   }
 324
 325   /**
 326    * DOCUMENT ME!
 327    *
 328    * @param evt
 329    *          DOCUMENT ME!
 330    */
 331   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 332   {
 333     if (evt.getY() < 10)
 334     {
 335       resizePanel = true;
 336       repaint();
 337     }
 338   }
 339
 340   /**
 341    * DOCUMENT ME!
 342    *
 343    * @param evt
 344    *          DOCUMENT ME!
 345    */
 346   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 347   {
 348     if (dragEvent == null)
 349     {
 350       resizePanel = false;
 351       repaint();
 352     }
 353   }
 354
 355   /**
 356    * DOCUMENT ME!
 357    *
 358    * @param evt
 359    *          DOCUMENT ME!
 360    */
 361   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 362   {
 363     dragEvent = evt;
 364
 365     if (resizePanel)
 366     {
 367       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 368       int dif = evt.getY() - oldY;
 369
 370       dif /= ap.av.charHeight;
 371       dif *= ap.av.charHeight;
 372
 373       if ((d.height - dif) > 20)
 374       {
 375         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,
 376                 d.height - dif));
 377         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 378         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 379                 d.width, d.height - dif));
 380         ap.paintAlignment(true);
 381       }
 382
 383       ap.addNotify();
 384     }
 385     else
 386     {
 387       repaint();
 388     }
 389   }
 390
 391   /**
 392    * DOCUMENT ME!
 393    *
 394    * @param evt
 395    *          DOCUMENT ME!
 396    */
 397   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 398   {
 399     resizePanel = evt.getY() < 10;
 400
 401     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 402
 403     if (selectedRow > -1
 404             && ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 405     {
 406       AlignmentAnnotation aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[selectedRow];
 407
 408       StringBuffer desc = new StringBuffer("<html>");
 409
 410       if (aa.description != null
 411               && !aa.description.equals("New description"))
 412       {
 413         desc.append(aa.getDescription(true));
 414         if (aa.hasScore)
 415           desc.append("<br>");
 416       }
 417       if (aa.hasScore())
 418       {
 419         desc.append("Score: " + aa.score);
 420       }
 421
 422       if (desc.length() != 6)
 423       {
 424         desc.append("</html>");
 425         this.setToolTipText(desc.toString());
 426       }
 427       else
 428         this.setToolTipText(null);
 429     }
 430
 431   }
 432
 433   /**
 434    * DOCUMENT ME!
 435    *
 436    * @param evt
 437    *          DOCUMENT ME!
 438    */
 439   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 440   {
 441     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 442
 443     if (SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 444     {
 445       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 446       {
 447         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 448         {
 449           if (evt.getClickCount() >= 2)
 450           {
 451             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first click highlights/scrolls, second selects
 452             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 453             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 454             aa[selectedRow].groupRef); // );
 455             ap.paintAlignment(false);
 456             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 457             ap.av.sendSelection();
 458           }
 459           else
 460           {
 461             ap.seqPanel.ap.idPanel
 462                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 463                             .getSequences(null));
 464           }
 465           return;
 466         }
 467         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 468         {
 469           Vector sr = new Vector();
 470           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 471           if (evt.getClickCount() == 1)
 472           {
 473             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 474           }
 475           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 476           {
 477             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 478             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 479             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 480             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 481             ap.av.sendSelection();
 482             ap.paintAlignment(false);
 483             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 484           }
 485
 486         }
 487       }
 488     }
 489     if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 490     {
 491       return;
 492     }
 493
 494     JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");
 495     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 496     item.addActionListener(this);
 497     pop.add(item);
 498
 499     if (selectedRow < 0)
 500     {
 501       if (hasHiddenRows)
 502       { // let the user make everything visible again
 503         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 504         item.addActionListener(this);
 505         pop.add(item);
 506       }
 507       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 508       return;
 509     }
 510     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 511     item.addActionListener(this);
 512     pop.add(item);
 513     item = new JMenuItem(HIDE);
 514     item.addActionListener(this);
 515     pop.add(item);
 516     item = new JMenuItem(DELETE);
 517     item.addActionListener(this);
 518     pop.add(item);
 519     if (hasHiddenRows)
 520     {
 521       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 522       item.addActionListener(this);
 523       pop.add(item);
 524     }
 525     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 526     item.addActionListener(this);
 527     pop.add(item);
 528     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 529     // property methods
 530     if (selectedRow < aa.length)
 531     {
 532       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 533       {
 534         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 535         {
 536           // display formatting settings for this row.
 537           pop.addSeparator();
 538           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 539           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 540                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 541           item.addActionListener(this);
 542           pop.add(item);
 543         }
 544       }
 545       else if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 546       {
 547         pop.addSeparator();
 548         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 549         final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 550                 "Ignore Gaps In Consensus",
 551                 (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 552                         .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 553                         .getIgnoreGapsConsensus());
 554         final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 555         cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 556         {
 557           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 558           {
 559             if (aaa.groupRef != null)
 560             {
 561               // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 562               aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 563               ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 564             }
 565             else
 566             {
 567               ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 568             }
 569           }
 570         });
 571         pop.add(cbmi);
 572         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 573         if (aaa.groupRef != null)
 574         {
 575           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 576                   "Show Group Histogram",
 577                   aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 578           chist.addActionListener(new ActionListener()
 579           {
 580             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 581             {
 582               // TODO: pass on reference
 583               // to ap
 584               // so the
 585               // view
 586               // can be
 587               // updated.
 588               aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 589               ap.repaint();
 590               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 591             }
 592           });
 593           pop.add(chist);
 594           final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 595                   "Show Group Logo",
 596                   aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 597           cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 598           {
 599             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 600             {
 601               // TODO: pass on reference
 602               // to ap
 603               // so the
 604               // view
 605               // can be
 606               // updated.
 607               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 608               ap.repaint();
 609               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 610             }
 611           });
 612           pop.add(cprofl);
 613         }
 614         else
 615         {
 616           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 617                   "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 618           chist.addActionListener(new ActionListener()
 619           {
 620             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 621             {
 622               // TODO: pass on reference
 623               // to ap
 624               // so the
 625               // view
 626               // can be
 627               // updated.
 628               av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 629               ap.repaint();
 630               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 631             }
 632           });
 633           pop.add(chist);
 634           final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 635                   "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 636           cprof.addActionListener(new ActionListener()
 637           {
 638             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 639             {
 640               // TODO: pass on reference
 641               // to ap
 642               // so the
 643               // view
 644               // can be
 645               // updated.
 646               av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 647               ap.repaint();
 648               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 649             }
 650           });
 651           pop.add(cprof);
 652         }
 653         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 654         consclipbrd.addActionListener(this);
 655         pop.add(consclipbrd);
 656       }
 657     }
 658     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 659   }
 660
 661   /**
 662    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 663    *
 664    * @param sq
 665    *          sequence to be copied to clipboard
 666    */
 667   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 668   {
 669     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 670     { sq };
 671     String[] omitHidden = null;
 672     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[]
 673     { sq.getDatasetSequence() };
 674     if (dseqs[0] == null)
 675     {
 676       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 677       dseqs[0].setSequence(jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 678               jalview.util.Comparison.GapChars, sq.getSequenceAsString()));
 679
 680       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 681     }
 682     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 683     if (av.hasHiddenColumns)
 684     {
 685       omitHidden = av.getColumnSelection().getVisibleSequenceStrings(0,
 686               sq.getLength(), seqs);
 687     }
 688
 689     String output = new FormatAdapter().formatSequences("Fasta", seqs,
 690             omitHidden);
 691
 692     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 693             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 694
 695     Vector hiddenColumns = null;
 696     if (av.hasHiddenColumns)
 697     {
 698       hiddenColumns = new Vector();
 699       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 700       {
 701         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 702                 .elementAt(i);
 703
 704         hiddenColumns.addElement(new int[]
 705         { region[0], region[1] });
 706       }
 707     }
 708
 709     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]
 710     { seqs, ds, // what is the dataset of a consensus sequence ? need to flag
 711         // sequence as special.
 712         hiddenColumns };
 713   }
 714
 715   /**
 716    * DOCUMENT ME!
 717    *
 718    * @param g1
 719    *          DOCUMENT ME!
 720    */
 721   public void paintComponent(Graphics g)
 722   {
 723
 724     int width = getWidth();
 725     if (width == 0)
 726     {
 727       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
 728     }
 729
 730     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 731     if (av.antiAlias)
 732     {
 733       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 734               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 735     }
 736
 737     drawComponent(g2, width);
 738
 739   }
 740
 741   /**
 742    * DOCUMENT ME!
 743    *
 744    * @param g
 745    *          DOCUMENT ME!
 746    */
 747   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 748   {
 749     if (av.getFont().getSize() < 10)
 750     {
 751       g.setFont(font);
 752     }
 753     else
 754     {
 755       g.setFont(av.getFont());
 756     }
 757
 758     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
 759     g.setColor(Color.white);
 760     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 761
 762     g.translate(0, scrollOffset);
 763     g.setColor(Color.black);
 764
 765     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 766     int fontHeight = g.getFont().getSize();
 767     int y = 0;
 768     int x = 0;
 769     int graphExtras = 0;
 770     int offset = 0;
 771
 772     if (aa != null)
 773     {
 774       hasHiddenRows = false;
 775       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 776       {
 777         g.setColor(Color.black);
 778
 779         if (!aa[i].visible)
 780         {
 781           hasHiddenRows = true;
 782           continue;
 783         }
 784
 785         y += aa[i].height;
 786
 787         offset = -aa[i].height / 2;
 788
 789         if (aa[i].hasText)
 790         {
 791           offset += fm.getHeight() / 2;
 792           offset -= fm.getDescent();
 793         }
 794         else
 795           offset += fm.getDescent();
 796
 797         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 798
 799         if (aa[i].graphGroup > -1)
 800         {
 801           int groupSize = 0;
 802           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 803           {
 804             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 805             {
 806               groupSize++;
 807             }
 808           }
 809
 810           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
 811           {
 812             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
 813           }
 814
 815           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 816           {
 817             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 818             {
 819               x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
 820               g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
 821               if (aa[gg].annotations[0] != null)
 822               {
 823                 g.setColor(aa[gg].annotations[0].colour);
 824               }
 825
 826               g.drawLine(x, y - graphExtras - 3,
 827                       x + fm.stringWidth(aa[gg].label), y - graphExtras - 3);
 828
 829               g.setColor(Color.black);
 830               graphExtras += fontHeight + 8;
 831             }
 832           }
 833         }
 834         else
 835         {
 836           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 837         }
 838       }
 839     }
 840
 841     if (resizePanel)
 842     {
 843       g.drawImage(image, 2, 0 - scrollOffset, this);
 844     }
 845     else if (dragEvent != null && aa != null)
 846     {
 847       g.setColor(Color.lightGray);
 848       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 849               dragEvent.getY() - scrollOffset);
 850     }
 851
 852     if ((aa == null) || (aa.length < 1))
 853     {
 854       g.drawString("Right click", 2, 8);
 855       g.drawString("to add annotation", 2, 18);
 856     }
 857   }
 858 }