src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener, ActionListener\r
  38 {\r
  39     static String ADDNEW = "Add New Row";\r
  40     static String HIDE = "Hide This Row";\r
  41     static String DELETE = "Delete This Row";\r
  42     static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";\r
  43     static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  44     boolean active = false;\r
  45     Image image;\r
  46     AlignmentPanel ap;\r
  47     AlignViewport av;\r
  48     boolean resizing = false;\r
  49     int oldY;\r
  50     int mouseX;\r
  51     int selectedRow = 0;\r
  52     int scrollOffset = 0;\r
  53     Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);\r
  54 \r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * Creates a new AnnotationLabels object.\r
  58      *\r
  59      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  60      */\r
  61     public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  62     {\r
  63         this.ap = ap;\r
  64         av = ap.av;\r
  65 \r
  66         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");\r
  67         Image temp = null;\r
  68 \r
  69         if (url != null)\r
  70         {\r
  71             temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  72         }\r
  73 \r
  74         try\r
  75         {\r
  76             MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  77             mt.addImage(temp, 0);\r
  78             mt.waitForID(0);\r
  79         }\r
  80         catch (Exception ex)\r
  81         {\r
  82         }\r
  83 \r
  84         BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),\r
  85                 temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
  86         Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
  87         g.rotate(Math.toRadians(90));\r
  88         g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);\r
  89         image = (Image) bi;\r
  90 \r
  91         addMouseListener(this);\r
  92         addMouseMotionListener(this);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
  96     {\r
  97       this.av = av;\r
  98     }\r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * DOCUMENT ME!\r
 102      *\r
 103      * @param y DOCUMENT ME!\r
 104      */\r
 105     public void setScrollOffset(int y)\r
 106     {\r
 107         scrollOffset = y;\r
 108         repaint();\r
 109     }\r
 110 \r
 111     /**\r
 112      * DOCUMENT ME!\r
 113      *\r
 114      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 115      */\r
 116     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 117     {\r
 118         int dif = 0;\r
 119         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 120 \r
 121         if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))\r
 122         {\r
 123             String label = JOptionPane.showInputDialog(this,\r
 124                     "Label for annotation");\r
 125 \r
 126             if (label == null)\r
 127             {\r
 128                 label = "";\r
 129             }\r
 130 \r
 131             ap.av.alignment.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(label,\r
 132                     "New description",\r
 133                     new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]));\r
 134 \r
 135             dif = aa[aa.length - 1].height;\r
 136         }\r
 137         else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 138         {\r
 139             aa[selectedRow].visible = false;\r
 140 \r
 141             if (aa[selectedRow].label.equals("Conservation"))\r
 142             {\r
 143                 ap.av.showConservation = false;\r
 144             }\r
 145 \r
 146             if (aa[selectedRow].label.equals("Quality"))\r
 147             {\r
 148                 ap.av.showQuality = false;\r
 149             }\r
 150 \r
 151             if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 152             {\r
 153                 ap.av.showIdentity = false;\r
 154             }\r
 155 \r
 156             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 157         }\r
 158         else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))\r
 159         {\r
 160             ap.av.alignment.deleteAnnotation(aa[selectedRow]);\r
 161             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 162         }\r
 163         else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 164         {\r
 165             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 166             {\r
 167                 if (!aa[i].visible)\r
 168                 {\r
 169                     dif += aa[i].height;\r
 170                     aa[i].visible = true;\r
 171                 }\r
 172             }\r
 173         }\r
 174         else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 175         {\r
 176             CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 177             Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 178                 ap.alignFrame.getTitle() + " - " + aa[selectedRow].label, 500,\r
 179                 100);\r
 180             cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 181         }\r
 182 \r
 183 \r
 184         ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 185         ap.annotationScroller.validate();\r
 186         ap.repaint();\r
 187     }\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * DOCUMENT ME!\r
 191      *\r
 192      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 193      */\r
 194     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 195     {\r
 196         oldY = evt.getY();\r
 197     }\r
 198 \r
 199     /**\r
 200      * DOCUMENT ME!\r
 201      *\r
 202      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 203      */\r
 204     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 205     {\r
 206         active = false;\r
 207         repaint();\r
 208     }\r
 209 \r
 210     /**\r
 211      * DOCUMENT ME!\r
 212      *\r
 213      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 214      */\r
 215     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 216     {\r
 217         active = true;\r
 218         repaint();\r
 219     }\r
 220 \r
 221     /**\r
 222      * DOCUMENT ME!\r
 223      *\r
 224      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 225      */\r
 226     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 227     {\r
 228         active = false;\r
 229         repaint();\r
 230     }\r
 231 \r
 232     /**\r
 233      * DOCUMENT ME!\r
 234      *\r
 235      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 236      */\r
 237     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 238     {\r
 239         active = true;\r
 240 \r
 241         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 242         int dif = evt.getY() - oldY;\r
 243 \r
 244         dif /= ap.av.charHeight;\r
 245         dif *= ap.av.charHeight;\r
 246 \r
 247         if ((d.height - dif) > 20)\r
 248         {\r
 249             ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 250                     d.height - dif));\r
 251             d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 252             ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 253                     d.width, d.height - dif));\r
 254             ap.repaint();\r
 255         }\r
 256 \r
 257         ap.addNotify();\r
 258     }\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      * DOCUMENT ME!\r
 262      *\r
 263      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 264      */\r
 265     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 266     {\r
 267     }\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * DOCUMENT ME!\r
 271      *\r
 272      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 273      */\r
 274     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 275     {\r
 276         int y = evt.getY() - scrollOffset;\r
 277         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 278 \r
 279         if ((aa == null) || (aa.length == 0))\r
 280         {\r
 281             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 282             JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 283             item.addActionListener(this);\r
 284             pop.add(item);\r
 285             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 286 \r
 287             return;\r
 288         }\r
 289 \r
 290         int height = 0;\r
 291 \r
 292         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 293         {\r
 294             if (!aa[i].visible)\r
 295             {\r
 296                 continue;\r
 297             }\r
 298 \r
 299             height += aa[i].height;\r
 300 \r
 301             if (y < height)\r
 302             {\r
 303                 selectedRow = i;\r
 304 \r
 305                 break;\r
 306             }\r
 307         }\r
 308 \r
 309         JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 310         JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 311         item.addActionListener(this);\r
 312         pop.add(item);\r
 313         item = new JMenuItem(HIDE);\r
 314         item.addActionListener(this);\r
 315         pop.add(item);\r
 316         item = new JMenuItem(DELETE);\r
 317         item.addActionListener(this);\r
 318         pop.add(item);\r
 319         item = new JMenuItem(SHOWALL);\r
 320         item.addActionListener(this);\r
 321         pop.add(item);\r
 322         item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 323         item.addActionListener(this);\r
 324         pop.add(item);\r
 325 \r
 326         if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 327         {\r
 328           pop.addSeparator();\r
 329           final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(\r
 330               "Ignore Gaps In Consensus",\r
 331               ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 332           cbmi.addActionListener(new ActionListener()\r
 333               {public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 334                {\r
 335                  ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 336                  ap.repaint();\r
 337                }\r
 338               });\r
 339           pop.add(cbmi);\r
 340 \r
 341         }\r
 342 \r
 343         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 344     }\r
 345 \r
 346     /**\r
 347      * DOCUMENT ME!\r
 348      *\r
 349      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 350      */\r
 351     public void paintComponent(Graphics g)\r
 352     {\r
 353 \r
 354         int width = getWidth();\r
 355         if(width==0)\r
 356          width = ap.calculateIdWidth().width + 4;\r
 357 \r
 358        Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;\r
 359        if(av.antiAlias)\r
 360         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 361             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 362 \r
 363        drawComponent(g2, width);\r
 364 \r
 365     }\r
 366 \r
 367     /**\r
 368      * DOCUMENT ME!\r
 369      *\r
 370      * @param g DOCUMENT ME!\r
 371      */\r
 372     public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 373     {\r
 374         if(av.getFont().getSize()<10)\r
 375           g.setFont(new Font("Arial", Font.PLAIN, av.getFont().getSize()-1));\r
 376         else\r
 377           g.setFont(font);\r
 378 \r
 379         FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());\r
 380         g.setColor(Color.white);\r
 381         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 382 \r
 383         g.translate(0, scrollOffset);\r
 384         g.setColor(Color.black);\r
 385 \r
 386         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 387         int fontHeight = g.getFont().getSize();\r
 388         int y = fontHeight;\r
 389         int x = 0;\r
 390         int graphExtras = 0;\r
 391 \r
 392 \r
 393 \r
 394         if (aa != null)\r
 395         {\r
 396             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 397             {\r
 398                 if (!aa[i].visible)\r
 399                 {\r
 400                     continue;\r
 401                 }\r
 402 \r
 403                 x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 404 \r
 405                 if (aa[i].graph>0)\r
 406                 {\r
 407                     graphExtras = y;\r
 408 \r
 409                     y += (aa[i].height / 3);\r
 410 \r
 411                     if(aa[i].graphGroup<0)\r
 412                         graphExtras = y + fontHeight;\r
 413                 }\r
 414 \r
 415                 if(aa[i].graphGroup>-1)\r
 416                 {\r
 417                   int groupSize = 0;\r
 418                   for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)\r
 419                   {\r
 420                     if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)\r
 421                       groupSize++;\r
 422                   }\r
 423 \r
 424                   if(groupSize * (fontHeight+8) < aa[i].height)\r
 425                     graphExtras += (aa[i].height -( groupSize * (fontHeight+8)) )/2;\r
 426 \r
 427                  for(int gg=0; gg<aa.length; gg++)\r
 428                  {\r
 429                    if(aa[gg].graphGroup==aa[i].graphGroup)\r
 430                    {\r
 431                      x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;\r
 432                      g.drawString(aa[gg].label, x, graphExtras );\r
 433                      if(aa[gg].annotations[0]!=null)\r
 434                        g.setColor(aa[gg].annotations[0].colour);\r
 435 \r
 436                      g.drawLine( x, graphExtras+3,\r
 437                                  x+fm.stringWidth(aa[gg].label),\r
 438                                  graphExtras+3);\r
 439 \r
 440                      g.setColor(Color.black);\r
 441                      graphExtras += fontHeight+8;\r
 442                    }\r
 443                  }\r
 444                 }\r
 445                 else\r
 446                   g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 447 \r
 448                 if (aa[i].graph>0)\r
 449                 {\r
 450                   if (aa[i].graphLines != null)\r
 451                   {\r
 452                     for (int gl = 0; gl < aa[i].graphLines.size(); gl++)\r
 453                     {\r
 454                        x = width - fm.stringWidth(aa[i].getGraphLine(gl).label) - 3;\r
 455                       g.drawString(aa[i].getGraphLine(gl).label, x, graphExtras);\r
 456                       g.setColor(aa[i].getGraphLine(gl).colour);\r
 457                       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;\r
 458                       g2.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 459                           BasicStroke.CAP_SQUARE,\r
 460                           BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 461                           new float[]\r
 462                           {5f, 3f}, 0f));\r
 463 \r
 464                       graphExtras += 3;\r
 465 \r
 466                       g.drawLine(x, graphExtras,\r
 467                                  x+fm.stringWidth(aa[i].label),\r
 468                                  graphExtras);\r
 469                       g2.setStroke(new BasicStroke());\r
 470                     }\r
 471                   }\r
 472                     y += ((2 * aa[i].height) / 3);\r
 473                 }\r
 474                 else\r
 475                 {\r
 476                     y += aa[i].height;\r
 477                 }\r
 478             }\r
 479         }\r
 480 \r
 481         if (active)\r
 482         {\r
 483             if (image != null)\r
 484             {\r
 485                 g.drawImage(image, 2, 0 - scrollOffset, this);\r
 486             }\r
 487         }\r
 488 \r
 489         if ((aa == null) || (aa.length < 1))\r
 490         {\r
 491             g.drawString("Right click", 2, 8);\r
 492             g.drawString("to add annotation", 2, 18);\r
 493         }\r
 494     }\r
 495 }\r