src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.util.regex.Pattern;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.awt.geom.AffineTransform;
  27 import java.awt.image.*;
  28 import javax.swing.*;
  29
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.io.*;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,
  40         MouseMotionListener, ActionListener
  41 {
  42   static String TOGGLE_LABELSCALE = "Scale Label to Column";
  43
  44   static String ADDNEW = "Add New Row";
  45
  46   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  47
  48   static String HIDE = "Hide This Row";
  49
  50   static String DELETE = "Delete This Row";
  51
  52   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  53
  54   static String OUTPUT_TEXT = "Export Annotation";
  55
  56   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  57
  58   boolean resizePanel = false;
  59
  60   Image image;
  61
  62   AlignmentPanel ap;
  63
  64   AlignViewport av;
  65
  66   boolean resizing = false;
  67
  68   MouseEvent dragEvent;
  69
  70   int oldY;
  71
  72   int selectedRow;
  73
  74   int scrollOffset = 0;
  75
  76   Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
  77
  78   private boolean hasHiddenRows;
  79
  80   /**
  81    * Creates a new AnnotationLabels object.
  82    *
  83    * @param ap
  84    *          DOCUMENT ME!
  85    */
  86   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  87   {
  88     this.ap = ap;
  89     av = ap.av;
  90     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  91
  92     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");
  93     Image temp = null;
  94
  95     if (url != null)
  96     {
  97       temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  98     }
  99
 100     try
 101     {
 102       MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 103       mt.addImage(temp, 0);
 104       mt.waitForID(0);
 105     } catch (Exception ex)
 106     {
 107     }
 108
 109     BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 110             temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 111     Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();
 112     g.rotate(Math.toRadians(90));
 113     g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);
 114     image = (Image) bi;
 115
 116     addMouseListener(this);
 117     addMouseMotionListener(this);
 118   }
 119
 120   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 121   {
 122     this.av = av;
 123   }
 124
 125   /**
 126    * DOCUMENT ME!
 127    *
 128    * @param y
 129    *          DOCUMENT ME!
 130    */
 131   public void setScrollOffset(int y)
 132   {
 133     scrollOffset = y;
 134     repaint();
 135   }
 136
 137   /**
 138    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 139    * y
 140    *
 141    * @param y
 142    *          coordinate position to search for a row
 143    */
 144   void getSelectedRow(int y)
 145   {
 146     int height = 0;
 147     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 148             .getAlignmentAnnotation();
 149     selectedRow = -2;
 150     if (aa != null)
 151     {
 152       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 153       {
 154         selectedRow = -1;
 155         if (!aa[i].visible)
 156         {
 157           continue;
 158         }
 159
 160         height += aa[i].height;
 161
 162         if (y < height)
 163         {
 164           selectedRow = i;
 165
 166           break;
 167         }
 168       }
 169     }
 170   }
 171
 172   /**
 173    * DOCUMENT ME!
 174    *
 175    * @param evt
 176    *          DOCUMENT ME!
 177    */
 178   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 179   {
 180     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 181             .getAlignmentAnnotation();
 182
 183     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 184     {
 185       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 186               null, new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 187
 188       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 189       {
 190         return;
 191       }
 192
 193       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 194       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 195     }
 196     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 197     {
 198       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 199       repaint();
 200     }
 201     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 202     {
 203       aa[selectedRow].visible = false;
 204     }
 205     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 206     {
 207       ap.av.getAlignment().deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 208     }
 209     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 210     {
 211       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 212       {
 213         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 214         {
 215           aa[i].visible = true;
 216         }
 217       }
 218     }
 219     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 220     {
 221       new AnnotationExporter().exportAnnotations(ap,
 222               new AlignmentAnnotation[]
 223               { aa[selectedRow] }, null, null);
 224     }
 225     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 226     {
 227       SequenceI cons = null;
 228       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 229       {
 230         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 231       }
 232       else
 233       {
 234         cons = av.getConsensusSeq();
 235       }
 236       if (cons != null)
 237       {
 238         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 239       }
 240
 241     }
 242     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 243     {
 244       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 245     }
 246
 247     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 248     ap.addNotify();
 249     ap.repaint();
 250     // validate();
 251     // ap.paintAlignment(true);
 252   }
 253
 254   /**
 255    * DOCUMENT ME!
 256    *
 257    * @param e
 258    *          DOCUMENT ME!
 259    */
 260   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 261   {
 262     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 263             annotation.description, "       Annotation Name ",
 264             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 265             ap.alignFrame);
 266
 267     if (!dialog.accept)
 268     {
 269       return false;
 270     }
 271
 272     annotation.label = dialog.getName();
 273
 274     String text = dialog.getDescription();
 275     if (text != null && text.length() == 0)
 276     {
 277       text = null;
 278     }
 279     annotation.description = text;
 280
 281     return true;
 282   }
 283
 284   /**
 285    * DOCUMENT ME!
 286    *
 287    * @param evt
 288    *          DOCUMENT ME!
 289    */
 290   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 291   {
 292     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 293     oldY = evt.getY();
 294   }
 295
 296   /**
 297    * DOCUMENT ME!
 298    *
 299    * @param evt
 300    *          DOCUMENT ME!
 301    */
 302   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 303   {
 304     int start = selectedRow;
 305     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 306     int end = selectedRow;
 307
 308     if (start != end)
 309     {
 310       // Swap these annotations
 311       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 312               .getAlignmentAnnotation()[start];
 313       if (end == -1)
 314       {
 315         end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 316       }
 317       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 318               .getAlignmentAnnotation()[end];
 319
 320       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 321       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 322     }
 323
 324     resizePanel = false;
 325     dragEvent = null;
 326     repaint();
 327     ap.annotationPanel.repaint();
 328   }
 329
 330   /**
 331    * DOCUMENT ME!
 332    *
 333    * @param evt
 334    *          DOCUMENT ME!
 335    */
 336   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 337   {
 338     if (evt.getY() < 10)
 339     {
 340       resizePanel = true;
 341       repaint();
 342     }
 343   }
 344
 345   /**
 346    * DOCUMENT ME!
 347    *
 348    * @param evt
 349    *          DOCUMENT ME!
 350    */
 351   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 352   {
 353     if (dragEvent == null)
 354     {
 355       resizePanel = false;
 356       repaint();
 357     }
 358   }
 359
 360   /**
 361    * DOCUMENT ME!
 362    *
 363    * @param evt
 364    *          DOCUMENT ME!
 365    */
 366   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 367   {
 368     dragEvent = evt;
 369
 370     if (resizePanel)
 371     {
 372       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 373       int dif = evt.getY() - oldY;
 374
 375       dif /= ap.av.charHeight;
 376       dif *= ap.av.charHeight;
 377
 378       if ((d.height - dif) > 20)
 379       {
 380         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,
 381                 d.height - dif));
 382         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 383         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 384                 d.width, d.height - dif));
 385         ap.paintAlignment(true);
 386       }
 387
 388       ap.addNotify();
 389     }
 390     else
 391     {
 392       repaint();
 393     }
 394   }
 395
 396   /**
 397    * DOCUMENT ME!
 398    *
 399    * @param evt
 400    *          DOCUMENT ME!
 401    */
 402   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 403   {
 404     resizePanel = evt.getY() < 10;
 405
 406     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 407
 408     if (selectedRow > -1
 409             && ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 410     {
 411       AlignmentAnnotation aa = ap.av.getAlignment()
 412               .getAlignmentAnnotation()[selectedRow];
 413
 414       StringBuffer desc = new StringBuffer();
 415       if (aa.description != null
 416               && !aa.description.equals("New description"))
 417       {
 418         // TODO: we could refactor and merge this code with the code in
 419         // jalview.gui.SeqPanel.mouseMoved(..) that formats sequence feature
 420         // tooltips
 421         desc.append(aa.getDescription(true).trim());
 422         // check to see if the description is an html fragment.
 423         if (desc.length() < 6
 424                 || (desc.substring(0, 6).toLowerCase().indexOf("<html>") < 0))
 425         {
 426           // clean the description ready for embedding in html
 427           desc = new StringBuffer(Pattern.compile("<").matcher(desc)
 428                   .replaceAll("&lt;"));
 429           desc.insert(0, "<html>");
 430         }
 431         else
 432         {
 433           // remove terminating html if any
 434           int i = desc.substring(desc.length() - 7).toLowerCase()
 435                   .lastIndexOf("</html>");
 436           if (i > -1)
 437           {
 438             desc.setLength(desc.length() - 7 + i);
 439           }
 440         }
 441         if (aa.hasScore())
 442         {
 443           desc.append("<br/>");
 444         }
 445
 446       }
 447       else
 448       {
 449         // begin the tooltip's html fragment
 450         desc.append("<html>");
 451       }
 452       if (aa.hasScore())
 453       {
 454         // TODO: limit precision of score to avoid noise from imprecise doubles
 455         // (64.7 becomes 64.7+/some tiny value).
 456         desc.append(" Score: " + aa.score);
 457       }
 458
 459       if (desc.length() > 6)
 460       {
 461         desc.append("</html>");
 462         this.setToolTipText(desc.toString());
 463       }
 464       else
 465         this.setToolTipText(null);
 466     }
 467
 468   }
 469
 470   /**
 471    * DOCUMENT ME!
 472    *
 473    * @param evt
 474    *          DOCUMENT ME!
 475    */
 476   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 477   {
 478     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 479             .getAlignmentAnnotation();
 480     if (SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 481     {
 482       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 483       {
 484         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 485         {
 486           if (evt.getClickCount() >= 2)
 487           {
 488             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 489             // click highlights/scrolls, second selects
 490             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 491             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 492             aa[selectedRow].groupRef); // );
 493             ap.paintAlignment(false);
 494             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 495             ap.av.sendSelection();
 496           }
 497           else
 498           {
 499             ap.seqPanel.ap.idPanel
 500                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 501                             .getSequences(null));
 502           }
 503           return;
 504         }
 505         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 506         {
 507           Vector sr = new Vector();
 508           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 509           if (evt.getClickCount() == 1)
 510           {
 511             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 512           }
 513           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 514           {
 515             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 516             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 517             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 518             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 519             ap.av.sendSelection();
 520             ap.paintAlignment(false);
 521             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 522           }
 523
 524         }
 525       }
 526     }
 527     if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 528     {
 529       return;
 530     }
 531
 532     JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");
 533     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 534     item.addActionListener(this);
 535     pop.add(item);
 536     if (selectedRow < 0)
 537     {
 538       if (hasHiddenRows)
 539       { // let the user make everything visible again
 540         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 541         item.addActionListener(this);
 542         pop.add(item);
 543       }
 544       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 545       return;
 546     }
 547     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 548     item.addActionListener(this);
 549     pop.add(item);
 550     item = new JMenuItem(HIDE);
 551     item.addActionListener(this);
 552     pop.add(item);
 553     item = new JMenuItem(DELETE);
 554     item.addActionListener(this);
 555     pop.add(item);
 556     if (hasHiddenRows)
 557     {
 558       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 559       item.addActionListener(this);
 560       pop.add(item);
 561     }
 562     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 563     item.addActionListener(this);
 564     pop.add(item);
 565     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 566     // property methods
 567     if (selectedRow < aa.length)
 568     {
 569       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 570       {
 571         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 572         {
 573           // display formatting settings for this row.
 574           pop.addSeparator();
 575           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 576           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 577                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 578           item.addActionListener(this);
 579           pop.add(item);
 580         }
 581       }
 582       else if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 583       {
 584         pop.addSeparator();
 585         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 586         final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 587                 "Ignore Gaps In Consensus",
 588                 (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 589                         .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 590                         .getIgnoreGapsConsensus());
 591         final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 592         cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 593         {
 594           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 595           {
 596             if (aaa.groupRef != null)
 597             {
 598               // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 599               aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 600               ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 601             }
 602             else
 603             {
 604               ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 605             }
 606           }
 607         });
 608         pop.add(cbmi);
 609         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 610         if (aaa.groupRef != null)
 611         {
 612           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 613                   "Show Group Histogram",
 614                   aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 615           chist.addActionListener(new ActionListener()
 616           {
 617             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 618             {
 619               // TODO: pass on reference
 620               // to ap
 621               // so the
 622               // view
 623               // can be
 624               // updated.
 625               aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 626               ap.repaint();
 627               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 628             }
 629           });
 630           pop.add(chist);
 631           final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 632                   "Show Group Logo",
 633                   aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 634           cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 635           {
 636             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 637             {
 638               // TODO: pass on reference
 639               // to ap
 640               // so the
 641               // view
 642               // can be
 643               // updated.
 644               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 645               ap.repaint();
 646               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 647             }
 648           });
 649           pop.add(cprofl);
 650           final JCheckBoxMenuItem cproflnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 651                   "Normalise Group Logo",
 652                   aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 653           cproflnorm.addActionListener(new ActionListener()
 654           {
 655             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 656             {
 657
 658               // TODO: pass on reference
 659               // to ap
 660               // so the
 661               // view
 662               // can be
 663               // updated.
 664               aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cproflnorm.getState());
 665               // automatically enable logo display if we're clicked
 666               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 667               ap.repaint();
 668               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 669             }
 670           });
 671           pop.add(cproflnorm);
 672         }
 673         else
 674         {
 675           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 676                   "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 677           chist.addActionListener(new ActionListener()
 678           {
 679             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 680             {
 681               // TODO: pass on reference
 682               // to ap
 683               // so the
 684               // view
 685               // can be
 686               // updated.
 687               av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 688               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 689               ap.repaint();
 690               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 691             }
 692           });
 693           pop.add(chist);
 694           final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 695                   "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 696           cprof.addActionListener(new ActionListener()
 697           {
 698             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 699             {
 700               // TODO: pass on reference
 701               // to ap
 702               // so the
 703               // view
 704               // can be
 705               // updated.
 706               av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 707               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 708               ap.repaint();
 709               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 710             }
 711           });
 712           pop.add(cprof);
 713           final JCheckBoxMenuItem cprofnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 714                   "Normalise Logo", av.isNormaliseSequenceLogo());
 715           cprofnorm.addActionListener(new ActionListener()
 716           {
 717             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 718             {
 719               // TODO: pass on reference
 720               // to ap
 721               // so the
 722               // view
 723               // can be
 724               // updated.
 725               av.setShowSequenceLogo(true);
 726               av.setNormaliseSequenceLogo(cprofnorm.getState());
 727               ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 728               ap.repaint();
 729               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 730             }
 731           });
 732           pop.add(cprofnorm);
 733         }
 734         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 735         consclipbrd.addActionListener(this);
 736         pop.add(consclipbrd);
 737       }
 738     }
 739     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 740   }
 741
 742   /**
 743    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 744    *
 745    * @param sq
 746    *          sequence to be copied to clipboard
 747    */
 748   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 749   {
 750     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 751     { sq };
 752     String[] omitHidden = null;
 753     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[]
 754     { sq.getDatasetSequence() };
 755     if (dseqs[0] == null)
 756     {
 757       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 758       dseqs[0].setSequence(jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 759               jalview.util.Comparison.GapChars, sq.getSequenceAsString()));
 760
 761       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 762     }
 763     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 764     if (av.hasHiddenColumns())
 765     {
 766       omitHidden = av.getColumnSelection().getVisibleSequenceStrings(0,
 767               sq.getLength(), seqs);
 768     }
 769
 770     String output = new FormatAdapter().formatSequences("Fasta", seqs,
 771             omitHidden);
 772
 773     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 774             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 775
 776     Vector hiddenColumns = null;
 777     if (av.hasHiddenColumns())
 778     {
 779       hiddenColumns = new Vector();
 780       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 781       {
 782         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 783                 .elementAt(i);
 784
 785         hiddenColumns.addElement(new int[]
 786         { region[0], region[1] });
 787       }
 788     }
 789
 790     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]
 791     { seqs, ds, // what is the dataset of a consensus sequence ? need to flag
 792         // sequence as special.
 793         hiddenColumns };
 794   }
 795
 796   /**
 797    * DOCUMENT ME!
 798    *
 799    * @param g1
 800    *          DOCUMENT ME!
 801    */
 802   public void paintComponent(Graphics g)
 803   {
 804
 805     int width = getWidth();
 806     if (width == 0)
 807     {
 808       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
 809     }
 810
 811     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 812     if (av.antiAlias)
 813     {
 814       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 815               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 816     }
 817
 818     drawComponent(g2, width);
 819
 820   }
 821
 822   /**
 823    * DOCUMENT ME!
 824    *
 825    * @param g
 826    *          DOCUMENT ME!
 827    */
 828   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 829   {
 830     if (av.getFont().getSize() < 10)
 831     {
 832       g.setFont(font);
 833     }
 834     else
 835     {
 836       g.setFont(av.getFont());
 837     }
 838
 839     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
 840     g.setColor(Color.white);
 841     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 842
 843     g.translate(0, scrollOffset);
 844     g.setColor(Color.black);
 845
 846     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 847     int fontHeight = g.getFont().getSize();
 848     int y = 0;
 849     int x = 0;
 850     int graphExtras = 0;
 851     int offset = 0;
 852     Font baseFont = g.getFont();
 853     FontMetrics baseMetrics = fm;
 854     int ofontH = fontHeight;
 855     boolean visible = true;
 856     if (aa != null)
 857     {
 858       hasHiddenRows = false;
 859       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 860       {
 861         visible = true;
 862         g.setColor(Color.black);
 863
 864         if (!aa[i].visible)
 865         {
 866           hasHiddenRows = true;
 867           continue;
 868         }
 869
 870         y += aa[i].height;
 871
 872         offset = -aa[i].height / 2;
 873
 874         if (aa[i].hasText)
 875         {
 876           offset += fm.getHeight() / 2;
 877           offset -= fm.getDescent();
 878         }
 879         else
 880           offset += fm.getDescent();
 881
 882         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 883
 884         if (aa[i].graphGroup > -1)
 885         {
 886           int groupSize = 0;
 887           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 888           {
 889             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 890             {
 891               groupSize++;
 892             }
 893           }
 894           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
 895           {
 896             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
 897           }
 898           else
 899           {
 900             // scale font to fit
 901             float h = aa[i].height / (float) groupSize, s;
 902             if (h < 9)
 903             {
 904               visible = false;
 905             }
 906             else
 907             {
 908               fontHeight = -8 + (int) h;
 909               s = ((float) fontHeight) / (float) ofontH;
 910               Font f = baseFont.deriveFont(AffineTransform
 911                       .getScaleInstance(s, s));
 912               g.setFont(f);
 913               fm = g.getFontMetrics();
 914               graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
 915             }
 916           }
 917           if (visible)
 918           {
 919             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 920             {
 921               if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 922               {
 923                 x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
 924                 g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
 925
 926                 if (aa[gg]._linecolour != null)
 927                 {
 928
 929                   g.setColor(aa[gg]._linecolour);
 930                   g.drawLine(x, y - graphExtras + 3,
 931                           x + fm.stringWidth(aa[gg].label), y - graphExtras
 932                                   + 3);
 933                 }
 934
 935                 g.setColor(Color.black);
 936                 graphExtras += fontHeight + 8;
 937               }
 938             }
 939           }
 940           g.setFont(baseFont);
 941           fm = baseMetrics;
 942           fontHeight = ofontH;
 943         }
 944         else
 945         {
 946           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 947         }
 948       }
 949     }
 950
 951     if (resizePanel)
 952     {
 953       g.drawImage(image, 2, 0 - scrollOffset, this);
 954     }
 955     else if (dragEvent != null && aa != null)
 956     {
 957       g.setColor(Color.lightGray);
 958       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 959               dragEvent.getY() - scrollOffset);
 960     }
 961
 962     if ((aa == null) || (aa.length < 1))
 963     {
 964       g.drawString("Right click", 2, 8);
 965       g.drawString("to add annotation", 2, 18);
 966     }
 967   }
 968 }