src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,\r
  37     MouseMotionListener, ActionListener\r
  38 {\r
  39     static String ADDNEW = "Add New Row";\r
  40     static String HIDE = "Hide This Row";\r
  41     static String DELETE = "Delete This Row";\r
  42     static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";\r
  43     static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  44     boolean active = false;\r
  45     Image image;\r
  46     AlignmentPanel ap;\r
  47     AlignViewport av;\r
  48     boolean resizing = false;\r
  49     int oldY;\r
  50     int mouseX;\r
  51     int selectedRow = 0;\r
  52     int scrollOffset = 0;\r
  53     Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);\r
  54 \r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * Creates a new AnnotationLabels object.\r
  58      *\r
  59      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  60      */\r
  61     public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  62     {\r
  63         this.ap = ap;\r
  64         av = ap.av;\r
  65 \r
  66         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");\r
  67         Image temp = null;\r
  68 \r
  69         if (url != null)\r
  70         {\r
  71             temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  72         }\r
  73 \r
  74         try\r
  75         {\r
  76             MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  77             mt.addImage(temp, 0);\r
  78             mt.waitForID(0);\r
  79         }\r
  80         catch (Exception ex)\r
  81         {\r
  82         }\r
  83 \r
  84         BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),\r
  85                 temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
  86         Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
  87         g.rotate(Math.toRadians(90));\r
  88         g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);\r
  89         image = (Image) bi;\r
  90 \r
  91         addMouseListener(this);\r
  92         addMouseMotionListener(this);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
  96     {\r
  97       this.av = av;\r
  98     }\r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * DOCUMENT ME!\r
 102      *\r
 103      * @param y DOCUMENT ME!\r
 104      */\r
 105     public void setScrollOffset(int y)\r
 106     {\r
 107         scrollOffset = y;\r
 108         repaint();\r
 109     }\r
 110 \r
 111     /**\r
 112      * DOCUMENT ME!\r
 113      *\r
 114      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 115      */\r
 116     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 117     {\r
 118         int dif = 0;\r
 119         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 120 \r
 121         if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))\r
 122         {\r
 123             String label = JOptionPane.showInputDialog(this,\r
 124                     "Label for annotation");\r
 125 \r
 126             if (label == null)\r
 127             {\r
 128                 label = "";\r
 129             }\r
 130 \r
 131             ap.av.alignment.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(label,\r
 132                     "New description",\r
 133                     new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]));\r
 134 \r
 135             dif = aa[aa.length - 1].height;\r
 136         }\r
 137         else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 138         {\r
 139             aa[selectedRow].visible = false;\r
 140 \r
 141             if (aa[selectedRow].label.equals("Conservation"))\r
 142             {\r
 143                 ap.av.showConservation = false;\r
 144             }\r
 145 \r
 146             if (aa[selectedRow].label.equals("Quality"))\r
 147             {\r
 148                 ap.av.showQuality = false;\r
 149             }\r
 150 \r
 151             if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 152             {\r
 153                 ap.av.showIdentity = false;\r
 154             }\r
 155 \r
 156             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 157         }\r
 158         else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))\r
 159         {\r
 160             ap.av.alignment.deleteAnnotation(aa[selectedRow]);\r
 161             dif = aa[selectedRow].height * -1;\r
 162         }\r
 163         else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 164         {\r
 165             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 166             {\r
 167                 if (!aa[i].visible)\r
 168                 {\r
 169                     dif += aa[i].height;\r
 170                     aa[i].visible = true;\r
 171                 }\r
 172             }\r
 173         }\r
 174         else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 175         {\r
 176             CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 177             Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 178                 ap.alignFrame.getTitle() + " - " + aa[selectedRow].label, 500,\r
 179                 100);\r
 180             cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 181         }\r
 182 \r
 183 \r
 184         ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 185 \r
 186         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 187         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 188                 d.height + dif));\r
 189         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 190         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 191                 d.height + dif));\r
 192 \r
 193         ap.addNotify();\r
 194     }\r
 195 \r
 196     /**\r
 197      * DOCUMENT ME!\r
 198      *\r
 199      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 200      */\r
 201     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 202     {\r
 203         oldY = evt.getY();\r
 204     }\r
 205 \r
 206     /**\r
 207      * DOCUMENT ME!\r
 208      *\r
 209      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 210      */\r
 211     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 212     {\r
 213         active = false;\r
 214         repaint();\r
 215     }\r
 216 \r
 217     /**\r
 218      * DOCUMENT ME!\r
 219      *\r
 220      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 221      */\r
 222     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 223     {\r
 224         active = true;\r
 225         repaint();\r
 226     }\r
 227 \r
 228     /**\r
 229      * DOCUMENT ME!\r
 230      *\r
 231      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 232      */\r
 233     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 234     {\r
 235         active = false;\r
 236         repaint();\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * DOCUMENT ME!\r
 241      *\r
 242      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 243      */\r
 244     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 245     {\r
 246         active = true;\r
 247 \r
 248         Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();\r
 249         int dif = evt.getY() - oldY;\r
 250 \r
 251         dif /= ap.av.charHeight;\r
 252         dif *= ap.av.charHeight;\r
 253 \r
 254         if ((d.height - dif) > 20)\r
 255         {\r
 256             ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,\r
 257                     d.height - dif));\r
 258             d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();\r
 259             ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 260                     d.width, d.height - dif));\r
 261             ap.repaint();\r
 262         }\r
 263 \r
 264         ap.addNotify();\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      * DOCUMENT ME!\r
 269      *\r
 270      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 271      */\r
 272     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 273     {\r
 274     }\r
 275 \r
 276     /**\r
 277      * DOCUMENT ME!\r
 278      *\r
 279      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 280      */\r
 281     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 282     {\r
 283         int y = evt.getY() - scrollOffset;\r
 284         AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 285 \r
 286         if ((aa == null) || (aa.length == 0))\r
 287         {\r
 288             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 289             JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 290             item.addActionListener(this);\r
 291             pop.add(item);\r
 292             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 293 \r
 294             return;\r
 295         }\r
 296 \r
 297         int height = 0;\r
 298 \r
 299         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 300         {\r
 301             if (!aa[i].visible)\r
 302             {\r
 303                 continue;\r
 304             }\r
 305 \r
 306             height += aa[i].height;\r
 307 \r
 308             if (y < height)\r
 309             {\r
 310                 selectedRow = i;\r
 311 \r
 312                 break;\r
 313             }\r
 314         }\r
 315 \r
 316         JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");\r
 317         JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);\r
 318         item.addActionListener(this);\r
 319         pop.add(item);\r
 320         item = new JMenuItem(HIDE);\r
 321         item.addActionListener(this);\r
 322         pop.add(item);\r
 323         item = new JMenuItem(DELETE);\r
 324         item.addActionListener(this);\r
 325         pop.add(item);\r
 326         item = new JMenuItem(SHOWALL);\r
 327         item.addActionListener(this);\r
 328         pop.add(item);\r
 329         item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 330         item.addActionListener(this);\r
 331         pop.add(item);\r
 332 \r
 333         if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 334         {\r
 335           pop.addSeparator();\r
 336           final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(\r
 337               "Ignore Gaps In Consensus",\r
 338               ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 339           cbmi.addActionListener(new ActionListener()\r
 340               {public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 341                {\r
 342                  ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 343                  ap.repaint();\r
 344                }\r
 345               });\r
 346           pop.add(cbmi);\r
 347 \r
 348         }\r
 349 \r
 350         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 351     }\r
 352 \r
 353     /**\r
 354      * DOCUMENT ME!\r
 355      *\r
 356      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 357      */\r
 358     public void paintComponent(Graphics g)\r
 359     {\r
 360 \r
 361         int width = getWidth();\r
 362         if(width==0)\r
 363          width = ap.calculateIdWidth().width + 4;\r
 364 \r
 365        Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;\r
 366         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 367             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 368 \r
 369        drawComponent(g2, width);\r
 370 \r
 371     }\r
 372 \r
 373     /**\r
 374      * DOCUMENT ME!\r
 375      *\r
 376      * @param g DOCUMENT ME!\r
 377      */\r
 378     public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 379     {\r
 380         if(av.getFont().getSize()<10)\r
 381           g.setFont(new Font("Arial", Font.PLAIN, av.getFont().getSize()-1));\r
 382         else\r
 383           g.setFont(font);\r
 384 \r
 385         FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());\r
 386         g.setColor(Color.white);\r
 387         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 388 \r
 389         g.translate(0, scrollOffset);\r
 390         g.setColor(Color.black);\r
 391 \r
 392         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 393         int y = g.getFont().getSize();\r
 394         int x = 0;\r
 395 \r
 396 \r
 397         if (aa != null)\r
 398         {\r
 399             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 400             {\r
 401                 if (!aa[i].visible)\r
 402                 {\r
 403                     continue;\r
 404                 }\r
 405 \r
 406                 x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 407 \r
 408                 if (aa[i].graph>0)\r
 409                 {\r
 410                     y += (aa[i].height / 3);\r
 411                 }\r
 412 \r
 413                 g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 414 \r
 415                 if (aa[i].graph>0)\r
 416                 {\r
 417                     y += ((2 * aa[i].height) / 3);\r
 418                 }\r
 419                 else\r
 420                 {\r
 421                     y += aa[i].height;\r
 422                 }\r
 423             }\r
 424         }\r
 425 \r
 426         if (active)\r
 427         {\r
 428             if (image != null)\r
 429             {\r
 430                 g.drawImage(image, 2, 0, this);\r
 431             }\r
 432         }\r
 433 \r
 434         if ((aa == null) || (aa.length < 1))\r
 435         {\r
 436             g.drawString("Right click", 2, 8);\r
 437             g.drawString("to add annotation", 2, 18);\r
 438         }\r
 439     }\r
 440 }\r