src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.Annotation;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  28 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  29 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  30 import jalview.util.Comparison;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 import java.awt.AlphaComposite;
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.Image;
  40 import java.awt.Rectangle;
  41 import java.awt.RenderingHints;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  45 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  46 import java.awt.event.MouseEvent;
  47 import java.awt.event.MouseListener;
  48 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  49 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  50 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  51 import java.awt.image.BufferedImage;
  52 import java.util.ArrayList;
  53 import java.util.Collections;
  54 import java.util.List;
  55
  56 import javax.swing.JColorChooser;
  57 import javax.swing.JMenuItem;
  58 import javax.swing.JOptionPane;
  59 import javax.swing.JPanel;
  60 import javax.swing.JPopupMenu;
  61 import javax.swing.Scrollable;
  62 import javax.swing.ToolTipManager;
  63
  64 /**
  65  * AnnotationPanel displays visible portion of annotation rows below unwrapped
  66  * alignment
  67  *
  68  * @author $author$
  69  * @version $Revision$
  70  */
  71 public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
  72         MouseListener, MouseWheelListener, MouseMotionListener,
  73         ActionListener, AdjustmentListener, Scrollable
  74 {
  75   String HELIX = MessageManager.getString("label.helix");
  76
  77   String SHEET = MessageManager.getString("label.sheet");
  78
  79   /**
  80    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  81    */
  82   String STEM = MessageManager.getString("label.rna_helix");
  83
  84   String LABEL = MessageManager.getString("label.label");
  85
  86   String REMOVE = MessageManager.getString("label.remove_annotation");
  87
  88   String COLOUR = MessageManager.getString("action.colour");
  89
  90   public final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  91
  92   public final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  93
  94   public final Color STEM_COLOUR = Color.blue.darker();
  95
  96   /** DOCUMENT ME!! */
  97   public AlignViewport av;
  98
  99   AlignmentPanel ap;
 100
 101   public int activeRow = -1;
 102
 103   public BufferedImage image;
 104
 105   public volatile BufferedImage fadedImage;
 106
 107   Graphics2D gg;
 108
 109   public FontMetrics fm;
 110
 111   public int imgWidth = 0;
 112
 113   boolean fastPaint = false;
 114
 115   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
 116   int graphStretch = -1;
 117
 118   int graphStretchY = -1;
 119
 120   int min; // used by mouseDragged to see if user
 121
 122   int max; // used by mouseDragged to see if user
 123
 124   boolean mouseDragging = false;
 125
 126   // for editing cursor
 127   int cursorX = 0;
 128
 129   int cursorY = 0;
 130
 131   public final AnnotationRenderer renderer;
 132
 133   private MouseWheelListener[] _mwl;
 134
 135   /**
 136    * Creates a new AnnotationPanel object.
 137    *
 138    * @param ap
 139    *          DOCUMENT ME!
 140    */
 141   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
 142   {
 143     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 144     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 145     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 146     this.ap = ap;
 147     av = ap.av;
 148     this.setLayout(null);
 149     addMouseListener(this);
 150     addMouseMotionListener(this);
 151     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar()
 152             .addAdjustmentListener(this);
 153     // save any wheel listeners on the scroller, so we can propagate scroll
 154     // events to them.
 155     _mwl = ap.annotationScroller.getMouseWheelListeners();
 156     // and then set our own listener to consume all mousewheel events
 157     ap.annotationScroller.addMouseWheelListener(this);
 158     renderer = new AnnotationRenderer();
 159   }
 160
 161   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 162   {
 163     this.av = av;
 164     renderer = new AnnotationRenderer();
 165   }
 166
 167   @Override
 168   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 169   {
 170     if (e.isShiftDown())
 171     {
 172       e.consume();
 173       if (e.getWheelRotation() > 0)
 174       {
 175         ap.scrollRight(true);
 176       }
 177       else
 178       {
 179         ap.scrollRight(false);
 180       }
 181     }
 182     else
 183     {
 184       // TODO: find the correct way to let the event bubble up to
 185       // ap.annotationScroller
 186       for (MouseWheelListener mwl : _mwl)
 187       {
 188         if (mwl != null)
 189         {
 190           mwl.mouseWheelMoved(e);
 191         }
 192         if (e.isConsumed())
 193         {
 194           break;
 195         }
 196       }
 197     }
 198   }
 199
 200   @Override
 201   public Dimension getPreferredScrollableViewportSize()
 202   {
 203     return getPreferredSize();
 204   }
 205
 206   @Override
 207   public int getScrollableBlockIncrement(Rectangle visibleRect,
 208           int orientation, int direction)
 209   {
 210     return 30;
 211   }
 212
 213   @Override
 214   public boolean getScrollableTracksViewportHeight()
 215   {
 216     return false;
 217   }
 218
 219   @Override
 220   public boolean getScrollableTracksViewportWidth()
 221   {
 222     return true;
 223   }
 224
 225   @Override
 226   public int getScrollableUnitIncrement(Rectangle visibleRect,
 227           int orientation, int direction)
 228   {
 229     return 30;
 230   }
 231
 232   /*
 233    * (non-Javadoc)
 234    *
 235    * @see
 236    * java.awt.event.AdjustmentListener#adjustmentValueChanged(java.awt.event
 237    * .AdjustmentEvent)
 238    */
 239   @Override
 240   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 241   {
 242     // update annotation label display
 243     ap.getAlabels().setScrollOffset(-evt.getValue());
 244   }
 245
 246   /**
 247    * Calculates the height of the annotation displayed in the annotation panel.
 248    * Callers should normally call the ap.adjustAnnotationHeight method to ensure
 249    * all annotation associated components are updated correctly.
 250    *
 251    */
 252   public int adjustPanelHeight()
 253   {
 254     int height = av.calcPanelHeight();
 255     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));
 256     if (ap != null)
 257     {
 258       // revalidate only when the alignment panel is fully constructed
 259       ap.validate();
 260     }
 261
 262     return height;
 263   }
 264
 265   /**
 266    * DOCUMENT ME!
 267    *
 268    * @param evt
 269    *          DOCUMENT ME!
 270    */
 271   @Override
 272   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 273   {
 274     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 275     if (aa == null)
 276     {
 277       return;
 278     }
 279     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 280
 281     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 282     {
 283       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
 284       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 285       anot = temp;
 286       aa[activeRow].annotations = anot;
 287     }
 288
 289     String action = evt.getActionCommand();
 290     if (action.equals(REMOVE))
 291     {
 292       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 293       {
 294         if (av.getColumnSelection().isVisible(index))
 295         {
 296           anot[index] = null;
 297         }
 298       }
 299     }
 300     else if (action.equals(LABEL))
 301     {
 302       String exMesg = collectAnnotVals(anot, LABEL);
 303       String label = JOptionPane.showInputDialog(this,
 304               MessageManager.getString("label.enter_label"), exMesg);
 305
 306       if (label == null)
 307       {
 308         return;
 309       }
 310
 311       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 312       {
 313         aa[activeRow].hasText = true;
 314       }
 315
 316       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 317       {
 318         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 319         {
 320           continue;
 321         }
 322
 323         if (anot[index] == null)
 324         {
 325           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);
 326         }
 327         else
 328         {
 329           anot[index].displayCharacter = label;
 330         }
 331       }
 332     }
 333     else if (action.equals(COLOUR))
 334     {
 335       Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 336               MessageManager.getString("label.select_foreground_colour"),
 337               Color.black);
 338
 339       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 340       {
 341         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 342         {
 343           continue;
 344         }
 345
 346         if (anot[index] == null)
 347         {
 348           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 349         }
 350
 351         anot[index].colour = col;
 352       }
 353     }
 354     else
 355     // HELIX, SHEET or STEM
 356     {
 357       char type = 0;
 358       String symbol = "\u03B1"; // alpha
 359
 360       if (action.equals(HELIX))
 361       {
 362         type = 'H';
 363       }
 364       else if (action.equals(SHEET))
 365       {
 366         type = 'E';
 367         symbol = "\u03B2"; // beta
 368       }
 369
 370       // Added by LML to color stems
 371       else if (action.equals(STEM))
 372       {
 373         type = 'S';
 374         int column = av.getColumnSelection().getSelectedRanges().get(0)[0];
 375         symbol = aa[activeRow].getDefaultRnaHelixSymbol(column);
 376       }
 377
 378       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 379       {
 380         aa[activeRow].hasIcons = true;
 381       }
 382
 383       String label = JOptionPane.showInputDialog(MessageManager
 384               .getString("label.enter_label_for_the_structure"), symbol);
 385
 386       if (label == null)
 387       {
 388         return;
 389       }
 390
 391       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 392       {
 393         aa[activeRow].hasText = true;
 394         if (action.equals(STEM))
 395         {
 396           aa[activeRow].showAllColLabels = true;
 397         }
 398       }
 399       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 400       {
 401         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 402         {
 403           continue;
 404         }
 405
 406         if (anot[index] == null)
 407         {
 408           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 409         }
 410
 411         anot[index].secondaryStructure = type != 'S' ? type : label
 412                 .length() == 0 ? ' ' : label.charAt(0);
 413         anot[index].displayCharacter = label;
 414
 415       }
 416     }
 417
 418     av.getAlignment().validateAnnotation(aa[activeRow]);
 419     ap.alignmentChanged();
 420     ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 421     adjustPanelHeight();
 422     repaint();
 423
 424     return;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Returns any existing annotation concatenated as a string. For each
 429    * annotation, takes the description, if any, else the secondary structure
 430    * character (if type is HELIX, SHEET or STEM), else the display character (if
 431    * type is LABEL).
 432    *
 433    * @param anots
 434    * @param type
 435    * @return
 436    */
 437   private String collectAnnotVals(Annotation[] anots, String type)
 438   {
 439     // TODO is this method wanted? why? 'last' is not used
 440
 441     StringBuilder collatedInput = new StringBuilder(64);
 442     String last = "";
 443     ColumnSelection viscols = av.getColumnSelection();
 444
 445     /*
 446      * the selection list (read-only view) is in selection order, not
 447      * column order; make a copy so we can sort it
 448      */
 449     List<Integer> selected = new ArrayList<Integer>(viscols.getSelected());
 450     Collections.sort(selected);
 451     for (int index : selected)
 452     {
 453       // always check for current display state - just in case
 454       if (!viscols.isVisible(index))
 455       {
 456         continue;
 457       }
 458       String tlabel = null;
 459       if (anots[index] != null)
 460       { // LML added stem code
 461         if (type.equals(HELIX) || type.equals(SHEET)
 462                 || type.equals(STEM) || type.equals(LABEL))
 463         {
 464           tlabel = anots[index].description;
 465           if (tlabel == null || tlabel.length() < 1)
 466           {
 467             if (type.equals(HELIX) || type.equals(SHEET)
 468                     || type.equals(STEM))
 469             {
 470               tlabel = "" + anots[index].secondaryStructure;
 471             }
 472             else
 473             {
 474               tlabel = "" + anots[index].displayCharacter;
 475             }
 476           }
 477         }
 478         if (tlabel != null && !tlabel.equals(last))
 479         {
 480           if (last.length() > 0)
 481           {
 482             collatedInput.append(" ");
 483           }
 484           collatedInput.append(tlabel);
 485         }
 486       }
 487     }
 488     return collatedInput.toString();
 489   }
 490
 491   /**
 492    * DOCUMENT ME!
 493    *
 494    * @param evt
 495    *          DOCUMENT ME!
 496    */
 497   @Override
 498   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 499   {
 500
 501     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 502     if (aa == null)
 503     {
 504       return;
 505     }
 506
 507     int height = 0;
 508     activeRow = -1;
 509
 510     final int y = evt.getY();
 511     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 512     {
 513       if (aa[i].visible)
 514       {
 515         height += aa[i].height;
 516       }
 517
 518       if (y < height)
 519       {
 520         if (aa[i].editable)
 521         {
 522           activeRow = i;
 523         }
 524         else if (aa[i].graph > 0)
 525         {
 526           // Stretch Graph
 527           graphStretch = i;
 528           graphStretchY = y;
 529         }
 530
 531         break;
 532       }
 533     }
 534
 535     /*
 536      * isPopupTrigger fires in mousePressed on Mac,
 537      * not until mouseRelease on Windows
 538      */
 539     if (evt.isPopupTrigger() && activeRow != -1)
 540     {
 541       showPopupMenu(y, evt.getX());
 542       return;
 543     }
 544
 545     ap.getScalePanel().mousePressed(evt);
 546   }
 547
 548   /**
 549    * Construct and display a context menu at the right-click position
 550    *
 551    * @param y
 552    * @param x
 553    */
 554   void showPopupMenu(final int y, int x)
 555   {
 556     if (av.getColumnSelection() == null
 557             || av.getColumnSelection().isEmpty())
 558     {
 559       return;
 560     }
 561
 562     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(
 563             MessageManager.getString("label.structure_type"));
 564     JMenuItem item;
 565     /*
 566      * Just display the needed structure options
 567      */
 568     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 569     {
 570       item = new JMenuItem(STEM);
 571       item.addActionListener(this);
 572       pop.add(item);
 573     }
 574     else
 575     {
 576       item = new JMenuItem(HELIX);
 577       item.addActionListener(this);
 578       pop.add(item);
 579       item = new JMenuItem(SHEET);
 580       item.addActionListener(this);
 581       pop.add(item);
 582     }
 583     item = new JMenuItem(LABEL);
 584     item.addActionListener(this);
 585     pop.add(item);
 586     item = new JMenuItem(COLOUR);
 587     item.addActionListener(this);
 588     pop.add(item);
 589     item = new JMenuItem(REMOVE);
 590     item.addActionListener(this);
 591     pop.add(item);
 592     pop.show(this, x, y);
 593   }
 594
 595   /**
 596    * DOCUMENT ME!
 597    *
 598    * @param evt
 599    *          DOCUMENT ME!
 600    */
 601   @Override
 602   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 603   {
 604     graphStretch = -1;
 605     graphStretchY = -1;
 606     mouseDragging = false;
 607     ap.getScalePanel().mouseReleased(evt);
 608
 609     /*
 610      * isPopupTrigger is set in mouseReleased on Windows
 611      * (in mousePressed on Mac)
 612      */
 613     if (evt.isPopupTrigger() && activeRow != -1)
 614     {
 615       showPopupMenu(evt.getY(), evt.getX());
 616     }
 617
 618   }
 619
 620   /**
 621    * DOCUMENT ME!
 622    *
 623    * @param evt
 624    *          DOCUMENT ME!
 625    */
 626   @Override
 627   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 628   {
 629     ap.getScalePanel().mouseEntered(evt);
 630   }
 631
 632   /**
 633    * DOCUMENT ME!
 634    *
 635    * @param evt
 636    *          DOCUMENT ME!
 637    */
 638   @Override
 639   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 640   {
 641     ap.getScalePanel().mouseExited(evt);
 642   }
 643
 644   /**
 645    * DOCUMENT ME!
 646    *
 647    * @param evt
 648    *          DOCUMENT ME!
 649    */
 650   @Override
 651   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 652   {
 653     if (graphStretch > -1)
 654     {
 655       av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY
 656               - evt.getY();
 657       if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 658       {
 659         av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 660       }
 661       graphStretchY = evt.getY();
 662       adjustPanelHeight();
 663       ap.paintAlignment(true);
 664     }
 665     else
 666     {
 667       ap.getScalePanel().mouseDragged(evt);
 668     }
 669   }
 670
 671   /**
 672    * Constructs the tooltip, and constructs and displays a status message, for
 673    * the current mouse position
 674    *
 675    * @param evt
 676    */
 677   @Override
 678   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 679   {
 680     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 681
 682     if (aa == null)
 683     {
 684       this.setToolTipText(null);
 685       return;
 686     }
 687
 688     int row = -1;
 689     int height = 0;
 690
 691     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 692     {
 693       if (aa[i].visible)
 694       {
 695         height += aa[i].height;
 696       }
 697
 698       if (evt.getY() < height)
 699       {
 700         row = i;
 701         break;
 702       }
 703     }
 704
 705     if (row == -1)
 706     {
 707       this.setToolTipText(null);
 708       return;
 709     }
 710
 711     int column = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 712
 713     if (av.hasHiddenColumns())
 714     {
 715       column = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(column);
 716     }
 717
 718     AlignmentAnnotation ann = aa[row];
 719     if (row > -1 && ann.annotations != null
 720             && column < ann.annotations.length)
 721     {
 722       buildToolTip(ann, column, aa);
 723       setStatusMessage(column, ann);
 724     }
 725     else
 726     {
 727       this.setToolTipText(null);
 728       ap.alignFrame.statusBar.setText(" ");
 729     }
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Builds a tooltip for the annotation at the current mouse position.
 734    *
 735    * @param ann
 736    * @param column
 737    * @param anns
 738    */
 739   void buildToolTip(AlignmentAnnotation ann, int column,
 740           AlignmentAnnotation[] anns)
 741   {
 742     if (ann.graphGroup > -1)
 743     {
 744       StringBuilder tip = new StringBuilder(32);
 745       tip.append("<html>");
 746       for (int i = 0; i < anns.length; i++)
 747       {
 748         if (anns[i].graphGroup == ann.graphGroup
 749                 && anns[i].annotations[column] != null)
 750         {
 751           tip.append(anns[i].label);
 752           String description = anns[i].annotations[column].description;
 753           if (description != null && description.length() > 0)
 754           {
 755             tip.append(" ").append(description);
 756           }
 757           tip.append("<br>");
 758         }
 759       }
 760       if (tip.length() != 6)
 761       {
 762         tip.setLength(tip.length() - 4);
 763         this.setToolTipText(tip.toString() + "</html>");
 764       }
 765     }
 766     else if (ann.annotations[column] != null)
 767     {
 768       String description = ann.annotations[column].description;
 769       if (description != null && description.length() > 0)
 770       {
 771         this.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true, description));
 772       }
 773     }
 774     else
 775     {
 776       // clear the tooltip.
 777       this.setToolTipText(null);
 778     }
 779   }
 780
 781   /**
 782    * Constructs and displays the status bar message
 783    *
 784    * @param column
 785    * @param ann
 786    */
 787   void setStatusMessage(int column, AlignmentAnnotation ann)
 788   {
 789     /*
 790      * show alignment column and annotation description if any
 791      */
 792     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 793     text.append(MessageManager.getString("label.column")).append(" ")
 794             .append(column + 1);
 795
 796     if (ann.annotations[column] != null)
 797     {
 798       String description = ann.annotations[column].description;
 799       if (description != null && description.trim().length() > 0)
 800       {
 801         text.append("  ").append(description);
 802       }
 803     }
 804
 805     /*
 806      * if the annotation is sequence-specific, show the sequence number
 807      * in the alignment, and (if not a gap) the residue and position
 808      */
 809     SequenceI seqref = ann.sequenceRef;
 810     if (seqref != null)
 811     {
 812       int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(seqref);
 813       if (seqIndex != -1)
 814       {
 815         text.append(", ")
 816                 .append(MessageManager.getString("label.sequence"))
 817                 .append(" ")
 818                 .append(seqIndex + 1);
 819         char residue = seqref.getCharAt(column);
 820         if (!Comparison.isGap(residue))
 821         {
 822           text.append(" ");
 823           String name;
 824           if (av.getAlignment().isNucleotide())
 825           {
 826             name = ResidueProperties.nucleotideName.get(String
 827                     .valueOf(residue));
 828             text.append(" Nucleotide: ").append(
 829                     name != null ? name : residue);
 830           }
 831           else
 832           {
 833             name = 'X' == residue ? "X" : ('*' == residue ? "STOP"
 834                     : ResidueProperties.aa2Triplet.get(String
 835                             .valueOf(residue)));
 836             text.append(" Residue: ").append(name != null ? name : residue);
 837           }
 838           int residuePos = seqref.findPosition(column);
 839           text.append(" (").append(residuePos).append(")");
 840         }
 841       }
 842     }
 843
 844     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 845   }
 846
 847   /**
 848    * DOCUMENT ME!
 849    *
 850    * @param evt
 851    *          DOCUMENT ME!
 852    */
 853   @Override
 854   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 855   {
 856     // if (activeRow != -1)
 857     // {
 858     // AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 859     // AlignmentAnnotation anot = aa[activeRow];
 860     // }
 861   }
 862
 863   // TODO mouseClicked-content and drawCursor are quite experimental!
 864   public void drawCursor(Graphics graphics, SequenceI seq, int res, int x1,
 865           int y1)
 866   {
 867     int pady = av.getCharHeight() / 5;
 868     int charOffset = 0;
 869     graphics.setColor(Color.black);
 870     graphics.fillRect(x1, y1, av.getCharWidth(), av.getCharHeight());
 871
 872     if (av.validCharWidth)
 873     {
 874       graphics.setColor(Color.white);
 875
 876       char s = seq.getCharAt(res);
 877
 878       charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 879       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 880               (y1 + av.getCharHeight()) - pady);
 881     }
 882
 883   }
 884
 885   private volatile boolean imageFresh = false;
 886
 887   /**
 888    * DOCUMENT ME!
 889    *
 890    * @param g
 891    *          DOCUMENT ME!
 892    */
 893   @Override
 894   public void paintComponent(Graphics g)
 895   {
 896     g.setColor(Color.white);
 897     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 898
 899     if (image != null)
 900     {
 901       if (fastPaint || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 902               || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))
 903       {
 904         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 905         fastPaint = false;
 906         return;
 907       }
 908     }
 909     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.getCharWidth();
 910     if (imgWidth < 1)
 911     {
 912       return;
 913     }
 914     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this)
 915             || image.getHeight(this) != getHeight())
 916     {
 917       try
 918       {
 919         image = new BufferedImage(imgWidth, ap.getAnnotationPanel()
 920                 .getHeight(), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 921       } catch (OutOfMemoryError oom)
 922       {
 923         try
 924         {
 925           System.gc();
 926         } catch (Exception x)
 927         {
 928         }
 929         ;
 930         new OOMWarning(
 931                 "Couldn't allocate memory to redraw screen. Please restart Jalview",
 932                 oom);
 933         return;
 934       }
 935       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 936
 937       if (av.antiAlias)
 938       {
 939         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 940                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 941       }
 942
 943       gg.setFont(av.getFont());
 944       fm = gg.getFontMetrics();
 945       gg.setColor(Color.white);
 946       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 947       imageFresh = true;
 948     }
 949
 950     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 951     imageFresh = false;
 952     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 953   }
 954
 955   /**
 956    * set true to enable redraw timing debug output on stderr
 957    */
 958   private final boolean debugRedraw = false;
 959
 960   /**
 961    * non-Thread safe repaint
 962    *
 963    * @param horizontal
 964    *          repaint with horizontal shift in alignment
 965    */
 966   public void fastPaint(int horizontal)
 967   {
 968     if ((horizontal == 0) || gg == null
 969             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null
 970             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1
 971             || av.isCalcInProgress())
 972     {
 973       repaint();
 974       return;
 975     }
 976     long stime = System.currentTimeMillis();
 977     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(),
 978             -horizontal * av.getCharWidth(), 0);
 979     long mtime = System.currentTimeMillis();
 980     int sr = av.startRes;
 981     int er = av.endRes + 1;
 982     int transX = 0;
 983
 984     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 985     {
 986       transX = (er - sr - horizontal) * av.getCharWidth();
 987       sr = er - horizontal;
 988     }
 989     else if (horizontal < 0)
 990     {
 991       er = sr - horizontal;
 992     }
 993
 994     gg.translate(transX, 0);
 995
 996     drawComponent(gg, sr, er);
 997
 998     gg.translate(-transX, 0);
 999     long dtime = System.currentTimeMillis();
1000     fastPaint = true;
1001     repaint();
1002     long rtime = System.currentTimeMillis();
1003     if (debugRedraw)
1004     {
1005       System.err.println("Scroll:\t" + horizontal + "\tCopyArea:\t"
1006               + (mtime - stime) + "\tDraw component:\t" + (dtime - mtime)
1007               + "\tRepaint call:\t" + (rtime - dtime));
1008     }
1009
1010   }
1011
1012   private volatile boolean lastImageGood = false;
1013
1014   /**
1015    * DOCUMENT ME!
1016    *
1017    * @param g
1018    *          DOCUMENT ME!
1019    * @param startRes
1020    *          DOCUMENT ME!
1021    * @param endRes
1022    *          DOCUMENT ME!
1023    */
1024   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
1025   {
1026     BufferedImage oldFaded = fadedImage;
1027     if (av.isCalcInProgress())
1028     {
1029       if (image == null)
1030       {
1031         lastImageGood = false;
1032         return;
1033       }
1034       // We'll keep a record of the old image,
1035       // and draw a faded image until the calculation
1036       // has completed
1037       if (lastImageGood
1038               && (fadedImage == null || fadedImage.getWidth() != imgWidth || fadedImage
1039                       .getHeight() != image.getHeight()))
1040       {
1041         // System.err.println("redraw faded image ("+(fadedImage==null ?
1042         // "null image" : "") + " lastGood="+lastImageGood+")");
1043         fadedImage = new BufferedImage(imgWidth, image.getHeight(),
1044                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
1045
1046         Graphics2D fadedG = (Graphics2D) fadedImage.getGraphics();
1047
1048         fadedG.setColor(Color.white);
1049         fadedG.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
1050
1051         fadedG.setComposite(AlphaComposite.getInstance(
1052                 AlphaComposite.SRC_OVER, .3f));
1053         fadedG.drawImage(image, 0, 0, this);
1054
1055       }
1056       // make sure we don't overwrite the last good faded image until all
1057       // calculations have finished
1058       lastImageGood = false;
1059
1060     }
1061     else
1062     {
1063       if (fadedImage != null)
1064       {
1065         oldFaded = fadedImage;
1066       }
1067       fadedImage = null;
1068     }
1069
1070     g.setColor(Color.white);
1071     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.getCharWidth(), getHeight());
1072
1073     g.setFont(av.getFont());
1074     if (fm == null)
1075     {
1076       fm = g.getFontMetrics();
1077     }
1078
1079     if ((av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
1080             || (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1))
1081     {
1082       g.setColor(Color.white);
1083       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
1084       g.setColor(Color.black);
1085       if (av.validCharWidth)
1086       {
1087         g.drawString(MessageManager
1088                 .getString("label.alignment_has_no_annotations"), 20, 15);
1089       }
1090
1091       return;
1092     }
1093     lastImageGood = renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow,
1094             startRes, endRes);
1095     if (!lastImageGood && fadedImage == null)
1096     {
1097       fadedImage = oldFaded;
1098     }
1099   }
1100
1101   @Override
1102   public FontMetrics getFontMetrics()
1103   {
1104     return fm;
1105   }
1106
1107   @Override
1108   public Image getFadedImage()
1109   {
1110     return fadedImage;
1111   }
1112
1113   @Override
1114   public int getFadedImageWidth()
1115   {
1116     return imgWidth;
1117   }
1118
1119   private int[] bounds = new int[2];
1120
1121   @Override
1122   public int[] getVisibleVRange()
1123   {
1124     if (ap != null && ap.getAlabels() != null)
1125     {
1126       int sOffset = -ap.getAlabels().getScrollOffset();
1127       int visHeight = sOffset + ap.annotationSpaceFillerHolder.getHeight();
1128       bounds[0] = sOffset;
1129       bounds[1] = visHeight;
1130       return bounds;
1131     }
1132     else
1133     {
1134       return null;
1135     }
1136   }
1137
1138   /**
1139    * Try to ensure any references held are nulled
1140    */
1141   public void dispose()
1142   {
1143     av = null;
1144     ap = null;
1145     image = null;
1146     fadedImage = null;
1147     gg = null;
1148     _mwl = null;
1149
1150     /*
1151      * I created the renderer so I will dispose of it
1152      */
1153     if (renderer != null)
1154     {
1155       renderer.dispose();
1156     }
1157   }
1158 }