src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  39     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  40 {\r
  41     static String HELIX = "Helix";\r
  42     static String SHEET = "Sheet";\r
  43     static String LABEL = "Label";\r
  44     static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  45     static String COLOUR = "Colour";\r
  46     static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  47     static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  48 \r
  49     /** DOCUMENT ME!! */\r
  50     public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     AlignmentPanel ap;\r
  53     int activeRow = -1;\r
  54     Vector activeRes;\r
  55     BufferedImage image;\r
  56     Graphics2D gg;\r
  57     FontMetrics fm;\r
  58     int imgWidth = 0;\r
  59     boolean fastPaint = false;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Creates a new AnnotationPanel object.\r
  63      *\r
  64      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  65      */\r
  66     public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  67     {\r
  68         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  69         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  70         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  71         this.ap = ap;\r
  72         av = ap.av;\r
  73         this.setLayout(null);\r
  74         addMouseListener(this);\r
  75         addMouseMotionListener(this);\r
  76         ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * DOCUMENT ME!\r
  81      *\r
  82      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  83      */\r
  84     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  85     {\r
  86         ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());\r
  87     }\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * DOCUMENT ME!\r
  91      */\r
  92     public void adjustPanelHeight()\r
  93     {\r
  94         // setHeight of panels\r
  95         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  96         int height = 0;\r
  97 \r
  98         if (aa != null)\r
  99         {\r
 100             for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 101             {\r
 102                 if (!aa[i].visible)\r
 103                 {\r
 104                     continue;\r
 105                 }\r
 106 \r
 107                 aa[i].height = 0;\r
 108 \r
 109                 if (aa[i].hasText)\r
 110                 {\r
 111                     aa[i].height += av.charHeight;\r
 112                 }\r
 113 \r
 114                 if (aa[i].hasIcons)\r
 115                 {\r
 116                     aa[i].height += 16;\r
 117                 }\r
 118 \r
 119                 if (aa[i].isGraph)\r
 120                 {\r
 121                     aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 122                 }\r
 123 \r
 124                 if (aa[i].height == 0)\r
 125                 {\r
 126                     aa[i].height = 20;\r
 127                 }\r
 128 \r
 129                 height += aa[i].height;\r
 130             }\r
 131         }\r
 132         else\r
 133         {\r
 134             height = 20;\r
 135         }\r
 136 \r
 137         this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 138     }\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * DOCUMENT ME!\r
 142      *\r
 143      * @param col DOCUMENT ME!\r
 144      */\r
 145     public void removeEditableColumn(int col)\r
 146     {\r
 147         if (activeRow == -1)\r
 148         {\r
 149             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 150 \r
 151             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 152             {\r
 153                 if (aa[j].editable)\r
 154                 {\r
 155                     activeRow = j;\r
 156 \r
 157                     break;\r
 158                 }\r
 159             }\r
 160         }\r
 161 \r
 162         if ((activeRes != null) && activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 163         {\r
 164             activeRes.removeElement(String.valueOf(col));\r
 165         }\r
 166 \r
 167         repaint();\r
 168     }\r
 169 \r
 170     /**\r
 171      * DOCUMENT ME!\r
 172      *\r
 173      * @param col DOCUMENT ME!\r
 174      */\r
 175     public void addEditableColumn(int col)\r
 176     {\r
 177         if (activeRow == -1)\r
 178         {\r
 179             AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 180 \r
 181             for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 182             {\r
 183                 if (aa[j].editable)\r
 184                 {\r
 185                     activeRow = j;\r
 186 \r
 187                     break;\r
 188                 }\r
 189             }\r
 190         }\r
 191 \r
 192         if (activeRes == null)\r
 193         {\r
 194             activeRes = new Vector();\r
 195         }\r
 196 \r
 197         if (!activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 198         {\r
 199             activeRes.addElement(String.valueOf(col));\r
 200         }\r
 201 \r
 202         repaint();\r
 203     }\r
 204 \r
 205     /**\r
 206      * DOCUMENT ME!\r
 207      *\r
 208      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 209      */\r
 210     public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 211     {\r
 212         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 213         Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 214 \r
 215         if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 216         {\r
 217             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 218             {\r
 219                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 220                 anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 221             }\r
 222         }\r
 223         else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 224         {\r
 225             String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 226                     "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 227 \r
 228             if (label == null)\r
 229             {\r
 230                 return;\r
 231             }\r
 232 \r
 233             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 234             {\r
 235                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 236             }\r
 237 \r
 238             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 239             {\r
 240                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 241 \r
 242                 if (anot[index] == null)\r
 243                 {\r
 244                     anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 245                 }\r
 246 \r
 247                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 248             }\r
 249         }\r
 250         else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 251         {\r
 252             Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 253                     "Choose foreground colour", Color.black);\r
 254 \r
 255             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 256             {\r
 257                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 258 \r
 259                 if (anot[index] == null)\r
 260                 {\r
 261                     anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 262                 }\r
 263 \r
 264                 anot[index].colour = col;\r
 265             }\r
 266         }\r
 267         else // HELIX OR SHEET\r
 268         {\r
 269             char type = 0;\r
 270             String symbol = "\u03B1";\r
 271 \r
 272             if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 273             {\r
 274                 type = 'H';\r
 275             }\r
 276             else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 277             {\r
 278                 type = 'E';\r
 279                 symbol = "\u03B2";\r
 280             }\r
 281 \r
 282             if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 283             {\r
 284                 aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 285             }\r
 286 \r
 287             String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?",\r
 288                     symbol);\r
 289 \r
 290             if (label == null)\r
 291             {\r
 292                 return;\r
 293             }\r
 294 \r
 295             if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 296             {\r
 297                 aa[activeRow].hasText = true;\r
 298             }\r
 299 \r
 300             for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 301             {\r
 302                 int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 303 \r
 304                 if (anot[index] == null)\r
 305                 {\r
 306                     anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 307                 }\r
 308 \r
 309                 anot[index].secondaryStructure = type;\r
 310                 anot[index].displayCharacter = label;\r
 311             }\r
 312         }\r
 313 \r
 314         adjustPanelHeight();\r
 315         activeRes = null;\r
 316         repaint();\r
 317 \r
 318         return;\r
 319     }\r
 320 \r
 321     /**\r
 322      * DOCUMENT ME!\r
 323      *\r
 324      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 325      */\r
 326     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 327     {\r
 328         int height = 0;\r
 329         activeRow = -1;\r
 330 \r
 331         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 332 \r
 333         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 334         {\r
 335             height += aa[i].height;\r
 336 \r
 337             if (evt.getY() < height)\r
 338             {\r
 339                 if (aa[i].editable)\r
 340                 {\r
 341                     activeRow = i;\r
 342                 }\r
 343                 else\r
 344                 {\r
 345                     activeRes = null;\r
 346                 }\r
 347 \r
 348                 break;\r
 349             }\r
 350         }\r
 351 \r
 352         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 353         {\r
 354             if (activeRes == null)\r
 355             {\r
 356                 return;\r
 357             }\r
 358 \r
 359             JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 360             JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 361             item.addActionListener(this);\r
 362             pop.add(item);\r
 363             item = new JMenuItem(SHEET);\r
 364             item.addActionListener(this);\r
 365             pop.add(item);\r
 366             item = new JMenuItem(LABEL);\r
 367             item.addActionListener(this);\r
 368             pop.add(item);\r
 369             item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 370             item.addActionListener(this);\r
 371             pop.add(item);\r
 372             item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 373             item.addActionListener(this);\r
 374             pop.add(item);\r
 375             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 376 \r
 377             return;\r
 378         }\r
 379 \r
 380         if (aa == null)\r
 381         {\r
 382             return;\r
 383         }\r
 384 \r
 385         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 386 \r
 387         if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 388         {\r
 389             addEditableColumn(res);\r
 390         }\r
 391         else if (evt.isShiftDown())\r
 392         {\r
 393             if (activeRes == null)\r
 394             {\r
 395                 activeRes = new Vector();\r
 396             }\r
 397             else\r
 398             {\r
 399                 int start = Integer.parseInt(activeRes.get(activeRes.size() -\r
 400                             1).toString());\r
 401                 int end = res;\r
 402 \r
 403                 if (end < start)\r
 404                 {\r
 405                     int temp = end;\r
 406                     end = start;\r
 407                     start = temp;\r
 408                 }\r
 409 \r
 410                 for (int n = start; n <= end; n++)\r
 411                 {\r
 412                     addEditableColumn(n);\r
 413                 }\r
 414             }\r
 415         }\r
 416         else\r
 417         {\r
 418             activeRes = new Vector();\r
 419             activeRes.addElement(String.valueOf(res));\r
 420         }\r
 421 \r
 422         repaint();\r
 423     }\r
 424 \r
 425     /**\r
 426      * DOCUMENT ME!\r
 427      *\r
 428      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 429      */\r
 430     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 431     {\r
 432     }\r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * DOCUMENT ME!\r
 436      *\r
 437      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 438      */\r
 439     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 440     {\r
 441     }\r
 442 \r
 443     /**\r
 444      * DOCUMENT ME!\r
 445      *\r
 446      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 447      */\r
 448     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 449     {\r
 450     }\r
 451 \r
 452     /**\r
 453      * DOCUMENT ME!\r
 454      *\r
 455      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 456      */\r
 457     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 458     {\r
 459     }\r
 460 \r
 461     /**\r
 462      * DOCUMENT ME!\r
 463      *\r
 464      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 465      */\r
 466     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 467     {\r
 468         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 469 \r
 470         if (aa == null)\r
 471         {\r
 472             return;\r
 473         }\r
 474 \r
 475         int row = -1;\r
 476         int height = 0;\r
 477 \r
 478         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 479         {\r
 480             if (aa[i].visible)\r
 481             {\r
 482                 height += aa[i].height;\r
 483             }\r
 484 \r
 485             if (evt.getY() < height)\r
 486             {\r
 487                 row = i;\r
 488 \r
 489                 break;\r
 490             }\r
 491         }\r
 492 \r
 493         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 494 \r
 495         if ((row > -1) && (res < aa[row].annotations.length) &&\r
 496                 (aa[row].annotations[res] != null))\r
 497         {\r
 498             this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 499 \r
 500             StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 501                     (res + 1) + "  " + aa[row].annotations[res].description);\r
 502             ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 503         }\r
 504     }\r
 505 \r
 506     /**\r
 507      * DOCUMENT ME!\r
 508      *\r
 509      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 510      */\r
 511     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 512     {\r
 513     }\r
 514 \r
 515     /**\r
 516      * DOCUMENT ME!\r
 517      *\r
 518      * @param g DOCUMENT ME!\r
 519      */\r
 520     public void paintComponent(Graphics g)\r
 521     {\r
 522         g.setColor(Color.white);\r
 523         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 524 \r
 525         if (fastPaint)\r
 526         {\r
 527             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 528             fastPaint = false;\r
 529 \r
 530             return;\r
 531         }\r
 532 \r
 533         imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 534 \r
 535         image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 536                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 537         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 538         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 539             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 540 \r
 541         gg.setFont(av.getFont());\r
 542 \r
 543         drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 544         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 545     }\r
 546 \r
 547     /**\r
 548      * DOCUMENT ME!\r
 549      *\r
 550      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 551      */\r
 552     public void fastPaint(int horizontal)\r
 553     {\r
 554         if ((horizontal == 0) ||\r
 555                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 556                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 557         {\r
 558             repaint();\r
 559 \r
 560             return;\r
 561         }\r
 562 \r
 563         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 564 \r
 565         int sr = av.startRes;\r
 566         int er = av.endRes + 1;\r
 567         int transX = 0;\r
 568 \r
 569         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 570         {\r
 571             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 572             sr = er - horizontal;\r
 573         }\r
 574         else if (horizontal < 0)\r
 575         {\r
 576             er = sr - horizontal;\r
 577         }\r
 578 \r
 579         gg.translate(transX, 0);\r
 580 \r
 581         drawComponent(gg, sr, er);\r
 582 \r
 583         gg.translate(-transX, 0);\r
 584 \r
 585         fastPaint = true;\r
 586         repaint();\r
 587     }\r
 588 \r
 589     /**\r
 590      * DOCUMENT ME!\r
 591      *\r
 592      * @param g DOCUMENT ME!\r
 593      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 594      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 595      */\r
 596     public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 597     {\r
 598       if(fm==null)\r
 599         fm = g.getFontMetrics();\r
 600 \r
 601         g.setColor(Color.white);\r
 602         g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 603 \r
 604         if ((av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 605                 (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 606         {\r
 607             g.setColor(Color.white);\r
 608             g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 609             g.setColor(Color.black);\r
 610             g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 611 \r
 612             return;\r
 613         }\r
 614 \r
 615         AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 616 \r
 617         int j;\r
 618         int x = 0;\r
 619         int y = 0;\r
 620         char[] lastSS = new char[aa.length];\r
 621         int[] lastSSX = new int[aa.length];\r
 622         int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 623         boolean validRes = false;\r
 624 \r
 625         //\u03B2 \u03B1\r
 626         for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 627         {\r
 628             AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 629 \r
 630             if (!row.visible)\r
 631             {\r
 632                 continue;\r
 633             }\r
 634 \r
 635             if (row.isGraph)\r
 636             {\r
 637                 // this is so that we draw the characters below the graph\r
 638                 y += row.height;\r
 639 \r
 640                 if (row.hasText)\r
 641                 {\r
 642                     y -= av.charHeight;\r
 643                 }\r
 644             }\r
 645 \r
 646             if (row.hasText)\r
 647             {\r
 648                 iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 649             }\r
 650             else\r
 651             {\r
 652                 iconOffset = 0;\r
 653             }\r
 654 \r
 655             for (j = startRes; j < endRes; j++)\r
 656             {\r
 657                 if ((row.annotations.length <= j) ||\r
 658                         (row.annotations[j] == null))\r
 659                 {\r
 660                     validRes = false;\r
 661                 }\r
 662                 else\r
 663                 {\r
 664                     validRes = true;\r
 665                 }\r
 666 \r
 667                 x = (j - startRes) * av.charWidth;\r
 668 \r
 669                 if (activeRow == i)\r
 670                 {\r
 671                     g.setColor(Color.red);\r
 672 \r
 673                     if (activeRes != null)\r
 674                     {\r
 675                         for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 676                         {\r
 677                             int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString());\r
 678 \r
 679                             if (v == j)\r
 680                             {\r
 681                                 g.fillRect((j - startRes) * av.charWidth, y,\r
 682                                     av.charWidth, row.height);\r
 683                             }\r
 684                         }\r
 685                     }\r
 686                 }\r
 687 \r
 688                 if (validRes &&\r
 689                         (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0))\r
 690                 {\r
 691                     int charOffset = (av.charWidth -\r
 692                         fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.charAt(\r
 693                                 0))) / 2;\r
 694                     g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 695 \r
 696                     if (j == 0)\r
 697                     {\r
 698                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 699                             y + iconOffset + 2);\r
 700                     }\r
 701                     else if (((row.annotations[j - 1] == null) ||\r
 702                             (row.annotations[j].displayCharacter != row.annotations[j -\r
 703                             1].displayCharacter)))\r
 704                     {\r
 705                         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x+charOffset,\r
 706                             y + iconOffset + 2);\r
 707                     }\r
 708                 }\r
 709 \r
 710                 if (row.hasIcons)\r
 711                 {\r
 712                     if (!validRes ||\r
 713                             (row.annotations[j].secondaryStructure != lastSS[i]))\r
 714                     {\r
 715                         switch (lastSS[i])\r
 716                         {\r
 717                         case 'H':\r
 718                             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 719                             g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 720                                 x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 721 \r
 722                             break;\r
 723 \r
 724                         case 'E':\r
 725                             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 726                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 727                                 x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 728                             g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 729                                 new int[]\r
 730                                 {\r
 731                                     y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 732                                     y + 8 + iconOffset\r
 733                                 }, 3);\r
 734 \r
 735                             break;\r
 736 \r
 737                         case 'C':\r
 738                             break;\r
 739 \r
 740                         default:\r
 741                             g.setColor(Color.gray);\r
 742                             g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset,\r
 743                                 x - lastSSX[i], 2);\r
 744 \r
 745                             break;\r
 746                         }\r
 747 \r
 748                         if (validRes)\r
 749                         {\r
 750                             lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 751                         }\r
 752                         else\r
 753                         {\r
 754                             lastSS[i] = ' ';\r
 755                         }\r
 756 \r
 757                         lastSSX[i] = x;\r
 758                     }\r
 759                 }\r
 760 \r
 761                 if (validRes && row.isGraph)\r
 762                 {\r
 763                     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 764 \r
 765                     int height = (int) ((row.annotations[j].value / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 766 \r
 767                     if (row.windowLength > 1)\r
 768                     {\r
 769                         int total = 0;\r
 770 \r
 771                         for (int i2 = j - (row.windowLength / 2);\r
 772                                 i2 < (j + (row.windowLength / 2)); i2++)\r
 773                         {\r
 774                             if ((i2 < 0) || (i2 >= av.alignment.getWidth()))\r
 775                             {\r
 776                                 continue;\r
 777                             }\r
 778 \r
 779                             total += row.annotations[i2].value;\r
 780                         }\r
 781 \r
 782                         total /= row.windowLength;\r
 783                         height = (int) ((total / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 784                     }\r
 785 \r
 786                     g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 787                     g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 788                 }\r
 789             }\r
 790 \r
 791             x += av.charWidth;\r
 792 \r
 793             if (row.hasIcons)\r
 794             {\r
 795                 switch (lastSS[i])\r
 796                 {\r
 797                 case 'H':\r
 798                     g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 799                     g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 800                         x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 801 \r
 802                     break;\r
 803 \r
 804                 case 'E':\r
 805                     g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 806                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 807                         x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 808                     g.fillPolygon(new int[] { x - 4, x - 4, x },\r
 809                         new int[]\r
 810                         {\r
 811                             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 812                             y + 7 + iconOffset\r
 813                         }, 3);\r
 814 \r
 815                     break;\r
 816 \r
 817                 case 'C':\r
 818                     break;\r
 819 \r
 820                 default:\r
 821                     g.setColor(Color.gray);\r
 822                     g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset, x - lastSSX[i], 2);\r
 823 \r
 824                     break;\r
 825                 }\r
 826             }\r
 827 \r
 828             if (row.isGraph && row.hasText)\r
 829             {\r
 830                 y += av.charHeight;\r
 831             }\r
 832 \r
 833             if (!row.isGraph)\r
 834             {\r
 835                 y += aa[i].height;\r
 836             }\r
 837         }\r
 838     }\r
 839 \r
 840     // used by overview window\r
 841     public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y)\r
 842     {\r
 843         g.setColor(Color.white);\r
 844         g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 845         g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 846 \r
 847         int x = 0;\r
 848 \r
 849         for (int j = 0; j < aa.annotations.length; j++)\r
 850         {\r
 851             g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 852 \r
 853             int height = (int) ((aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 854             g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 855             x += av.charWidth;\r
 856         }\r
 857     }\r
 858 }\r