src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationPanel\r
  31     extends JPanel implements MouseListener,\r
  32     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  33 {\r
  34   static String HELIX = "Helix";\r
  35   static String SHEET = "Sheet";\r
  36   static String LABEL = "Label";\r
  37   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  38   static String COLOUR = "Colour";\r
  39   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  40   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  41 \r
  42   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  43   AlignViewport av;\r
  44   AlignmentPanel ap;\r
  45   int activeRow = -1;\r
  46   ArrayList activeRes;\r
  47   BufferedImage image;\r
  48   Graphics2D gg;\r
  49   FontMetrics fm;\r
  50   int imgWidth = 0;\r
  51   boolean fastPaint = false;\r
  52 \r
  53   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  54   {\r
  55     this.ap = ap;\r
  56     av = ap.av;\r
  57     this.setLayout(null);\r
  58     addMouseListener(this);\r
  59     addMouseMotionListener(this);\r
  60     adjustPanelHeight();\r
  61 \r
  62     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  66   {\r
  67     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public void adjustPanelHeight()\r
  71   {\r
  72     // setHeight of panels\r
  73     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  74     int height = 0;\r
  75 \r
  76     if (aa != null)\r
  77     {\r
  78       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  79       {\r
  80         if (!aa[i].visible)\r
  81         {\r
  82           continue;\r
  83         }\r
  84 \r
  85         aa[i].height = 0;\r
  86 \r
  87         if (aa[i].hasText)\r
  88         {\r
  89           aa[i].height += av.charHeight;\r
  90         }\r
  91 \r
  92         if (aa[i].hasIcons)\r
  93         {\r
  94           aa[i].height += 16;\r
  95         }\r
  96 \r
  97         if (aa[i].isGraph)\r
  98         {\r
  99           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 100         }\r
 101 \r
 102         if (aa[i].height == 0)\r
 103         {\r
 104           aa[i].height = 20;\r
 105         }\r
 106 \r
 107         height += aa[i].height;\r
 108       }\r
 109     }\r
 110     else\r
 111     {\r
 112       height = 20;\r
 113     }\r
 114 \r
 115     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void addEditableColumn(int i)\r
 119   {\r
 120     if (activeRow == -1)\r
 121     {\r
 122       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 123 \r
 124       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 125       {\r
 126         if (aa[j].editable)\r
 127         {\r
 128           activeRow = j;\r
 129 \r
 130           break;\r
 131         }\r
 132       }\r
 133     }\r
 134 \r
 135     if (activeRes == null)\r
 136     {\r
 137       activeRes = new ArrayList();\r
 138       activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 139 \r
 140       return;\r
 141     }\r
 142 \r
 143     activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 144   }\r
 145 \r
 146   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 147   {\r
 148     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 149     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 150 \r
 151     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 152     {\r
 153       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 154       {\r
 155         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 156         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 157       }\r
 158     }\r
 159     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 160     {\r
 161       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 162                                                  "Enter label",\r
 163                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 164 \r
 165       if (label == null)\r
 166       {\r
 167         label = "";\r
 168       }\r
 169 \r
 170       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 171       {\r
 172         aa[activeRow].hasText = true;\r
 173       }\r
 174 \r
 175       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 176       {\r
 177         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 178 \r
 179         if (anot[index] == null)\r
 180         {\r
 181           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 182         }\r
 183 \r
 184         anot[index].displayCharacter = label;\r
 185       }\r
 186     }\r
 187     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 188     {\r
 189       Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 190                                            "Choose foreground colour",\r
 191                                            Color.black);\r
 192 \r
 193       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 194       {\r
 195         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 196 \r
 197         if (anot[index] == null)\r
 198         {\r
 199           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 200         }\r
 201 \r
 202         anot[index].colour = col;\r
 203       }\r
 204     }\r
 205     else // HELIX OR SHEET\r
 206     {\r
 207       char type = 0;\r
 208       String symbol = "\u03B1";\r
 209 \r
 210       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 211       {\r
 212         type = 'H';\r
 213       }\r
 214       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 215       {\r
 216         type = 'E';\r
 217         symbol = "\u03B2";\r
 218       }\r
 219 \r
 220       if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 221       {\r
 222         aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 223       }\r
 224 \r
 225       String label = JOptionPane.showInputDialog(\r
 226           "Enter a label for the structure?",\r
 227           symbol);\r
 228 \r
 229       if (label == null)\r
 230       {\r
 231         label = "";\r
 232       }\r
 233 \r
 234       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 235       {\r
 236         aa[activeRow].hasText = true;\r
 237       }\r
 238 \r
 239       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 240       {\r
 241         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 242 \r
 243         if (anot[index] == null)\r
 244         {\r
 245           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 246         }\r
 247 \r
 248         anot[index].secondaryStructure = type;\r
 249         anot[index].displayCharacter = label;\r
 250       }\r
 251     }\r
 252 \r
 253     adjustPanelHeight();\r
 254     activeRes = null;\r
 255     repaint();\r
 256 \r
 257     return;\r
 258   }\r
 259 \r
 260   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 261   {\r
 262     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 263     {\r
 264       if (activeRes == null)\r
 265       {\r
 266         return;\r
 267       }\r
 268 \r
 269       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 270       JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 271       item.addActionListener(this);\r
 272       pop.add(item);\r
 273       item = new JMenuItem(SHEET);\r
 274       item.addActionListener(this);\r
 275       pop.add(item);\r
 276       item = new JMenuItem(LABEL);\r
 277       item.addActionListener(this);\r
 278       pop.add(item);\r
 279       item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 280       item.addActionListener(this);\r
 281       pop.add(item);\r
 282       item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 283       item.addActionListener(this);\r
 284       pop.add(item);\r
 285       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 286 \r
 287       return;\r
 288     }\r
 289 \r
 290     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 291 \r
 292     if (aa == null)\r
 293     {\r
 294       return;\r
 295     }\r
 296 \r
 297     int height = 0;\r
 298     activeRow = -1;\r
 299 \r
 300     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 301     {\r
 302       height += aa[i].height;\r
 303 \r
 304       if (evt.getY() < height)\r
 305       {\r
 306         if (!aa[i].editable)\r
 307         {\r
 308           activeRes = null;\r
 309 \r
 310           continue;\r
 311         }\r
 312 \r
 313         activeRow = i;\r
 314 \r
 315         break;\r
 316       }\r
 317     }\r
 318 \r
 319     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 320 \r
 321     if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 322     {\r
 323       addEditableColumn(res);\r
 324     }\r
 325     else if (evt.isShiftDown())\r
 326     {\r
 327       if (activeRes == null)\r
 328       {\r
 329         activeRes = new ArrayList();\r
 330       }\r
 331       else\r
 332       {\r
 333         int start = Integer.parseInt(activeRes.get(activeRes.size() -\r
 334             1).toString());\r
 335         int end = res;\r
 336 \r
 337         if (end < start)\r
 338         {\r
 339           int temp = end;\r
 340           end = start;\r
 341           start = temp;\r
 342         }\r
 343 \r
 344         for (int n = start; n <= end; n++)\r
 345         {\r
 346           addEditableColumn(n);\r
 347         }\r
 348       }\r
 349     }\r
 350     else\r
 351     {\r
 352       activeRes = new ArrayList();\r
 353       activeRes.add(String.valueOf(res));\r
 354     }\r
 355 \r
 356     repaint();\r
 357   }\r
 358 \r
 359   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 360   {\r
 361   }\r
 362 \r
 363   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 364   {\r
 365   }\r
 366 \r
 367   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 368   {\r
 369   }\r
 370 \r
 371   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 372   {\r
 373   }\r
 374 \r
 375   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 376   {\r
 377     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 378 \r
 379     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 380 \r
 381     if (aa == null)\r
 382     {\r
 383       return;\r
 384     }\r
 385 \r
 386     int row = -1;\r
 387     int height = 0;\r
 388 \r
 389     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 390     {\r
 391       if (aa[i].visible)\r
 392       {\r
 393         height += aa[i].height;\r
 394       }\r
 395 \r
 396       if (evt.getY() < height)\r
 397       {\r
 398         row = i;\r
 399 \r
 400         break;\r
 401       }\r
 402     }\r
 403 \r
 404     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 405 \r
 406     if ( (row > -1) && (res < aa[row].annotations.length) &&\r
 407         (aa[row].annotations[res] != null))\r
 408     {\r
 409       this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 410 \r
 411       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 412                                            (res + 1) + "  " +\r
 413                                            aa[row].annotations[res].description);\r
 414       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 415     }\r
 416   }\r
 417 \r
 418   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 419   {\r
 420   }\r
 421 \r
 422   public void paintComponent(Graphics g)\r
 423   {\r
 424     g.setColor(Color.white);\r
 425     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 426 \r
 427     if (fastPaint)\r
 428     {\r
 429       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 430       fastPaint = false;\r
 431 \r
 432       return;\r
 433     }\r
 434 \r
 435     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 436 \r
 437     image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 438                               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 439     gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 440     gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 441                         RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 442 \r
 443     gg.setFont(av.getFont());\r
 444     fm = gg.getFontMetrics();\r
 445 \r
 446     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 447     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 448   }\r
 449 \r
 450   public void fastPaint(int horizontal)\r
 451   {\r
 452     if ( (horizontal == 0) ||\r
 453         (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 454         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 455     {\r
 456       repaint();\r
 457 \r
 458       return;\r
 459     }\r
 460 \r
 461     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 462 \r
 463     int sr = av.startRes;\r
 464     int er = av.endRes + 1;\r
 465     int transX = 0;\r
 466 \r
 467     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 468     {\r
 469       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 470       sr = er - horizontal;\r
 471     }\r
 472     else if (horizontal < 0)\r
 473     {\r
 474       er = sr - horizontal;\r
 475     }\r
 476 \r
 477     gg.translate(transX, 0);\r
 478 \r
 479     drawComponent(gg, sr, er);\r
 480 \r
 481     gg.translate( -transX, 0);\r
 482 \r
 483     fastPaint = true;\r
 484     repaint();\r
 485   }\r
 486 \r
 487   public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 488   {\r
 489     g.setColor(Color.white);\r
 490     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 491 \r
 492     if ( (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 493         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 494     {\r
 495       g.setColor(Color.white);\r
 496       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 497       g.setColor(Color.black);\r
 498       g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 499 \r
 500       return;\r
 501     }\r
 502 \r
 503     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 504 \r
 505     int j;\r
 506     int x = 0;\r
 507     int y = 0;\r
 508     char[] lastSS = new char[aa.length];\r
 509     int[] lastSSX = new int[aa.length];\r
 510     int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 511     boolean validRes = false;\r
 512 \r
 513     //\u03B2 \u03B1\r
 514     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 515     {\r
 516       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 517 \r
 518       if (!row.visible)\r
 519       {\r
 520         continue;\r
 521       }\r
 522 \r
 523       if (row.isGraph)\r
 524       {\r
 525         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 526         y += row.height;\r
 527 \r
 528         if (row.hasText)\r
 529         {\r
 530           y -= av.charHeight;\r
 531         }\r
 532       }\r
 533 \r
 534       if (row.hasText)\r
 535       {\r
 536         iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 537       }\r
 538       else\r
 539       {\r
 540         iconOffset = 0;\r
 541       }\r
 542 \r
 543       for (j = startRes; j < endRes; j++)\r
 544       {\r
 545         if ( (row.annotations.length <= j) ||\r
 546             (row.annotations[j] == null))\r
 547         {\r
 548           validRes = false;\r
 549         }\r
 550         else\r
 551         {\r
 552           validRes = true;\r
 553         }\r
 554 \r
 555         x = (j - startRes) * av.charWidth;\r
 556 \r
 557         if (activeRow == i)\r
 558         {\r
 559           g.setColor(Color.red);\r
 560 \r
 561           if (activeRes != null)\r
 562           {\r
 563             for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 564             {\r
 565               int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString());\r
 566 \r
 567               if (v == j)\r
 568               {\r
 569                 g.fillRect( (j - startRes) * av.charWidth, y,\r
 570                            av.charWidth, row.height);\r
 571               }\r
 572             }\r
 573           }\r
 574         }\r
 575 \r
 576         if (validRes &&\r
 577             (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0))\r
 578         {\r
 579           int charOffset = (av.charWidth -\r
 580                             fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.\r
 581                                          charAt(\r
 582                                              0))) / 2;\r
 583           g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 584 \r
 585           if (j == 0)\r
 586           {\r
 587             if ( (row.annotations[0].secondaryStructure == 'H') ||\r
 588                 (row.annotations[0].secondaryStructure == 'E'))\r
 589             {\r
 590               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter,\r
 591                            x, y + iconOffset + 2);\r
 592             }\r
 593           }\r
 594           else if ( ( (row.annotations[j].secondaryStructure == 'H') ||\r
 595                      (row.annotations[j].secondaryStructure == 'E')) &&\r
 596                    ( (row.annotations[j - 1] == null) ||\r
 597                     (row.annotations[j].secondaryStructure != row.annotations[j -\r
 598                      1].secondaryStructure)))\r
 599           {\r
 600             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 601                          y + iconOffset + 2);\r
 602           }\r
 603 \r
 604           if (!row.hasIcons)\r
 605           {\r
 606             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter,\r
 607                          x + charOffset, y + iconOffset + 2);\r
 608           }\r
 609         }\r
 610 \r
 611         if (row.hasIcons)\r
 612         {\r
 613           if (!validRes ||\r
 614               (row.annotations[j].secondaryStructure != lastSS[i]))\r
 615           {\r
 616             switch (lastSS[i])\r
 617             {\r
 618               case 'H':\r
 619                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 620                 g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 621                                 x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 622 \r
 623                 break;\r
 624 \r
 625               case 'E':\r
 626                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 627                 g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 628                            x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 629                 g.fillPolygon(new int[]\r
 630                               {x - 4, x - 4, x},\r
 631                               new int[]\r
 632                               {\r
 633                               y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 634                               y + 8 + iconOffset\r
 635                 }, 3);\r
 636 \r
 637                 break;\r
 638 \r
 639               case 'C':\r
 640                 break;\r
 641 \r
 642               default:\r
 643                 g.setColor(Color.gray);\r
 644                 g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset,\r
 645                            x - lastSSX[i], 2);\r
 646 \r
 647                 break;\r
 648             }\r
 649 \r
 650             if (validRes)\r
 651             {\r
 652               lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 653             }\r
 654             else\r
 655             {\r
 656               lastSS[i] = ' ';\r
 657             }\r
 658 \r
 659             lastSSX[i] = x;\r
 660           }\r
 661         }\r
 662 \r
 663         if (validRes && row.isGraph)\r
 664         {\r
 665           g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 666 \r
 667           int height = (int) ( (row.annotations[j].value / row.graphMax) *\r
 668                               GRAPH_HEIGHT);\r
 669 \r
 670           if (row.windowLength > 1)\r
 671           {\r
 672             int total = 0;\r
 673 \r
 674             for (int i2 = j - (row.windowLength / 2);\r
 675                  i2 < (j + (row.windowLength / 2)); i2++)\r
 676             {\r
 677               if ( (i2 < 0) || (i2 >= av.alignment.getWidth()))\r
 678               {\r
 679                 continue;\r
 680               }\r
 681 \r
 682               total += row.annotations[i2].value;\r
 683             }\r
 684 \r
 685             total /= row.windowLength;\r
 686             height = (int) ( (total / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 687           }\r
 688 \r
 689           g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 690           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 691         }\r
 692       }\r
 693 \r
 694       x += av.charWidth;\r
 695 \r
 696       if (row.hasIcons)\r
 697       {\r
 698         switch (lastSS[i])\r
 699         {\r
 700           case 'H':\r
 701             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 702             g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 703                             x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 704 \r
 705             break;\r
 706 \r
 707           case 'E':\r
 708             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 709             g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 710                        x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 711             g.fillPolygon(new int[]\r
 712                           {x - 4, x - 4, x},\r
 713                           new int[]\r
 714                           {\r
 715                           y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 716                           y + 7 + iconOffset\r
 717             }, 3);\r
 718 \r
 719             break;\r
 720 \r
 721           case 'C':\r
 722             break;\r
 723 \r
 724           default:\r
 725             g.setColor(Color.gray);\r
 726             g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset, x - lastSSX[i], 2);\r
 727 \r
 728             break;\r
 729         }\r
 730       }\r
 731 \r
 732       if (row.isGraph && row.hasText)\r
 733       {\r
 734         y += av.charHeight;\r
 735       }\r
 736 \r
 737       if (!row.isGraph)\r
 738       {\r
 739         y += aa[i].height;\r
 740       }\r
 741     }\r
 742   }\r
 743 \r
 744   // used by overview window\r
 745   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y)\r
 746   {\r
 747     g.setColor(Color.white);\r
 748     g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 749     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 750 \r
 751     int x = 0;\r
 752 \r
 753     for (int j = 0; j < aa.annotations.length; j++)\r
 754     {\r
 755       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 756 \r
 757       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) *\r
 758                           GRAPH_HEIGHT);\r
 759       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 760       x += av.charWidth;\r
 761     }\r
 762   }\r
 763 }\r