src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationPanel\r
  31     extends JPanel implements MouseListener,\r
  32     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  33 {\r
  34   static String HELIX = "Helix";\r
  35   static String SHEET = "Sheet";\r
  36   static String LABEL = "Label";\r
  37   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  38   static String COLOUR = "Colour";\r
  39   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  40   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  41 \r
  42   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  43   AlignViewport av;\r
  44   AlignmentPanel ap;\r
  45   int activeRow = -1;\r
  46   ArrayList activeRes;\r
  47   BufferedImage image;\r
  48   Graphics2D gg;\r
  49   FontMetrics fm;\r
  50   int imgWidth = 0;\r
  51   boolean fastPaint = false;\r
  52 \r
  53   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  54   {\r
  55     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  56     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  57     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  58     this.ap = ap;\r
  59     av = ap.av;\r
  60     this.setLayout(null);\r
  61     addMouseListener(this);\r
  62     addMouseMotionListener(this);\r
  63     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  67   {\r
  68     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void adjustPanelHeight()\r
  72   {\r
  73     // setHeight of panels\r
  74     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  75     int height = 0;\r
  76 \r
  77     if (aa != null)\r
  78     {\r
  79       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  80       {\r
  81         if (!aa[i].visible)\r
  82         {\r
  83           continue;\r
  84         }\r
  85 \r
  86         aa[i].height = 0;\r
  87 \r
  88         if (aa[i].hasText)\r
  89         {\r
  90           aa[i].height += av.charHeight;\r
  91         }\r
  92 \r
  93         if (aa[i].hasIcons)\r
  94         {\r
  95           aa[i].height += 16;\r
  96         }\r
  97 \r
  98         if (aa[i].isGraph)\r
  99         {\r
 100           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 101         }\r
 102 \r
 103         if (aa[i].height == 0)\r
 104         {\r
 105           aa[i].height = 20;\r
 106         }\r
 107 \r
 108         height += aa[i].height;\r
 109       }\r
 110     }\r
 111     else\r
 112     {\r
 113       height = 20;\r
 114     }\r
 115 \r
 116     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 117   }\r
 118 \r
 119   public void addEditableColumn(int i)\r
 120   {\r
 121     if (activeRow == -1)\r
 122     {\r
 123       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 124 \r
 125       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 126       {\r
 127         if (aa[j].editable)\r
 128         {\r
 129           activeRow = j;\r
 130 \r
 131           break;\r
 132         }\r
 133       }\r
 134     }\r
 135 \r
 136     if (activeRes == null)\r
 137     {\r
 138       activeRes = new ArrayList();\r
 139       activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 140 \r
 141       return;\r
 142     }\r
 143 \r
 144     activeRes.add(String.valueOf(i));\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 148   {\r
 149     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 150     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 151 \r
 152     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 153     {\r
 154       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 155       {\r
 156         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 157         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 158       }\r
 159     }\r
 160     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 161     {\r
 162       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 163                                                  "Enter label",\r
 164                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 165 \r
 166       if (label == null)\r
 167       {\r
 168         label = "";\r
 169       }\r
 170 \r
 171       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 172       {\r
 173         aa[activeRow].hasText = true;\r
 174       }\r
 175 \r
 176       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 177       {\r
 178         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 179 \r
 180         if (anot[index] == null)\r
 181         {\r
 182           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 183         }\r
 184 \r
 185         anot[index].displayCharacter = label;\r
 186       }\r
 187     }\r
 188     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 189     {\r
 190       Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 191                                            "Choose foreground colour",\r
 192                                            Color.black);\r
 193 \r
 194       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 195       {\r
 196         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 197 \r
 198         if (anot[index] == null)\r
 199         {\r
 200           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 201         }\r
 202 \r
 203         anot[index].colour = col;\r
 204       }\r
 205     }\r
 206     else // HELIX OR SHEET\r
 207     {\r
 208       char type = 0;\r
 209       String symbol = "\u03B1";\r
 210 \r
 211       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 212       {\r
 213         type = 'H';\r
 214       }\r
 215       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 216       {\r
 217         type = 'E';\r
 218         symbol = "\u03B2";\r
 219       }\r
 220 \r
 221       if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 222       {\r
 223         aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 224       }\r
 225 \r
 226       String label = JOptionPane.showInputDialog(\r
 227           "Enter a label for the structure?",\r
 228           symbol);\r
 229 \r
 230       if (label == null)\r
 231       {\r
 232         label = "";\r
 233       }\r
 234 \r
 235       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 236       {\r
 237         aa[activeRow].hasText = true;\r
 238       }\r
 239 \r
 240       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 241       {\r
 242         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 243 \r
 244         if (anot[index] == null)\r
 245         {\r
 246           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 247         }\r
 248 \r
 249         anot[index].secondaryStructure = type;\r
 250         anot[index].displayCharacter = label;\r
 251       }\r
 252     }\r
 253 \r
 254     adjustPanelHeight();\r
 255     activeRes = null;\r
 256     repaint();\r
 257 \r
 258     return;\r
 259   }\r
 260 \r
 261   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 262   {\r
 263     int height = 0;\r
 264     activeRow = -1;\r
 265     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 266 \r
 267     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 268     {\r
 269       height += aa[i].height;\r
 270 \r
 271       if (evt.getY() < height)\r
 272       {\r
 273         if (aa[i].editable)\r
 274            activeRow = i;\r
 275          else\r
 276            activeRes = null;\r
 277 \r
 278         break;\r
 279       }\r
 280     }\r
 281 \r
 282 \r
 283     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 284     {\r
 285       if (activeRes == null)\r
 286       {\r
 287         return;\r
 288       }\r
 289 \r
 290 \r
 291       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 292       JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 293       item.addActionListener(this);\r
 294       pop.add(item);\r
 295       item = new JMenuItem(SHEET);\r
 296       item.addActionListener(this);\r
 297       pop.add(item);\r
 298       item = new JMenuItem(LABEL);\r
 299       item.addActionListener(this);\r
 300       pop.add(item);\r
 301       item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 302       item.addActionListener(this);\r
 303       pop.add(item);\r
 304       item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 305       item.addActionListener(this);\r
 306       pop.add(item);\r
 307       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 308 \r
 309       return;\r
 310     }\r
 311 \r
 312 \r
 313     if (aa == null)\r
 314     {\r
 315       return;\r
 316     }\r
 317 \r
 318 \r
 319     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 320 \r
 321     if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 322     {\r
 323       addEditableColumn(res);\r
 324     }\r
 325     else if (evt.isShiftDown())\r
 326     {\r
 327       if (activeRes == null)\r
 328       {\r
 329         activeRes = new ArrayList();\r
 330       }\r
 331       else\r
 332       {\r
 333         int start = Integer.parseInt(activeRes.get(activeRes.size() -\r
 334             1).toString());\r
 335         int end = res;\r
 336 \r
 337         if (end < start)\r
 338         {\r
 339           int temp = end;\r
 340           end = start;\r
 341           start = temp;\r
 342         }\r
 343 \r
 344         for (int n = start; n <= end; n++)\r
 345         {\r
 346           addEditableColumn(n);\r
 347         }\r
 348       }\r
 349     }\r
 350     else\r
 351     {\r
 352       activeRes = new ArrayList();\r
 353       activeRes.add(String.valueOf(res));\r
 354     }\r
 355 \r
 356     repaint();\r
 357   }\r
 358 \r
 359   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 360   {\r
 361   }\r
 362 \r
 363   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 364   {\r
 365   }\r
 366 \r
 367   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 368   {\r
 369   }\r
 370 \r
 371   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 372   {\r
 373   }\r
 374 \r
 375   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 376   {\r
 377     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 378 \r
 379     if (aa == null)\r
 380     {\r
 381       return;\r
 382     }\r
 383 \r
 384     int row = -1;\r
 385     int height = 0;\r
 386 \r
 387     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 388     {\r
 389       if (aa[i].visible)\r
 390       {\r
 391         height += aa[i].height;\r
 392       }\r
 393 \r
 394       if (evt.getY() < height)\r
 395       {\r
 396         row = i;\r
 397 \r
 398         break;\r
 399       }\r
 400     }\r
 401 \r
 402     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 403 \r
 404     if ( (row > -1) && (res < aa[row].annotations.length) &&\r
 405         (aa[row].annotations[res] != null))\r
 406     {\r
 407       this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 408 \r
 409       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 410                                            (res + 1) + "  " +\r
 411                                            aa[row].annotations[res].description);\r
 412       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 413     }\r
 414   }\r
 415 \r
 416   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 417   {\r
 418   }\r
 419 \r
 420   public void paintComponent(Graphics g)\r
 421   {\r
 422     g.setColor(Color.white);\r
 423     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 424 \r
 425     if (fastPaint)\r
 426     {\r
 427       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 428       fastPaint = false;\r
 429 \r
 430       return;\r
 431     }\r
 432 \r
 433     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 434 \r
 435     image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 436                               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 437     gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 438     gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 439                         RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 440 \r
 441     gg.setFont(av.getFont());\r
 442     fm = gg.getFontMetrics();\r
 443 \r
 444     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 445     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 446   }\r
 447 \r
 448   public void fastPaint(int horizontal)\r
 449   {\r
 450     if ( (horizontal == 0) ||\r
 451         (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 452         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 453     {\r
 454       repaint();\r
 455 \r
 456       return;\r
 457     }\r
 458 \r
 459     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 460 \r
 461     int sr = av.startRes;\r
 462     int er = av.endRes + 1;\r
 463     int transX = 0;\r
 464 \r
 465     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 466     {\r
 467       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 468       sr = er - horizontal;\r
 469     }\r
 470     else if (horizontal < 0)\r
 471     {\r
 472       er = sr - horizontal;\r
 473     }\r
 474 \r
 475     gg.translate(transX, 0);\r
 476 \r
 477     drawComponent(gg, sr, er);\r
 478 \r
 479     gg.translate( -transX, 0);\r
 480 \r
 481     fastPaint = true;\r
 482     repaint();\r
 483   }\r
 484 \r
 485   public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 486   {\r
 487     g.setColor(Color.white);\r
 488     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 489 \r
 490     if ( (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 491         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 492     {\r
 493       g.setColor(Color.white);\r
 494       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 495       g.setColor(Color.black);\r
 496       g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 497 \r
 498       return;\r
 499     }\r
 500 \r
 501     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 502 \r
 503     int j;\r
 504     int x = 0;\r
 505     int y = 0;\r
 506     char[] lastSS = new char[aa.length];\r
 507     int[] lastSSX = new int[aa.length];\r
 508     int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 509     boolean validRes = false;\r
 510 \r
 511     //\u03B2 \u03B1\r
 512     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 513     {\r
 514       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 515 \r
 516       if (!row.visible)\r
 517       {\r
 518         continue;\r
 519       }\r
 520 \r
 521       if (row.isGraph)\r
 522       {\r
 523         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 524         y += row.height;\r
 525 \r
 526         if (row.hasText)\r
 527         {\r
 528           y -= av.charHeight;\r
 529         }\r
 530       }\r
 531 \r
 532       if (row.hasText)\r
 533       {\r
 534         iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 535       }\r
 536       else\r
 537       {\r
 538         iconOffset = 0;\r
 539       }\r
 540 \r
 541       for (j = startRes; j < endRes; j++)\r
 542       {\r
 543         if ( (row.annotations.length <= j) ||\r
 544             (row.annotations[j] == null))\r
 545         {\r
 546           validRes = false;\r
 547         }\r
 548         else\r
 549         {\r
 550           validRes = true;\r
 551         }\r
 552 \r
 553         x = (j - startRes) * av.charWidth;\r
 554 \r
 555         if (activeRow == i)\r
 556         {\r
 557           g.setColor(Color.red);\r
 558 \r
 559           if (activeRes != null)\r
 560           {\r
 561             for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 562             {\r
 563               int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString());\r
 564 \r
 565               if (v == j)\r
 566               {\r
 567                 g.fillRect( (j - startRes) * av.charWidth, y,\r
 568                            av.charWidth, row.height);\r
 569               }\r
 570             }\r
 571           }\r
 572         }\r
 573 \r
 574         if (validRes &&\r
 575             (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0))\r
 576         {\r
 577           int charOffset = (av.charWidth -\r
 578                             fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.\r
 579                                          charAt(\r
 580                                              0))) / 2;\r
 581           g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 582 \r
 583           if (j == 0)\r
 584           {\r
 585             if ( (row.annotations[0].secondaryStructure == 'H') ||\r
 586                 (row.annotations[0].secondaryStructure == 'E'))\r
 587             {\r
 588               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter,\r
 589                            x, y + iconOffset + 2);\r
 590             }\r
 591           }\r
 592           else if ( ( (row.annotations[j].secondaryStructure == 'H') ||\r
 593                      (row.annotations[j].secondaryStructure == 'E')) &&\r
 594                    ( (row.annotations[j - 1] == null) ||\r
 595                     (row.annotations[j].secondaryStructure != row.annotations[j -\r
 596                      1].secondaryStructure)))\r
 597           {\r
 598             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 599                          y + iconOffset + 2);\r
 600           }\r
 601 \r
 602           if (!row.hasIcons)\r
 603           {\r
 604             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter,\r
 605                          x + charOffset, y + iconOffset + 2);\r
 606           }\r
 607         }\r
 608 \r
 609         if (row.hasIcons)\r
 610         {\r
 611           if (!validRes ||\r
 612               (row.annotations[j].secondaryStructure != lastSS[i]))\r
 613           {\r
 614             switch (lastSS[i])\r
 615             {\r
 616               case 'H':\r
 617                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 618                 g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 619                                 x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 620 \r
 621                 break;\r
 622 \r
 623               case 'E':\r
 624                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 625                 g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 626                            x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 627                 g.fillPolygon(new int[]\r
 628                               {x - 4, x - 4, x},\r
 629                               new int[]\r
 630                               {\r
 631                               y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 632                               y + 8 + iconOffset\r
 633                 }, 3);\r
 634 \r
 635                 break;\r
 636 \r
 637               case 'C':\r
 638                 break;\r
 639 \r
 640               default:\r
 641                 g.setColor(Color.gray);\r
 642                 g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset,\r
 643                            x - lastSSX[i], 2);\r
 644 \r
 645                 break;\r
 646             }\r
 647 \r
 648             if (validRes)\r
 649             {\r
 650               lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 651             }\r
 652             else\r
 653             {\r
 654               lastSS[i] = ' ';\r
 655             }\r
 656 \r
 657             lastSSX[i] = x;\r
 658           }\r
 659         }\r
 660 \r
 661         if (validRes && row.isGraph)\r
 662         {\r
 663           g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 664 \r
 665           int height = (int) ( (row.annotations[j].value / row.graphMax) *\r
 666                               GRAPH_HEIGHT);\r
 667 \r
 668           if (row.windowLength > 1)\r
 669           {\r
 670             int total = 0;\r
 671 \r
 672             for (int i2 = j - (row.windowLength / 2);\r
 673                  i2 < (j + (row.windowLength / 2)); i2++)\r
 674             {\r
 675               if ( (i2 < 0) || (i2 >= av.alignment.getWidth()))\r
 676               {\r
 677                 continue;\r
 678               }\r
 679 \r
 680               total += row.annotations[i2].value;\r
 681             }\r
 682 \r
 683             total /= row.windowLength;\r
 684             height = (int) ( (total / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 685           }\r
 686 \r
 687           g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 688           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 689         }\r
 690       }\r
 691 \r
 692       x += av.charWidth;\r
 693 \r
 694       if (row.hasIcons)\r
 695       {\r
 696         switch (lastSS[i])\r
 697         {\r
 698           case 'H':\r
 699             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 700             g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 701                             x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 702 \r
 703             break;\r
 704 \r
 705           case 'E':\r
 706             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 707             g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 708                        x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 709             g.fillPolygon(new int[]\r
 710                           {x - 4, x - 4, x},\r
 711                           new int[]\r
 712                           {\r
 713                           y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 714                           y + 7 + iconOffset\r
 715             }, 3);\r
 716 \r
 717             break;\r
 718 \r
 719           case 'C':\r
 720             break;\r
 721 \r
 722           default:\r
 723             g.setColor(Color.gray);\r
 724             g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset, x - lastSSX[i], 2);\r
 725 \r
 726             break;\r
 727         }\r
 728       }\r
 729 \r
 730       if (row.isGraph && row.hasText)\r
 731       {\r
 732         y += av.charHeight;\r
 733       }\r
 734 \r
 735       if (!row.isGraph)\r
 736       {\r
 737         y += aa[i].height;\r
 738       }\r
 739     }\r
 740   }\r
 741 \r
 742   // used by overview window\r
 743   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y)\r
 744   {\r
 745     g.setColor(Color.white);\r
 746     g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 747     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 748 \r
 749     int x = 0;\r
 750 \r
 751     for (int j = 0; j < aa.annotations.length; j++)\r
 752     {\r
 753       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 754 \r
 755       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) *\r
 756                           GRAPH_HEIGHT);\r
 757       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 758       x += av.charWidth;\r
 759     }\r
 760   }\r
 761 }\r