src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22 import java.awt.image.*;
  23 import java.util.Hashtable;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.analysis.AAFrequency;
  28 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  31 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
  40         MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener,
  41         AdjustmentListener
  42 {
  43   final String HELIX = "Helix";
  44
  45   final String SHEET = "Sheet";
  46
  47   /**
  48    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  49    */
  50   final String STEM = "RNA Helix";
  51
  52   final String LABEL = "Label";
  53
  54   final String REMOVE = "Remove Annotation";
  55
  56   final String COLOUR = "Colour";
  57
  58   public final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  59
  60   public final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  61
  62   public final Color STEM_COLOUR = Color.blue.darker();
  63
  64   /** DOCUMENT ME!! */
  65   public AlignViewport av;
  66
  67   AlignmentPanel ap;
  68
  69   public int activeRow = -1;
  70
  71   public BufferedImage image;
  72
  73   public BufferedImage fadedImage;
  74
  75   Graphics2D gg;
  76
  77   public FontMetrics fm;
  78
  79   public int imgWidth = 0;
  80
  81   boolean fastPaint = false;
  82
  83   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
  84   int graphStretch = -1;
  85
  86   int graphStretchY = -1;
  87
  88   int min; // used by mouseDragged to see if user
  89
  90   int max; // used by mouseDragged to see if user
  91
  92   boolean mouseDragging = false;
  93
  94   boolean MAC = false;
  95
  96   // for editing cursor
  97   int cursorX = 0;
  98
  99   int cursorY = 0;
 100
 101   public final AnnotationRenderer renderer;
 102
 103   /**
 104    * Creates a new AnnotationPanel object.
 105    *
 106    * @param ap
 107    *          DOCUMENT ME!
 108    */
 109   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
 110   {
 111
 112     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 113
 114     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 115     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 116     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 117     this.ap = ap;
 118     av = ap.av;
 119     this.setLayout(null);
 120     addMouseListener(this);
 121     addMouseMotionListener(this);
 122     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar()
 123             .addAdjustmentListener(this);
 124     renderer = new AnnotationRenderer();
 125   }
 126
 127   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 128   {
 129     this.av = av;
 130     renderer = new AnnotationRenderer();
 131   }
 132
 133   /**
 134    * DOCUMENT ME!
 135    *
 136    * @param evt
 137    *          DOCUMENT ME!
 138    */
 139   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 140   {
 141     ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Calculates the height of the annotation displayed in the annotation panel.
 146    * Callers should normally call the ap.adjustAnnotationHeight method to ensure
 147    * all annotation associated components are updated correctly.
 148    *
 149    */
 150   public int adjustPanelHeight()
 151   {
 152     int height = calcPanelHeight();
 153     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));
 154     if (ap != null)
 155     {
 156       // revalidate only when the alignment panel is fully constructed
 157       ap.validate();
 158     }
 159
 160     return height;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
 165    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
 166    *
 167    * @return total height of annotation
 168    */
 169   public int calcPanelHeight()
 170   {
 171     // setHeight of panels
 172     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 173     int height = 0;
 174
 175     if (aa != null)
 176     {
 177       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 178       {
 179         if (aa[i] == null)
 180         {
 181           System.err.println("Null annotation row: ignoring.");
 182           continue;
 183         }
 184         if (!aa[i].visible)
 185         {
 186           continue;
 187         }
 188
 189         aa[i].height = 0;
 190
 191         if (aa[i].hasText)
 192         {
 193           aa[i].height += av.charHeight;
 194         }
 195
 196         if (aa[i].hasIcons)
 197         {
 198           aa[i].height += 16;
 199         }
 200
 201         if (aa[i].graph > 0)
 202         {
 203           aa[i].height += aa[i].graphHeight;
 204         }
 205
 206         if (aa[i].height == 0)
 207         {
 208           aa[i].height = 20;
 209         }
 210
 211         height += aa[i].height;
 212       }
 213     }
 214     if (height == 0)
 215     {
 216       // set minimum
 217       height = 20;
 218     }
 219     return height;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * DOCUMENT ME!
 224    *
 225    * @param evt
 226    *          DOCUMENT ME!
 227    */
 228   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 229   {
 230     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 231     if (aa == null)
 232     {
 233       return;
 234     }
 235     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 236
 237     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 238     {
 239       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
 240       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 241       anot = temp;
 242       aa[activeRow].annotations = anot;
 243     }
 244
 245     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 246     {
 247       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 248       {
 249         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;
 250       }
 251     }
 252     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 253     {
 254       String exMesg = collectAnnotVals(anot, av.getColumnSelection(), LABEL);
 255       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter label",
 256               exMesg);
 257
 258       if (label == null)
 259       {
 260         return;
 261       }
 262
 263       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 264       {
 265         aa[activeRow].hasText = true;
 266       }
 267
 268       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 269       {
 270         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 271
 272         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 273           continue;
 274
 275         if (anot[index] == null)
 276         {
 277           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0); // TODO: verify that
 278           // null exceptions
 279           // aren't raised
 280           // elsewhere.
 281         }
 282         else
 283         {
 284           anot[index].displayCharacter = label;
 285         }
 286       }
 287     }
 288     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 289     {
 290       Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 291               "Choose foreground colour", Color.black);
 292
 293       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 294       {
 295         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 296
 297         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 298           continue;
 299
 300         if (anot[index] == null)
 301         {
 302           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 303         }
 304
 305         anot[index].colour = col;
 306       }
 307     }
 308     else
 309     // HELIX OR SHEET
 310     {
 311       char type = 0;
 312       String symbol = "\u03B1";
 313
 314       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 315       {
 316         type = 'H';
 317       }
 318       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 319       {
 320         type = 'E';
 321         symbol = "\u03B2";
 322       }
 323
 324       // Added by LML to color stems
 325       else if (evt.getActionCommand().equals(STEM))
 326       {
 327         type = 'S';
 328         symbol = "\u03C3";
 329       }
 330
 331       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 332       {
 333         aa[activeRow].hasIcons = true;
 334       }
 335
 336       String label = JOptionPane.showInputDialog(
 337               "Enter a label for the structure?", symbol);
 338
 339       if (label == null)
 340       {
 341         return;
 342       }
 343
 344       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 345       {
 346         aa[activeRow].hasText = true;
 347       }
 348
 349       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 350       {
 351         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 352
 353         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 354           continue;
 355
 356         if (anot[index] == null)
 357         {
 358           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 359         }
 360
 361         anot[index].secondaryStructure = type;
 362         anot[index].displayCharacter = label;
 363       }
 364     }
 365     aa[activeRow].validateRangeAndDisplay();
 366
 367     adjustPanelHeight();
 368     repaint();
 369
 370     return;
 371   }
 372
 373   private String collectAnnotVals(Annotation[] anot,
 374           ColumnSelection columnSelection, String label2)
 375   {
 376     String collatedInput = "";
 377     String last = "";
 378     // TODO: refactor and save av.getColumnSelection for efficiency
 379     for (int i = 0; i < columnSelection.size(); i++)
 380     {
 381       int index = columnSelection.columnAt(i);
 382       // always check for current display state - just in case
 383       if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 384         continue;
 385       String tlabel = null;
 386       if (anot[index] != null)
 387       { // LML added stem code
 388         if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET)
 389                 || label2.equals(STEM) || label2.equals(LABEL))
 390         {
 391           tlabel = anot[index].description;
 392           if (tlabel == null || tlabel.length() < 1)
 393           {
 394             if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET)
 395                     || label2.equals(STEM))
 396             {
 397               tlabel = "" + anot[index].secondaryStructure;
 398             }
 399             else
 400             {
 401               tlabel = "" + anot[index].displayCharacter;
 402             }
 403           }
 404         }
 405         if (tlabel != null && !tlabel.equals(last))
 406         {
 407           if (last.length() > 0)
 408           {
 409             collatedInput += " ";
 410           }
 411           collatedInput += tlabel;
 412         }
 413       }
 414     }
 415     return collatedInput;
 416   }
 417
 418   /**
 419    * DOCUMENT ME!
 420    *
 421    * @param evt
 422    *          DOCUMENT ME!
 423    */
 424   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 425   {
 426
 427     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 428     if (aa == null)
 429     {
 430       return;
 431     }
 432
 433     int height = 0;
 434     activeRow = -1;
 435
 436     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 437     {
 438       if (aa[i].visible)
 439       {
 440         height += aa[i].height;
 441       }
 442
 443       if (evt.getY() < height)
 444       {
 445         if (aa[i].editable)
 446         {
 447           activeRow = i;
 448         }
 449         else if (aa[i].graph > 0)
 450         {
 451           // Stretch Graph
 452           graphStretch = i;
 453           graphStretchY = evt.getY();
 454         }
 455
 456         break;
 457       }
 458     }
 459
 460     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && activeRow != -1)
 461     {
 462       if (av.getColumnSelection() == null)
 463       {
 464         return;
 465       }
 466
 467       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");
 468       JMenuItem item;
 469       /*
 470        * Just display the needed structure options
 471        */
 472       if (av.getAlignment().isNucleotide() == true)
 473       {
 474         item = new JMenuItem(STEM);
 475         item.addActionListener(this);
 476         pop.add(item);
 477       }
 478       else
 479       {
 480         item = new JMenuItem(HELIX);
 481         item.addActionListener(this);
 482         pop.add(item);
 483         item = new JMenuItem(SHEET);
 484         item.addActionListener(this);
 485         pop.add(item);
 486       }
 487       item = new JMenuItem(LABEL);
 488       item.addActionListener(this);
 489       pop.add(item);
 490       item = new JMenuItem(COLOUR);
 491       item.addActionListener(this);
 492       pop.add(item);
 493       item = new JMenuItem(REMOVE);
 494       item.addActionListener(this);
 495       pop.add(item);
 496       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 497
 498       return;
 499     }
 500
 501     if (aa == null)
 502     {
 503       return;
 504     }
 505
 506     ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 507
 508   }
 509
 510   /**
 511    * DOCUMENT ME!
 512    *
 513    * @param evt
 514    *          DOCUMENT ME!
 515    */
 516   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 517   {
 518     graphStretch = -1;
 519     graphStretchY = -1;
 520     mouseDragging = false;
 521     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 522   }
 523
 524   /**
 525    * DOCUMENT ME!
 526    *
 527    * @param evt
 528    *          DOCUMENT ME!
 529    */
 530   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 531   {
 532     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 533   }
 534
 535   /**
 536    * DOCUMENT ME!
 537    *
 538    * @param evt
 539    *          DOCUMENT ME!
 540    */
 541   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 542   {
 543     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 544   }
 545
 546   /**
 547    * DOCUMENT ME!
 548    *
 549    * @param evt
 550    *          DOCUMENT ME!
 551    */
 552   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 553   {
 554     if (graphStretch > -1)
 555     {
 556       av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY
 557               - evt.getY();
 558       if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 559       {
 560         av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 561       }
 562       graphStretchY = evt.getY();
 563       adjustPanelHeight();
 564       ap.paintAlignment(true);
 565     }
 566     else
 567     {
 568       ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 569     }
 570   }
 571
 572   /**
 573    * DOCUMENT ME!
 574    *
 575    * @param evt
 576    *          DOCUMENT ME!
 577    */
 578   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 579   {
 580     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 581
 582     if (aa == null)
 583     {
 584       this.setToolTipText(null);
 585       return;
 586     }
 587
 588     int row = -1;
 589     int height = 0;
 590
 591     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 592     {
 593       if (aa[i].visible)
 594       {
 595         height += aa[i].height;
 596       }
 597
 598       if (evt.getY() < height)
 599       {
 600         row = i;
 601
 602         break;
 603       }
 604     }
 605
 606     if (row == -1)
 607     {
 608       this.setToolTipText(null);
 609       return;
 610     }
 611
 612     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 613
 614     if (av.hasHiddenColumns())
 615     {
 616       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 617     }
 618
 619     if (row > -1 && aa[row].annotations != null
 620             && res < (int) aa[row].annotations.length)
 621     {
 622       if (aa[row].graphGroup > -1)
 623       {
 624         StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");
 625         for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 626         {
 627           if (aa[gg].graphGroup == aa[row].graphGroup
 628                   && aa[gg].annotations[res] != null)
 629           {
 630             tip.append(aa[gg].label + " "
 631                     + aa[gg].annotations[res].description + "<br>");
 632           }
 633         }
 634         if (tip.length() != 6)
 635         {
 636           tip.setLength(tip.length() - 4);
 637           this.setToolTipText(tip.toString() + "</html>");
 638         }
 639       }
 640       else if (aa[row].annotations[res] != null
 641               && aa[row].annotations[res].description != null
 642               && aa[row].annotations[res].description.length() > 0)
 643       {
 644         this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);
 645       }
 646       else
 647       {
 648         // clear the tooltip.
 649         this.setToolTipText(null);
 650       }
 651
 652       if (aa[row].annotations[res] != null)
 653       {
 654         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position "
 655                 + (res + 1));
 656
 657         if (aa[row].annotations[res].description != null)
 658         {
 659           text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);
 660         }
 661
 662         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 663       }
 664     }
 665     else
 666     {
 667       this.setToolTipText(null);
 668     }
 669   }
 670
 671   /**
 672    * DOCUMENT ME!
 673    *
 674    * @param evt
 675    *          DOCUMENT ME!
 676    */
 677   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 678   {
 679     if (activeRow != -1)
 680     {
 681       AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 682       AlignmentAnnotation anot = aa[activeRow];
 683
 684       if (anot.description.equals("secondary structure"))
 685       {
 686         // System.out.println(anot.description+" "+anot.getRNAStruc());
 687       }
 688     }
 689   }
 690
 691   // TODO mouseClicked-content and drawCursor are quite experimental!
 692   public void drawCursor(Graphics graphics, SequenceI seq, int res, int x1,
 693           int y1)
 694   {
 695     int pady = av.charHeight / 5;
 696     int charOffset = 0;
 697     graphics.setColor(Color.black);
 698     graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth, av.charHeight);
 699
 700     if (av.validCharWidth)
 701     {
 702       graphics.setColor(Color.white);
 703
 704       char s = seq.getCharAt(res);
 705
 706       charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 707       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 708               (y1 + av.charHeight) - pady);
 709     }
 710
 711   }
 712
 713   /**
 714    * DOCUMENT ME!
 715    *
 716    * @param g
 717    *          DOCUMENT ME!
 718    */
 719   public void paintComponent(Graphics g)
 720   {
 721     g.setColor(Color.white);
 722     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 723
 724     if (image != null)
 725     {
 726       if (fastPaint || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 727               || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))
 728       {
 729         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 730         fastPaint = false;
 731         return;
 732       }
 733     }
 734     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 735     if (imgWidth < 1)
 736       return;
 737     if (image == null || imgWidth != image.getWidth()
 738             || image.getHeight(this) != getHeight())
 739     {
 740       image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),
 741               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 742       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 743
 744       if (av.antiAlias)
 745       {
 746         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 747                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 748       }
 749
 750       gg.setFont(av.getFont());
 751       fm = gg.getFontMetrics();
 752       gg.setColor(Color.white);
 753       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 754     }
 755
 756     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 757     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 758   }
 759
 760   /**
 761    * non-Thread safe repaint
 762    *
 763    * @param horizontal
 764    *          repaint with horizontal shift in alignment
 765    */
 766   public void fastPaint(int horizontal)
 767   {
 768
 769     if ((horizontal == 0) || gg == null
 770             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null
 771             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1
 772             || av.isCalcInProgress())
 773     {
 774       repaint();
 775       return;
 776     }
 777     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);
 778
 779     int sr = av.startRes;
 780     int er = av.endRes + 1;
 781     int transX = 0;
 782
 783     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 784     {
 785       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 786       sr = er - horizontal;
 787     }
 788     else if (horizontal < 0)
 789     {
 790       er = sr - horizontal;
 791     }
 792
 793     gg.translate(transX, 0);
 794
 795     drawComponent(gg, sr, er);
 796
 797     gg.translate(-transX, 0);
 798
 799     fastPaint = true;
 800     repaint();
 801
 802   }
 803
 804   /**
 805    * DOCUMENT ME!
 806    *
 807    * @param g
 808    *          DOCUMENT ME!
 809    * @param startRes
 810    *          DOCUMENT ME!
 811    * @param endRes
 812    *          DOCUMENT ME!
 813    */
 814   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 815   {
 816     if (av.isCalcInProgress())
 817     {
 818       if (image == null)
 819       {
 820         return;
 821       }
 822       // We'll keep a record of the old image,
 823       // and draw a faded image until the calculation
 824       // has completed
 825       if (fadedImage == null || fadedImage.getWidth() != imgWidth
 826               || fadedImage.getHeight() != image.getHeight())
 827       {
 828         fadedImage = new BufferedImage(imgWidth, image.getHeight(),
 829                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 830
 831         Graphics2D fadedG = (Graphics2D) fadedImage.getGraphics();
 832
 833         fadedG.setColor(Color.white);
 834         fadedG.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 835
 836         fadedG.setComposite(AlphaComposite.getInstance(
 837                 AlphaComposite.SRC_OVER, .3f));
 838         fadedG.drawImage(image, 0, 0, this);
 839
 840       }
 841
 842     }
 843     else
 844     {
 845       fadedImage = null;
 846     }
 847
 848     g.setColor(Color.white);
 849     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());
 850
 851     g.setFont(av.getFont());
 852     if (fm == null)
 853     {
 854       fm = g.getFontMetrics();
 855     }
 856
 857     if ((av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
 858             || (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1))
 859     {
 860       g.setColor(Color.white);
 861       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 862       g.setColor(Color.black);
 863       if (av.validCharWidth)
 864       {
 865         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);
 866       }
 867
 868       return;
 869     }
 870     renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes, endRes);
 871   }
 872
 873   @Override
 874   public FontMetrics getFontMetrics()
 875   {
 876     return fm;
 877   }
 878
 879   @Override
 880   public Image getFadedImage()
 881   {
 882     return fadedImage;
 883   }
 884
 885   @Override
 886   public int getFadedImageWidth()
 887   {
 888     return imgWidth;
 889   }
 890 }