src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.awt.image.*;\r
  10 \r
  11 public class AnnotationPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   int activeRow =-1;\r
  16 \r
  17   ArrayList activeRes;\r
  18   static String HELIX ="Helix";\r
  19   static String SHEET ="Sheet";\r
  20   static String LABEL ="Label";\r
  21   static String REMOVE="Remove Annotation";\r
  22   static String COLOUR="Colour";\r
  23   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  24   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  25 \r
  26   BufferedImage bi;\r
  27 \r
  28 \r
  29 \r
  30   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  31   {\r
  32     this.ap = ap;\r
  33     av = ap.av;\r
  34     this.setLayout(null);\r
  35     addMouseListener(this);\r
  36     addMouseMotionListener(this);\r
  37     adjustPanelHeight();\r
  38 \r
  39 \r
  40     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener( this );\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  44   {\r
  45     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue() );\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public void adjustPanelHeight()\r
  49   {\r
  50     // setHeight of panels\r
  51     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  52     int height = 0;\r
  53     if(aa!=null)\r
  54     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  55     {\r
  56       if(!aa[i].visible)\r
  57         continue;\r
  58 \r
  59       aa[i].height = 0;\r
  60 \r
  61       if(aa[i].hasText)\r
  62         aa[i].height += av.charHeight;\r
  63       if (aa[i].hasIcons)\r
  64         aa[i].height += 16;\r
  65 \r
  66       if (aa[i].isGraph)\r
  67         aa[i].height += 50;\r
  68 \r
  69       if(aa[i].height==0)\r
  70         aa[i].height = 20;\r
  71       height += aa[i].height;\r
  72     }\r
  73   else height=20;\r
  74     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
  75 \r
  76   }\r
  77 \r
  78   public void addEditableColumn(int i)\r
  79   {\r
  80     if(activeRow==-1)\r
  81     {\r
  82       AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  83       for(int j=0; j<aa.length; j++)\r
  84         if(aa[j].editable)\r
  85         {\r
  86           activeRow = j;\r
  87           break;\r
  88         }\r
  89     }\r
  90 \r
  91     if(activeRes==null)\r
  92     {\r
  93       activeRes = new ArrayList();\r
  94       activeRes.add(String.valueOf(i));\r
  95       return;\r
  96     }\r
  97 \r
  98     activeRes.add(String.valueOf(i));\r
  99 \r
 100   }\r
 101 \r
 102 \r
 103   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 104   {\r
 105 \r
 106     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 107     Annotation [] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 108 \r
 109     if(evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 110     {\r
 111       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 112       {\r
 113         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 114         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 115       }\r
 116     }\r
 117     else if(evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 118     {\r
 119       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ", "Enter label", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );\r
 120       if(label==null)\r
 121         label = "";\r
 122 \r
 123       if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 124        aa[activeRow].hasText = true;\r
 125 \r
 126       for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 127       {\r
 128         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 129         if(anot[index]==null)\r
 130           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ',0);\r
 131         anot[index].displayCharacter = label;\r
 132       }\r
 133     }\r
 134     else if(evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 135     {\r
 136      Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Choose foreground colour", Color.black);\r
 137      for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 138      {\r
 139        int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 140        if (anot[index] == null)\r
 141          anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 142        anot[index].colour = col;\r
 143      }\r
 144     }\r
 145     else // HELIX OR SHEET\r
 146     {\r
 147     char type = 0;\r
 148     String symbol = "\u03B1";\r
 149     if(evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 150        type = 'H';\r
 151     else if(evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 152     {\r
 153       type = 'E';\r
 154       symbol = "\u03B2";\r
 155     }\r
 156 \r
 157     if(!aa[activeRow].hasIcons)\r
 158       aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 159 \r
 160 \r
 161     String label = JOptionPane.showInputDialog("Enter a label for the structure?", symbol );\r
 162     if(label==null)\r
 163        label="";\r
 164 \r
 165     if(label.length()>0 && !aa[activeRow].hasText)\r
 166        aa[activeRow].hasText = true;\r
 167 \r
 168     for(int i=0; i<activeRes.size(); i++)\r
 169     {\r
 170       int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 171       if (anot[index] == null)\r
 172       {\r
 173         anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 174       }\r
 175 \r
 176         anot[ index ].secondaryStructure = type;\r
 177         anot[ index ].displayCharacter = label;\r
 178     }\r
 179     }\r
 180 \r
 181     adjustPanelHeight();\r
 182     activeRes = null;\r
 183     repaint();\r
 184     return;\r
 185 \r
 186 \r
 187   }\r
 188 \r
 189   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 190   {\r
 191     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 192     {\r
 193       if(activeRes==null)\r
 194         return;\r
 195 \r
 196       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 197       JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 198       item.addActionListener(this);\r
 199       pop.add(item);\r
 200       item = new JMenuItem(SHEET);\r
 201       item.addActionListener(this);\r
 202       pop.add(item);\r
 203       item = new JMenuItem(LABEL);\r
 204       item.addActionListener(this);\r
 205       pop.add(item);\r
 206       item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 207       item.addActionListener(this);\r
 208       pop.add(item);\r
 209       item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 210       item.addActionListener(this);\r
 211       pop.add(item);\r
 212       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 213       return;\r
 214     }\r
 215 \r
 216 \r
 217     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 218     if(aa==null)\r
 219       return;\r
 220 \r
 221     int height = 0;\r
 222     activeRow = -1;\r
 223     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 224     {\r
 225       height+= aa[i].height;\r
 226 \r
 227       if(evt.getY()<height)\r
 228       {\r
 229         if(!aa[i].editable)\r
 230         {\r
 231           activeRes = null;\r
 232           continue;\r
 233         }\r
 234 \r
 235         activeRow = i;\r
 236         break;\r
 237       }\r
 238     }\r
 239 \r
 240 \r
 241     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 242 \r
 243     if(evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 244       addEditableColumn(res);\r
 245 \r
 246     else if(evt.isShiftDown())\r
 247     {\r
 248 \r
 249       if(activeRes==null)\r
 250         activeRes=new ArrayList();\r
 251       else\r
 252       {\r
 253           int start =  Integer.parseInt( activeRes.get( activeRes.size()-1 ).toString() );\r
 254           int end = res;\r
 255           if(end<start)\r
 256           {\r
 257             int temp = end;\r
 258             end = start;\r
 259             start = temp;\r
 260           }\r
 261           for(int n=start; n<=end; n++)\r
 262             addEditableColumn(n);\r
 263 \r
 264       }\r
 265     }\r
 266     else\r
 267     {\r
 268         activeRes = new ArrayList();\r
 269         activeRes.add( String.valueOf(res) );\r
 270     }\r
 271 \r
 272     repaint();\r
 273 \r
 274   }\r
 275   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 276   {  }\r
 277   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 278   {  }\r
 279   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 280   {  }\r
 281   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 282   {  }\r
 283   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 284   {\r
 285     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 286     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 287     if(aa==null)\r
 288       return;\r
 289 \r
 290     int row = -1;\r
 291     int height=0;\r
 292     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 293     {\r
 294 \r
 295       if( aa[i].visible )\r
 296         height += aa[i].height;\r
 297 \r
 298       if(evt.getY()<height)\r
 299       {\r
 300         row = i;\r
 301         break;\r
 302       }\r
 303     }\r
 304 \r
 305     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 306     if(row>-1 && aa[row].annotations[res]!=null)\r
 307       this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 308 \r
 309   }\r
 310   public void mouseClicked(MouseEvent evt) {}\r
 311 \r
 312 \r
 313   public void paintComponent(Graphics g)\r
 314   {\r
 315     if(bi==null\r
 316        || bi.getWidth()!=ap.annotationPanel.getWidth()\r
 317        || bi.getHeight()!=ap.annotationPanel.getHeight())\r
 318     {\r
 319       bi = new BufferedImage(ap.annotationPanel.getWidth(),\r
 320                            ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 321                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 322     }\r
 323 \r
 324     drawComponent( (Graphics2D)bi.getGraphics() );\r
 325     g.drawImage( bi, 0, 0, this);\r
 326   }\r
 327 \r
 328   public void drawComponent(Graphics2D g)\r
 329   {\r
 330     g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 331     FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
 332     g.setFont(av.getFont());\r
 333     g.setColor(Color.white);\r
 334     g.fillRect(0,0,getWidth(),getHeight());\r
 335 \r
 336     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1)\r
 337     {\r
 338       g.setColor(Color.black);\r
 339       g.drawString("Alignment has no annotations",20,15);\r
 340       return;\r
 341     }\r
 342 \r
 343     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 344 \r
 345     int j, x=0, y=0;\r
 346     char [] lastSS = new char[aa.length];\r
 347     int  [] lastSSX= new int[aa.length] ;\r
 348     int iconOffset = av.charHeight/2;\r
 349     boolean validRes = false;\r
 350     //\u03B2 \u03B1\r
 351     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 352     {\r
 353       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 354       if(!row.visible)\r
 355         continue;\r
 356 \r
 357       if(row.isGraph)\r
 358       {\r
 359         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 360         y += row.height;\r
 361         if(row.hasText)\r
 362           y -= av.charHeight;\r
 363       }\r
 364       if(row.hasText)\r
 365         iconOffset = av.charHeight/2;\r
 366       else\r
 367         iconOffset = 0;\r
 368 \r
 369       for(j=av.startRes; j<av.endRes+1; j++)\r
 370       {\r
 371         validRes = row.annotations[j]==null?false:true;\r
 372 \r
 373        x = (j-av.getStartRes())*av.charWidth;\r
 374 \r
 375 \r
 376        if(activeRow==i)\r
 377        {\r
 378 \r
 379          g.setColor(Color.red);\r
 380 \r
 381          if(activeRes!=null)\r
 382            for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 383            {\r
 384              int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString()) ;\r
 385              if (v == j)\r
 386                g.fillRect( (j-av.getStartRes()) * av.charWidth, y, av.charWidth, row.height);\r
 387            }\r
 388        }\r
 389 \r
 390 \r
 391 \r
 392        if(validRes && row.annotations[j].displayCharacter.length()>0)\r
 393        {\r
 394          int charOffset = (av.charWidth -\r
 395                             fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.\r
 396                                          charAt(0))) / 2;\r
 397          g.setColor( row.annotations[j].colour);\r
 398           if(j==0)\r
 399           {\r
 400             if (row.annotations[0].secondaryStructure == 'H'\r
 401                 || row.annotations[0].secondaryStructure == 'E')\r
 402               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 403                            y + iconOffset + 2);\r
 404           }\r
 405          else if( (row.annotations[j].secondaryStructure=='H'\r
 406                || row.annotations[j].secondaryStructure=='E') &&\r
 407                (row.annotations[j-1]==null ||\r
 408                 row.annotations[j].secondaryStructure!=row.annotations[j-1].secondaryStructure))\r
 409 \r
 410         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x, y + iconOffset + 2);\r
 411 \r
 412         if(!row.hasIcons)\r
 413             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x + charOffset,\r
 414                          y + iconOffset + 2);\r
 415        }\r
 416 \r
 417        if(row.hasIcons)\r
 418        if(!validRes || row.annotations[j].secondaryStructure!=lastSS[i])\r
 419        {\r
 420          switch (lastSS[i])\r
 421          {\r
 422            case 'H':\r
 423              g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 424              g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4 + iconOffset, x-lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 425              break;\r
 426            case 'E':\r
 427              g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 428              g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset, x-lastSSX[i]-4, 7);\r
 429              g.fillPolygon(new int[] {x - 4, x- 4, x }\r
 430                            , new int[]{y+ iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 8+ iconOffset}, 3);\r
 431              break;\r
 432            case 'C':\r
 433              break;\r
 434            default :\r
 435              g.setColor(Color.gray);\r
 436              g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 437              break;\r
 438          }\r
 439 \r
 440          if(validRes)\r
 441            lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 442           else\r
 443             lastSS[i] = ' ';\r
 444          lastSSX[i] = x;\r
 445        }\r
 446 \r
 447        if (validRes && row.isGraph)\r
 448        {\r
 449          g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 450          int height = (int)((row.annotations[j].value / row.graphMax)*50);\r
 451 \r
 452          if(row.windowLength>1)\r
 453          {\r
 454            int total =0;\r
 455            for(int i2=j- (row.windowLength/2); i2<j+(row.windowLength/2); i2++)\r
 456            {\r
 457              if(i2<0 || i2>=av.alignment.getWidth())\r
 458                continue;\r
 459 \r
 460              total += row.annotations[i2].value;\r
 461            }\r
 462 \r
 463            total/=row.windowLength;\r
 464            height = (int)( (total / row.graphMax) *50);\r
 465 \r
 466          }\r
 467 \r
 468          g.fillRect(x, y-height, av.charWidth, height );\r
 469        }\r
 470 \r
 471 \r
 472       }\r
 473 \r
 474       x+=av.charWidth;\r
 475 \r
 476       if(row.hasIcons)\r
 477       switch (lastSS[i])\r
 478       {\r
 479         case 'H':\r
 480           g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 481           g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4+ iconOffset, x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 482           break;\r
 483         case 'E':\r
 484           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 485           g.fillRect(lastSSX[i], y + 4+ iconOffset, x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 486           g.fillPolygon(new int[]\r
 487                         {x - 4, x - 4, x}\r
 488                         , new int[]\r
 489                         {y + iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 7+ iconOffset}\r
 490                         , 3);\r
 491           break;\r
 492         case 'C':\r
 493           break;\r
 494         default:\r
 495           g.setColor(Color.gray);\r
 496           g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 497           break;\r
 498 \r
 499       }\r
 500 \r
 501        if(row.isGraph && row.hasText)\r
 502          y+=av.charHeight;\r
 503        if(!row.isGraph)\r
 504           y+=aa[i].height;\r
 505     }\r
 506   }\r
 507 \r
 508   // used by overview window\r
 509   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,int width, int y)\r
 510   {\r
 511     g.setColor(Color.white);\r
 512     g.fillRect(0,0,width, y);\r
 513     g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 514     int x = 0;\r
 515     for(int j=0; j<aa.annotations.length; j++)\r
 516     {\r
 517       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 518       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * 50);\r
 519       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 520       x+=av.charWidth;\r
 521     }\r
 522   }\r
 523 }\r