src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22 import java.awt.image.*;
  23 import java.util.Hashtable;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.analysis.AAFrequency;
  28 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  31 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
  40         MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener,
  41         AdjustmentListener
  42 {
  43   final String HELIX = "Helix";
  44
  45   final String SHEET = "Sheet";
  46
  47   /**
  48    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  49    */
  50   final String STEM = "RNA Helix";
  51
  52   final String LABEL = "Label";
  53
  54   final String REMOVE = "Remove Annotation";
  55
  56   final String COLOUR = "Colour";
  57
  58   public final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
  59
  60   public final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
  61
  62   public final Color STEM_COLOUR = Color.blue.darker();
  63
  64   /** DOCUMENT ME!! */
  65   public AlignViewport av;
  66
  67   AlignmentPanel ap;
  68
  69   public int activeRow = -1;
  70
  71   public BufferedImage image;
  72
  73   public BufferedImage fadedImage;
  74
  75   Graphics2D gg;
  76
  77   public FontMetrics fm;
  78
  79   public int imgWidth = 0;
  80
  81   boolean fastPaint = false;
  82
  83   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
  84   int graphStretch = -1;
  85
  86   int graphStretchY = -1;
  87
  88   int min; // used by mouseDragged to see if user
  89
  90   int max; // used by mouseDragged to see if user
  91
  92   boolean mouseDragging = false;
  93
  94   boolean MAC = false;
  95
  96   // for editing cursor
  97   int cursorX = 0;
  98
  99   int cursorY = 0;
 100
 101   public final AnnotationRenderer renderer;
 102
 103   /**
 104    * Creates a new AnnotationPanel object.
 105    *
 106    * @param ap
 107    *          DOCUMENT ME!
 108    */
 109   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
 110   {
 111
 112     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 113
 114     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 115     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 116     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 117     this.ap = ap;
 118     av = ap.av;
 119     this.setLayout(null);
 120     addMouseListener(this);
 121     addMouseMotionListener(this);
 122     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar()
 123             .addAdjustmentListener(this);
 124     renderer = new AnnotationRenderer();
 125   }
 126
 127   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 128   {
 129     this.av = av;
 130     renderer = new AnnotationRenderer();
 131   }
 132
 133   /**
 134    * DOCUMENT ME!
 135    *
 136    * @param evt
 137    *          DOCUMENT ME!
 138    */
 139   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 140   {
 141     ap.alabels.setScrollOffset(-evt.getValue());
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Calculates the height of the annotation displayed in the annotation panel.
 146    * Callers should normally call the ap.adjustAnnotationHeight method to ensure
 147    * all annotation associated components are updated correctly.
 148    *
 149    */
 150   public int adjustPanelHeight()
 151   {
 152     int height = calcPanelHeight();
 153     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));
 154     if (ap != null)
 155     {
 156       // revalidate only when the alignment panel is fully constructed
 157       ap.validate();
 158     }
 159
 160     return height;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
 165    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
 166    *
 167    * @return total height of annotation
 168    */
 169   public int calcPanelHeight()
 170   {
 171     // setHeight of panels
 172     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 173     int height = 0;
 174
 175     if (aa != null)
 176     {
 177       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 178       {
 179         if (aa[i] == null)
 180         {
 181           System.err.println("Null annotation row: ignoring.");
 182           continue;
 183         }
 184         if (!aa[i].visible)
 185         {
 186           continue;
 187         }
 188
 189         aa[i].height = 0;
 190
 191         if (aa[i].hasText)
 192         {
 193           aa[i].height += av.charHeight;
 194         }
 195
 196         if (aa[i].hasIcons)
 197         {
 198           aa[i].height += 16;
 199         }
 200
 201         if (aa[i].graph > 0)
 202         {
 203           aa[i].height += aa[i].graphHeight;
 204         }
 205
 206         if (aa[i].height == 0)
 207         {
 208           aa[i].height = 20;
 209         }
 210
 211         height += aa[i].height;
 212       }
 213     }
 214     if (height == 0)
 215     {
 216       // set minimum
 217       height = 20;
 218     }
 219     return height;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * DOCUMENT ME!
 224    *
 225    * @param evt
 226    *          DOCUMENT ME!
 227    */
 228   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 229   {
 230     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 231     if (aa == null)
 232     {
 233       return;
 234     }
 235     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 236
 237     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 238     {
 239       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax() + 2];
 240       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 241       anot = temp;
 242       aa[activeRow].annotations = anot;
 243     }
 244
 245     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))
 246     {
 247       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 248       {
 249         anot[av.getColumnSelection().columnAt(i)] = null;
 250       }
 251     }
 252     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))
 253     {
 254       String exMesg = collectAnnotVals(anot, av.getColumnSelection(), LABEL);
 255       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter label",
 256               exMesg);
 257
 258       if (label == null)
 259       {
 260         return;
 261       }
 262
 263       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 264       {
 265         aa[activeRow].hasText = true;
 266       }
 267
 268       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 269       {
 270         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 271
 272         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 273           continue;
 274
 275         if (anot[index] == null)
 276         {
 277           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0); // TODO: verify that
 278           // null exceptions
 279           // aren't raised
 280           // elsewhere.
 281         }
 282         else
 283         {
 284           anot[index].displayCharacter = label;
 285         }
 286       }
 287     }
 288     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))
 289     {
 290       Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 291               "Choose foreground colour", Color.black);
 292
 293       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 294       {
 295         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 296
 297         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 298           continue;
 299
 300         if (anot[index] == null)
 301         {
 302           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 303         }
 304
 305         anot[index].colour = col;
 306       }
 307     }
 308     else
 309     // HELIX OR SHEET
 310     {
 311       char type = 0;
 312       String symbol = "\u03B1";
 313
 314       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))
 315       {
 316         type = 'H';
 317       }
 318       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))
 319       {
 320         type = 'E';
 321         symbol = "\u03B2";
 322       }
 323
 324       // Added by LML to color stems
 325       else if (evt.getActionCommand().equals(STEM))
 326       {
 327         type = 'S';
 328         symbol = "\u03C3";
 329       }
 330
 331       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 332       {
 333         aa[activeRow].hasIcons = true;
 334       }
 335
 336       String label = JOptionPane.showInputDialog(
 337               "Enter a label for the structure?", symbol);
 338
 339       if (label == null)
 340       {
 341         return;
 342       }
 343
 344       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 345       {
 346         aa[activeRow].hasText = true;
 347       }
 348
 349       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().size(); i++)
 350       {
 351         int index = av.getColumnSelection().columnAt(i);
 352
 353         if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 354           continue;
 355
 356         if (anot[index] == null)
 357         {
 358           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 359         }
 360
 361         anot[index].secondaryStructure = type;
 362         anot[index].displayCharacter = label;
 363       }
 364     }
 365
 366     adjustPanelHeight();
 367     repaint();
 368
 369     return;
 370   }
 371
 372   private String collectAnnotVals(Annotation[] anot,
 373           ColumnSelection columnSelection, String label2)
 374   {
 375     String collatedInput = "";
 376     String last = "";
 377     // TODO: refactor and save av.getColumnSelection for efficiency
 378     for (int i = 0; i < columnSelection.size(); i++)
 379     {
 380       int index = columnSelection.columnAt(i);
 381       // always check for current display state - just in case
 382       if (!av.getColumnSelection().isVisible(index))
 383         continue;
 384       String tlabel = null;
 385       if (anot[index] != null)
 386       { // LML added stem code
 387         if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET)
 388                 || label2.equals(STEM) || label2.equals(LABEL))
 389         {
 390           tlabel = anot[index].description;
 391           if (tlabel == null || tlabel.length() < 1)
 392           {
 393             if (label2.equals(HELIX) || label2.equals(SHEET)
 394                     || label2.equals(STEM))
 395             {
 396               tlabel = "" + anot[index].secondaryStructure;
 397             }
 398             else
 399             {
 400               tlabel = "" + anot[index].displayCharacter;
 401             }
 402           }
 403         }
 404         if (tlabel != null && !tlabel.equals(last))
 405         {
 406           if (last.length() > 0)
 407           {
 408             collatedInput += " ";
 409           }
 410           collatedInput += tlabel;
 411         }
 412       }
 413     }
 414     return collatedInput;
 415   }
 416
 417   /**
 418    * DOCUMENT ME!
 419    *
 420    * @param evt
 421    *          DOCUMENT ME!
 422    */
 423   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 424   {
 425
 426     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 427     if (aa == null)
 428     {
 429       return;
 430     }
 431
 432     int height = 0;
 433     activeRow = -1;
 434
 435     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 436     {
 437       if (aa[i].visible)
 438       {
 439         height += aa[i].height;
 440       }
 441
 442       if (evt.getY() < height)
 443       {
 444         if (aa[i].editable)
 445         {
 446           activeRow = i;
 447         }
 448         else if (aa[i].graph > 0)
 449         {
 450           // Stretch Graph
 451           graphStretch = i;
 452           graphStretchY = evt.getY();
 453         }
 454
 455         break;
 456       }
 457     }
 458
 459     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && activeRow != -1)
 460     {
 461       if (av.getColumnSelection() == null)
 462       {
 463         return;
 464       }
 465
 466       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");
 467       JMenuItem item;
 468       /*
 469        * Just display the needed structure options
 470        */
 471       if (av.getAlignment().isNucleotide() == true)
 472       {
 473         item = new JMenuItem(STEM);
 474         item.addActionListener(this);
 475         pop.add(item);
 476       }
 477       else
 478       {
 479         item = new JMenuItem(HELIX);
 480         item.addActionListener(this);
 481         pop.add(item);
 482         item = new JMenuItem(SHEET);
 483         item.addActionListener(this);
 484         pop.add(item);
 485       }
 486       item = new JMenuItem(LABEL);
 487       item.addActionListener(this);
 488       pop.add(item);
 489       item = new JMenuItem(COLOUR);
 490       item.addActionListener(this);
 491       pop.add(item);
 492       item = new JMenuItem(REMOVE);
 493       item.addActionListener(this);
 494       pop.add(item);
 495       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 496
 497       return;
 498     }
 499
 500     if (aa == null)
 501     {
 502       return;
 503     }
 504
 505     ap.scalePanel.mousePressed(evt);
 506
 507   }
 508
 509   /**
 510    * DOCUMENT ME!
 511    *
 512    * @param evt
 513    *          DOCUMENT ME!
 514    */
 515   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 516   {
 517     graphStretch = -1;
 518     graphStretchY = -1;
 519     mouseDragging = false;
 520     ap.scalePanel.mouseReleased(evt);
 521   }
 522
 523   /**
 524    * DOCUMENT ME!
 525    *
 526    * @param evt
 527    *          DOCUMENT ME!
 528    */
 529   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 530   {
 531     ap.scalePanel.mouseEntered(evt);
 532   }
 533
 534   /**
 535    * DOCUMENT ME!
 536    *
 537    * @param evt
 538    *          DOCUMENT ME!
 539    */
 540   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 541   {
 542     ap.scalePanel.mouseExited(evt);
 543   }
 544
 545   /**
 546    * DOCUMENT ME!
 547    *
 548    * @param evt
 549    *          DOCUMENT ME!
 550    */
 551   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 552   {
 553     if (graphStretch > -1)
 554     {
 555       av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight += graphStretchY
 556               - evt.getY();
 557       if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight < 0)
 558       {
 559         av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graphHeight = 0;
 560       }
 561       graphStretchY = evt.getY();
 562       adjustPanelHeight();
 563       ap.paintAlignment(true);
 564     }
 565     else
 566     {
 567       ap.scalePanel.mouseDragged(evt);
 568     }
 569   }
 570
 571   /**
 572    * DOCUMENT ME!
 573    *
 574    * @param evt
 575    *          DOCUMENT ME!
 576    */
 577   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 578   {
 579     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 580
 581     if (aa == null)
 582     {
 583       this.setToolTipText(null);
 584       return;
 585     }
 586
 587     int row = -1;
 588     int height = 0;
 589
 590     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 591     {
 592       if (aa[i].visible)
 593       {
 594         height += aa[i].height;
 595       }
 596
 597       if (evt.getY() < height)
 598       {
 599         row = i;
 600
 601         break;
 602       }
 603     }
 604
 605     if (row == -1)
 606     {
 607       this.setToolTipText(null);
 608       return;
 609     }
 610
 611     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 612
 613     if (av.hasHiddenColumns())
 614     {
 615       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 616     }
 617
 618     if (row > -1 && aa[row].annotations != null
 619             && res < (int) aa[row].annotations.length)
 620     {
 621       if (aa[row].graphGroup > -1)
 622       {
 623         StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");
 624         for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 625         {
 626           if (aa[gg].graphGroup == aa[row].graphGroup
 627                   && aa[gg].annotations[res] != null)
 628           {
 629             tip.append(aa[gg].label + " "
 630                     + aa[gg].annotations[res].description + "<br>");
 631           }
 632         }
 633         if (tip.length() != 6)
 634         {
 635           tip.setLength(tip.length() - 4);
 636           this.setToolTipText(tip.toString() + "</html>");
 637         }
 638       }
 639       else if (aa[row].annotations[res] != null
 640               && aa[row].annotations[res].description != null
 641               && aa[row].annotations[res].description.length() > 0)
 642       {
 643         this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);
 644       }
 645       else
 646       {
 647         // clear the tooltip.
 648         this.setToolTipText(null);
 649       }
 650
 651       if (aa[row].annotations[res] != null)
 652       {
 653         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position "
 654                 + (res + 1));
 655
 656         if (aa[row].annotations[res].description != null)
 657         {
 658           text.append("  " + aa[row].annotations[res].description);
 659         }
 660
 661         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 662       }
 663     }
 664     else
 665     {
 666       this.setToolTipText(null);
 667     }
 668   }
 669
 670   /**
 671    * DOCUMENT ME!
 672    *
 673    * @param evt
 674    *          DOCUMENT ME!
 675    */
 676   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 677   {
 678     if (activeRow != -1)
 679     {
 680       AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 681       AlignmentAnnotation anot = aa[activeRow];
 682
 683       if (anot.description.equals("secondary structure"))
 684       {
 685         // System.out.println(anot.description+" "+anot.getRNAStruc());
 686       }
 687     }
 688   }
 689
 690   // TODO mouseClicked-content and drawCursor are quite experimental!
 691   public void drawCursor(Graphics graphics, SequenceI seq, int res, int x1,
 692           int y1)
 693   {
 694     int pady = av.charHeight / 5;
 695     int charOffset = 0;
 696     graphics.setColor(Color.black);
 697     graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth, av.charHeight);
 698
 699     if (av.validCharWidth)
 700     {
 701       graphics.setColor(Color.white);
 702
 703       char s = seq.getCharAt(res);
 704
 705       charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;
 706       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 707               (y1 + av.charHeight) - pady);
 708     }
 709
 710   }
 711
 712   /**
 713    * DOCUMENT ME!
 714    *
 715    * @param g
 716    *          DOCUMENT ME!
 717    */
 718   public void paintComponent(Graphics g)
 719   {
 720     g.setColor(Color.white);
 721     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 722
 723     if (image != null)
 724     {
 725       if (fastPaint || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 726               || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height))
 727       {
 728         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 729         fastPaint = false;
 730         return;
 731       }
 732     }
 733     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;
 734     if (imgWidth < 1)
 735       return;
 736     if (image == null || imgWidth != image.getWidth()
 737             || image.getHeight(this) != getHeight())
 738     {
 739       image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),
 740               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 741       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 742
 743       if (av.antiAlias)
 744       {
 745         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 746                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 747       }
 748
 749       gg.setFont(av.getFont());
 750       fm = gg.getFontMetrics();
 751       gg.setColor(Color.white);
 752       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 753     }
 754
 755     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);
 756     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 757   }
 758
 759   /**
 760    * non-Thread safe repaint
 761    *
 762    * @param horizontal
 763    *          repaint with horizontal shift in alignment
 764    */
 765   public void fastPaint(int horizontal)
 766   {
 767
 768     if ((horizontal == 0) || gg == null
 769             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null
 770             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1
 771             || av.isCalcInProgress())
 772     {
 773       repaint();
 774       return;
 775     }
 776     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);
 777
 778     int sr = av.startRes;
 779     int er = av.endRes + 1;
 780     int transX = 0;
 781
 782     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 783     {
 784       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;
 785       sr = er - horizontal;
 786     }
 787     else if (horizontal < 0)
 788     {
 789       er = sr - horizontal;
 790     }
 791
 792     gg.translate(transX, 0);
 793
 794     drawComponent(gg, sr, er);
 795
 796     gg.translate(-transX, 0);
 797
 798     fastPaint = true;
 799     repaint();
 800
 801   }
 802
 803   /**
 804    * DOCUMENT ME!
 805    *
 806    * @param g
 807    *          DOCUMENT ME!
 808    * @param startRes
 809    *          DOCUMENT ME!
 810    * @param endRes
 811    *          DOCUMENT ME!
 812    */
 813   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
 814   {
 815     if (av.isCalcInProgress())
 816     {
 817       if (image == null)
 818       {
 819         return;
 820       }
 821       // We'll keep a record of the old image,
 822       // and draw a faded image until the calculation
 823       // has completed
 824       if (fadedImage == null || fadedImage.getWidth() != imgWidth
 825               || fadedImage.getHeight() != image.getHeight())
 826       {
 827         fadedImage = new BufferedImage(imgWidth, image.getHeight(),
 828                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 829
 830         Graphics2D fadedG = (Graphics2D) fadedImage.getGraphics();
 831
 832         fadedG.setColor(Color.white);
 833         fadedG.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
 834
 835         fadedG.setComposite(AlphaComposite.getInstance(
 836                 AlphaComposite.SRC_OVER, .3f));
 837         fadedG.drawImage(image, 0, 0, this);
 838
 839       }
 840
 841     }
 842     else
 843     {
 844       fadedImage = null;
 845     }
 846
 847     g.setColor(Color.white);
 848     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());
 849
 850     g.setFont(av.getFont());
 851     if (fm == null)
 852     {
 853       fm = g.getFontMetrics();
 854     }
 855
 856     if ((av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
 857             || (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1))
 858     {
 859       g.setColor(Color.white);
 860       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 861       g.setColor(Color.black);
 862       if (av.validCharWidth)
 863       {
 864         g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);
 865       }
 866
 867       return;
 868     }
 869     renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes, endRes);
 870   }
 871
 872   @Override
 873   public FontMetrics getFontMetrics()
 874   {
 875     return fm;
 876   }
 877
 878   @Override
 879   public Image getFadedImage()
 880   {
 881     return fadedImage;
 882   }
 883
 884   @Override
 885   public int getFadedImageWidth()
 886   {
 887     return imgWidth;
 888   }
 889 }