src/jalview/gui/AppJMol.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.regex.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 import javax.swing.event.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import java.io.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.jbgui.GStructureViewer;\r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.gui.*;\r
  32 import jalview.structure.*;\r
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  34 import jalview.io.*;\r
  35 import jalview.schemes.*;\r
  36 \r
  37 import org.jmol.api.*;\r
  38 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;\r
  39 import org.jmol.popup.*;\r
  40 \r
  41 \r
  42 public class AppJMol\r
  43     extends GStructureViewer\r
  44     implements StructureListener, JmolStatusListener, Runnable\r
  45 \r
  46 {\r
  47   JmolViewer viewer;\r
  48   JmolPopup jmolpopup;\r
  49   ScriptWindow scriptWindow;\r
  50   PDBEntry pdbentry;\r
  51   SequenceI[] sequence;\r
  52   StructureSelectionManager ssm;\r
  53   JSplitPane splitPane;\r
  54   RenderPanel renderPanel;\r
  55   AlignmentPanel ap;\r
  56   String fileLoadingError;\r
  57   boolean colourBySequence = true;\r
  58   boolean loadingFromArchive = false;\r
  59 \r
  60   public AppJMol(String file, String id,\r
  61                  SequenceI[] seq,\r
  62                  AlignmentPanel ap,\r
  63                  String loadStatus,\r
  64                  Rectangle bounds)\r
  65   {\r
  66     loadingFromArchive = true;\r
  67     pdbentry = new PDBEntry();\r
  68     pdbentry.setFile(file);\r
  69     pdbentry.setId(id);\r
  70     this.sequence = seq;\r
  71     this.ap = ap;\r
  72     this.setBounds(bounds);\r
  73 \r
  74     colourBySequence = false;\r
  75     seqColour.setSelected(false);\r
  76 \r
  77     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",\r
  78                                          bounds.width,bounds.height);\r
  79 \r
  80     initJmol(loadStatus);\r
  81 \r
  82     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  83     {\r
  84       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)\r
  85       {\r
  86         closeViewer();\r
  87       }\r
  88     });\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public AppJMol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, AlignmentPanel ap)\r
  92   {\r
  93     //////////////////////////////////\r
  94     //Is the pdb file already loaded?\r
  95     String alreadyMapped = StructureSelectionManager\r
  96         .getStructureSelectionManager()\r
  97         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());\r
  98 \r
  99     if (alreadyMapped != null)\r
 100     {\r
 101       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 102           pdbentry.getId() + " is already displayed."\r
 103           + "\nDo you want to map sequences to the visible structure?",\r
 104           "Map Sequences to Visible Window: " + pdbentry.getId(),\r
 105           JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
 106 \r
 107       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
 108       {\r
 109         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
 110             .setMapping(seq, alreadyMapped, AppletFormatAdapter.FILE);\r
 111         return;\r
 112       }\r
 113     }\r
 114     ///////////////////////////////////\r
 115 \r
 116     this.ap = ap;\r
 117     this.pdbentry = pdbentry;\r
 118     this.sequence = seq;\r
 119 \r
 120     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File", 400, 400);\r
 121 \r
 122     if (pdbentry.getFile() != null)\r
 123     {\r
 124       initJmol("load \""+pdbentry.getFile()+"\"");\r
 125     }\r
 126     else\r
 127     {\r
 128       Thread worker = new Thread(this);\r
 129       worker.start();\r
 130     }\r
 131 \r
 132     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
 133     {\r
 134       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)\r
 135       {\r
 136         closeViewer();\r
 137       }\r
 138     });\r
 139   }\r
 140 \r
 141   void initJmol(String command)\r
 142   {\r
 143     renderPanel = new RenderPanel();\r
 144 \r
 145     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 146 \r
 147     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +\r
 148                                           pdbentry.getId());\r
 149 \r
 150     if (pdbentry.getProperty() != null)\r
 151     {\r
 152       if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)\r
 153       {\r
 154         title.append(" Method: ");\r
 155         title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));\r
 156       }\r
 157       if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)\r
 158       {\r
 159         title.append(" Chain:");\r
 160         title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));\r
 161       }\r
 162     }\r
 163 \r
 164     this.setTitle(title.toString());\r
 165 \r
 166     viewer = org.jmol.api.JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,\r
 167         new SmarterJmolAdapter());\r
 168 \r
 169 \r
 170     viewer.setAppletContext("", null, null, "");\r
 171 \r
 172     viewer.setJmolStatusListener(this);\r
 173 \r
 174     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);\r
 175 \r
 176     viewer.evalStringQuiet(command);\r
 177   }\r
 178 \r
 179 \r
 180   void setChainMenuItems(Vector chains)\r
 181   {\r
 182     chainMenu.removeAll();\r
 183 \r
 184     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");\r
 185     menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 186         {\r
 187           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 188           {\r
 189             allChainsSelected = true;\r
 190             for(int i=0; i<chainMenu.getItemCount(); i++)\r
 191             {\r
 192               if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)\r
 193                 ( (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);\r
 194             }\r
 195             centerViewer();\r
 196             allChainsSelected = false;\r
 197           }\r
 198         });\r
 199 \r
 200     chainMenu.add(menuItem);\r
 201 \r
 202     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)\r
 203     {\r
 204       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);\r
 205       menuItem.addItemListener(new ItemListener()\r
 206       {\r
 207         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 208         {\r
 209           if (!allChainsSelected)\r
 210             centerViewer();\r
 211         }\r
 212       });\r
 213 \r
 214       chainMenu.add(menuItem);\r
 215     }\r
 216   }\r
 217 \r
 218   boolean allChainsSelected = false;\r
 219   void centerViewer()\r
 220   {\r
 221     StringBuffer cmd = new StringBuffer();\r
 222     for(int i=0; i<chainMenu.getItemCount(); i++)\r
 223     {\r
 224       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)\r
 225       {\r
 226        JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);\r
 227        if(item.isSelected())\r
 228          cmd.append(":"+item.getText()+" or ");\r
 229       }\r
 230     }\r
 231 \r
 232     if (cmd.length() > 0)\r
 233       cmd.setLength(cmd.length() - 4);\r
 234 \r
 235     viewer.evalStringQuiet("select *;restrict "\r
 236                       +cmd+";cartoon;center "+cmd);\r
 237   }\r
 238 \r
 239   void closeViewer()\r
 240   {\r
 241     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);\r
 242     viewer.evalStringQuiet("zap");\r
 243     viewer.setJmolStatusListener(null);\r
 244     viewer = null;\r
 245 \r
 246     //We'll need to find out what other\r
 247     // listeners need to be shut down in Jmol\r
 248     StructureSelectionManager\r
 249         .getStructureSelectionManager()\r
 250         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getFile());\r
 251   }\r
 252 \r
 253   public void run()\r
 254   {\r
 255     try\r
 256     {\r
 257       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();\r
 258       String query = "pdb:" + pdbentry.getId();\r
 259       pdbentry.setFile(ebi.fetchDataAsFile(query, "default", "raw")\r
 260                        .getAbsolutePath());\r
 261       initJmol("load "+pdbentry.getFile());\r
 262     }\r
 263     catch (Exception ex)\r
 264     {\r
 265       ex.printStackTrace();\r
 266     }\r
 267   }\r
 268 \r
 269   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 270   {\r
 271     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
 272         jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 273             "LAST_DIRECTORY"));\r
 274 \r
 275     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 276     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");\r
 277     chooser.setToolTipText("Save");\r
 278 \r
 279     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 280 \r
 281     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 282     {\r
 283       try\r
 284       {\r
 285         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(pdbentry.getFile()));\r
 286         File outFile = chooser.getSelectedFile();\r
 287 \r
 288         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));\r
 289         String data;\r
 290         while ( (data = in.readLine()) != null)\r
 291         {\r
 292           if (\r
 293               ! (data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1)\r
 294               )\r
 295           {\r
 296             out.println(data);\r
 297           }\r
 298         }\r
 299         out.close();\r
 300       }\r
 301       catch (Exception ex)\r
 302       {\r
 303         ex.printStackTrace();\r
 304       }\r
 305     }\r
 306   }\r
 307 \r
 308   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 309   {\r
 310     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();\r
 311     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping", 550,\r
 312                                          600);\r
 313     cap.setText(\r
 314         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(\r
 315             pdbentry.getFile())\r
 316         );\r
 317   }\r
 318 \r
 319   /**\r
 320    * DOCUMENT ME!\r
 321    *\r
 322    * @param e DOCUMENT ME!\r
 323    */\r
 324   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 325   {\r
 326     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);\r
 327   }\r
 328 \r
 329   /**\r
 330    * DOCUMENT ME!\r
 331    *\r
 332    * @param e DOCUMENT ME!\r
 333    */\r
 334   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 335   {\r
 336     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);\r
 337   }\r
 338 \r
 339   void makePDBImage(int type)\r
 340   {\r
 341     int width = getWidth();\r
 342     int height = getHeight();\r
 343 \r
 344     jalview.util.ImageMaker im;\r
 345 \r
 346     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 347     {\r
 348       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 349                                        jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 350                                        "Make PNG image from view",\r
 351                                        width, height,\r
 352                                        null, null);\r
 353     }\r
 354     else\r
 355     {\r
 356       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 357                                        jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 358                                        "Make EPS file from view",\r
 359                                        width, height,\r
 360                                        null, this.getTitle());\r
 361     }\r
 362 \r
 363     if (im.getGraphics() != null)\r
 364     {\r
 365       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);\r
 366       viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(),\r
 367                                rect.getSize(), rect);\r
 368       im.writeImage();\r
 369     }\r
 370   }\r
 371 \r
 372 \r
 373   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 374   {\r
 375     colourBySequence = seqColour.isSelected();\r
 376     colourBySequence(ap);\r
 377   }\r
 378 \r
 379   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 380   {\r
 381     colourBySequence = false;\r
 382     seqColour.setSelected(false);\r
 383     viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");\r
 384   }\r
 385 \r
 386   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 387   {\r
 388     colourBySequence = false;\r
 389     seqColour.setSelected(false);\r
 390     viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"\r
 391                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");\r
 392   }\r
 393 \r
 394   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 395   {\r
 396     setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());\r
 397   }\r
 398 \r
 399   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 400   {\r
 401     setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());\r
 402   }\r
 403 \r
 404   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 405   {\r
 406     setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());\r
 407   }\r
 408 \r
 409   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 410   {\r
 411     setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());\r
 412   }\r
 413 \r
 414   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 415   {\r
 416     setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());\r
 417   }\r
 418 \r
 419   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 420   {\r
 421     setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());\r
 422   }\r
 423 \r
 424   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 425   {\r
 426     setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());\r
 427   }\r
 428 \r
 429   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 430   {\r
 431     colourBySequence = false;\r
 432     seqColour.setSelected(false);\r
 433 \r
 434     if(cs==null)\r
 435       return;\r
 436 \r
 437     String res;\r
 438     int index;\r
 439     Color col;\r
 440 \r
 441     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();\r
 442     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");\r
 443     while(en.hasMoreElements())\r
 444     {\r
 445       res = en.nextElement().toString();\r
 446       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();\r
 447       if(index>20)\r
 448         continue;\r
 449 \r
 450       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));\r
 451 \r
 452       command.append("select "+res+";color["\r
 453                         + col.getRed() + ","\r
 454                         + col.getGreen() + ","\r
 455                         + col.getBlue() + "];");\r
 456     }\r
 457 \r
 458     viewer.evalStringQuiet(command.toString());\r
 459   }\r
 460 \r
 461   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 462   {\r
 463     new UserDefinedColours(this, null);\r
 464   }\r
 465 \r
 466   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 467   {\r
 468     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 469                                                   "Select Background Colour",\r
 470                                                   null);\r
 471 \r
 472     if (col != null)\r
 473     {\r
 474       viewer.evalStringQuiet("background ["\r
 475                         + col.getRed() + ","\r
 476                         + col.getGreen() + ","\r
 477                         + col.getBlue() + "];");\r
 478     }\r
 479   }\r
 480 \r
 481 \r
 482   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 483   {\r
 484        try{\r
 485          jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
 486              "http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");\r
 487        }catch(Exception ex){}\r
 488    }\r
 489 \r
 490 \r
 491   //////////////////////////////////\r
 492   ///StructureListener\r
 493   public String getPdbFile()\r
 494   {\r
 495     return pdbentry.getFile();\r
 496   }\r
 497 \r
 498   Pattern pattern = Pattern.compile(\r
 499       "\\[(.*)\\]([0-9]+)(:[a-zA-Z]*)?\\.([a-zA-Z]+)(/[0-9]*)?"\r
 500       );\r
 501 \r
 502   String lastMessage;\r
 503   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)\r
 504   {\r
 505     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);\r
 506     matcher.find();\r
 507     matcher.group(1);\r
 508     int pdbResNum = Integer.parseInt(matcher.group(2));\r
 509     String chainId = matcher.group(3);\r
 510 \r
 511     if (chainId != null)\r
 512       chainId = chainId.substring(1, chainId.length());\r
 513     else\r
 514     {\r
 515       chainId = " ";\r
 516     }\r
 517 \r
 518     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))\r
 519       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());\r
 520 \r
 521     lastMessage = strInfo;\r
 522   }\r
 523 \r
 524   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();\r
 525   StringBuffer eval = new StringBuffer();\r
 526 \r
 527   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)\r
 528   {\r
 529     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))\r
 530       return;\r
 531 \r
 532     if (resetLastRes.length() > 0)\r
 533     {\r
 534       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());\r
 535     }\r
 536 \r
 537     eval.setLength(0);\r
 538     eval.append("select " + pdbResNum);\r
 539 \r
 540     resetLastRes.setLength(0);\r
 541     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);\r
 542 \r
 543     if (!chain.equals(" "))\r
 544     {\r
 545       eval.append(":" + chain);\r
 546       resetLastRes.append(":" + chain);\r
 547     }\r
 548 \r
 549     eval.append(";color gold;wireframe 100");\r
 550 \r
 551     Color col = new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));\r
 552 \r
 553     resetLastRes.append(";color["\r
 554                         + col.getRed() + ","\r
 555                         + col.getGreen() + ","\r
 556                         + col.getBlue() + "];wireframe 0");\r
 557 \r
 558     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());\r
 559 \r
 560   }\r
 561 \r
 562   public void updateColours(Object source)\r
 563   {\r
 564     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);\r
 565   }\r
 566 \r
 567 \r
 568 //End StructureListener\r
 569 ////////////////////////////\r
 570 \r
 571   FeatureRenderer fr;\r
 572   public void colourBySequence(AlignmentPanel ap)\r
 573   {\r
 574     if(!colourBySequence)\r
 575       return;\r
 576 \r
 577 \r
 578     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());\r
 579 \r
 580     if (mapping.length < 1)\r
 581       return;\r
 582 \r
 583     SequenceRenderer sr = ap.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer();\r
 584 \r
 585     boolean showFeatures = false;\r
 586     if (ap.av.showSequenceFeatures)\r
 587     {\r
 588       showFeatures = true;\r
 589       if (fr == null)\r
 590       {\r
 591         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(ap.av);\r
 592       }\r
 593 \r
 594       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());\r
 595     }\r
 596 \r
 597     StringBuffer command = new StringBuffer();\r
 598 \r
 599     int lastPos = -1;\r
 600     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)\r
 601     {\r
 602       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)\r
 603       {\r
 604         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])\r
 605         {\r
 606           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)\r
 607           {\r
 608             int pos = mapping[m].getPDBResNum(\r
 609                 sequence[s].findPosition(r));\r
 610 \r
 611             if (pos < 1 || pos==lastPos)\r
 612               continue;\r
 613 \r
 614             lastPos = pos;\r
 615 \r
 616             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);\r
 617 \r
 618             if (showFeatures)\r
 619               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);\r
 620 \r
 621             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain()+\r
 622                                             ";color["\r
 623                                             + col.getRed() + ","\r
 624                                             + col.getGreen() + ","\r
 625                                             + col.getBlue() + "]"))\r
 626             {\r
 627               command = condenseCommand(command, pos);\r
 628               continue;\r
 629             }\r
 630 \r
 631             command.append(";select " + pos);\r
 632 \r
 633             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))\r
 634             {\r
 635               command.append(":" + mapping[m].getChain());\r
 636             }\r
 637 \r
 638             command.append(";color["\r
 639                              + col.getRed() + ","\r
 640                              + col.getGreen() + ","\r
 641                              + col.getBlue() + "]");\r
 642 \r
 643           }\r
 644           break;\r
 645         }\r
 646       }\r
 647     }\r
 648 \r
 649     viewer.evalStringQuiet(command.toString());\r
 650   }\r
 651 \r
 652   StringBuffer condenseCommand(StringBuffer command, int pos)\r
 653   {\r
 654     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));\r
 655 \r
 656     command.delete(0, sb.length());\r
 657 \r
 658     String start;\r
 659 \r
 660     if (command.indexOf("-") > -1)\r
 661     {\r
 662       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));\r
 663     }\r
 664     else\r
 665     {\r
 666       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));\r
 667     }\r
 668 \r
 669     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));\r
 670 \r
 671     return sb;\r
 672   }\r
 673 \r
 674   /////////////////////////////////\r
 675   //JmolStatusListener\r
 676 \r
 677   public String eval(String strEval)\r
 678   {\r
 679    // System.out.println(strEval);\r
 680    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";\r
 681     return null;\r
 682   }\r
 683 \r
 684   public void createImage(String file, String type, int quality)\r
 685   {\r
 686     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");\r
 687   }\r
 688 \r
 689   public void setCallbackFunction(String callbackType,\r
 690                                   String callbackFunction)\r
 691   {}\r
 692 \r
 693   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,\r
 694                                String modelName, Object clientFile,\r
 695                                String errorMsg)\r
 696   {\r
 697     if(errorMsg!=null)\r
 698     {\r
 699       fileLoadingError = errorMsg;\r
 700       repaint();\r
 701       return;\r
 702     }\r
 703 \r
 704     fileLoadingError = null;\r
 705 \r
 706     if (fileName != null)\r
 707     {\r
 708 \r
 709       //FILE LOADED OK\r
 710       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
 711       MCview.PDBfile pdbFile = ssm.setMapping(sequence, pdbentry.getFile(), AppletFormatAdapter.FILE);\r
 712       ssm.addStructureViewerListener(this);\r
 713 \r
 714       Vector chains = new Vector();\r
 715       for(int i=0; i<pdbFile.chains.size(); i++)\r
 716       {\r
 717         chains.addElement(((MCview.PDBChain)pdbFile.chains.elementAt(i)).id);\r
 718       }\r
 719       setChainMenuItems(chains);\r
 720 \r
 721       jmolpopup.updateComputedMenus();\r
 722 \r
 723       if(!loadingFromArchive)\r
 724       {\r
 725         viewer.evalStringQuiet(\r
 726              "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");\r
 727 \r
 728         colourBySequence(ap);\r
 729       }\r
 730 \r
 731       loadingFromArchive = false;\r
 732     }\r
 733     else\r
 734       return;\r
 735   }\r
 736 \r
 737   public void notifyFrameChanged(int frameNo)\r
 738   {\r
 739     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);\r
 740   }\r
 741 \r
 742   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)\r
 743   {}\r
 744 \r
 745   public void sendConsoleEcho(String strEcho)\r
 746   {\r
 747     if (scriptWindow != null)\r
 748       scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);\r
 749   }\r
 750 \r
 751   public void sendConsoleMessage(String strStatus)\r
 752   {\r
 753     if (scriptWindow != null)\r
 754       scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);\r
 755   }\r
 756 \r
 757   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)\r
 758   {\r
 759     if (scriptWindow != null)\r
 760       scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);\r
 761   }\r
 762 \r
 763   public void handlePopupMenu(int x, int y)\r
 764   {\r
 765     jmolpopup.show(x, y);\r
 766   }\r
 767 \r
 768   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)\r
 769   {\r
 770     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);\r
 771   }\r
 772 \r
 773   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)\r
 774   {}\r
 775 \r
 776   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)\r
 777   {\r
 778     if (scriptWindow != null)\r
 779     {\r
 780       scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);\r
 781       scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");\r
 782     }\r
 783   }\r
 784 \r
 785   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)\r
 786   {\r
 787     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);\r
 788   }\r
 789 \r
 790   public void sendSyncScript(String script, String appletName)\r
 791   {}\r
 792 \r
 793   public void showUrl(String url)\r
 794   {}\r
 795 \r
 796   public void showConsole(boolean showConsole)\r
 797   {\r
 798     if (scriptWindow == null)\r
 799       scriptWindow = new ScriptWindow(this);\r
 800 \r
 801     if(showConsole)\r
 802     {\r
 803       if(splitPane==null)\r
 804       {\r
 805         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);\r
 806         splitPane.setTopComponent(renderPanel);\r
 807         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);\r
 808         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);\r
 809       }\r
 810 \r
 811       splitPane.setDividerLocation(getHeight()-200);\r
 812       splitPane.validate();\r
 813     }\r
 814     else\r
 815     {\r
 816       if (splitPane != null)\r
 817         splitPane.setVisible(false);\r
 818 \r
 819       splitPane = null;\r
 820 \r
 821       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 822     }\r
 823 \r
 824     validate();\r
 825   }\r
 826 \r
 827   public float functionXY(String functionName, int x, int y)\r
 828   {\r
 829     return 0;\r
 830   }\r
 831 \r
 832   ///End JmolStatusListener\r
 833   ///////////////////////////////\r
 834 \r
 835 \r
 836   class RenderPanel\r
 837       extends JPanel\r
 838   {\r
 839     final Dimension currentSize = new Dimension();\r
 840     final Rectangle rectClip = new Rectangle();\r
 841 \r
 842     public void paintComponent(Graphics g)\r
 843     {\r
 844       getSize(currentSize);\r
 845       g.getClipBounds(rectClip);\r
 846 \r
 847       if (viewer == null)\r
 848       {\r
 849         g.setColor(Color.black);\r
 850         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);\r
 851         g.setColor(Color.white);\r
 852         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 853         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);\r
 854       }\r
 855       else if(fileLoadingError!=null)\r
 856       {\r
 857         g.setColor(Color.black);\r
 858         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);\r
 859         g.setColor(Color.white);\r
 860         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 861         g.drawString("Error loading file..." + pdbentry.getId(), 20,\r
 862                      currentSize.height / 2);\r
 863       }\r
 864       else\r
 865       {\r
 866         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);\r
 867       }\r
 868     }\r
 869   }\r
 870 \r
 871 }\r