src/jalview/gui/AppJMol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.regex.*;
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.io.*;
  28
  29 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.io.*;
  35 import jalview.schemes.*;
  36
  37 import org.jmol.api.*;
  38 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  39 import org.jmol.popup.*;
  40
  41
  42 public class AppJMol
  43     extends GStructureViewer
  44     implements StructureListener, JmolStatusListener, Runnable
  45
  46 {
  47   JmolViewer viewer;
  48   JmolPopup jmolpopup;
  49   ScriptWindow scriptWindow;
  50   PDBEntry pdbentry;
  51   SequenceI[] sequence;
  52   StructureSelectionManager ssm;
  53   JSplitPane splitPane;
  54   RenderPanel renderPanel;
  55   AlignmentPanel ap;
  56   String fileLoadingError;
  57   boolean colourBySequence = true;
  58   boolean loadingFromArchive = false;
  59
  60   public AppJMol(String file, String id,
  61                  SequenceI[] seq,
  62                  AlignmentPanel ap,
  63                  String loadStatus,
  64                  Rectangle bounds)
  65   {
  66     loadingFromArchive = true;
  67     pdbentry = new PDBEntry();
  68     pdbentry.setFile(file);
  69     pdbentry.setId(id);
  70     this.sequence = seq;
  71     this.ap = ap;
  72     this.setBounds(bounds);
  73
  74     colourBySequence = false;
  75     seqColour.setSelected(false);
  76
  77     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
  78                                          bounds.width,bounds.height);
  79
  80     initJmol(loadStatus);
  81
  82     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
  83     {
  84       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
  85       {
  86         closeViewer();
  87       }
  88     });
  89   }
  90
  91   public AppJMol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, AlignmentPanel ap)
  92   {
  93     //////////////////////////////////
  94     //Is the pdb file already loaded?
  95     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
  96         .getStructureSelectionManager()
  97         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
  98
  99     if (alreadyMapped != null)
 100     {
 101       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 102           pdbentry.getId() + " is already displayed."
 103           + "\nDo you want to map sequences to the visible structure?",
 104           "Map Sequences to Visible Window: " + pdbentry.getId(),
 105           JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 106
 107       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 108       {
 109         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 110             .setMapping(seq, alreadyMapped, AppletFormatAdapter.FILE);
 111         ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 112         ap.paintAlignment(true);
 113         return;
 114       }
 115     }
 116     ///////////////////////////////////
 117
 118     this.ap = ap;
 119     this.pdbentry = pdbentry;
 120     this.sequence = seq;
 121
 122     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File", 400, 400);
 123
 124     if (pdbentry.getFile() != null)
 125     {
 126       initJmol("load \""+pdbentry.getFile()+"\"");
 127     }
 128     else
 129     {
 130       Thread worker = new Thread(this);
 131       worker.start();
 132     }
 133
 134     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 135     {
 136       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 137       {
 138         closeViewer();
 139       }
 140     });
 141   }
 142
 143   void initJmol(String command)
 144   {
 145     renderPanel = new RenderPanel();
 146
 147     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 148
 149     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +
 150                                           pdbentry.getId());
 151
 152     if (pdbentry.getProperty() != null)
 153     {
 154       if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 155       {
 156         title.append(" Method: ");
 157         title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 158       }
 159       if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 160       {
 161         title.append(" Chain:");
 162         title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 163       }
 164     }
 165
 166     this.setTitle(title.toString());
 167
 168     viewer = org.jmol.api.JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
 169         new SmarterJmolAdapter());
 170
 171
 172     viewer.setAppletContext("", null, null, "");
 173
 174     viewer.setJmolStatusListener(this);
 175
 176     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 177
 178     viewer.evalStringQuiet(command);
 179   }
 180
 181
 182   void setChainMenuItems(Vector chains)
 183   {
 184     chainMenu.removeAll();
 185
 186     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 187     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 188         {
 189           public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 190           {
 191             allChainsSelected = true;
 192             for(int i=0; i<chainMenu.getItemCount(); i++)
 193             {
 194               if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 195                 ( (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 196             }
 197             centerViewer();
 198             allChainsSelected = false;
 199           }
 200         });
 201
 202     chainMenu.add(menuItem);
 203
 204     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 205     {
 206       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 207       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 208       {
 209         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 210         {
 211           if (!allChainsSelected)
 212             centerViewer();
 213         }
 214       });
 215
 216       chainMenu.add(menuItem);
 217     }
 218   }
 219
 220   boolean allChainsSelected = false;
 221   void centerViewer()
 222   {
 223     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 224     for(int i=0; i<chainMenu.getItemCount(); i++)
 225     {
 226       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 227       {
 228        JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 229        if(item.isSelected())
 230          cmd.append(":"+item.getText()+" or ");
 231       }
 232     }
 233
 234     if (cmd.length() > 0)
 235       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 236
 237     viewer.evalStringQuiet("select *;restrict "
 238                       +cmd+";cartoon;center "+cmd);
 239   }
 240
 241   void closeViewer()
 242   {
 243     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 244     viewer.evalStringQuiet("zap");
 245     viewer.setJmolStatusListener(null);
 246     viewer = null;
 247
 248     //We'll need to find out what other
 249     // listeners need to be shut down in Jmol
 250     StructureSelectionManager
 251         .getStructureSelectionManager()
 252         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getFile());
 253   }
 254
 255   public void run()
 256   {
 257     try
 258     {
 259       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 260       String query = "pdb:" + pdbentry.getId();
 261       pdbentry.setFile(ebi.fetchDataAsFile(query, "default", "raw")
 262                        .getAbsolutePath());
 263       initJmol("load "+pdbentry.getFile());
 264     }
 265     catch (Exception ex)
 266     {
 267       ex.printStackTrace();
 268     }
 269   }
 270
 271   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 272   {
 273     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 274         jalview.bin.Cache.getProperty(
 275             "LAST_DIRECTORY"));
 276
 277     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 278     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 279     chooser.setToolTipText("Save");
 280
 281     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 282
 283     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 284     {
 285       try
 286       {
 287         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(pdbentry.getFile()));
 288         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 289
 290         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 291         String data;
 292         while ( (data = in.readLine()) != null)
 293         {
 294           if (
 295               ! (data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1)
 296               )
 297           {
 298             out.println(data);
 299           }
 300         }
 301         out.close();
 302       }
 303       catch (Exception ex)
 304       {
 305         ex.printStackTrace();
 306       }
 307     }
 308   }
 309
 310   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 311   {
 312     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 313     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping", 550,
 314                                          600);
 315     cap.setText(
 316         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(
 317             pdbentry.getFile())
 318         );
 319   }
 320
 321   /**
 322    * DOCUMENT ME!
 323    *
 324    * @param e DOCUMENT ME!
 325    */
 326   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 327   {
 328     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 329   }
 330
 331   /**
 332    * DOCUMENT ME!
 333    *
 334    * @param e DOCUMENT ME!
 335    */
 336   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 337   {
 338     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 339   }
 340
 341   void makePDBImage(int type)
 342   {
 343     int width = getWidth();
 344     int height = getHeight();
 345
 346     jalview.util.ImageMaker im;
 347
 348     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 349     {
 350       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 351                                        jalview.util.ImageMaker.PNG,
 352                                        "Make PNG image from view",
 353                                        width, height,
 354                                        null, null);
 355     }
 356     else
 357     {
 358       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 359                                        jalview.util.ImageMaker.EPS,
 360                                        "Make EPS file from view",
 361                                        width, height,
 362                                        null, this.getTitle());
 363     }
 364
 365     if (im.getGraphics() != null)
 366     {
 367       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 368       viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(),
 369                                rect.getSize(), rect);
 370       im.writeImage();
 371     }
 372   }
 373
 374
 375   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 376   {
 377     colourBySequence = seqColour.isSelected();
 378     colourBySequence(ap);
 379   }
 380
 381   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 382   {
 383     colourBySequence = false;
 384     seqColour.setSelected(false);
 385     viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 386   }
 387
 388   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 389   {
 390     colourBySequence = false;
 391     seqColour.setSelected(false);
 392     viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 393                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 394   }
 395
 396   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 397   {
 398     setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 399   }
 400
 401   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 402   {
 403     setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 404   }
 405
 406   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 407   {
 408     setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 409   }
 410
 411   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 412   {
 413     setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 414   }
 415
 416   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 417   {
 418     setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 419   }
 420
 421   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 422   {
 423     setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 424   }
 425
 426   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 427   {
 428     setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 429   }
 430
 431   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 432   {
 433     colourBySequence = false;
 434     seqColour.setSelected(false);
 435
 436     if(cs==null)
 437       return;
 438
 439     String res;
 440     int index;
 441     Color col;
 442
 443     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 444     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 445     while(en.hasMoreElements())
 446     {
 447       res = en.nextElement().toString();
 448       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 449       if(index>20)
 450         continue;
 451
 452       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 453
 454       command.append("select "+res+";color["
 455                         + col.getRed() + ","
 456                         + col.getGreen() + ","
 457                         + col.getBlue() + "];");
 458     }
 459
 460     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 461   }
 462
 463   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 464   {
 465     new UserDefinedColours(this, null);
 466   }
 467
 468   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 469   {
 470     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 471                                                   "Select Background Colour",
 472                                                   null);
 473
 474     if (col != null)
 475     {
 476       viewer.evalStringQuiet("background ["
 477                         + col.getRed() + ","
 478                         + col.getGreen() + ","
 479                         + col.getBlue() + "];");
 480     }
 481   }
 482
 483
 484   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 485   {
 486        try{
 487          jalview.util.BrowserLauncher.openURL(
 488              "http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 489        }catch(Exception ex){}
 490    }
 491
 492
 493   //////////////////////////////////
 494   ///StructureListener
 495   public String getPdbFile()
 496   {
 497     return pdbentry.getFile();
 498   }
 499
 500   Pattern pattern = Pattern.compile(
 501       "\\[(.*)\\]([0-9]+)(:[a-zA-Z]*)?\\.([a-zA-Z]+)(/[0-9]*)?"
 502       );
 503
 504   String lastMessage;
 505   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 506   {
 507     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 508     matcher.find();
 509     matcher.group(1);
 510     int pdbResNum = Integer.parseInt(matcher.group(2));
 511     String chainId = matcher.group(3);
 512
 513     if (chainId != null)
 514       chainId = chainId.substring(1, chainId.length());
 515     else
 516     {
 517       chainId = " ";
 518     }
 519
 520     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 521       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 522
 523     lastMessage = strInfo;
 524   }
 525
 526   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 527   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 528
 529   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 530   {
 531     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 532       return;
 533
 534     if (resetLastRes.length() > 0)
 535     {
 536       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 537     }
 538
 539     eval.setLength(0);
 540     eval.append("select " + pdbResNum);
 541
 542     resetLastRes.setLength(0);
 543     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 544
 545     if (!chain.equals(" "))
 546     {
 547       eval.append(":" + chain);
 548       resetLastRes.append(":" + chain);
 549     }
 550
 551     eval.append(";color gold;wireframe 100");
 552
 553     Color col = new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 554
 555     resetLastRes.append(";color["
 556                         + col.getRed() + ","
 557                         + col.getGreen() + ","
 558                         + col.getBlue() + "];wireframe 0");
 559
 560     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 561
 562   }
 563
 564   public void updateColours(Object source)
 565   {
 566     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);
 567   }
 568
 569
 570 //End StructureListener
 571 ////////////////////////////
 572
 573   FeatureRenderer fr;
 574   public void colourBySequence(AlignmentPanel ap)
 575   {
 576     if(!colourBySequence)
 577       return;
 578
 579
 580     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 581
 582     if (mapping.length < 1)
 583       return;
 584
 585     SequenceRenderer sr = ap.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer();
 586
 587     boolean showFeatures = false;
 588     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 589     {
 590       showFeatures = true;
 591       if (fr == null)
 592       {
 593         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(ap.av);
 594       }
 595
 596       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 597     }
 598
 599     StringBuffer command = new StringBuffer();
 600
 601     int lastPos = -1;
 602     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 603     {
 604       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 605       {
 606         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 607         {
 608           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)
 609           {
 610             int pos = mapping[m].getPDBResNum(
 611                 sequence[s].findPosition(r));
 612
 613             if (pos < 1 || pos==lastPos)
 614               continue;
 615
 616             lastPos = pos;
 617
 618             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 619
 620             if (showFeatures)
 621               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 622
 623             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain()+
 624                                             ";color["
 625                                             + col.getRed() + ","
 626                                             + col.getGreen() + ","
 627                                             + col.getBlue() + "]"))
 628             {
 629               command = condenseCommand(command, pos);
 630               continue;
 631             }
 632
 633             command.append(";select " + pos);
 634
 635             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 636             {
 637               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 638             }
 639
 640             command.append(";color["
 641                              + col.getRed() + ","
 642                              + col.getGreen() + ","
 643                              + col.getBlue() + "]");
 644
 645           }
 646           break;
 647         }
 648       }
 649     }
 650
 651     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 652   }
 653
 654   StringBuffer condenseCommand(StringBuffer command, int pos)
 655   {
 656     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));
 657
 658     command.delete(0, sb.length());
 659
 660     String start;
 661
 662     if (command.indexOf("-") > -1)
 663     {
 664       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));
 665     }
 666     else
 667     {
 668       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 669     }
 670
 671     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));
 672
 673     return sb;
 674   }
 675
 676   /////////////////////////////////
 677   //JmolStatusListener
 678
 679   public String eval(String strEval)
 680   {
 681    // System.out.println(strEval);
 682    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";
 683     return null;
 684   }
 685
 686   public void createImage(String file, String type, int quality)
 687   {
 688     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 689   }
 690
 691   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 692                                   String callbackFunction)
 693   {}
 694
 695   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 696                                String modelName, Object clientFile,
 697                                String errorMsg)
 698   {
 699     if(errorMsg!=null)
 700     {
 701       fileLoadingError = errorMsg;
 702       repaint();
 703       return;
 704     }
 705
 706     fileLoadingError = null;
 707
 708     if (fileName != null)
 709     {
 710
 711       //FILE LOADED OK
 712       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 713       MCview.PDBfile pdbFile = ssm.setMapping(sequence, pdbentry.getFile(), AppletFormatAdapter.FILE);
 714       ssm.addStructureViewerListener(this);
 715
 716       Vector chains = new Vector();
 717       for(int i=0; i<pdbFile.chains.size(); i++)
 718       {
 719         chains.addElement(((MCview.PDBChain)pdbFile.chains.elementAt(i)).id);
 720       }
 721       setChainMenuItems(chains);
 722
 723       jmolpopup.updateComputedMenus();
 724
 725       if(!loadingFromArchive)
 726       {
 727         viewer.evalStringQuiet(
 728              "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 729
 730         colourBySequence(ap);
 731       }
 732
 733       loadingFromArchive = false;
 734     }
 735     else
 736       return;
 737   }
 738
 739   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 740   {
 741     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 742   }
 743
 744   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 745   {}
 746
 747   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 748   {
 749     if (scriptWindow != null)
 750       scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
 751   }
 752
 753   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 754   {
 755     if (scriptWindow != null)
 756       scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
 757   }
 758
 759   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 760   {
 761     if (scriptWindow != null)
 762       scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 763   }
 764
 765   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 766   {
 767     jmolpopup.show(x, y);
 768   }
 769
 770   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 771   {
 772     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 773   }
 774
 775   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 776   {}
 777
 778   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 779   {
 780     if (scriptWindow != null)
 781     {
 782       scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 783       scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 784     }
 785   }
 786
 787   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 788   {
 789     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 790   }
 791
 792   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 793   {}
 794
 795   public void showUrl(String url)
 796   {}
 797
 798   public void showConsole(boolean showConsole)
 799   {
 800     if (scriptWindow == null)
 801       scriptWindow = new ScriptWindow(this);
 802
 803     if(showConsole)
 804     {
 805       if(splitPane==null)
 806       {
 807         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 808         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 809         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 810         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 811       }
 812
 813       splitPane.setDividerLocation(getHeight()-200);
 814       splitPane.validate();
 815     }
 816     else
 817     {
 818       if (splitPane != null)
 819         splitPane.setVisible(false);
 820
 821       splitPane = null;
 822
 823       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 824     }
 825
 826     validate();
 827   }
 828
 829   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 830   {
 831     return 0;
 832   }
 833
 834   ///End JmolStatusListener
 835   ///////////////////////////////
 836
 837
 838   class RenderPanel
 839       extends JPanel
 840   {
 841     final Dimension currentSize = new Dimension();
 842     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 843
 844     public void paintComponent(Graphics g)
 845     {
 846       getSize(currentSize);
 847       g.getClipBounds(rectClip);
 848
 849       if (viewer == null)
 850       {
 851         g.setColor(Color.black);
 852         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 853         g.setColor(Color.white);
 854         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 855         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 856       }
 857       else if(fileLoadingError!=null)
 858       {
 859         g.setColor(Color.black);
 860         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 861         g.setColor(Color.white);
 862         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 863         g.drawString("Error loading file..." + pdbentry.getId(), 20,
 864                      currentSize.height / 2);
 865       }
 866       else
 867       {
 868         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 869       }
 870     }
 871   }
 872
 873 }