src/jalview/gui/AppJMol.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.regex.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 import javax.swing.event.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import java.io.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.jbgui.GStructureViewer;\r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.gui.*;\r
  32 import jalview.structure.*;\r
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  34 import jalview.io.*;\r
  35 import jalview.schemes.*;\r
  36 \r
  37 import org.jmol.api.*;\r
  38 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;\r
  39 import org.jmol.popup.*;\r
  40 \r
  41 \r
  42 public class AppJMol\r
  43     extends GStructureViewer\r
  44     implements StructureListener, JmolStatusListener, Runnable\r
  45 \r
  46 {\r
  47   JmolViewer viewer;\r
  48   JmolPopup jmolpopup;\r
  49   ScriptWindow scriptWindow;\r
  50   PDBEntry pdbentry;\r
  51   SequenceI[] sequence;\r
  52   StructureSelectionManager ssm;\r
  53   JSplitPane splitPane;\r
  54   RenderPanel renderPanel;\r
  55   AlignmentPanel ap;\r
  56   String fileLoadingError;\r
  57   boolean colourBySequence = true;\r
  58 \r
  59   public AppJMol(String file, String id,\r
  60                  SequenceI[] seq,\r
  61                  AlignmentPanel ap,\r
  62                  String loadStatus,\r
  63                  Rectangle bounds)\r
  64   {\r
  65     pdbentry = new PDBEntry();\r
  66     pdbentry.setFile(file);\r
  67     pdbentry.setId(id);\r
  68     this.sequence = seq;\r
  69     this.ap = ap;\r
  70     this.setBounds(bounds);\r
  71 \r
  72     colourBySequence = false;\r
  73     seqColour.setSelected(false);\r
  74 \r
  75     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",\r
  76                                          bounds.width,bounds.height);\r
  77 \r
  78     initJmol(loadStatus);\r
  79 \r
  80     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  81     {\r
  82       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)\r
  83       {\r
  84         closeViewer();\r
  85       }\r
  86     });\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public AppJMol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, AlignmentPanel ap)\r
  90   {\r
  91     //////////////////////////////////\r
  92     //Is the pdb file already loaded?\r
  93     String alreadyMapped = StructureSelectionManager\r
  94         .getStructureSelectionManager()\r
  95         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());\r
  96 \r
  97     if (alreadyMapped != null)\r
  98     {\r
  99       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 100           pdbentry.getId() + " is already displayed."\r
 101           + "\nDo you want to map sequences to the visible structure?",\r
 102           "Map Sequences to Visible Window: " + pdbentry.getId(),\r
 103           JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
 104 \r
 105       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
 106       {\r
 107         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
 108             .setMapping(seq, alreadyMapped, AppletFormatAdapter.FILE);\r
 109         return;\r
 110       }\r
 111     }\r
 112     ///////////////////////////////////\r
 113 \r
 114     this.ap = ap;\r
 115     this.pdbentry = pdbentry;\r
 116     this.sequence = seq;\r
 117 \r
 118     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File", 400, 400);\r
 119 \r
 120     if (pdbentry.getFile() != null)\r
 121     {\r
 122       initJmol("load \""+pdbentry.getFile()+"\"");\r
 123     }\r
 124     else\r
 125     {\r
 126       Thread worker = new Thread(this);\r
 127       worker.start();\r
 128     }\r
 129 \r
 130     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
 131     {\r
 132       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)\r
 133       {\r
 134         closeViewer();\r
 135       }\r
 136     });\r
 137   }\r
 138 \r
 139   void initJmol(String command)\r
 140   {\r
 141     renderPanel = new RenderPanel();\r
 142 \r
 143     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 144 \r
 145     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +\r
 146                                           pdbentry.getId());\r
 147 \r
 148     if (pdbentry.getProperty() != null)\r
 149     {\r
 150       if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)\r
 151       {\r
 152         title.append(" Method: ");\r
 153         title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));\r
 154       }\r
 155       if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)\r
 156       {\r
 157         title.append(" Chain:");\r
 158         title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));\r
 159       }\r
 160     }\r
 161 \r
 162     this.setTitle(title.toString());\r
 163 \r
 164     viewer = org.jmol.api.JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,\r
 165         new SmarterJmolAdapter());\r
 166 \r
 167 \r
 168     viewer.setAppletContext("", null, null, "");\r
 169 \r
 170     viewer.setJmolStatusListener(this);\r
 171 \r
 172     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);\r
 173 \r
 174     viewer.evalStringQuiet(command);\r
 175   }\r
 176 \r
 177 \r
 178   void setChainMenuItems(Vector chains)\r
 179   {\r
 180     chainMenu.removeAll();\r
 181 \r
 182     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");\r
 183     menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 184         {\r
 185           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 186           {\r
 187             allChainsSelected = true;\r
 188             for(int i=0; i<chainMenu.getItemCount(); i++)\r
 189             {\r
 190               if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)\r
 191                 ( (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);\r
 192             }\r
 193             centerViewer();\r
 194             allChainsSelected = false;\r
 195           }\r
 196         });\r
 197 \r
 198     chainMenu.add(menuItem);\r
 199 \r
 200     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)\r
 201     {\r
 202       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);\r
 203       menuItem.addItemListener(new ItemListener()\r
 204       {\r
 205         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 206         {\r
 207           if (!allChainsSelected)\r
 208             centerViewer();\r
 209         }\r
 210       });\r
 211 \r
 212       chainMenu.add(menuItem);\r
 213     }\r
 214   }\r
 215 \r
 216   boolean allChainsSelected = false;\r
 217   void centerViewer()\r
 218   {\r
 219     StringBuffer cmd = new StringBuffer();\r
 220     for(int i=0; i<chainMenu.getItemCount(); i++)\r
 221     {\r
 222       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)\r
 223       {\r
 224        JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);\r
 225        if(item.isSelected())\r
 226          cmd.append(":"+item.getText()+" or ");\r
 227       }\r
 228     }\r
 229 \r
 230     if (cmd.length() > 0)\r
 231       cmd.setLength(cmd.length() - 4);\r
 232 \r
 233     viewer.evalStringQuiet("select *;restrict "\r
 234                       +cmd+";cartoon;center "+cmd);\r
 235   }\r
 236 \r
 237   void closeViewer()\r
 238   {\r
 239     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);\r
 240     viewer.evalStringQuiet("zap");\r
 241     viewer.setJmolStatusListener(null);\r
 242     viewer = null;\r
 243 \r
 244     //We'll need to find out what other\r
 245     // listeners need to be shut down in Jmol\r
 246     StructureSelectionManager\r
 247         .getStructureSelectionManager()\r
 248         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getFile());\r
 249   }\r
 250 \r
 251   public void run()\r
 252   {\r
 253     try\r
 254     {\r
 255       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();\r
 256       String query = "pdb:" + pdbentry.getId();\r
 257       pdbentry.setFile(ebi.fetchDataAsFile(query, "default", "raw")\r
 258                        .getAbsolutePath());\r
 259       initJmol("load "+pdbentry.getFile());\r
 260     }\r
 261     catch (Exception ex)\r
 262     {\r
 263       ex.printStackTrace();\r
 264     }\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 268   {\r
 269     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
 270         jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 271             "LAST_DIRECTORY"));\r
 272 \r
 273     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 274     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");\r
 275     chooser.setToolTipText("Save");\r
 276 \r
 277     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 278 \r
 279     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 280     {\r
 281       try\r
 282       {\r
 283         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(pdbentry.getFile()));\r
 284         File outFile = chooser.getSelectedFile();\r
 285 \r
 286         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));\r
 287         String data;\r
 288         while ( (data = in.readLine()) != null)\r
 289         {\r
 290           if (\r
 291               ! (data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1)\r
 292               )\r
 293           {\r
 294             out.println(data);\r
 295           }\r
 296         }\r
 297         out.close();\r
 298       }\r
 299       catch (Exception ex)\r
 300       {\r
 301         ex.printStackTrace();\r
 302       }\r
 303     }\r
 304   }\r
 305 \r
 306   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 307   {\r
 308     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();\r
 309     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping", 550,\r
 310                                          600);\r
 311     cap.setText(\r
 312         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(\r
 313             pdbentry.getFile())\r
 314         );\r
 315   }\r
 316 \r
 317   /**\r
 318    * DOCUMENT ME!\r
 319    *\r
 320    * @param e DOCUMENT ME!\r
 321    */\r
 322   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 323   {\r
 324     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);\r
 325   }\r
 326 \r
 327   /**\r
 328    * DOCUMENT ME!\r
 329    *\r
 330    * @param e DOCUMENT ME!\r
 331    */\r
 332   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 333   {\r
 334     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);\r
 335   }\r
 336 \r
 337   void makePDBImage(int type)\r
 338   {\r
 339     int width = getWidth();\r
 340     int height = getHeight();\r
 341 \r
 342     jalview.util.ImageMaker im;\r
 343 \r
 344     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 345     {\r
 346       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 347                                        jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 348                                        "Make PNG image from view",\r
 349                                        width, height,\r
 350                                        null, null);\r
 351     }\r
 352     else\r
 353     {\r
 354       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 355                                        jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 356                                        "Make EPS file from view",\r
 357                                        width, height,\r
 358                                        null, this.getTitle());\r
 359     }\r
 360 \r
 361     if (im.getGraphics() != null)\r
 362     {\r
 363       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);\r
 364       viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(),\r
 365                                rect.getSize(), rect);\r
 366       im.writeImage();\r
 367     }\r
 368   }\r
 369 \r
 370 \r
 371   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 372   {\r
 373     colourBySequence = seqColour.isSelected();\r
 374     colourBySequence(ap);\r
 375   }\r
 376 \r
 377   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 378   {\r
 379     colourBySequence = false;\r
 380     seqColour.setSelected(false);\r
 381     viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");\r
 382   }\r
 383 \r
 384   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 385   {\r
 386     colourBySequence = false;\r
 387     seqColour.setSelected(false);\r
 388     viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"\r
 389                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");\r
 390   }\r
 391 \r
 392   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 393   {\r
 394     setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());\r
 395   }\r
 396 \r
 397   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 398   {\r
 399     setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());\r
 400   }\r
 401 \r
 402   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 403   {\r
 404     setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());\r
 405   }\r
 406 \r
 407   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 408   {\r
 409     setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());\r
 410   }\r
 411 \r
 412   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 413   {\r
 414     setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());\r
 415   }\r
 416 \r
 417   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 418   {\r
 419     setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());\r
 420   }\r
 421 \r
 422   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 423   {\r
 424     setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());\r
 425   }\r
 426 \r
 427   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 428   {\r
 429     colourBySequence = false;\r
 430     seqColour.setSelected(false);\r
 431 \r
 432     if(cs==null)\r
 433       return;\r
 434 \r
 435     String res;\r
 436     int index;\r
 437     Color col;\r
 438 \r
 439     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();\r
 440     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");\r
 441     while(en.hasMoreElements())\r
 442     {\r
 443       res = en.nextElement().toString();\r
 444       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();\r
 445       if(index>20)\r
 446         continue;\r
 447 \r
 448       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));\r
 449 \r
 450       command.append("select "+res+";color["\r
 451                         + col.getRed() + ","\r
 452                         + col.getGreen() + ","\r
 453                         + col.getBlue() + "];");\r
 454     }\r
 455 \r
 456     viewer.evalStringQuiet(command.toString());\r
 457   }\r
 458 \r
 459   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 460   {\r
 461     new UserDefinedColours(this, null);\r
 462   }\r
 463 \r
 464   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 465   {\r
 466     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 467                                                   "Select Background Colour",\r
 468                                                   null);\r
 469 \r
 470     if (col != null)\r
 471     {\r
 472       viewer.evalStringQuiet("background ["\r
 473                         + col.getRed() + ","\r
 474                         + col.getGreen() + ","\r
 475                         + col.getBlue() + "];");\r
 476     }\r
 477   }\r
 478 \r
 479 \r
 480   //////////////////////////////////\r
 481   ///StructureListener\r
 482   public String getPdbFile()\r
 483   {\r
 484     return pdbentry.getFile();\r
 485   }\r
 486 \r
 487   Pattern pattern = Pattern.compile(\r
 488       "\\[(.*)\\]([0-9]+)(:[a-zA-Z]*)?\\.([a-zA-Z]+)(/[0-9]*)?"\r
 489       );\r
 490 \r
 491   String lastMessage;\r
 492   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)\r
 493   {\r
 494     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);\r
 495     matcher.find();\r
 496     matcher.group(1);\r
 497     int pdbResNum = Integer.parseInt(matcher.group(2));\r
 498     String chainId = matcher.group(3);\r
 499 \r
 500     if (chainId != null)\r
 501       chainId = chainId.substring(1, chainId.length());\r
 502     else\r
 503     {\r
 504       chainId = " ";\r
 505     }\r
 506 \r
 507     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))\r
 508       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());\r
 509 \r
 510     lastMessage = strInfo;\r
 511   }\r
 512 \r
 513   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();\r
 514   StringBuffer eval = new StringBuffer();\r
 515 \r
 516   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)\r
 517   {\r
 518     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))\r
 519       return;\r
 520 \r
 521     if (resetLastRes.length() > 0)\r
 522     {\r
 523       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());\r
 524     }\r
 525 \r
 526     eval.setLength(0);\r
 527     eval.append("select " + pdbResNum);\r
 528 \r
 529     resetLastRes.setLength(0);\r
 530     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);\r
 531 \r
 532     if (!chain.equals(" "))\r
 533     {\r
 534       eval.append(":" + chain);\r
 535       resetLastRes.append(":" + chain);\r
 536     }\r
 537 \r
 538     eval.append(";color gold;wireframe 100");\r
 539 \r
 540     Color col = new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));\r
 541 \r
 542     resetLastRes.append(";color["\r
 543                         + col.getRed() + ","\r
 544                         + col.getGreen() + ","\r
 545                         + col.getBlue() + "];wireframe 0");\r
 546 \r
 547     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());\r
 548 \r
 549   }\r
 550 \r
 551   public void updateColours(Object source)\r
 552   {\r
 553     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);\r
 554   }\r
 555 \r
 556 //End StructureListener\r
 557 ////////////////////////////\r
 558 \r
 559   FeatureRenderer fr;\r
 560   public void colourBySequence(AlignmentPanel ap)\r
 561   {\r
 562     if(!colourBySequence)\r
 563       return;\r
 564 \r
 565 \r
 566     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());\r
 567 \r
 568     if (mapping.length < 1)\r
 569       return;\r
 570 \r
 571     SequenceRenderer sr = ap.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer();\r
 572 \r
 573     boolean showFeatures = false;\r
 574     if (ap.av.showSequenceFeatures)\r
 575     {\r
 576       showFeatures = true;\r
 577       if (fr == null)\r
 578       {\r
 579         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(ap.av);\r
 580       }\r
 581 \r
 582       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());\r
 583     }\r
 584 \r
 585     StringBuffer command = new StringBuffer();\r
 586 \r
 587     int lastPos = -1;\r
 588     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)\r
 589     {\r
 590       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)\r
 591       {\r
 592         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])\r
 593         {\r
 594           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)\r
 595           {\r
 596             int pos = mapping[m].getPDBResNum(\r
 597                 sequence[s].findPosition(r));\r
 598 \r
 599             if (pos < 1 || pos==lastPos)\r
 600               continue;\r
 601 \r
 602             lastPos = pos;\r
 603 \r
 604             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);\r
 605 \r
 606             if (showFeatures)\r
 607               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);\r
 608 \r
 609             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain()+\r
 610                                             ";color["\r
 611                                             + col.getRed() + ","\r
 612                                             + col.getGreen() + ","\r
 613                                             + col.getBlue() + "]"))\r
 614             {\r
 615               command = condenseCommand(command, pos);\r
 616               continue;\r
 617             }\r
 618 \r
 619             command.append(";select " + pos);\r
 620 \r
 621             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))\r
 622             {\r
 623               command.append(":" + mapping[m].getChain());\r
 624             }\r
 625 \r
 626             command.append(";color["\r
 627                              + col.getRed() + ","\r
 628                              + col.getGreen() + ","\r
 629                              + col.getBlue() + "]");\r
 630 \r
 631           }\r
 632           break;\r
 633         }\r
 634       }\r
 635     }\r
 636 \r
 637     viewer.evalStringQuiet(command.toString());\r
 638   }\r
 639 \r
 640   StringBuffer condenseCommand(StringBuffer command, int pos)\r
 641   {\r
 642     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));\r
 643 \r
 644     command.delete(0, sb.length());\r
 645 \r
 646     String start;\r
 647 \r
 648     if (command.indexOf("-") > -1)\r
 649     {\r
 650       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));\r
 651     }\r
 652     else\r
 653     {\r
 654       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));\r
 655     }\r
 656 \r
 657     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));\r
 658 \r
 659     return sb;\r
 660   }\r
 661 \r
 662   /////////////////////////////////\r
 663   //JmolStatusListener\r
 664 \r
 665   public String eval(String strEval)\r
 666   {\r
 667    // System.out.println(strEval);\r
 668    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";\r
 669     return null;\r
 670   }\r
 671 \r
 672   public void createImage(String file, String type, int quality)\r
 673   {\r
 674     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");\r
 675   }\r
 676 \r
 677   public void setCallbackFunction(String callbackType,\r
 678                                   String callbackFunction)\r
 679   {}\r
 680 \r
 681   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,\r
 682                                String modelName, Object clientFile,\r
 683                                String errorMsg)\r
 684   {\r
 685     if(errorMsg!=null)\r
 686     {\r
 687       fileLoadingError = errorMsg;\r
 688       repaint();\r
 689       return;\r
 690     }\r
 691 \r
 692     fileLoadingError = null;\r
 693 \r
 694     if (fileName != null)\r
 695     {\r
 696 \r
 697       //FILE LOADED OK\r
 698       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
 699       MCview.PDBfile pdbFile = ssm.setMapping(sequence, pdbentry.getFile(), AppletFormatAdapter.FILE);\r
 700       ssm.addStructureViewerListener(this);\r
 701 \r
 702       Vector chains = new Vector();\r
 703       for(int i=0; i<pdbFile.chains.size(); i++)\r
 704       {\r
 705         chains.addElement(((MCview.PDBChain)pdbFile.chains.elementAt(i)).id);\r
 706       }\r
 707       setChainMenuItems(chains);\r
 708 \r
 709       jmolpopup.updateComputedMenus();\r
 710       viewer.evalStringQuiet(\r
 711           "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");\r
 712 \r
 713       colourBySequence(ap);\r
 714     }\r
 715     else\r
 716       return;\r
 717   }\r
 718 \r
 719   public void notifyFrameChanged(int frameNo)\r
 720   {\r
 721     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);\r
 722   }\r
 723 \r
 724   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)\r
 725   {}\r
 726 \r
 727   public void sendConsoleEcho(String strEcho)\r
 728   {\r
 729     if (scriptWindow != null)\r
 730       scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);\r
 731   }\r
 732 \r
 733   public void sendConsoleMessage(String strStatus)\r
 734   {\r
 735     if (scriptWindow != null)\r
 736       scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);\r
 737   }\r
 738 \r
 739   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)\r
 740   {\r
 741     if (scriptWindow != null)\r
 742       scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);\r
 743   }\r
 744 \r
 745   public void handlePopupMenu(int x, int y)\r
 746   {\r
 747     jmolpopup.show(x, y);\r
 748   }\r
 749 \r
 750   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)\r
 751   {\r
 752     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);\r
 753   }\r
 754 \r
 755   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)\r
 756   {}\r
 757 \r
 758   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)\r
 759   {\r
 760     if (scriptWindow != null)\r
 761     {\r
 762       scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);\r
 763       scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");\r
 764     }\r
 765   }\r
 766 \r
 767   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)\r
 768   {\r
 769     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);\r
 770   }\r
 771 \r
 772   public void sendSyncScript(String script, String appletName)\r
 773   {}\r
 774 \r
 775   public void showUrl(String url)\r
 776   {}\r
 777 \r
 778   public void showConsole(boolean showConsole)\r
 779   {\r
 780     if (scriptWindow == null)\r
 781       scriptWindow = new ScriptWindow(this);\r
 782 \r
 783     if(showConsole)\r
 784     {\r
 785       if(splitPane==null)\r
 786       {\r
 787         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);\r
 788         splitPane.setTopComponent(renderPanel);\r
 789         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);\r
 790         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);\r
 791       }\r
 792 \r
 793       splitPane.setDividerLocation(getHeight()-200);\r
 794       splitPane.validate();\r
 795     }\r
 796     else\r
 797     {\r
 798       if (splitPane != null)\r
 799         splitPane.setVisible(false);\r
 800 \r
 801       splitPane = null;\r
 802 \r
 803       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 804     }\r
 805 \r
 806     validate();\r
 807   }\r
 808 \r
 809   public float functionXY(String functionName, int x, int y)\r
 810   {\r
 811     return 0;\r
 812   }\r
 813 \r
 814   ///End JmolStatusListener\r
 815   ///////////////////////////////\r
 816 \r
 817 \r
 818   class RenderPanel\r
 819       extends JPanel\r
 820   {\r
 821     final Dimension currentSize = new Dimension();\r
 822     final Rectangle rectClip = new Rectangle();\r
 823 \r
 824     public void paintComponent(Graphics g)\r
 825     {\r
 826       getSize(currentSize);\r
 827       g.getClipBounds(rectClip);\r
 828 \r
 829       if (viewer == null)\r
 830       {\r
 831         g.setColor(Color.black);\r
 832         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);\r
 833         g.setColor(Color.white);\r
 834         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 835         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);\r
 836       }\r
 837       else if(fileLoadingError!=null)\r
 838       {\r
 839         g.setColor(Color.black);\r
 840         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);\r
 841         g.setColor(Color.white);\r
 842         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 843         g.drawString("Error loading file..." + pdbentry.getId(), 20,\r
 844                      currentSize.height / 2);\r
 845       }\r
 846       else\r
 847       {\r
 848         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);\r
 849       }\r
 850     }\r
 851   }\r
 852 \r
 853 }\r