src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.regex.*;
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.io.*;
  35 import jalview.schemes.*;
  36 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  37
  38 import org.jmol.api.*;
  39 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  40 import org.jmol.popup.*;
  41 import org.jmol.viewer.JmolConstants;
  42
  43 public class AppJmol extends GStructureViewer implements StructureListener,
  44         JmolStatusListener, Runnable
  45
  46 {
  47   JmolViewer viewer;
  48
  49   JmolPopup jmolpopup;
  50
  51   ScriptWindow scriptWindow;
  52
  53   PDBEntry pdbentry;
  54
  55   SequenceI[] sequence;
  56
  57   String[] chains;
  58
  59   StructureSelectionManager ssm;
  60
  61   JSplitPane splitPane;
  62
  63   RenderPanel renderPanel;
  64
  65   AlignmentPanel ap;
  66
  67   String fileLoadingError;
  68
  69   boolean colourBySequence = true;
  70
  71   boolean loadingFromArchive = false;
  72
  73   Vector atomsPicked = new Vector();
  74
  75   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  76           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
  77   {
  78     this(file, id, seq, ap, loadStatus, bounds, null);
  79   }
  80
  81   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  82           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
  83           String viewid)
  84   {
  85     loadingFromArchive = true;
  86     pdbentry = new PDBEntry();
  87     pdbentry.setFile(file);
  88     pdbentry.setId(id);
  89     this.sequence = seq;
  90     this.ap = ap;
  91     this.setBounds(bounds);
  92     colourBySequence = false;
  93     seqColour.setSelected(false);
  94     viewId = viewid;
  95     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
  96     // bounds.width,bounds.height);
  97
  98     initJmol(loadStatus);
  99
 100     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 101     {
 102       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 103       {
 104         closeViewer();
 105       }
 106     });
 107   }
 108
 109   public synchronized void addSequence(SequenceI[] seq)
 110   {
 111     Vector v = new Vector();
 112     for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
 113       v.addElement(sequence[i]);
 114
 115     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 116       if (!v.contains(seq[i]))
 117         v.addElement(seq[i]);
 118
 119     SequenceI[] tmp = new SequenceI[v.size()];
 120     v.copyInto(tmp);
 121     sequence = tmp;
 122   }
 123
 124   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 125           AlignmentPanel ap)
 126   {
 127     // ////////////////////////////////
 128     // Is the pdb file already loaded?
 129     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 130             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 131                     pdbentry.getId());
 132
 133     if (alreadyMapped != null)
 134     {
 135       int option = JOptionPane
 136               .showInternalConfirmDialog(
 137                       Desktop.desktop,
 138                       pdbentry.getId()
 139                               + " is already displayed."
 140                               + "\nDo you want to map sequences to the visible structure?",
 141                       "Map Sequences to Visible Window: "
 142                               + pdbentry.getId(), JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 143
 144       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 145       {
 146         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 147                 .setMapping(seq, chains, alreadyMapped,
 148                         AppletFormatAdapter.FILE);
 149         if (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 150         {
 151           ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 152           ap.paintAlignment(true);
 153         }
 154
 155         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 156         // the exisiting array
 157         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 158
 159         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 160         {
 161           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 162           {
 163             AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 164             if (topJmol.pdbentry.getFile().equals(alreadyMapped))
 165             {
 166               topJmol.addSequence(seq);
 167               break;
 168             }
 169           }
 170         }
 171
 172         return;
 173       }
 174     }
 175     // /////////////////////////////////
 176
 177     this.ap = ap;
 178     this.pdbentry = pdbentry;
 179     this.sequence = seq;
 180     this.setSize(400, 400);
 181     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Jmol
 182     // View"+(pdbentry.getId()!=null ? "for "+pdbentry.getId()
 183     // : ""), 400, 400);
 184
 185     if (pdbentry.getFile() != null)
 186     {
 187       initJmol("load \"" + pdbentry.getFile() + "\"");
 188     }
 189     else
 190     {
 191       Thread worker = new Thread(this);
 192       worker.start();
 193     }
 194
 195     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 196     {
 197       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 198       {
 199         closeViewer();
 200       }
 201     });
 202   }
 203
 204   void initJmol(String command)
 205   {
 206     renderPanel = new RenderPanel();
 207
 208     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 209
 210     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":"
 211             + pdbentry.getId());
 212
 213     if (pdbentry.getProperty() != null)
 214     {
 215       if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 216       {
 217         title.append(" Method: ");
 218         title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 219       }
 220       if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 221       {
 222         title.append(" Chain:");
 223         title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 224       }
 225     }
 226
 227     this.setTitle(title.toString());
 228     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, title.toString(),
 229             getBounds().width, getBounds().height);
 230     // * OK, but safer to assign htmlName, URL bases, comandOptions, and
 231     // statusListener now.
 232
 233     viewer = org.jmol.api.JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
 234             new SmarterJmolAdapter(), "", null, null, "", this);
 235
 236     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, true, "Jmol", true);
 237
 238     viewer.evalStringQuiet(command);
 239   }
 240
 241   void setChainMenuItems(Vector chains)
 242   {
 243     chainMenu.removeAll();
 244
 245     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 246     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 247     {
 248       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 249       {
 250         allChainsSelected = true;
 251         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 252         {
 253           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 254             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 255         }
 256         centerViewer();
 257         allChainsSelected = false;
 258       }
 259     });
 260
 261     chainMenu.add(menuItem);
 262
 263     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 264     {
 265       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 266       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 267       {
 268         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 269         {
 270           if (!allChainsSelected)
 271             centerViewer();
 272         }
 273       });
 274
 275       chainMenu.add(menuItem);
 276     }
 277   }
 278
 279   boolean allChainsSelected = false;
 280
 281   void centerViewer()
 282   {
 283     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 284     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 285     {
 286       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 287       {
 288         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 289         if (item.isSelected())
 290           cmd.append(":" + item.getText() + " or ");
 291       }
 292     }
 293
 294     if (cmd.length() > 0)
 295       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 296
 297     viewer.evalStringQuiet("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center "
 298             + cmd);
 299   }
 300
 301   void closeViewer()
 302   {
 303     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 304     viewer.evalStringQuiet("zap");
 305     viewer.setJmolStatusListener(null);
 306     viewer = null;
 307
 308     // We'll need to find out what other
 309     // listeners need to be shut down in Jmol
 310     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 311             .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getFile());
 312   }
 313
 314   public void run()
 315   {
 316     try
 317     {
 318       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 319       // as a DBRef?)
 320       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 321       AlignmentI pdbseq;
 322       if ((pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbentry.getId())) != null)
 323       {
 324         // just transfer the file name from the first seuqence's first PDBEntry
 325         pdbentry.setFile(((PDBEntry) pdbseq.getSequenceAt(0).getPDBId()
 326                 .elementAt(0)).getFile());
 327         initJmol("load " + pdbentry.getFile());
 328       }
 329       else
 330       {
 331         JOptionPane
 332                 .showInternalMessageDialog(
 333                         Desktop.desktop,
 334                         pdbentry.getId()
 335                                 + " could not be retrieved. Please try downloading the file manually.",
 336                         "Couldn't load file", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 337
 338       }
 339     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 340     {
 341       new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbentry.getId() + " from MSD",
 342               oomerror);
 343     } catch (Exception ex)
 344     {
 345       ex.printStackTrace();
 346     }
 347   }
 348
 349   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 350   {
 351     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 352             .getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 353
 354     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 355     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 356     chooser.setToolTipText("Save");
 357
 358     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 359
 360     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 361     {
 362       try
 363       {
 364         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(pdbentry
 365                 .getFile()));
 366         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 367
 368         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 369         String data;
 370         while ((data = in.readLine()) != null)
 371         {
 372           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 373           {
 374             out.println(data);
 375           }
 376         }
 377         out.close();
 378       } catch (Exception ex)
 379       {
 380         ex.printStackTrace();
 381       }
 382     }
 383   }
 384
 385   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 386   {
 387     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 388     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping",
 389             550, 600);
 390     cap.setText(StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 391             .printMapping(pdbentry.getFile()));
 392   }
 393
 394   /**
 395    * DOCUMENT ME!
 396    *
 397    * @param e
 398    *          DOCUMENT ME!
 399    */
 400   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 401   {
 402     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 403   }
 404
 405   /**
 406    * DOCUMENT ME!
 407    *
 408    * @param e
 409    *          DOCUMENT ME!
 410    */
 411   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 412   {
 413     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 414   }
 415
 416   void makePDBImage(int type)
 417   {
 418     int width = getWidth();
 419     int height = getHeight();
 420
 421     jalview.util.ImageMaker im;
 422
 423     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 424     {
 425       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.PNG,
 426               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 427     }
 428     else
 429     {
 430       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.EPS,
 431               "Make EPS file from view", width, height, null, this
 432                       .getTitle());
 433     }
 434
 435     if (im.getGraphics() != null)
 436     {
 437       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 438       viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 439       im.writeImage();
 440     }
 441   }
 442
 443   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 444   {
 445     lastCommand = null;
 446     colourBySequence = seqColour.isSelected();
 447     colourBySequence(ap.alignFrame.alignPanel);
 448   }
 449
 450   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 451   {
 452     colourBySequence = false;
 453     seqColour.setSelected(false);
 454     viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 455   }
 456
 457   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 458   {
 459     colourBySequence = false;
 460     seqColour.setSelected(false);
 461     viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 462             + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 463   }
 464
 465   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 466   {
 467     setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 468   }
 469
 470   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 471   {
 472     setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 473   }
 474
 475   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 476   {
 477     setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 478   }
 479
 480   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 481   {
 482     setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 483   }
 484
 485   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 486   {
 487     setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 488   }
 489
 490   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 491   {
 492     setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 493   }
 494
 495   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 496   {
 497     setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 498   }
 499
 500   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 501   {
 502     colourBySequence = false;
 503     seqColour.setSelected(false);
 504
 505     if (cs == null)
 506       return;
 507
 508     String res;
 509     int index;
 510     Color col;
 511
 512     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 513     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 514     while (en.hasMoreElements())
 515     {
 516       res = en.nextElement().toString();
 517       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 518       if (index > 20)
 519         continue;
 520
 521       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 522
 523       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
 524               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 525     }
 526
 527     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 528   }
 529
 530   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 531   {
 532     new UserDefinedColours(this, null);
 533   }
 534
 535   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 536   {
 537     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 538             "Select Background Colour", null);
 539
 540     if (col != null)
 541     {
 542       viewer.evalStringQuiet("background [" + col.getRed() + ","
 543               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 544     }
 545   }
 546
 547   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 548   {
 549     try
 550     {
 551       jalview.util.BrowserLauncher
 552               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 553     } catch (Exception ex)
 554     {
 555     }
 556   }
 557
 558   // ////////////////////////////////
 559   // /StructureListener
 560   public String getPdbFile()
 561   {
 562     return pdbentry.getFile();
 563   }
 564
 565   Pattern pattern = Pattern
 566           .compile("\\[(.*)\\]([0-9]+)(:[a-zA-Z]*)?\\.([a-zA-Z]+)(/[0-9]*)?");
 567
 568   String lastMessage;
 569
 570   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 571   {
 572     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 573     matcher.find();
 574     matcher.group(1);
 575     int pdbResNum = Integer.parseInt(matcher.group(2));
 576     String chainId = matcher.group(3);
 577
 578     if (chainId != null)
 579       chainId = chainId.substring(1, chainId.length());
 580     else
 581     {
 582       chainId = " ";
 583     }
 584
 585     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 586     {
 587       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 588     }
 589     lastMessage = strInfo;
 590   }
 591
 592   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 593
 594   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 595
 596   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 597           String pdbfile)
 598   {
 599     // TODO: rna: remove CA dependency in select string
 600     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 601       return;
 602
 603     if (resetLastRes.length() > 0)
 604     {
 605       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 606     }
 607
 608     eval.setLength(0);
 609     eval.append("select " + pdbResNum);
 610
 611     resetLastRes.setLength(0);
 612     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 613
 614     eval.append(":");
 615     resetLastRes.append(":");
 616     if (!chain.equals(" "))
 617     {
 618       eval.append(chain);
 619       resetLastRes.append(chain);
 620     }
 621
 622     eval.append(";wireframe 100;" + eval.toString() + " and not hetero;"); // ".*;");
 623
 624     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 625     // + ".*;spacefill 0;");
 626             + " and not hetero;spacefill 0;");
 627
 628     eval.append("spacefill 200;select none");
 629     // System.out.println("jmol:\n"+eval+"\n");
 630     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 631   }
 632
 633   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 634           String pdbfile)
 635   {
 636     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 637       return null;
 638
 639     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 640   }
 641
 642   public void updateColours(Object source)
 643   {
 644     colourBySequence((AlignmentPanel) source);
 645   }
 646
 647   // End StructureListener
 648   // //////////////////////////
 649
 650   String lastCommand;
 651
 652   FeatureRenderer fr = null;
 653
 654   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 655   {
 656     this.ap = sourceap;
 657
 658     if (!colourBySequence || ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 659       return;
 660
 661     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 662
 663     if (mapping.length < 1)
 664       return;
 665
 666     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 667
 668     boolean showFeatures = false;
 669
 670     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 671     {
 672       showFeatures = true;
 673       if (fr == null)
 674       {
 675         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(ap);
 676       }
 677
 678       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 679     }
 680
 681     StringBuffer command = new StringBuffer();
 682
 683     int lastPos = -1;
 684     for (int sp, s = 0; s < sequence.length; s++)
 685     {
 686       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 687       {
 688         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 689                 && (sp = ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])) > -1)
 690         {
 691           SequenceI asp = ap.av.alignment.getSequenceAt(sp);
 692           for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 693           {
 694             // No mapping to gaps in sequence.
 695             if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 696             {
 697               continue;
 698             }
 699             int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 700
 701             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 702               continue;
 703
 704             lastPos = pos;
 705
 706             Color col = sr.getResidueBoxColour(asp, r);
 707
 708             if (showFeatures)
 709               col = fr.findFeatureColour(col, asp, r);
 710
 711             if (command.toString().endsWith(
 712                     ":" + mapping[m].getChain() + ";color[" + col.getRed()
 713                             + "," + col.getGreen() + "," + col.getBlue()
 714                             + "]"))
 715             {
 716               command = condenseCommand(command, pos);
 717               continue;
 718             }
 719
 720             command.append(";select " + pos);
 721
 722             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 723             {
 724               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 725             }
 726
 727             command.append(";color[" + col.getRed() + "," + col.getGreen()
 728                     + "," + col.getBlue() + "]");
 729
 730           }
 731           break;
 732         }
 733       }
 734     }
 735
 736     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 737     {
 738       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 739     }
 740     lastCommand = command.toString();
 741   }
 742
 743   StringBuffer condenseCommand(StringBuffer command, int pos)
 744   {
 745     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command
 746             .lastIndexOf("select") + 7));
 747
 748     command.delete(0, sb.length());
 749
 750     String start;
 751
 752     if (command.indexOf("-") > -1)
 753     {
 754       start = command.substring(0, command.indexOf("-"));
 755     }
 756     else
 757     {
 758       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 759     }
 760
 761     sb.append(start + "-" + pos + command.substring(command.indexOf(":")));
 762
 763     return sb;
 764   }
 765
 766   // ///////////////////////////////
 767   // JmolStatusListener
 768
 769   public String eval(String strEval)
 770   {
 771     // System.out.println(strEval);
 772     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 773     return null;
 774   }
 775
 776   public void createImage(String file, String type, int quality)
 777   {
 778     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 779   }
 780
 781   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 782           String modelName, String errorMsg, int modelParts)
 783   {
 784     if (errorMsg != null)
 785     {
 786       fileLoadingError = errorMsg;
 787       repaint();
 788       return;
 789     }
 790
 791     fileLoadingError = null;
 792
 793     if (fileName != null)
 794     {
 795       // TODO: do some checking using the modelPts number of parts against our own estimate of the number of chains
 796       // FILE LOADED OK
 797       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 798       MCview.PDBfile pdbFile = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry
 799               .getFile(), AppletFormatAdapter.FILE);
 800       ssm.addStructureViewerListener(this);
 801       Vector chains = new Vector();
 802       for (int i = 0; i < pdbFile.chains.size(); i++)
 803       {
 804         chains
 805                 .addElement(((MCview.PDBChain) pdbFile.chains.elementAt(i)).id);
 806       }
 807       setChainMenuItems(chains);
 808
 809       jmolpopup.updateComputedMenus();
 810
 811       if (!loadingFromArchive)
 812       {
 813         viewer
 814                 .evalStringQuiet("select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 815
 816         colourBySequence(ap);
 817       }
 818       if (fr != null)
 819         fr.featuresAdded();
 820
 821       loadingFromArchive = false;
 822     }
 823     else
 824       return;
 825   }
 826
 827   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 828   {
 829     if (scriptWindow != null)
 830       scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
 831   }
 832
 833   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 834   {
 835     if (scriptWindow != null)
 836       scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
 837   }
 838
 839   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 840   {
 841     if (scriptWindow != null)
 842       scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 843   }
 844
 845   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 846   {
 847     jmolpopup.show(x, y);
 848   }
 849
 850   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 851   {
 852     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure, null);
 853   }
 854
 855   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo, String strData)
 856   {
 857     if (strData!=null)
 858     {
 859       Cache.log.info("Non null pick data string: "+strData+" (other info: '"+strInfo+"' pos "+atomIndex+")");
 860     }
 861     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 862     matcher.find();
 863
 864     matcher.group(1);
 865     String resnum = new String(matcher.group(2));
 866     String chainId = matcher.group(3);
 867
 868     String picked = resnum;
 869
 870     if (chainId != null)
 871       picked += (":" + chainId.substring(1, chainId.length()));
 872
 873     picked = "(("+picked+".CA" + ")|("+picked+".P"+"))";
 874
 875     if (!atomsPicked.contains(picked))
 876     {
 877       if (chainId != null)
 878         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 879       else
 880         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r");
 881       atomsPicked.addElement(picked);
 882     }
 883     else
 884     {
 885       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 886       atomsPicked.removeElement(picked);
 887     }
 888
 889     if (scriptWindow != null)
 890     {
 891       scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 892       scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 893     }
 894   }
 895
 896   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo, String data)
 897   {
 898     if (data!=null)
 899     {
 900       Cache.log.info("Non null hover data string: "+data+" (other info: '"+strInfo+"' pos "+atomIndex+")");
 901     }
 902     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 903   }
 904
 905   @Override
 906   public void showUrl(String url)
 907   {
 908     try {
 909       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 910     } catch (IOException e)
 911     {
 912       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url "+url,e);
 913       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
 914     }
 915   }
 916
 917   public void showConsole(boolean showConsole)
 918   {
 919     if (scriptWindow == null)
 920       scriptWindow = new ScriptWindow(this);
 921
 922     if (showConsole)
 923     {
 924       if (splitPane == null)
 925       {
 926         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 927         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 928         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 929         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 930       }
 931
 932       splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 933       splitPane.validate();
 934     }
 935     else
 936     {
 937       if (splitPane != null)
 938         splitPane.setVisible(false);
 939
 940       splitPane = null;
 941
 942       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 943     }
 944
 945     validate();
 946   }
 947
 948   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 949   {
 950     return null;
 951   }
 952
 953   // /End JmolStatusListener
 954   // /////////////////////////////
 955
 956   class RenderPanel extends JPanel
 957   {
 958     final Dimension currentSize = new Dimension();
 959
 960     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 961
 962     public void paintComponent(Graphics g)
 963     {
 964       getSize(currentSize);
 965       g.getClipBounds(rectClip);
 966
 967       if (viewer == null)
 968       {
 969         g.setColor(Color.black);
 970         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 971         g.setColor(Color.white);
 972         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 973         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 974       }
 975       else if (fileLoadingError != null)
 976       {
 977         g.setColor(Color.black);
 978         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 979         g.setColor(Color.white);
 980         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 981         g.drawString("Error loading file..." + pdbentry.getId(), 20,
 982                 currentSize.height / 2);
 983       }
 984       else
 985       {
 986         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 987       }
 988     }
 989   }
 990
 991   String viewId = null;
 992
 993   public String getViewId()
 994   {
 995     if (viewId == null)
 996     {
 997       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
 998     }
 999     return viewId;
1000   }
1001
1002   @Override
1003   public String createImage(String fileName, String type,
1004           Object textOrBytes, int quality)
1005   {
1006     // TODO Auto-generated method stub
1007     return null;
1008   }
1009
1010   @Override
1011   public float[][][] functionXYZ(String functionName, int nx, int ny, int nz)
1012   {
1013     // TODO Auto-generated method stub
1014     return null;
1015   }
1016
1017   @Override
1018   public Hashtable getRegistryInfo()
1019   {
1020     // TODO Auto-generated method stub
1021     return null;
1022   }
1023
1024   @Override
1025   public void notifyCallback(int type, Object[] data)
1026   {
1027     try {
1028     switch (type)
1029     {
1030     case JmolConstants.CALLBACK_LOADSTRUCT:
1031       notifyFileLoaded((String) data[1], (String) data[2],
1032               (String) data[3], (String) data[4], ((Integer) data[5]).intValue());
1033
1034       break;
1035     case JmolConstants.CALLBACK_PICK:
1036       notifyAtomPicked(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1], (String) data[0]);
1037       // also highlight in alignment
1038     case JmolConstants.CALLBACK_HOVER:
1039       notifyAtomHovered(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1], (String) data[0]);
1040       break;
1041     case JmolConstants.CALLBACK_SCRIPT:
1042       notifyScriptTermination((String)data[2], ((Integer)data[3]).intValue());
1043       break;
1044     case JmolConstants.CALLBACK_ECHO:
1045       sendConsoleEcho((String)data[1]);
1046       break;
1047     case JmolConstants.CALLBACK_MESSAGE:
1048       sendConsoleMessage((data==null) ? ((String) null) : (String)data[1]);
1049       break;
1050     case JmolConstants.CALLBACK_MEASURE:
1051     case JmolConstants.CALLBACK_CLICK:
1052       default:
1053         System.err.println("Unhandled callback "+type+" "+data);
1054         break;
1055     }
1056     }
1057     catch (Exception e)
1058     {
1059       Cache.log.warn("Squashed Jmol callback handler error: ",e);
1060     }
1061   }
1062
1063   @Override
1064   public boolean notifyEnabled(int callbackPick)
1065   {
1066     switch (callbackPick)
1067     {
1068     case JmolConstants.CALLBACK_ECHO:
1069     case JmolConstants.CALLBACK_LOADSTRUCT:
1070     case JmolConstants.CALLBACK_MEASURE:
1071     case JmolConstants.CALLBACK_MESSAGE:
1072     case JmolConstants.CALLBACK_PICK:
1073     case JmolConstants.CALLBACK_SCRIPT:
1074     case JmolConstants.CALLBACK_HOVER:
1075     case JmolConstants.CALLBACK_ERROR:
1076       return true;
1077     case JmolConstants.CALLBACK_CLICK:
1078       case JmolConstants.CALLBACK_ANIMFRAME:
1079     case JmolConstants.CALLBACK_MINIMIZATION:
1080     case JmolConstants.CALLBACK_RESIZE:
1081     case JmolConstants.CALLBACK_SYNC:
1082     }
1083     return false;
1084   }
1085
1086   @Override
1087   public void setCallbackFunction(String callbackType,
1088           String callbackFunction)
1089   {
1090     Cache.log.debug("Ignoring set-callback request to associate "+callbackType+" with function "+callbackFunction);
1091
1092   }
1093
1094 }