src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.regex.*;
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.gui.*;
  31 import jalview.structure.*;
  32 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  36
  37 import org.jmol.api.*;
  38 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  39 import org.jmol.popup.*;
  40
  41 public class AppJmol extends GStructureViewer implements StructureListener,
  42         JmolStatusListener, Runnable
  43
  44 {
  45   JmolViewer viewer;
  46
  47   JmolPopup jmolpopup;
  48
  49   ScriptWindow scriptWindow;
  50
  51   PDBEntry pdbentry;
  52
  53   SequenceI[] sequence;
  54
  55   String[] chains;
  56
  57   StructureSelectionManager ssm;
  58
  59   JSplitPane splitPane;
  60
  61   RenderPanel renderPanel;
  62
  63   AlignmentPanel ap;
  64
  65   String fileLoadingError;
  66
  67   boolean colourBySequence = true;
  68
  69   boolean loadingFromArchive = false;
  70
  71   Vector atomsPicked = new Vector();
  72
  73   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  74           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
  75   {
  76     this(file, id, seq, ap, loadStatus, bounds, null);
  77   }
  78
  79   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  80           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
  81           String viewid)
  82   {
  83     loadingFromArchive = true;
  84     pdbentry = new PDBEntry();
  85     pdbentry.setFile(file);
  86     pdbentry.setId(id);
  87     this.chains = chains;
  88     this.sequence = seq;
  89     this.ap = ap;
  90     this.setBounds(bounds);
  91     colourBySequence = false;
  92     seqColour.setSelected(false);
  93     viewId = viewid;
  94     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
  95     // bounds.width,bounds.height);
  96
  97     initJmol(loadStatus);
  98
  99     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 100     {
 101       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 102       {
 103         closeViewer();
 104       }
 105     });
 106   }
 107
 108   public synchronized void addSequence(SequenceI[] seq)
 109   {
 110     Vector v = new Vector();
 111     for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
 112       v.addElement(sequence[i]);
 113
 114     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 115       if (!v.contains(seq[i]))
 116         v.addElement(seq[i]);
 117
 118     SequenceI[] tmp = new SequenceI[v.size()];
 119     v.copyInto(tmp);
 120     sequence = tmp;
 121   }
 122
 123   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 124           AlignmentPanel ap)
 125   {
 126     // ////////////////////////////////
 127     // Is the pdb file already loaded?
 128     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 129             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 130                     pdbentry.getId());
 131
 132     if (alreadyMapped != null)
 133     {
 134       int option = JOptionPane
 135               .showInternalConfirmDialog(
 136                       Desktop.desktop,
 137                       pdbentry.getId()
 138                               + " is already displayed."
 139                               + "\nDo you want to map sequences to the visible structure?",
 140                       "Map Sequences to Visible Window: "
 141                               + pdbentry.getId(), JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 142
 143       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 144       {
 145         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 146                 .setMapping(seq, chains, alreadyMapped,
 147                         AppletFormatAdapter.FILE);
 148         if (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 149         {
 150           ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 151           ap.paintAlignment(true);
 152         }
 153
 154         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 155         // the exisiting array
 156         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 157
 158         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 159         {
 160           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 161           {
 162             AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 163             if (topJmol.pdbentry.getFile().equals(alreadyMapped))
 164             {
 165               topJmol.addSequence(seq);
 166               break;
 167             }
 168           }
 169         }
 170
 171         return;
 172       }
 173     }
 174     // /////////////////////////////////
 175
 176     this.ap = ap;
 177     this.pdbentry = pdbentry;
 178     this.sequence = seq;
 179     this.setSize(400, 400);
 180     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Jmol
 181     // View"+(pdbentry.getId()!=null ? "for "+pdbentry.getId()
 182     // : ""), 400, 400);
 183
 184     if (pdbentry.getFile() != null)
 185     {
 186       initJmol("load \"" + pdbentry.getFile() + "\"");
 187     }
 188     else
 189     {
 190       Thread worker = new Thread(this);
 191       worker.start();
 192     }
 193
 194     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 195     {
 196       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 197       {
 198         closeViewer();
 199       }
 200     });
 201   }
 202
 203   void initJmol(String command)
 204   {
 205     renderPanel = new RenderPanel();
 206
 207     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 208
 209     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":"
 210             + pdbentry.getId());
 211
 212     if (pdbentry.getProperty() != null)
 213     {
 214       if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 215       {
 216         title.append(" Method: ");
 217         title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 218       }
 219       if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 220       {
 221         title.append(" Chain:");
 222         title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 223       }
 224     }
 225
 226     this.setTitle(title.toString());
 227     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, title.toString(),
 228             getBounds().width, getBounds().height);
 229
 230     viewer = org.jmol.api.JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
 231             new SmarterJmolAdapter());
 232
 233     viewer.setAppletContext("", null, null, "");
 234
 235     viewer.setJmolStatusListener(this);
 236
 237     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 238
 239     viewer.evalStringQuiet(command);
 240   }
 241
 242   void setChainMenuItems(Vector chains)
 243   {
 244     chainMenu.removeAll();
 245
 246     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 247     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 248     {
 249       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 250       {
 251         allChainsSelected = true;
 252         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 253         {
 254           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 255             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 256         }
 257         centerViewer();
 258         allChainsSelected = false;
 259       }
 260     });
 261
 262     chainMenu.add(menuItem);
 263
 264     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 265     {
 266       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 267       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 268       {
 269         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 270         {
 271           if (!allChainsSelected)
 272             centerViewer();
 273         }
 274       });
 275
 276       chainMenu.add(menuItem);
 277     }
 278   }
 279
 280   boolean allChainsSelected = false;
 281
 282   void centerViewer()
 283   {
 284     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 285     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 286     {
 287       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 288       {
 289         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 290         if (item.isSelected())
 291           cmd.append(":" + item.getText() + " or ");
 292       }
 293     }
 294
 295     if (cmd.length() > 0)
 296       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 297
 298     viewer.evalStringQuiet("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center "
 299             + cmd);
 300   }
 301
 302   void closeViewer()
 303   {
 304     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 305     viewer.evalStringQuiet("zap");
 306     viewer.setJmolStatusListener(null);
 307     viewer = null;
 308
 309     // We'll need to find out what other
 310     // listeners need to be shut down in Jmol
 311     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 312             .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getFile());
 313   }
 314
 315   public void run()
 316   {
 317     try
 318     {
 319       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 320       // as a DBRef?)
 321       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 322       AlignmentI pdbseq;
 323       if ((pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbentry.getId())) != null)
 324       {
 325         // just transfer the file name from the first seuqence's first PDBEntry
 326         pdbentry.setFile(((PDBEntry) pdbseq.getSequenceAt(0).getPDBId()
 327                 .elementAt(0)).getFile());
 328         initJmol("load " + pdbentry.getFile());
 329       }
 330       else
 331       {
 332         JOptionPane
 333                 .showInternalMessageDialog(
 334                         Desktop.desktop,
 335                         pdbentry.getId()
 336                                 + " could not be retrieved. Please try downloading the file manually.",
 337                         "Couldn't load file", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 338
 339       }
 340     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 341     {
 342       new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbentry.getId() + " from MSD",
 343               oomerror);
 344     } catch (Exception ex)
 345     {
 346       ex.printStackTrace();
 347     }
 348   }
 349
 350   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 351   {
 352     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 353             .getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 354
 355     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 356     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 357     chooser.setToolTipText("Save");
 358
 359     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 360
 361     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 362     {
 363       try
 364       {
 365         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(pdbentry
 366                 .getFile()));
 367         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 368
 369         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 370         String data;
 371         while ((data = in.readLine()) != null)
 372         {
 373           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 374           {
 375             out.println(data);
 376           }
 377         }
 378         out.close();
 379       } catch (Exception ex)
 380       {
 381         ex.printStackTrace();
 382       }
 383     }
 384   }
 385
 386   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 387   {
 388     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 389     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping",
 390             550, 600);
 391     cap.setText(StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 392             .printMapping(pdbentry.getFile()));
 393   }
 394
 395   /**
 396    * DOCUMENT ME!
 397    *
 398    * @param e
 399    *          DOCUMENT ME!
 400    */
 401   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 402   {
 403     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 404   }
 405
 406   /**
 407    * DOCUMENT ME!
 408    *
 409    * @param e
 410    *          DOCUMENT ME!
 411    */
 412   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 413   {
 414     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 415   }
 416
 417   void makePDBImage(int type)
 418   {
 419     int width = getWidth();
 420     int height = getHeight();
 421
 422     jalview.util.ImageMaker im;
 423
 424     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 425     {
 426       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.PNG,
 427               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 428     }
 429     else
 430     {
 431       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.EPS,
 432               "Make EPS file from view", width, height, null, this
 433                       .getTitle());
 434     }
 435
 436     if (im.getGraphics() != null)
 437     {
 438       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 439       viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 440       im.writeImage();
 441     }
 442   }
 443
 444   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 445   {
 446     lastCommand = null;
 447     colourBySequence = seqColour.isSelected();
 448     colourBySequence(ap.alignFrame.alignPanel);
 449   }
 450
 451   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 452   {
 453     colourBySequence = false;
 454     seqColour.setSelected(false);
 455     viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 456   }
 457
 458   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 459   {
 460     colourBySequence = false;
 461     seqColour.setSelected(false);
 462     viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 463             + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 464   }
 465
 466   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 467   {
 468     setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 469   }
 470
 471   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 472   {
 473     setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 474   }
 475
 476   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 477   {
 478     setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 479   }
 480
 481   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 482   {
 483     setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 484   }
 485
 486   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 487   {
 488     setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 489   }
 490
 491   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 492   {
 493     setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 494   }
 495
 496   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 497   {
 498     setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 499   }
 500
 501   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 502   {
 503     colourBySequence = false;
 504     seqColour.setSelected(false);
 505
 506     if (cs == null)
 507       return;
 508
 509     String res;
 510     int index;
 511     Color col;
 512
 513     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 514     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 515     while (en.hasMoreElements())
 516     {
 517       res = en.nextElement().toString();
 518       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 519       if (index > 20)
 520         continue;
 521
 522       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 523
 524       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
 525               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 526     }
 527
 528     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 529   }
 530
 531   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 532   {
 533     new UserDefinedColours(this, null);
 534   }
 535
 536   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 537   {
 538     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 539             "Select Background Colour", null);
 540
 541     if (col != null)
 542     {
 543       viewer.evalStringQuiet("background [" + col.getRed() + ","
 544               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
 545     }
 546   }
 547
 548   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 549   {
 550     try
 551     {
 552       jalview.util.BrowserLauncher
 553               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 554     } catch (Exception ex)
 555     {
 556     }
 557   }
 558
 559   // ////////////////////////////////
 560   // /StructureListener
 561   public String getPdbFile()
 562   {
 563     return pdbentry.getFile();
 564   }
 565
 566   Pattern pattern = Pattern
 567           .compile("\\[(.*)\\]([0-9]+)(:[a-zA-Z]*)?\\.([a-zA-Z]+)(/[0-9]*)?");
 568
 569   String lastMessage;
 570
 571   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 572   {
 573     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 574     matcher.find();
 575     matcher.group(1);
 576     int pdbResNum = Integer.parseInt(matcher.group(2));
 577     String chainId = matcher.group(3);
 578
 579     if (chainId != null)
 580       chainId = chainId.substring(1, chainId.length());
 581     else
 582     {
 583       chainId = " ";
 584     }
 585
 586     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 587     {
 588       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 589     }
 590     lastMessage = strInfo;
 591   }
 592
 593   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 594
 595   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 596
 597   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 598           String pdbfile)
 599   {
 600     // TODO: rna: remove CA dependency in select string
 601     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 602       return;
 603
 604     if (resetLastRes.length() > 0)
 605     {
 606       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 607     }
 608
 609     eval.setLength(0);
 610     eval.append("select " + pdbResNum);
 611
 612     resetLastRes.setLength(0);
 613     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 614
 615     eval.append(":");
 616     resetLastRes.append(":");
 617     if (!chain.equals(" "))
 618     {
 619       eval.append(chain);
 620       resetLastRes.append(chain);
 621     }
 622
 623     eval.append(";wireframe 100;" + eval.toString() + " and not hetero;"); // ".*;");
 624
 625     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 626     // + ".*;spacefill 0;");
 627             + " and not hetero;spacefill 0;");
 628
 629     eval.append("spacefill 200;select none");
 630     // System.out.println("jmol:\n"+eval+"\n");
 631     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 632   }
 633
 634   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 635           String pdbfile)
 636   {
 637     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 638       return null;
 639
 640     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 641   }
 642
 643   public void updateColours(Object source)
 644   {
 645     colourBySequence((AlignmentPanel) source);
 646   }
 647
 648   // End StructureListener
 649   // //////////////////////////
 650
 651   String lastCommand;
 652
 653   FeatureRenderer fr = null;
 654
 655   public void colourBySequence(AlignmentPanel sourceap)
 656   {
 657     this.ap = sourceap;
 658
 659     if (!colourBySequence || ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
 660       return;
 661
 662     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 663
 664     if (mapping.length < 1)
 665       return;
 666
 667     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 668
 669     boolean showFeatures = false;
 670
 671     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 672     {
 673       showFeatures = true;
 674       if (fr == null)
 675       {
 676         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(ap);
 677       }
 678
 679       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 680     }
 681
 682     StringBuffer command = new StringBuffer();
 683
 684     int lastPos = -1;
 685     for (int sp, s = 0; s < sequence.length; s++)
 686     {
 687       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 688       {
 689         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 690                 && (sp = ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])) > -1)
 691         {
 692           SequenceI asp = ap.av.alignment.getSequenceAt(sp);
 693           for (int r = 0; r < asp.getLength(); r++)
 694           {
 695             // No mapping to gaps in sequence.
 696             if (jalview.util.Comparison.isGap(asp.getCharAt(r)))
 697             {
 698               continue;
 699             }
 700             int pos = mapping[m].getPDBResNum(asp.findPosition(r));
 701
 702             if (pos < 1 || pos == lastPos)
 703               continue;
 704
 705             lastPos = pos;
 706
 707             Color col = sr.getResidueBoxColour(asp, r);
 708
 709             if (showFeatures)
 710               col = fr.findFeatureColour(col, asp, r);
 711
 712             if (command.toString().endsWith(
 713                     ":" + mapping[m].getChain() + ";color[" + col.getRed()
 714                             + "," + col.getGreen() + "," + col.getBlue()
 715                             + "]"))
 716             {
 717               command = condenseCommand(command, pos);
 718               continue;
 719             }
 720
 721             command.append(";select " + pos);
 722
 723             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 724             {
 725               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 726             }
 727
 728             command.append(";color[" + col.getRed() + "," + col.getGreen()
 729                     + "," + col.getBlue() + "]");
 730
 731           }
 732           break;
 733         }
 734       }
 735     }
 736
 737     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 738     {
 739       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 740     }
 741     lastCommand = command.toString();
 742   }
 743
 744   StringBuffer condenseCommand(StringBuffer command, int pos)
 745   {
 746     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command
 747             .lastIndexOf("select") + 7));
 748
 749     command.delete(0, sb.length());
 750
 751     String start;
 752
 753     if (command.indexOf("-") > -1)
 754     {
 755       start = command.substring(0, command.indexOf("-"));
 756     }
 757     else
 758     {
 759       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 760     }
 761
 762     sb.append(start + "-" + pos + command.substring(command.indexOf(":")));
 763
 764     return sb;
 765   }
 766
 767   // ///////////////////////////////
 768   // JmolStatusListener
 769
 770   public String eval(String strEval)
 771   {
 772     // System.out.println(strEval);
 773     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 774     return null;
 775   }
 776
 777   public void createImage(String file, String type, int quality)
 778   {
 779     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 780   }
 781
 782   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 783           String callbackFunction)
 784   {
 785   }
 786
 787   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 788           String modelName, Object clientFile, String errorMsg)
 789   {
 790     if (errorMsg != null)
 791     {
 792       fileLoadingError = errorMsg;
 793       repaint();
 794       return;
 795     }
 796
 797     fileLoadingError = null;
 798
 799     if (fileName != null)
 800     {
 801
 802       // FILE LOADED OK
 803       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 804       MCview.PDBfile pdbFile = ssm.setMapping(sequence, chains, pdbentry
 805               .getFile(), AppletFormatAdapter.FILE);
 806       ssm.addStructureViewerListener(this);
 807       Vector chains = new Vector();
 808       for (int i = 0; i < pdbFile.chains.size(); i++)
 809       {
 810         chains
 811                 .addElement(((MCview.PDBChain) pdbFile.chains.elementAt(i)).id);
 812       }
 813       setChainMenuItems(chains);
 814
 815       jmolpopup.updateComputedMenus();
 816
 817       if (!loadingFromArchive)
 818       {
 819         viewer
 820                 .evalStringQuiet("select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 821
 822         colourBySequence(ap);
 823       }
 824       if (fr != null)
 825         fr.featuresAdded();
 826
 827       loadingFromArchive = false;
 828     }
 829     else
 830       return;
 831   }
 832
 833   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 834   {
 835     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 836   }
 837
 838   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 839   {
 840   }
 841
 842   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 843   {
 844     if (scriptWindow != null)
 845       scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
 846   }
 847
 848   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 849   {
 850     if (scriptWindow != null)
 851       scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
 852   }
 853
 854   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 855   {
 856     if (scriptWindow != null)
 857       scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 858   }
 859
 860   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 861   {
 862     jmolpopup.show(x, y);
 863   }
 864
 865   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 866   {
 867     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 868   }
 869
 870   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 871   {
 872   }
 873
 874   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 875   {
 876     Matcher matcher = pattern.matcher(strInfo);
 877     matcher.find();
 878
 879     matcher.group(1);
 880     String resnum = new String(matcher.group(2));
 881     String chainId = matcher.group(3);
 882
 883     String picked = resnum;
 884
 885     if (chainId != null)
 886       picked += (":" + chainId.substring(1, chainId.length()));
 887
 888     picked += ".CA";
 889
 890     if (!atomsPicked.contains(picked))
 891     {
 892       if (chainId != null)
 893         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 894       else
 895         viewer.evalString("select " + picked + ";label %n %r");
 896       atomsPicked.addElement(picked);
 897     }
 898     else
 899     {
 900       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 901       atomsPicked.removeElement(picked);
 902     }
 903
 904     if (scriptWindow != null)
 905     {
 906       scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 907       scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 908     }
 909   }
 910
 911   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 912   {
 913     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 914   }
 915
 916   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 917   {
 918   }
 919
 920   public void showUrl(String url)
 921   {
 922   }
 923
 924   public void showConsole(boolean showConsole)
 925   {
 926     if (scriptWindow == null)
 927       scriptWindow = new ScriptWindow(this);
 928
 929     if (showConsole)
 930     {
 931       if (splitPane == null)
 932       {
 933         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 934         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 935         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 936         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 937       }
 938
 939       splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 940       splitPane.validate();
 941     }
 942     else
 943     {
 944       if (splitPane != null)
 945         splitPane.setVisible(false);
 946
 947       splitPane = null;
 948
 949       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 950     }
 951
 952     validate();
 953   }
 954
 955   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 956   {
 957     return 0;
 958   }
 959
 960   // /End JmolStatusListener
 961   // /////////////////////////////
 962
 963   class RenderPanel extends JPanel
 964   {
 965     final Dimension currentSize = new Dimension();
 966
 967     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 968
 969     public void paintComponent(Graphics g)
 970     {
 971       getSize(currentSize);
 972       g.getClipBounds(rectClip);
 973
 974       if (viewer == null)
 975       {
 976         g.setColor(Color.black);
 977         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 978         g.setColor(Color.white);
 979         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 980         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 981       }
 982       else if (fileLoadingError != null)
 983       {
 984         g.setColor(Color.black);
 985         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 986         g.setColor(Color.white);
 987         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 988         g.drawString("Error loading file..." + pdbentry.getId(), 20,
 989                 currentSize.height / 2);
 990       }
 991       else
 992       {
 993         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 994       }
 995     }
 996   }
 997
 998   String viewId = null;
 999
1000   public String getViewId()
1001   {
1002     if (viewId == null)
1003     {
1004       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
1005     }
1006     return viewId;
1007   }
1008
1009 }