src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.regex.*;
  21 import java.util.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import javax.swing.*;
  24 import javax.swing.event.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  29 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.datamodel.*;
  32 import jalview.gui.*;
  33 import jalview.structure.*;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  35 import jalview.io.*;
  36 import jalview.schemes.*;
  37 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  38
  39 import org.jmol.api.*;
  40 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  41 import org.jmol.popup.*;
  42 import org.jmol.viewer.JmolConstants;
  43
  44 public class AppJmol extends GStructureViewer implements Runnable,
  45         SequenceStructureBinding
  46
  47 {
  48   AppJmolBinding jmb;
  49
  50   ScriptWindow scriptWindow;
  51
  52   JSplitPane splitPane;
  53
  54   RenderPanel renderPanel;
  55
  56   AlignmentPanel ap;
  57
  58   Vector atomsPicked = new Vector();
  59
  60   private boolean addingStructures = false;
  61
  62   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  63           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
  64   {
  65     this(file, id, seq, ap, loadStatus, bounds, null);
  66   }
  67
  68   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
  69           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
  70           String viewid)
  71   {
  72     PDBEntry pdbentry = new PDBEntry();
  73     pdbentry.setFile(file);
  74     pdbentry.setId(id);
  75     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
  76     // autodiscovered.
  77     jmb = new AppJmolBinding(this, new PDBEntry[]
  78     { pdbentry }, new SequenceI[][]
  79     { seq }, null, null);
  80
  81     jmb.setLoadingFromArchive(true);
  82     this.ap = ap;
  83     this.setBounds(bounds);
  84     jmb.setColourBySequence(false);
  85     seqColour.setSelected(false);
  86     viewId = viewid;
  87     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
  88     // bounds.width,bounds.height);
  89
  90     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
  91     {
  92       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
  93       {
  94         closeViewer();
  95       }
  96     });
  97     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!
  98
  99   }
 100
 101   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 102           AlignmentPanel ap)
 103   {
 104     // ////////////////////////////////
 105     // Is the pdb file already loaded?
 106     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 107             .getStructureSelectionManager().alreadyMappedToFile(
 108                     pdbentry.getId());
 109
 110     if (alreadyMapped != null)
 111     {
 112       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 113               pdbentry.getId() + " is already displayed."
 114                       + "\nDo you want to re-use this viewer ?",
 115               "Map Sequences to Visible Window: " + pdbentry.getId(),
 116               JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 117
 118       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 119       {
 120         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
 121                 .setMapping(seq, chains, alreadyMapped,
 122                         AppletFormatAdapter.FILE);
 123         if (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 124         {
 125           ap.seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();
 126           ap.paintAlignment(true);
 127         }
 128
 129         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 130         // the exisiting array
 131         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 132
 133         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 134         {
 135           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 136           {
 137             AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 138             // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui
 139             // routine
 140             for (int pe = 0; pe < topJmol.jmb.pdbentry.length; pe++)
 141             {
 142               if (topJmol.jmb.pdbentry[pe].getFile().equals(alreadyMapped))
 143               {
 144                 topJmol.jmb.addSequence(pe, seq);
 145                 break;
 146               }
 147             }
 148           }
 149         }
 150
 151         return;
 152       }
 153     }
 154     // /////////////////////////////////
 155     // Check if there are other Jmol views involving this alignment
 156     // and prompt user about adding this molecule to one of them
 157     Vector existingViews = getJmolsFor(ap);
 158     if (existingViews.size() > 0)
 159     {
 160       Enumeration jm = existingViews.elements();
 161       while (jm.hasMoreElements())
 162       {
 163         AppJmol topJmol = (AppJmol) jm.nextElement();
 164         // TODO: highlight topJmol in view somehow
 165         int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 166                 "Do you want to add " + pdbentry.getId()
 167                         + " to the view called\n'" + topJmol.getTitle()
 168                         + "'\n", "Align to existing structure view",
 169                 JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 170         if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 171         {
 172           topJmol.addStructure(pdbentry, seq, chains, true);
 173           return;
 174         }
 175       }
 176     }
 177     // /////////////////////////////////
 178
 179     jmb = new AppJmolBinding(this, new PDBEntry[]
 180     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 181     { seq }, null, null);
 182     this.ap = ap;
 183     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 184
 185     if (pdbentry.getFile() != null)
 186     {
 187       initJmol("load \"" + pdbentry.getFile() + "\"");
 188     }
 189     else
 190     {
 191       addingStructures = false;
 192       worker = new Thread(this);
 193       worker.start();
 194     }
 195
 196     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 197     {
 198       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 199       {
 200         closeViewer();
 201       }
 202     });
 203
 204   }
 205
 206   /**
 207    * pdb retrieval thread.
 208    */
 209   private Thread worker = null;
 210
 211   /**
 212    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 213    * retrieving it if necessary first.
 214    *
 215    * @param pdbentry
 216    * @param seq
 217    * @param chains
 218    * @param align
 219    *          if true, new structure(s) will be align using associated alignment
 220    */
 221   private void addStructure(final PDBEntry pdbentry, final SequenceI[] seq,
 222           final String[] chains, final boolean b)
 223   {
 224     if (pdbentry.getFile() == null)
 225     {
 226       if (worker != null && worker.isAlive())
 227       {
 228         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 229         // queue.
 230         new Thread(new Runnable()
 231         {
 232           public void run()
 233           {
 234             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 235             {
 236               try
 237               {
 238                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 239
 240               } catch (Exception e)
 241               {
 242               }
 243
 244             }
 245             // and call ourselves again.
 246             addStructure(pdbentry, seq, chains, b);
 247           }
 248         }).start();
 249         return;
 250       }
 251     }
 252     // otherwise, start adding the structure.
 253     jmb.addSequenceAndChain(new PDBEntry[]
 254     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 255     { seq }, new String[][]
 256     { chains });
 257     addingStructures = true;
 258     _started = false;
 259     (worker = new Thread(this)).start();
 260     return;
 261   }
 262
 263   private Vector getJmolsFor(AlignmentPanel ap2)
 264   {
 265     Vector otherJmols = new Vector();
 266     // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 267     // the exisiting array
 268     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 269
 270     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 271     {
 272       if (frames[i] instanceof AppJmol)
 273       {
 274         AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 275         if (topJmol.ap == ap2)
 276         {
 277           otherJmols.addElement(topJmol);
 278         }
 279       }
 280     }
 281     return otherJmols;
 282   }
 283
 284   void initJmol(String command)
 285   {
 286     jmb.setFinishedInit(false);
 287     renderPanel = new RenderPanel();
 288     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 289     // displaying
 290     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 291     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 292             getBounds().width, getBounds().height);
 293     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "");
 294     jmb.newJmolPopup(true, "Jmol", true);
 295     jmb.evalStateCommand(command);
 296     jmb.setFinishedInit(true);
 297   }
 298
 299   void setChainMenuItems(Vector chains)
 300   {
 301     chainMenu.removeAll();
 302     if (chains == null)
 303     {
 304       return;
 305     }
 306     JMenuItem menuItem = new JMenuItem("All");
 307     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 308     {
 309       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 310       {
 311         allChainsSelected = true;
 312         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 313         {
 314           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 315             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 316         }
 317         centerViewer();
 318         allChainsSelected = false;
 319       }
 320     });
 321
 322     chainMenu.add(menuItem);
 323
 324     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 325     {
 326       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 327       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 328       {
 329         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 330         {
 331           if (!allChainsSelected)
 332             centerViewer();
 333         }
 334       });
 335
 336       chainMenu.add(menuItem);
 337     }
 338   }
 339
 340   boolean allChainsSelected = false;
 341
 342   private boolean alignAddedStructures = false;
 343
 344   void centerViewer()
 345   {
 346     Vector toshow = new Vector();
 347     String lbl;
 348     int mlength, p, mnum;
 349     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 350     {
 351       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 352       {
 353         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 354         if (item.isSelected())
 355         {
 356           toshow.addElement(item.getText());
 357         }
 358       }
 359     }
 360     jmb.centerViewer(toshow);
 361   }
 362
 363   void closeViewer()
 364   {
 365     jmb.closeViewer();
 366     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 367     // holds a reference to the window
 368     jmb = null;
 369   }
 370
 371   /**
 372    * state flag for PDB retrieval thread
 373    */
 374   private boolean _started = false;
 375
 376   public void run()
 377   {
 378     _started = true;
 379     String pdbid = "";
 380     // todo - record which pdbids were successfuly imported.
 381     StringBuffer errormsgs = new StringBuffer(), files = new StringBuffer();
 382     try
 383     {
 384       String[] curfiles = jmb.getPdbFile(); // files currently in viewer
 385       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 386       // as a DBRef?)
 387       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 388       for (int pi = 0; pi < jmb.pdbentry.length; pi++)
 389       {
 390         String file = jmb.pdbentry[pi].getFile();
 391         if (file == null)
 392         {
 393           // retrieve the pdb and store it locally
 394           AlignmentI pdbseq = null;
 395           try
 396           {
 397             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid = jmb.pdbentry[pi]
 398                     .getId());
 399           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 400           {
 401             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 402           } catch (Exception ex)
 403           {
 404             ex.printStackTrace();
 405             errormsgs.append("'" + pdbid + "'");
 406           }
 407           if (pdbseq != null)
 408           {
 409             // just transfer the file name from the first sequence's first
 410             // PDBEntry
 411             jmb.pdbentry[pi].setFile(file = ((PDBEntry) pdbseq
 412                     .getSequenceAt(0).getPDBId().elementAt(0)).getFile());
 413             files.append(" \"" + file + "\"");
 414           }
 415           else
 416           {
 417             errormsgs.append("'" + pdbid + "' ");
 418           }
 419         }
 420         else
 421         {
 422           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 423           {
 424             addingStructures = true; // already files loaded.
 425             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 426             {
 427               if (curfiles[c].equals(file))
 428               {
 429                 file = null;
 430                 break;
 431               }
 432             }
 433           }
 434           if (file != null)
 435           {
 436             files.append(" \"" + file + "\"");
 437           }
 438         }
 439       }
 440     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 441     {
 442       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 443     } catch (Exception ex)
 444     {
 445       ex.printStackTrace();
 446       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '" + pdbid
 447               + "'");
 448     }
 449     if (errormsgs.length() > 0)
 450     {
 451
 452       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 453               "The following pdb entries could not be retrieved from the PDB:\n"
 454                       + errormsgs.toString()
 455                       + "\nPlease try downloading them manually.",
 456               "Couldn't load file", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 457
 458     }
 459     if (files.length() > 0)
 460     {
 461       if (!addingStructures)
 462       {
 463
 464         try
 465         {
 466           initJmol("load FILES " + files.toString());
 467         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 468         {
 469           new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 470           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 471         } catch (Exception ex)
 472         {
 473           Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 474         }
 475     }
 476     else
 477     {
 478       StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 479       cmd.append("load APPEND ");
 480       cmd.append(files.toString());
 481       cmd.append("\n");
 482       final String command = cmd.toString();
 483       cmd = null;
 484       try
 485       {
 486         jmb.evalStateCommand(command);
 487       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 488       {
 489         new OOMWarning("When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 490                 oomerror);
 491         Cache.log.debug("File locations are " + files);
 492       } catch (Exception ex)
 493       {
 494         Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 495       }
 496       if (alignAddedStructures)
 497       {
 498         // may need to wait around until script has finished
 499         while (jmb.viewer.isScriptExecuting())
 500         {
 501           try
 502           {
 503             Thread.sleep(20);
 504           } catch (Exception e)
 505           {
 506           }
 507           ;
 508         }
 509         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 510         {
 511           public void run()
 512           {
 513             jmb.superposeStructures(ap.av.getAlignment(), -1, null);
 514           }
 515         });
 516         alignAddedStructures = false;
 517       }
 518       addingStructures = false;
 519     }
 520     }
 521     _started = false;
 522     worker = null;
 523   }
 524
 525   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 526   {
 527     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 528             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 529
 530     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 531     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 532     chooser.setToolTipText("Save");
 533
 534     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 535
 536     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 537     {
 538       try
 539       {
 540         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 541         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(
 542                 jmb.getPdbFile()[0]));
 543         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 544
 545         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 546         String data;
 547         while ((data = in.readLine()) != null)
 548         {
 549           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 550           {
 551             out.println(data);
 552           }
 553         }
 554         out.close();
 555       } catch (Exception ex)
 556       {
 557         ex.printStackTrace();
 558       }
 559     }
 560   }
 561
 562   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 563   {
 564     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 565     try
 566     {
 567       for (int pdbe = 0; pdbe < jmb.pdbentry.length; pdbe++)
 568       {
 569         cap.appendText(StructureSelectionManager
 570                 .getStructureSelectionManager().printMapping(
 571                         jmb.pdbentry[pdbe].getFile()));
 572         cap.appendText("\n");
 573       }
 574     } catch (OutOfMemoryError e)
 575     {
 576       new OOMWarning(
 577               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 578               e);
 579       cap.dispose();
 580       return;
 581     }
 582     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping",
 583             550, 600);
 584   }
 585
 586   /**
 587    * DOCUMENT ME!
 588    *
 589    * @param e
 590    *          DOCUMENT ME!
 591    */
 592   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 593   {
 594     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 595   }
 596
 597   /**
 598    * DOCUMENT ME!
 599    *
 600    * @param e
 601    *          DOCUMENT ME!
 602    */
 603   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 604   {
 605     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 606   }
 607
 608   void makePDBImage(int type)
 609   {
 610     int width = getWidth();
 611     int height = getHeight();
 612
 613     jalview.util.ImageMaker im;
 614
 615     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 616     {
 617       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.PNG,
 618               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 619     }
 620     else
 621     {
 622       im = new jalview.util.ImageMaker(this, jalview.util.ImageMaker.EPS,
 623               "Make EPS file from view", width, height, null,
 624               this.getTitle());
 625     }
 626
 627     if (im.getGraphics() != null)
 628     {
 629       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 630       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 631       im.writeImage();
 632     }
 633   }
 634
 635   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 636   {
 637     jmb.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 638     // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 639     jmb.colourBySequence(ap.alignFrame.viewport.showSequenceFeatures,
 640             ap.alignFrame.viewport.alignment);
 641   }
 642
 643   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 644   {
 645     chainColour.setSelected(true);
 646     jmb.colourByChain();
 647   }
 648
 649   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 650   {
 651     chargeColour.setSelected(true);
 652     jmb.colourByCharge();
 653   }
 654
 655   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 656   {
 657     zappoColour.setSelected(true);
 658     jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 659   }
 660
 661   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 662   {
 663     taylorColour.setSelected(true);
 664     jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 665   }
 666
 667   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 668   {
 669     hydroColour.setSelected(true);
 670     jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 671   }
 672
 673   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 674   {
 675     helixColour.setSelected(true);
 676     jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 677   }
 678
 679   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 680   {
 681     strandColour.setSelected(true);
 682     jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 683   }
 684
 685   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 686   {
 687     turnColour.setSelected(true);
 688     jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 689   }
 690
 691   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 692   {
 693     buriedColour.setSelected(true);
 694     jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 695   }
 696
 697   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 698   {
 699     userColour.setSelected(true);
 700     new UserDefinedColours(this, null);
 701   }
 702
 703   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 704   {
 705     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 706             "Select Background Colour", null);
 707     if (col != null)
 708     {
 709       jmb.setBackgroundColour(col);
 710     }
 711   }
 712
 713   public void jmolHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 714   {
 715     try
 716     {
 717       jalview.util.BrowserLauncher
 718               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 719     } catch (Exception ex)
 720     {
 721     }
 722   }
 723
 724   public void showConsole(boolean showConsole)
 725   {
 726     if (scriptWindow == null)
 727       scriptWindow = new ScriptWindow(this);
 728
 729     if (showConsole)
 730     {
 731       if (splitPane == null)
 732       {
 733         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 734         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 735         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 736         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 737       }
 738
 739       splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 740       splitPane.validate();
 741     }
 742     else
 743     {
 744       if (splitPane != null)
 745         splitPane.setVisible(false);
 746
 747       splitPane = null;
 748
 749       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 750     }
 751
 752     validate();
 753   }
 754
 755   class RenderPanel extends JPanel
 756   {
 757     final Dimension currentSize = new Dimension();
 758
 759     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 760
 761     public void paintComponent(Graphics g)
 762     {
 763       getSize(currentSize);
 764       g.getClipBounds(rectClip);
 765
 766       if (jmb.fileLoadingError != null)
 767       {
 768         g.setColor(Color.black);
 769         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 770         g.setColor(Color.white);
 771         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 772         g.drawString("Error loading file...", 20, currentSize.height / 2);
 773         StringBuffer sb = new StringBuffer();
 774         int lines = 0;
 775         for (int e = 0; e < jmb.pdbentry.length; e++)
 776         {
 777           sb.append(jmb.pdbentry[e].getId());
 778           if (e < jmb.pdbentry.length - 1)
 779           {
 780             sb.append(",");
 781           }
 782
 783           if (e == jmb.pdbentry.length - 1 || sb.length() > 20)
 784           {
 785             lines++;
 786             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
 787                     * g.getFontMetrics().getHeight());
 788           }
 789         }
 790       }
 791       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
 792       {
 793         g.setColor(Color.black);
 794         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 795         g.setColor(Color.white);
 796         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 797         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 798       }
 799       else
 800       {
 801         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 802       }
 803     }
 804   }
 805
 806   String viewId = null;
 807
 808   public String getViewId()
 809   {
 810     if (viewId == null)
 811     {
 812       viewId = System.currentTimeMillis() + "." + this.hashCode();
 813     }
 814     return viewId;
 815   }
 816
 817   public void updateTitleAndMenus()
 818   {
 819     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
 820     {
 821       repaint();
 822       return;
 823     }
 824     setChainMenuItems(jmb.chainNames);
 825     jmb.colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
 826
 827     this.setTitle(jmb.getViewerTitle());
 828     if (jmb.getPdbFile().length > 1 && jmb.sequence.length > 1)
 829     {
 830       jmolActionMenu.setVisible(true);
 831     }
 832   }
 833
 834   /*
 835    * (non-Javadoc)
 836    *
 837    * @see
 838    * jalview.jbgui.GStructureViewer#alignStructs_actionPerformed(java.awt.event
 839    * .ActionEvent)
 840    */
 841   @Override
 842   protected void alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 843   {
 844
 845     try
 846     {
 847       jmb.superposeStructures(ap.av.getAlignment(), -1,
 848               ap.av.getColumnSelection());
 849     } catch (Exception e)
 850     {
 851       Cache.log.info("Couldn't align structures in alignframe "
 852               + ap.alignFrame.getTitle(), e);
 853
 854     }
 855   }
 856
 857   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI ucs)
 858   {
 859     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
 860
 861   }
 862
 863 }