src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  28 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  29 import jalview.util.BrowserLauncher;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.util.Platform;
  32 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Rectangle;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.io.File;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.List;
  44 import java.util.Vector;
  45
  46 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  47 import javax.swing.JInternalFrame;
  48 import javax.swing.JMenu;
  49 import javax.swing.JPanel;
  50 import javax.swing.JSplitPane;
  51 import javax.swing.SwingUtilities;
  52 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  53 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  54
  55 public class AppJmol extends StructureViewerBase
  56 {
  57   // ms to wait for Jmol to load files
  58   private static final int JMOL_LOAD_TIMEOUT = 20000;
  59
  60   private static final String SPACE = " ";
  61
  62   private static final String BACKSLASH = "\"";
  63
  64   AppJmolBinding jmb;
  65
  66   JPanel scriptWindow;
  67
  68   JSplitPane splitPane;
  69
  70   RenderPanel renderPanel;
  71
  72   /**
  73    *
  74    * @param files
  75    * @param ids
  76    * @param seqs
  77    * @param ap
  78    * @param usetoColour
  79    *          - add the alignment panel to the list used for colouring these
  80    *          structures
  81    * @param useToAlign
  82    *          - add the alignment panel to the list used for aligning these
  83    *          structures
  84    * @param leaveColouringToJmol
  85    *          - do not update the colours from any other source. Jmol is
  86    *          handling them
  87    * @param loadStatus
  88    * @param bounds
  89    * @param viewid
  90    */
  91   public AppJmol(String[] files, String[] ids, SequenceI[][] seqs,
  92           AlignmentPanel ap, boolean usetoColour, boolean useToAlign,
  93           boolean leaveColouringToJmol, String loadStatus,
  94           Rectangle bounds, String viewid)
  95   {
  96     PDBEntry[] pdbentrys = new PDBEntry[files.length];
  97     for (int i = 0; i < pdbentrys.length; i++)
  98     {
  99       // PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(files[i], ids[i]);
 100       PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(ids[i], null, PDBEntry.Type.PDB,
 101               files[i]);
 102       pdbentrys[i] = pdbentry;
 103     }
 104     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
 105     // autodiscovered.
 106     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 107             pdbentrys, seqs, null);
 108
 109     jmb.setLoadingFromArchive(true);
 110     addAlignmentPanel(ap);
 111     if (useToAlign)
 112     {
 113       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 114     }
 115     initMenus();
 116     if (leaveColouringToJmol || !usetoColour)
 117     {
 118       jmb.setColourBySequence(false);
 119       seqColour.setSelected(false);
 120       viewerColour.setSelected(true);
 121     }
 122     else if (usetoColour)
 123     {
 124       useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 125       jmb.setColourBySequence(true);
 126       seqColour.setSelected(true);
 127       viewerColour.setSelected(false);
 128     }
 129     this.setBounds(bounds);
 130     setViewId(viewid);
 131     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
 132     // bounds.width,bounds.height);
 133
 134     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 135     {
 136       @Override
 137       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 138       {
 139         closeViewer(false);
 140       }
 141     });
 142     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!
 143   }
 144
 145   @Override
 146   protected void initMenus()
 147   {
 148     super.initMenus();
 149
 150     viewerActionMenu = new JMenu(MessageManager.getString("label.jmol"));
 151
 152     viewerColour
 153             .setText(MessageManager.getString("label.colour_with_jmol"));
 154     viewerColour.setToolTipText(MessageManager
 155             .getString("label.let_jmol_manage_structure_colours"));
 156   }
 157
 158   IProgressIndicator progressBar = null;
 159
 160   /**
 161    * add a single PDB structure to a new or existing Jmol view
 162    *
 163    * @param pdbentry
 164    * @param seq
 165    * @param chains
 166    * @param ap
 167    */
 168   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 169           final AlignmentPanel ap)
 170   {
 171     progressBar = ap.alignFrame;
 172     String pdbId = pdbentry.getId();
 173
 174     /*
 175      * If the PDB file is already loaded, the user may just choose to add to an
 176      * existing viewer (or cancel)
 177      */
 178     if (addAlreadyLoadedFile(seq, chains, ap, pdbId))
 179     {
 180       return;
 181     }
 182
 183     /*
 184      * Check if there are other Jmol views involving this alignment and prompt
 185      * user about adding this molecule to one of them
 186      */
 187     if (addToExistingViewer(pdbentry, seq, chains, ap, pdbId))
 188     {
 189       return;
 190     }
 191
 192     /*
 193      * If the options above are declined or do not apply, open a new viewer
 194      */
 195     openNewJmol(ap, new PDBEntry[] { pdbentry }, new SequenceI[][] { seq });
 196   }
 197
 198   private void openNewJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 199           SequenceI[][] seqs)
 200   {
 201     progressBar = ap.alignFrame;
 202     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 203             pdbentrys, seqs, null);
 204     addAlignmentPanel(ap);
 205     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 206
 207     if (pdbentrys.length > 1)
 208     {
 209       alignAddedStructures = true;
 210       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 211     }
 212     jmb.setColourBySequence(true);
 213     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 214     initMenus();
 215     addingStructures = false;
 216     worker = new Thread(this);
 217     worker.start();
 218
 219     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 220     {
 221       @Override
 222       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 223       {
 224         closeViewer(false);
 225       }
 226     });
 227
 228   }
 229
 230   /**
 231    * create a new Jmol containing several structures superimposed using the
 232    * given alignPanel.
 233    *
 234    * @param ap
 235    * @param pe
 236    * @param seqs
 237    */
 238   public AppJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pe, SequenceI[][] seqs)
 239   {
 240     openNewJmol(ap, pe, seqs);
 241   }
 242
 243   /**
 244    * Returns a list of any Jmol viewers. The list is restricted to those linked
 245    * to the given alignment panel if it is not null.
 246    */
 247   @Override
 248   protected List<StructureViewerBase> getViewersFor(AlignmentPanel apanel)
 249   {
 250     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<StructureViewerBase>();
 251     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 252
 253     for (JInternalFrame frame : frames)
 254     {
 255       if (frame instanceof AppJmol)
 256       {
 257         if (apanel == null
 258                 || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
 259         {
 260           result.add((StructureViewerBase) frame);
 261         }
 262       }
 263     }
 264     return result;
 265   }
 266
 267   void initJmol(String command)
 268   {
 269     jmb.setFinishedInit(false);
 270     renderPanel = new RenderPanel();
 271     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 272     // displaying
 273     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 274     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 275             getBounds().width, getBounds().height);
 276     if (scriptWindow == null)
 277     {
 278       BorderLayout bl = new BorderLayout();
 279       bl.setHgap(0);
 280       bl.setVgap(0);
 281       scriptWindow = new JPanel(bl);
 282       scriptWindow.setVisible(false);
 283     }
 284
 285     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "",
 286             scriptWindow, null);
 287     // jmb.newJmolPopup("Jmol");
 288     if (command == null)
 289     {
 290       command = "";
 291     }
 292     jmb.evalStateCommand(command);
 293     jmb.evalStateCommand("set hoverDelay=0.1");
 294     jmb.setFinishedInit(true);
 295   }
 296
 297
 298
 299   boolean allChainsSelected = false;
 300
 301   @Override
 302   void showSelectedChains()
 303   {
 304     Vector<String> toshow = new Vector<String>();
 305     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 306     {
 307       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 308       {
 309         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 310         if (item.isSelected())
 311         {
 312           toshow.addElement(item.getText());
 313         }
 314       }
 315     }
 316     jmb.centerViewer(toshow);
 317   }
 318
 319   @Override
 320   public void closeViewer(boolean closeExternalViewer)
 321   {
 322     // Jmol does not use an external viewer
 323     if (jmb != null)
 324     {
 325       jmb.closeViewer();
 326     }
 327     setAlignmentPanel(null);
 328     _aps.clear();
 329     _alignwith.clear();
 330     _colourwith.clear();
 331     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 332     // holds a reference to the window
 333     jmb = null;
 334   }
 335
 336   @Override
 337   public void run()
 338   {
 339     _started = true;
 340     try
 341     {
 342       List<String> files = fetchPdbFiles();
 343       if (files.size() > 0)
 344       {
 345         showFilesInViewer(files);
 346       }
 347     } finally
 348     {
 349       _started = false;
 350       worker = null;
 351     }
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Either adds the given files to a structure viewer or opens a new viewer to
 356    * show them
 357    *
 358    * @param files
 359    *          list of absolute paths to structure files
 360    */
 361   void showFilesInViewer(List<String> files)
 362   {
 363     long lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 364     StringBuilder fileList = new StringBuilder();
 365     for (String s : files)
 366     {
 367       fileList.append(SPACE).append(BACKSLASH)
 368               .append(Platform.escapeString(s)).append(BACKSLASH);
 369     }
 370     String filesString = fileList.toString();
 371
 372     if (!addingStructures)
 373     {
 374       try
 375       {
 376         initJmol("load FILES " + filesString);
 377       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 378       {
 379         new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 380         Cache.log.debug("File locations are " + filesString);
 381       } catch (Exception ex)
 382       {
 383         Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 384       }
 385     }
 386     else
 387     {
 388       StringBuilder cmd = new StringBuilder();
 389       cmd.append("loadingJalviewdata=true\nload APPEND ");
 390       cmd.append(filesString);
 391       cmd.append("\nloadingJalviewdata=null");
 392       final String command = cmd.toString();
 393       lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 394
 395       try
 396       {
 397         jmb.evalStateCommand(command);
 398       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 399       {
 400         new OOMWarning("When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 401                 oomerror);
 402         Cache.log.debug("File locations are " + filesString);
 403       } catch (Exception ex)
 404       {
 405         Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 406       }
 407     }
 408
 409     // need to wait around until script has finished
 410     int waitMax = JMOL_LOAD_TIMEOUT;
 411     int waitFor = 35;
 412     int waitTotal = 0;
 413     while (addingStructures ? lastnotify >= jmb.getLoadNotifiesHandled()
 414             : !(jmb.isFinishedInit() && jmb.getPdbFile() != null && jmb
 415                     .getPdbFile().length == files.size()))
 416     {
 417       try
 418       {
 419         Cache.log.debug("Waiting around for jmb notify.");
 420         Thread.sleep(waitFor);
 421         waitTotal += waitFor;
 422       } catch (Exception e)
 423       {
 424       }
 425       if (waitTotal > waitMax)
 426       {
 427         System.err
 428                 .println("Timed out waiting for Jmol to load files after "
 429                         + waitTotal + "ms");
 430 //        System.err.println("finished: " + jmb.isFinishedInit()
 431 //                + "; loaded: " + Arrays.toString(jmb.getPdbFile())
 432 //                + "; files: " + files.toString());
 433         jmb.getPdbFile();
 434         break;
 435       }
 436     }
 437
 438     // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 439     for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 440     {
 441       jmb.updateColours(ap);
 442     }
 443     // do superposition if asked to
 444     if (Cache.getDefault("AUTOSUPERIMPOSE", true) && alignAddedStructures)
 445     {
 446       alignAddedStructures();
 447     }
 448     addingStructures = false;
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Queues a thread to align structures with Jalview alignments
 453    */
 454   void alignAddedStructures()
 455   {
 456     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 457     {
 458       @Override
 459       public void run()
 460       {
 461         if (jmb.viewer.isScriptExecuting())
 462         {
 463           SwingUtilities.invokeLater(this);
 464           try
 465           {
 466             Thread.sleep(5);
 467           } catch (InterruptedException q)
 468           {
 469           }
 470           return;
 471         }
 472         else
 473         {
 474           alignStructs_withAllAlignPanels();
 475         }
 476       }
 477     });
 478     alignAddedStructures = false;
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Retrieves and saves as file any modelled PDB entries for which we do not
 483    * already have a file saved. Returns a list of absolute paths to structure
 484    * files which were either retrieved, or already stored but not modelled in
 485    * the structure viewer (i.e. files to add to the viewer display).
 486    *
 487    * @return
 488    */
 489   List<String> fetchPdbFiles()
 490   {
 491     // todo - record which pdbids were successfully imported.
 492     StringBuilder errormsgs = new StringBuilder();
 493
 494     List<String> files = new ArrayList<String>();
 495     String pdbid = "";
 496     try
 497     {
 498       String[] filesInViewer = jmb.getPdbFile();
 499       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 500       // as a DBRef?)
 501       Pdb pdbclient = new Pdb();
 502       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 503       {
 504         String file = jmb.getPdbEntry(pi).getFile();
 505         if (file == null)
 506         {
 507           // retrieve the pdb and store it locally
 508           AlignmentI pdbseq = null;
 509           pdbid = jmb.getPdbEntry(pi).getId();
 510           long hdl = pdbid.hashCode() - System.currentTimeMillis();
 511           if (progressBar != null)
 512           {
 513             progressBar.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 514                     "status.fetching_pdb", new String[] { pdbid }), hdl);
 515           }
 516           try
 517           {
 518             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 519           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 520           {
 521             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 522           } catch (Exception ex)
 523           {
 524             ex.printStackTrace();
 525             errormsgs.append("'").append(pdbid).append("'");
 526           } finally
 527           {
 528             if (progressBar != null)
 529             {
 530               progressBar.setProgressBar(
 531                       MessageManager.getString("label.state_completed"),
 532                       hdl);
 533             }
 534           }
 535           if (pdbseq != null)
 536           {
 537             // just transfer the file name from the first sequence's first
 538             // PDBEntry
 539             file = new File(pdbseq.getSequenceAt(0).getAllPDBEntries()
 540                     .elementAt(0).getFile()).getAbsolutePath();
 541             jmb.getPdbEntry(pi).setFile(file);
 542             files.add(file);
 543           }
 544           else
 545           {
 546             errormsgs.append("'").append(pdbid).append("' ");
 547           }
 548         }
 549         else
 550         {
 551           if (filesInViewer != null && filesInViewer.length > 0)
 552           {
 553             addingStructures = true; // already files loaded.
 554             for (int c = 0; c < filesInViewer.length; c++)
 555             {
 556               if (filesInViewer[c].equals(file))
 557               {
 558                 file = null;
 559                 break;
 560               }
 561             }
 562           }
 563           if (file != null)
 564           {
 565             files.add(file);
 566           }
 567         }
 568       }
 569     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 570     {
 571       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 572     } catch (Exception ex)
 573     {
 574       ex.printStackTrace();
 575       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '")
 576               .append(pdbid).append("'");
 577     }
 578     if (errormsgs.length() > 0)
 579     {
 580       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 581               .formatMessage("label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved",
 582                       new String[] { errormsgs.toString() }),
 583               MessageManager.getString("label.couldnt_load_file"),
 584               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 585     }
 586     return files;
 587   }
 588
 589   @Override
 590   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 591   {
 592     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 593   }
 594
 595   @Override
 596   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 597   {
 598     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 599   }
 600
 601   void makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 602   {
 603     int width = getWidth();
 604     int height = getHeight();
 605
 606     jalview.util.ImageMaker im;
 607
 608     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 609     {
 610       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 611               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from view",
 612               width, height, null, null, null, 0, false);
 613     }
 614     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 615     {
 616       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 617               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from view",
 618               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 619     }
 620     else
 621     {
 622
 623       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 624               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 625               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 626     }
 627
 628     if (im.getGraphics() != null)
 629     {
 630       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), width, height);
 631       im.writeImage();
 632     }
 633   }
 634
 635   @Override
 636   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 637   {
 638     try
 639     {
 640       BrowserLauncher
 641               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
 642     } catch (Exception ex)
 643     {
 644     }
 645   }
 646
 647   public void showConsole(boolean showConsole)
 648   {
 649
 650     if (showConsole)
 651     {
 652       if (splitPane == null)
 653       {
 654         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 655         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
 656         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
 657         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 658         splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
 659         scriptWindow.setVisible(true);
 660         scriptWindow.validate();
 661         splitPane.validate();
 662       }
 663
 664     }
 665     else
 666     {
 667       if (splitPane != null)
 668       {
 669         splitPane.setVisible(false);
 670       }
 671
 672       splitPane = null;
 673
 674       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 675     }
 676
 677     validate();
 678   }
 679
 680   class RenderPanel extends JPanel
 681   {
 682     final Dimension currentSize = new Dimension();
 683
 684     @Override
 685     public void paintComponent(Graphics g)
 686     {
 687       getSize(currentSize);
 688
 689       if (jmb != null && jmb.hasFileLoadingError())
 690       {
 691         g.setColor(Color.black);
 692         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 693         g.setColor(Color.white);
 694         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 695         g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_file")
 696                 + "...", 20, currentSize.height / 2);
 697         StringBuffer sb = new StringBuffer();
 698         int lines = 0;
 699         for (int e = 0; e < jmb.getPdbCount(); e++)
 700         {
 701           sb.append(jmb.getPdbEntry(e).getId());
 702           if (e < jmb.getPdbCount() - 1)
 703           {
 704             sb.append(",");
 705           }
 706
 707           if (e == jmb.getPdbCount() - 1 || sb.length() > 20)
 708           {
 709             lines++;
 710             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
 711                     * g.getFontMetrics().getHeight());
 712           }
 713         }
 714       }
 715       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
 716       {
 717         g.setColor(Color.black);
 718         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 719         g.setColor(Color.white);
 720         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 721         g.drawString(MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
 722                 20, currentSize.height / 2);
 723       }
 724       else
 725       {
 726         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize.width,
 727                 currentSize.height);
 728       }
 729     }
 730   }
 731
 732   @Override
 733   public AAStructureBindingModel getBinding()
 734   {
 735     return this.jmb;
 736   }
 737
 738   @Override
 739   public String getStateInfo()
 740   {
 741     return jmb == null ? null : jmb.viewer.getStateInfo();
 742   }
 743
 744   @Override
 745   public ViewerType getViewerType()
 746   {
 747     return ViewerType.JMOL;
 748   }
 749
 750   @Override
 751   protected String getViewerName()
 752   {
 753     return "Jmol";
 754   }
 755 }