src/jalview/gui/AppJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  32 import jalview.io.JalviewFileView;
  33 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  36 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  37 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  38 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  39 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  40 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  41 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  42 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  43 import jalview.util.MessageManager;
  44 import jalview.util.Platform;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Dimension;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.Graphics;
  51 import java.awt.Rectangle;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.ItemEvent;
  55 import java.awt.event.ItemListener;
  56 import java.io.BufferedReader;
  57 import java.io.File;
  58 import java.io.FileOutputStream;
  59 import java.io.FileReader;
  60 import java.io.PrintWriter;
  61 import java.util.Enumeration;
  62 import java.util.Vector;
  63
  64 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  65 import javax.swing.JColorChooser;
  66 import javax.swing.JInternalFrame;
  67 import javax.swing.JMenu;
  68 import javax.swing.JMenuItem;
  69 import javax.swing.JOptionPane;
  70 import javax.swing.JPanel;
  71 import javax.swing.JSplitPane;
  72 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  73 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  74 import javax.swing.event.MenuEvent;
  75 import javax.swing.event.MenuListener;
  76
  77 public class AppJmol extends StructureViewerBase
  78 {
  79   AppJmolBinding jmb;
  80
  81   JPanel scriptWindow;
  82
  83   JSplitPane splitPane;
  84
  85   RenderPanel renderPanel;
  86
  87   Vector atomsPicked = new Vector();
  88
  89   private boolean addingStructures = false;
  90
  91   /**
  92    *
  93    * @param file
  94    * @param id
  95    * @param seq
  96    * @param ap
  97    * @param loadStatus
  98    * @param bounds
  99    * @deprecated defaults to AppJmol(String[] files, ... , viewid);
 100    */
 101   @Deprecated
 102   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
 103           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds)
 104   {
 105     this(file, id, seq, ap, loadStatus, bounds, null);
 106   }
 107
 108   /**
 109    * @deprecated
 110    */
 111   @Deprecated
 112   public AppJmol(String file, String id, SequenceI[] seq,
 113           AlignmentPanel ap, String loadStatus, Rectangle bounds,
 114           String viewid)
 115   {
 116     this(new String[]
 117     { file }, new String[]
 118     { id }, new SequenceI[][]
 119     { seq }, ap, true, true, false, loadStatus, bounds, viewid);
 120   }
 121
 122   ViewSelectionMenu seqColourBy;
 123
 124   /**
 125    *
 126    * @param files
 127    * @param ids
 128    * @param seqs
 129    * @param ap
 130    * @param usetoColour
 131    *          - add the alignment panel to the list used for colouring these
 132    *          structures
 133    * @param useToAlign
 134    *          - add the alignment panel to the list used for aligning these
 135    *          structures
 136    * @param leaveColouringToJmol
 137    *          - do not update the colours from any other source. Jmol is
 138    *          handling them
 139    * @param loadStatus
 140    * @param bounds
 141    * @param viewid
 142    */
 143   public AppJmol(String[] files, String[] ids, SequenceI[][] seqs,
 144           AlignmentPanel ap, boolean usetoColour, boolean useToAlign,
 145           boolean leaveColouringToJmol, String loadStatus,
 146           Rectangle bounds, String viewid)
 147   {
 148     PDBEntry[] pdbentrys = new PDBEntry[files.length];
 149     for (int i = 0; i < pdbentrys.length; i++)
 150     {
 151       // PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(files[i], ids[i]);
 152       PDBEntry pdbentry = new PDBEntry(ids[i], null, PDBEntry.Type.PDB,
 153               files[i]);
 154       pdbentrys[i] = pdbentry;
 155     }
 156     // / TODO: check if protocol is needed to be set, and if chains are
 157     // autodiscovered.
 158     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 159             pdbentrys, seqs, null, null);
 160
 161     jmb.setLoadingFromArchive(true);
 162     addAlignmentPanel(ap);
 163     if (useToAlign)
 164     {
 165       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 166     }
 167     if (leaveColouringToJmol || !usetoColour)
 168     {
 169       jmb.setColourBySequence(false);
 170       seqColour.setSelected(false);
 171       viewerColour.setSelected(true);
 172     }
 173     else if (usetoColour)
 174     {
 175       useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 176       jmb.setColourBySequence(true);
 177       seqColour.setSelected(true);
 178       viewerColour.setSelected(false);
 179     }
 180     this.setBounds(bounds);
 181     initMenus();
 182     setViewId(viewid);
 183     // jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, "Loading File",
 184     // bounds.width,bounds.height);
 185
 186     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 187     {
 188       @Override
 189       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 190       {
 191         closeViewer(false);
 192       }
 193     });
 194     initJmol(loadStatus); // pdbentry, seq, JBPCHECK!
 195
 196   }
 197
 198   private void initMenus()
 199   {
 200     seqColour.setSelected(jmb.isColourBySequence());
 201     viewerColour.setSelected(!jmb.isColourBySequence());
 202     if (_colourwith == null)
 203     {
 204       _colourwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 205     }
 206     if (_alignwith == null)
 207     {
 208       _alignwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 209     }
 210
 211     seqColourBy = new ViewSelectionMenu(MessageManager.getString("label.colour_by"), this, _colourwith,
 212             new ItemListener()
 213             {
 214
 215               @Override
 216               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 217               {
 218                 if (!seqColour.isSelected())
 219                 {
 220                   seqColour.doClick();
 221                 }
 222                 else
 223                 {
 224                   // update the jmol display now.
 225                   seqColour_actionPerformed(null);
 226                 }
 227               }
 228             });
 229     viewMenu.add(seqColourBy);
 230     final ItemListener handler;
 231     JMenu alpanels = new ViewSelectionMenu(MessageManager.getString("label.superpose_with"), this,
 232             _alignwith, handler = new ItemListener()
 233             {
 234
 235               @Override
 236               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 237               {
 238                 alignStructs.setEnabled(_alignwith.size() > 0);
 239                 alignStructs.setToolTipText(MessageManager
 240                         .formatMessage(
 241                                 "label.align_structures_using_linked_alignment_views",
 242                                 new String[]
 243                                 { new Integer(_alignwith.size()).toString() }));
 244               }
 245             });
 246     handler.itemStateChanged(null);
 247     viewerActionMenu.add(alpanels);
 248     viewerActionMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 249     {
 250
 251       @Override
 252       public void menuSelected(MenuEvent e)
 253       {
 254         handler.itemStateChanged(null);
 255       }
 256
 257       @Override
 258       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 259       {
 260         // TODO Auto-generated method stub
 261
 262       }
 263
 264       @Override
 265       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 266       {
 267         // TODO Auto-generated method stub
 268
 269       }
 270     });
 271   }
 272
 273   IProgressIndicator progressBar = null;
 274
 275   /**
 276    * add a single PDB structure to a new or existing Jmol view
 277    *
 278    * @param pdbentry
 279    * @param seq
 280    * @param chains
 281    * @param ap
 282    */
 283   public AppJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 284           final AlignmentPanel ap)
 285   {
 286     progressBar = ap.alignFrame;
 287     // ////////////////////////////////
 288     // Is the pdb file already loaded?
 289     String alreadyMapped = ap.getStructureSelectionManager()
 290             .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
 291
 292     if (alreadyMapped != null)
 293     {
 294       int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 295               MessageManager.formatMessage(
 296                       "label.pdb_entry_is_already_displayed", new String[]
 297                       { pdbentry.getId() }), MessageManager.formatMessage(
 298                       "label.map_sequences_to_visible_window", new String[]
 299                       { pdbentry.getId() }),
 300               JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 301
 302       if (option == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
 303       {
 304         return;
 305       }
 306       if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 307       {
 308         // TODO : Fix multiple seq to one chain issue here.
 309         ap.getStructureSelectionManager().setMapping(seq, chains,
 310                 alreadyMapped, AppletFormatAdapter.FILE);
 311         if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr != null)
 312         {
 313           ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.featuresAdded();
 314           ap.paintAlignment(true);
 315         }
 316
 317         // Now this AppJmol is mapped to new sequences. We must add them to
 318         // the exisiting array
 319         JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 320
 321         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 322         {
 323           if (frames[i] instanceof AppJmol)
 324           {
 325             final AppJmol topJmol = ((AppJmol) frames[i]);
 326             // JBPNOTE: this looks like a binding routine, rather than a gui
 327             // routine
 328             for (int pe = 0; pe < topJmol.jmb.getPdbCount(); pe++)
 329             {
 330               if (topJmol.jmb.getPdbEntry(pe).getFile()
 331                       .equals(alreadyMapped))
 332               {
 333                 topJmol.jmb.addSequence(pe, seq);
 334                 topJmol.addAlignmentPanel(ap);
 335                 // add it to the set used for colouring
 336                 topJmol.useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 337                 topJmol.buildActionMenu();
 338                 ap.getStructureSelectionManager()
 339                         .sequenceColoursChanged(ap);
 340                 break;
 341               }
 342             }
 343           }
 344         }
 345
 346         return;
 347       }
 348     }
 349     // /////////////////////////////////
 350     // Check if there are other Jmol views involving this alignment
 351     // and prompt user about adding this molecule to one of them
 352     Vector existingViews = getJmolsFor(ap);
 353     if (existingViews.size() > 0)
 354     {
 355       Enumeration jm = existingViews.elements();
 356       while (jm.hasMoreElements())
 357       {
 358         AppJmol topJmol = (AppJmol) jm.nextElement();
 359         // TODO: highlight topJmol in view somehow
 360         int option = JOptionPane
 361                 .showInternalConfirmDialog(
 362                         Desktop.desktop,
 363                         MessageManager.formatMessage(
 364                                 "label.add_pdbentry_to_view", new String[]
 365                                 { pdbentry.getId(), topJmol.getTitle() }),
 366                         MessageManager
 367                                 .getString("label.align_to_existing_structure_view"),
 368                         JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 369         if (option == JOptionPane.CANCEL_OPTION)
 370         {
 371           return;
 372         }
 373         if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 374         {
 375           topJmol.useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 376           topJmol.addStructure(pdbentry, seq, chains, true, ap.alignFrame);
 377           return;
 378         }
 379       }
 380     }
 381     // /////////////////////////////////
 382     openNewJmol(ap, new PDBEntry[]
 383     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 384     { seq });
 385   }
 386
 387   private void openNewJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 388           SequenceI[][] seqs)
 389   {
 390     progressBar = ap.alignFrame;
 391     jmb = new AppJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 392             pdbentrys, seqs, null, null);
 393     addAlignmentPanel(ap);
 394     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 395     if (pdbentrys.length > 1)
 396     {
 397       alignAddedStructures = true;
 398       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 399     }
 400     jmb.setColourBySequence(true);
 401     setSize(400, 400); // probably should be a configurable/dynamic default here
 402     initMenus();
 403     worker = null;
 404     {
 405       addingStructures = false;
 406       worker = new Thread(this);
 407       worker.start();
 408     }
 409     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 410     {
 411       @Override
 412       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 413       {
 414         closeViewer(false);
 415       }
 416     });
 417
 418   }
 419
 420   /**
 421    * create a new Jmol containing several structures superimposed using the
 422    * given alignPanel.
 423    *
 424    * @param ap
 425    * @param pe
 426    * @param seqs
 427    */
 428   public AppJmol(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pe, SequenceI[][] seqs)
 429   {
 430     openNewJmol(ap, pe, seqs);
 431   }
 432
 433   /**
 434    * pdb retrieval thread.
 435    */
 436   private Thread worker = null;
 437
 438   /**
 439    * add a new structure (with associated sequences and chains) to this viewer,
 440    * retrieving it if necessary first.
 441    *
 442    * @param pdbentry
 443    * @param seq
 444    * @param chains
 445    * @param alignFrame
 446    * @param align
 447    *          if true, new structure(s) will be align using associated alignment
 448    */
 449   private void addStructure(final PDBEntry pdbentry, final SequenceI[] seq,
 450           final String[] chains, final boolean b,
 451           final IProgressIndicator alignFrame)
 452   {
 453     if (pdbentry.getFile() == null)
 454     {
 455       if (worker != null && worker.isAlive())
 456       {
 457         // a retrieval is in progress, wait around and add ourselves to the
 458         // queue.
 459         new Thread(new Runnable()
 460         {
 461           public void run()
 462           {
 463             while (worker != null && worker.isAlive() && _started)
 464             {
 465               try
 466               {
 467                 Thread.sleep(100 + ((int) Math.random() * 100));
 468
 469               } catch (Exception e)
 470               {
 471               }
 472
 473             }
 474             // and call ourselves again.
 475             addStructure(pdbentry, seq, chains, b, alignFrame);
 476           }
 477         }).start();
 478         return;
 479       }
 480     }
 481     // otherwise, start adding the structure.
 482     jmb.addSequenceAndChain(new PDBEntry[]
 483     { pdbentry }, new SequenceI[][]
 484     { seq }, new String[][]
 485     { chains });
 486     addingStructures = true;
 487     _started = false;
 488     alignAddedStructures = b;
 489     progressBar = alignFrame; // visual indication happens on caller frame.
 490     (worker = new Thread(this)).start();
 491     return;
 492   }
 493
 494   private Vector getJmolsFor(AlignmentPanel apanel)
 495   {
 496     Vector result = new Vector();
 497     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
 498
 499     for (JInternalFrame frame : frames)
 500     {
 501       if (frame instanceof AppJmol)
 502       {
 503         if (((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
 504         {
 505           result.addElement(frame);
 506         }
 507       }
 508     }
 509     return result;
 510   }
 511
 512   void initJmol(String command)
 513   {
 514     jmb.setFinishedInit(false);
 515     renderPanel = new RenderPanel();
 516     // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
 517     // displaying
 518     this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 519     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this, jmb.getViewerTitle(),
 520             getBounds().width, getBounds().height);
 521     if (scriptWindow == null)
 522     {
 523       BorderLayout bl = new BorderLayout();
 524       bl.setHgap(0);
 525       bl.setVgap(0);
 526       scriptWindow = new JPanel(bl);
 527       scriptWindow.setVisible(false);
 528     }
 529     ;
 530     jmb.allocateViewer(renderPanel, true, "", null, null, "", scriptWindow,
 531             null);
 532     jmb.newJmolPopup("Jmol");
 533     if (command == null)
 534     {
 535       command = "";
 536     }
 537     jmb.evalStateCommand(command);
 538     jmb.setFinishedInit(true);
 539   }
 540
 541   void setChainMenuItems(Vector chains)
 542   {
 543     chainMenu.removeAll();
 544     if (chains == null)
 545     {
 546       return;
 547     }
 548     JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 549             MessageManager.getString("label.all"));
 550     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 551     {
 552       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 553       {
 554         allChainsSelected = true;
 555         for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 556         {
 557           if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 558           {
 559             ((JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setSelected(true);
 560           }
 561         }
 562         centerViewer();
 563         allChainsSelected = false;
 564       }
 565     });
 566
 567     chainMenu.add(menuItem);
 568
 569     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 570     {
 571       menuItem = new JCheckBoxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 572       menuItem.addItemListener(new ItemListener()
 573       {
 574         public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 575         {
 576           if (!allChainsSelected)
 577           {
 578             centerViewer();
 579           }
 580         }
 581       });
 582
 583       chainMenu.add(menuItem);
 584     }
 585   }
 586
 587   boolean allChainsSelected = false;
 588
 589   private boolean alignAddedStructures = false;
 590
 591   void centerViewer()
 592   {
 593     Vector toshow = new Vector();
 594     String lbl;
 595     int mlength, p, mnum;
 596     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 597     {
 598       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 599       {
 600         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 601         if (item.isSelected())
 602         {
 603           toshow.addElement(item.getText());
 604         }
 605       }
 606     }
 607     jmb.centerViewer(toshow);
 608   }
 609
 610   public void closeViewer(boolean closeExternalViewer)
 611   {
 612     // JMol does not use an external viewer
 613     jmb.closeViewer();
 614     setAlignmentPanel(null);
 615     _aps.clear();
 616     _alignwith.clear();
 617     _colourwith.clear();
 618     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 619     // holds a reference to the window
 620     jmb = null;
 621   }
 622
 623   /**
 624    * state flag for PDB retrieval thread
 625    */
 626   private boolean _started = false;
 627
 628   public void run()
 629   {
 630     _started = true;
 631     String pdbid = "";
 632     // todo - record which pdbids were successfuly imported.
 633     StringBuffer errormsgs = new StringBuffer(), files = new StringBuffer();
 634     try
 635     {
 636       String[] curfiles = jmb.getPdbFile(); // files currently in viewer
 637       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 638       // as a DBRef?)
 639       jalview.ws.dbsources.Pdb pdbclient = new jalview.ws.dbsources.Pdb();
 640       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 641       {
 642         String file = jmb.getPdbEntry(pi).getFile();
 643         if (file == null)
 644         {
 645           // retrieve the pdb and store it locally
 646           AlignmentI pdbseq = null;
 647           pdbid = jmb.getPdbEntry(pi).getId();
 648           long hdl = pdbid.hashCode() - System.currentTimeMillis();
 649           if (progressBar != null)
 650           {
 651             progressBar.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.fetching_pdb", new String[]{pdbid}), hdl);
 652           }
 653           try
 654           {
 655             pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 656           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 657           {
 658             new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 659           } catch (Exception ex)
 660           {
 661             ex.printStackTrace();
 662             errormsgs.append("'" + pdbid + "'");
 663           }
 664           if (progressBar != null)
 665           {
 666             progressBar.setProgressBar(MessageManager.getString("label.state_completed"), hdl);
 667           }
 668           if (pdbseq != null)
 669           {
 670             // just transfer the file name from the first sequence's first
 671             // PDBEntry
 672             file = new File(pdbseq.getSequenceAt(0).getPDBId()
 673                     .elementAt(0).getFile()).getAbsolutePath();
 674             jmb.getPdbEntry(pi).setFile(file);
 675
 676             files.append(" \"" + Platform.escapeString(file) + "\"");
 677           }
 678           else
 679           {
 680             errormsgs.append("'" + pdbid + "' ");
 681           }
 682         }
 683         else
 684         {
 685           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 686           {
 687             addingStructures = true; // already files loaded.
 688             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 689             {
 690               if (curfiles[c].equals(file))
 691               {
 692                 file = null;
 693                 break;
 694               }
 695             }
 696           }
 697           if (file != null)
 698           {
 699             files.append(" \"" + Platform.escapeString(file) + "\"");
 700           }
 701         }
 702       }
 703     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 704     {
 705       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + pdbid, oomerror);
 706     } catch (Exception ex)
 707     {
 708       ex.printStackTrace();
 709       errormsgs.append("When retrieving pdbfiles : current was: '" + pdbid
 710               + "'");
 711     }
 712     if (errormsgs.length() > 0)
 713     {
 714
 715       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 716               .formatMessage("label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved",
 717                       new String[]
 718                       { errormsgs.toString() }), MessageManager
 719               .getString("label.couldnt_load_file"),
 720               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 721
 722     }
 723     long lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 724     if (files.length() > 0)
 725     {
 726       if (!addingStructures)
 727       {
 728
 729         try
 730         {
 731           initJmol("load FILES " + files.toString());
 732         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 733         {
 734           new OOMWarning("When trying to open the Jmol viewer!", oomerror);
 735           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 736         } catch (Exception ex)
 737         {
 738           Cache.log.error("Couldn't open Jmol viewer!", ex);
 739         }
 740       }
 741       else
 742       {
 743         StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 744         cmd.append("loadingJalviewdata=true\nload APPEND ");
 745         cmd.append(files.toString());
 746         cmd.append("\nloadingJalviewdata=null");
 747         final String command = cmd.toString();
 748         cmd = null;
 749         lastnotify = jmb.getLoadNotifiesHandled();
 750
 751         try
 752         {
 753           jmb.evalStateCommand(command);
 754         } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 755         {
 756           new OOMWarning(
 757                   "When trying to add structures to the Jmol viewer!",
 758                   oomerror);
 759           Cache.log.debug("File locations are " + files);
 760         } catch (Exception ex)
 761         {
 762           Cache.log.error("Couldn't add files to Jmol viewer!", ex);
 763         }
 764       }
 765
 766       // need to wait around until script has finished
 767       while (addingStructures ? lastnotify >= jmb.getLoadNotifiesHandled()
 768               : (jmb.isFinishedInit() && jmb.getPdbFile() != null && jmb
 769                       .getPdbFile().length != jmb.getPdbCount()))
 770       {
 771         try
 772         {
 773           Cache.log.debug("Waiting around for jmb notify.");
 774           Thread.sleep(35);
 775         } catch (Exception e)
 776         {
 777         }
 778       }
 779       // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 780       for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 781       {
 782         jmb.updateColours(ap);
 783       }
 784       // do superposition if asked to
 785       if (alignAddedStructures)
 786       {
 787         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 788         {
 789           public void run()
 790           {
 791             alignStructs_withAllAlignPanels();
 792             // jmb.superposeStructures(ap.av.getAlignment(), -1, null);
 793           }
 794         });
 795         alignAddedStructures = false;
 796       }
 797       addingStructures = false;
 798
 799     }
 800     _started = false;
 801     worker = null;
 802   }
 803
 804   @Override
 805   public void pdbFile_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 806   {
 807     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 808             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 809
 810     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 811     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_pdb_file"));
 812     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 813
 814     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 815
 816     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 817     {
 818       try
 819       {
 820         // TODO: cope with multiple PDB files in view
 821         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(
 822                 jmb.getPdbFile()[0]));
 823         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 824
 825         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 826         String data;
 827         while ((data = in.readLine()) != null)
 828         {
 829           if (!(data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1))
 830           {
 831             out.println(data);
 832           }
 833         }
 834         out.close();
 835       } catch (Exception ex)
 836       {
 837         ex.printStackTrace();
 838       }
 839     }
 840   }
 841
 842   @Override
 843   public void viewMapping_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 844   {
 845     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 846     try
 847     {
 848       cap.appendText(jmb.printMappings());
 849     } catch (OutOfMemoryError e)
 850     {
 851       new OOMWarning(
 852               "composing sequence-structure alignments for display in text box.",
 853               e);
 854       cap.dispose();
 855       return;
 856     }
 857     jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(cap,
 858             MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
 859             600);
 860   }
 861
 862   @Override
 863   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 864   {
 865     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 866   }
 867
 868   @Override
 869   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 870   {
 871     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 872   }
 873
 874   void makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 875   {
 876     int width = getWidth();
 877     int height = getHeight();
 878
 879     jalview.util.ImageMaker im;
 880
 881     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 882     {
 883       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 884               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG,
 885               "Make PNG image from view", width, height, null, null);
 886     }
 887     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 888     {
 889       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 890               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS,
 891               "Make EPS file from view", width, height, null,
 892               this.getTitle());
 893     }
 894     else
 895     {
 896
 897       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 898               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 899               width, height, null, this.getTitle());
 900     }
 901
 902     if (im.getGraphics() != null)
 903     {
 904       Rectangle rect = new Rectangle(width, height);
 905       jmb.viewer.renderScreenImage(im.getGraphics(), rect.getSize(), rect);
 906       im.writeImage();
 907     }
 908   }
 909
 910   @Override
 911   public void viewerColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 912   {
 913     if (viewerColour.isSelected())
 914     {
 915       // disable automatic sequence colouring.
 916       jmb.setColourBySequence(false);
 917     }
 918   }
 919
 920   @Override
 921   public void seqColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 922   {
 923     jmb.setColourBySequence(seqColour.isSelected());
 924     if (_colourwith == null)
 925     {
 926       _colourwith = new Vector<AlignmentPanel>();
 927     }
 928     if (jmb.isColourBySequence())
 929     {
 930       if (!jmb.isLoadingFromArchive())
 931       {
 932         if (_colourwith.size() == 0 && getAlignmentPanel() != null)
 933         {
 934           // Make the currently displayed alignment panel the associated view
 935           _colourwith.add(getAlignmentPanel().alignFrame.alignPanel);
 936         }
 937       }
 938       // Set the colour using the current view for the associated alignframe
 939       for (AlignmentPanel ap : _colourwith)
 940       {
 941         jmb.colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
 942       }
 943     }
 944   }
 945
 946   @Override
 947   public void chainColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 948   {
 949     chainColour.setSelected(true);
 950     jmb.colourByChain();
 951   }
 952
 953   @Override
 954   public void chargeColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 955   {
 956     chargeColour.setSelected(true);
 957     jmb.colourByCharge();
 958   }
 959
 960   @Override
 961   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 962   {
 963     zappoColour.setSelected(true);
 964     jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 965   }
 966
 967   @Override
 968   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 969   {
 970     taylorColour.setSelected(true);
 971     jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 972   }
 973
 974   @Override
 975   public void hydroColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 976   {
 977     hydroColour.setSelected(true);
 978     jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 979   }
 980
 981   @Override
 982   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 983   {
 984     helixColour.setSelected(true);
 985     jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 986   }
 987
 988   @Override
 989   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 990   {
 991     strandColour.setSelected(true);
 992     jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 993   }
 994
 995   @Override
 996   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 997   {
 998     turnColour.setSelected(true);
 999     jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
1000   }
1001
1002   @Override
1003   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1004   {
1005     buriedColour.setSelected(true);
1006     jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
1007   }
1008
1009   @Override
1010   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1011   {
1012     setJalviewColourScheme(new PurinePyrimidineColourScheme());
1013   }
1014
1015   @Override
1016   public void userColour_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1017   {
1018     userColour.setSelected(true);
1019     new UserDefinedColours(this, null);
1020   }
1021
1022   @Override
1023   public void backGround_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1024   {
1025     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
1026             MessageManager.getString("label.select_backgroud_colour"), null);
1027     if (col != null)
1028     {
1029       jmb.setBackgroundColour(col);
1030     }
1031   }
1032
1033   @Override
1034   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1035   {
1036     try
1037     {
1038       jalview.util.BrowserLauncher
1039               .openURL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/");
1040     } catch (Exception ex)
1041     {
1042     }
1043   }
1044
1045   public void showConsole(boolean showConsole)
1046   {
1047
1048     if (showConsole)
1049     {
1050       if (splitPane == null)
1051       {
1052         splitPane = new JSplitPane(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
1053         splitPane.setTopComponent(renderPanel);
1054         splitPane.setBottomComponent(scriptWindow);
1055         this.getContentPane().add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
1056         splitPane.setDividerLocation(getHeight() - 200);
1057         scriptWindow.setVisible(true);
1058         scriptWindow.validate();
1059         splitPane.validate();
1060       }
1061
1062     }
1063     else
1064     {
1065       if (splitPane != null)
1066       {
1067         splitPane.setVisible(false);
1068       }
1069
1070       splitPane = null;
1071
1072       this.getContentPane().add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
1073     }
1074
1075     validate();
1076   }
1077
1078   class RenderPanel extends JPanel
1079   {
1080     final Dimension currentSize = new Dimension();
1081
1082     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
1083
1084     @Override
1085     public void paintComponent(Graphics g)
1086     {
1087       getSize(currentSize);
1088       g.getClipBounds(rectClip);
1089
1090       if (jmb.fileLoadingError != null)
1091       {
1092         g.setColor(Color.black);
1093         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
1094         g.setColor(Color.white);
1095         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
1096         g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_file")
1097                 + "...", 20, currentSize.height / 2);
1098         StringBuffer sb = new StringBuffer();
1099         int lines = 0;
1100         for (int e = 0; e < jmb.getPdbCount(); e++)
1101         {
1102           sb.append(jmb.getPdbEntry(e).getId());
1103           if (e < jmb.getPdbCount() - 1)
1104           {
1105             sb.append(",");
1106           }
1107
1108           if (e == jmb.getPdbCount() - 1 || sb.length() > 20)
1109           {
1110             lines++;
1111             g.drawString(sb.toString(), 20, currentSize.height / 2 - lines
1112                     * g.getFontMetrics().getHeight());
1113           }
1114         }
1115       }
1116       else if (jmb == null || jmb.viewer == null || !jmb.isFinishedInit())
1117       {
1118         g.setColor(Color.black);
1119         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
1120         g.setColor(Color.white);
1121         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
1122         g.drawString(MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
1123                 20, currentSize.height / 2);
1124       }
1125       else
1126       {
1127         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
1128       }
1129     }
1130   }
1131
1132   public void updateTitleAndMenus()
1133   {
1134     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
1135     {
1136       repaint();
1137       return;
1138     }
1139     setChainMenuItems(jmb.chainNames);
1140
1141     this.setTitle(jmb.getViewerTitle());
1142     if (jmb.getPdbFile().length > 1 && jmb.getSequence().length > 1)
1143     {
1144       viewerActionMenu.setVisible(true);
1145     }
1146     if (!jmb.isLoadingFromArchive())
1147     {
1148       seqColour_actionPerformed(null);
1149     }
1150   }
1151
1152   /*
1153    * (non-Javadoc)
1154    *
1155    * @see
1156    * jalview.jbgui.GStructureViewer#alignStructs_actionPerformed(java.awt.event
1157    * .ActionEvent)
1158    */
1159   @Override
1160   protected void alignStructs_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1161   {
1162     alignStructs_withAllAlignPanels();
1163   }
1164
1165   private void alignStructs_withAllAlignPanels()
1166   {
1167     if (getAlignmentPanel() == null)
1168     {
1169       return;
1170     }
1171     ;
1172     if (_alignwith.size() == 0)
1173     {
1174       _alignwith.add(getAlignmentPanel());
1175     }
1176     ;
1177     try
1178     {
1179       AlignmentI[] als = new Alignment[_alignwith.size()];
1180       ColumnSelection[] alc = new ColumnSelection[_alignwith.size()];
1181       int[] alm = new int[_alignwith.size()];
1182       int a = 0;
1183
1184       for (AlignmentPanel ap : _alignwith)
1185       {
1186         als[a] = ap.av.getAlignment();
1187         alm[a] = -1;
1188         alc[a++] = ap.av.getColumnSelection();
1189       }
1190       jmb.superposeStructures(als, alm, alc);
1191     } catch (Exception e)
1192     {
1193       StringBuffer sp = new StringBuffer();
1194       for (AlignmentPanel ap : _alignwith)
1195       {
1196         sp.append("'" + ap.alignFrame.getTitle() + "' ");
1197       }
1198       Cache.log.info("Couldn't align structures with the " + sp.toString()
1199               + "associated alignment panels.", e);
1200
1201     }
1202
1203   }
1204
1205   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI ucs)
1206   {
1207     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
1208
1209   }
1210
1211   /**
1212    *
1213    * @param alignment
1214    * @return first alignment panel displaying given alignment, or the default
1215    *         alignment panel
1216    */
1217   public AlignmentPanel getAlignmentPanelFor(AlignmentI alignment)
1218   {
1219     for (AlignmentPanel ap : getAllAlignmentPanels())
1220     {
1221       if (ap.av.getAlignment() == alignment)
1222       {
1223         return ap;
1224       }
1225     }
1226     return getAlignmentPanel();
1227   }
1228
1229   @Override
1230   public AAStructureBindingModel getBinding()
1231   {
1232     return this.jmb;
1233   }
1234
1235   @Override
1236   public String getStateInfo()
1237   {
1238     return jmb == null ? null : jmb.viewer.getStateInfo();
1239   }
1240
1241   @Override
1242   public ViewerType getViewerType()
1243   {
1244     return ViewerType.JMOL;
1245   }
1246
1247 }