src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  29
  30 import java.awt.Container;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  34 import org.jmol.java.BS;
  35 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.console.AppConsole;
  36
  37 public class AppJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  38 {
  39   private AppJmol appJmolWindow;
  40
  41   private FeatureRenderer fr = null;
  42
  43   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, StructureSelectionManager sSm,
  44           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains,
  45           String protocol)
  46   {
  47     super(sSm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  48     appJmolWindow = appJmol;
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  53           AlignmentViewPanel alignment)
  54   {
  55     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? appJmolWindow.getAlignmentPanel()
  56             : (AlignmentPanel) alignment;
  57     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  58     {
  59       if (fr == null)
  60       {
  61         fr = (jalview.gui.FeatureRenderer) ap.cloneFeatureRenderer();
  62       }
  63       else
  64       {
  65         ap.updateFeatureRenderer(fr);
  66       }
  67     }
  68
  69     return fr;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  74           AlignmentViewPanel alignment)
  75   {
  76     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  81   {
  82     if (console != null)
  83     {
  84       console.sendConsoleEcho(strEcho);
  85     }
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  90   {
  91     if (console != null && strStatus != null)
  92     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  93     // should we squash the script completed string ?
  94     {
  95       console.sendConsoleMessage(strStatus);
  96     }
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public void showUrl(String url, String target)
 101   {
 102     try
 103     {
 104       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 105     } catch (Exception e)
 106     {
 107       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
 108       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
 109     }
 110   }
 111
 112   @Override
 113   public void refreshGUI()
 114   {
 115     // appJmolWindow.repaint();
 116     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 117     {
 118       public void run()
 119       {
 120         appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
 121         appJmolWindow.revalidate();
 122       }
 123     });
 124   }
 125
 126   public void updateColours(Object source)
 127   {
 128     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 129     // ignore events from panels not used to colour this view
 130     if (!appJmolWindow.isUsedforcolourby(ap))
 131     {
 132       return;
 133     }
 134     if (!isLoadingFromArchive())
 135     {
 136       colourBySequence(ap);
 137     }
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 142   {
 143     // todo - script termination doesn't happen ?
 144     // if (console != null)
 145     // console.notifyScriptTermination(strStatus,
 146     // msWalltime);
 147   }
 148
 149   public void showUrl(String url)
 150   {
 151     showUrl(url, "jmol");
 152   }
 153
 154   public void newJmolPopup(String menuName)
 155   {
 156     // jmolpopup = new JmolAwtPopup();
 157     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 158   }
 159
 160   @Override
 161   public void selectionChanged(BS arg0)
 162   {
 163     // TODO Auto-generated method stub
 164
 165   }
 166
 167   @Override
 168   public void refreshPdbEntries()
 169   {
 170     // TODO Auto-generated method stub
 171
 172   }
 173
 174   @Override
 175   public void showConsole(boolean b)
 176   {
 177     appJmolWindow.showConsole(b);
 178   }
 179
 180   @Override
 181   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 182           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 183   {
 184     viewer.setJmolCallbackListener(this);
 185     return new AppConsole(viewer, consolePanel, buttonsToShow);
 186   }
 187
 188   @Override
 189   protected void releaseUIResources()
 190   {
 191     appJmolWindow = null;
 192     closeConsole();
 193   }
 194
 195   @Override
 196   public void releaseReferences(Object svl)
 197   {
 198     if (svl instanceof SeqPanel)
 199     {
 200       appJmolWindow.removeAlignmentPanel(((SeqPanel) svl).ap);
 201     }
 202   }
 203
 204   @Override
 205   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 206   {
 207     // TODO Auto-generated method stub
 208     return null;
 209   }
 210 }