src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.gui;
   5
   6 import java.util.BitSet;
   7
   8 import jalview.bin.Cache;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11
  12 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  13
  14 public class AppJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  15 {
  16
  17   /**
  18    *
  19    */
  20   private AppJmol appJmolWindow;
  21
  22   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  23           SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol)
  24   {
  25     super(pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  26     appJmolWindow = appJmol;
  27   }
  28
  29   FeatureRenderer fr = null;
  30
  31   @Override
  32   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  33   {
  34     if (appJmolWindow.ap.av.showSequenceFeatures)
  35     {
  36       if (fr == null)
  37       {
  38         fr = new FeatureRenderer(appJmolWindow.ap);
  39       }
  40
  41       fr.transferSettings(appJmolWindow.ap.seqPanel.seqCanvas
  42               .getFeatureRenderer());
  43     }
  44
  45     return fr;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  50   {
  51     return new SequenceRenderer(appJmolWindow.ap.av);
  52   }
  53
  54   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  55   {
  56     if (appJmolWindow.scriptWindow != null)
  57     {
  58       appJmolWindow.scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
  59     }
  60   }
  61
  62   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  63   {
  64     if (appJmolWindow.scriptWindow != null && strStatus != null)
  65     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  66     // should we squash the script completed string ?
  67     {
  68       appJmolWindow.scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
  69     }
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public void showUrl(String url, String target)
  74   {
  75     try
  76     {
  77       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
  78     } catch (Exception e)
  79     {
  80       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
  81       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
  82     }
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public void refreshGUI()
  87   {
  88     // appJmolWindow.repaint();
  89     appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
  90   }
  91
  92   public void updateColours(Object source)
  93   {
  94     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  95     if (appJmolWindow.ap.alignFrame.getCurrentView() != ap.av)
  96       return;
  97
  98     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
  99   }
 100
 101   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 102   {
 103     if (appJmolWindow.scriptWindow != null)
 104       appJmolWindow.scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus,
 105               msWalltime);
 106   }
 107
 108   public void showUrl(String url)
 109   {
 110     showUrl(url, "jmol");
 111   }
 112
 113   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 114           boolean asPopup)
 115   {
 116
 117     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 118             asPopup);
 119   }
 120
 121   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 122   {
 123     // TODO Auto-generated method stub
 124
 125   }
 126
 127   public void refreshPdbEntries()
 128   {
 129     // TODO Auto-generated method stub
 130
 131   }
 132
 133
 134   /**
 135    * add the given sequences to the mapping scope for the given pdb file handle
 136    *
 137    * @param pdbFile
 138    *          - pdbFile identifier
 139    * @param seq
 140    *          - set of sequences it can be mapped to
 141    */
 142   public void addSequenceForStructFile(String pdbFile, SequenceI[] seq)
 143   {
 144     for (int pe = 0; pe < pdbentry.length; pe++)
 145     {
 146       if (pdbentry[pe].getFile().equals(pdbFile))
 147       {
 148         addSequence(pe, seq);
 149       }
 150     }
 151   }
 152
 153 }