src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.gui;
   5
   6 import java.util.BitSet;
   7 import java.util.Vector;
   8
   9 import jalview.bin.Cache;
  10 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12
  13 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  14
  15 class AppJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  16 {
  17
  18   /**
  19    *
  20    */
  21   private AppJmol appJmolWindow;
  22
  23   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  24           SequenceI[] seq, String[] chains, String protocol)
  25   {
  26     super(pdbentry, seq, chains, protocol);
  27     appJmolWindow = appJmol;
  28   }
  29   FeatureRenderer fr=null;
  30   @Override
  31   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  32   {
  33     if (appJmolWindow.ap.av.showSequenceFeatures)
  34     {
  35       if (fr == null)
  36       {
  37         fr = new FeatureRenderer(appJmolWindow.ap);
  38       }
  39
  40       fr.transferSettings(appJmolWindow.ap.seqPanel.seqCanvas
  41                       .getFeatureRenderer());
  42     }
  43
  44     return fr;
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  49   {
  50     return new SequenceRenderer(appJmolWindow.ap.av);
  51   }
  52
  53   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  54   {
  55     if (appJmolWindow.scriptWindow != null)
  56     {
  57       appJmolWindow.scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
  58     }
  59   }
  60
  61   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  62   {
  63     if (appJmolWindow.scriptWindow!=null && strStatus != null
  64             )
  65       //      && !strStatus.equals("Script completed"))
  66       // should we squash the script completed string ?
  67     {
  68       appJmolWindow.scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
  69     }
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public void showUrl(String url, String target)
  74   {
  75     try {
  76       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
  77     } catch (Exception e) {
  78       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
  79       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
  80     }
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public void refreshGUI()
  85   {
  86     // appJmolWindow.repaint();
  87     appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
  88   }
  89
  90   public void updateColours(Object source)
  91   {
  92     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  93     if (appJmolWindow.ap.alignFrame.getCurrentView()!=ap.av)
  94       return;
  95
  96     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
  97   }
  98
  99   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 100   {
 101     if (appJmolWindow.scriptWindow != null)
 102       appJmolWindow.scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 103   }
 104
 105   public void showUrl(String url)
 106   {
 107     showUrl(url,"jmol");
 108   }
 109
 110   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 111           boolean asPopup)
 112   {
 113
 114     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 115             asPopup);
 116   }
 117   public synchronized void addSequence(SequenceI[] seq)
 118   {
 119     Vector v = new Vector();
 120     for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
 121       v.addElement(sequence[i]);
 122
 123     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 124       if (!v.contains(seq[i]))
 125         v.addElement(seq[i]);
 126
 127     SequenceI[] tmp = new SequenceI[v.size()];
 128     v.copyInto(tmp);
 129     sequence = tmp;
 130   }
 131
 132   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 133   {
 134     // TODO Auto-generated method stub
 135
 136   }
 137
 138   public void refreshPdbEntries()
 139   {
 140     // TODO Auto-generated method stub
 141
 142   }
 143 }