src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.gui;
   5
   6 import java.util.Vector;
   7
   8 import jalview.bin.Cache;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11
  12 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  13
  14 class AppJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  15 {
  16
  17   /**
  18    *
  19    */
  20   private AppJmol appJmolWindow;
  21
  22   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  23           SequenceI[] seq, String[] chains, String protocol)
  24   {
  25     super(pdbentry, seq, chains, protocol);
  26     appJmolWindow = appJmol;
  27   }
  28   FeatureRenderer fr=null;
  29   @Override
  30   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  31   {
  32     if (appJmolWindow.ap.av.showSequenceFeatures)
  33     {
  34       if (fr == null)
  35       {
  36         fr = new FeatureRenderer(appJmolWindow.ap);
  37       }
  38
  39       fr.transferSettings(appJmolWindow.ap.seqPanel.seqCanvas
  40                       .getFeatureRenderer());
  41     }
  42
  43     return fr;
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  48   {
  49     return new SequenceRenderer(appJmolWindow.ap.av);
  50   }
  51
  52   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  53   {
  54     if (appJmolWindow.scriptWindow != null)
  55     {
  56       appJmolWindow.scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
  57     }
  58   }
  59
  60   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  61   {
  62     if (appJmolWindow.scriptWindow!=null && strStatus != null
  63             )
  64       //      && !strStatus.equals("Script completed"))
  65       // should we squash the script completed string ?
  66     {
  67       appJmolWindow.scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
  68     }
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public void showUrl(String url, String target)
  73   {
  74     try {
  75       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
  76     } catch (Exception e) {
  77       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
  78       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
  79     }
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public void updateUI()
  84   {
  85     // appJmolWindow.repaint();
  86     appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
  87   }
  88
  89   public void updateColours(Object source)
  90   {
  91     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  92     if (appJmolWindow.ap.alignFrame.getCurrentView()!=ap.av)
  93       return;
  94
  95     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap.av.alignment);
  96   }
  97
  98   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
  99   {
 100     if (appJmolWindow.scriptWindow != null)
 101       appJmolWindow.scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 102   }
 103
 104   public void showUrl(String url)
 105   {
 106     showUrl(url,"jmol");
 107   }
 108
 109   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 110           boolean asPopup)
 111   {
 112
 113     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 114             asPopup);
 115   }
 116   public synchronized void addSequence(SequenceI[] seq)
 117   {
 118     Vector v = new Vector();
 119     for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
 120       v.addElement(sequence[i]);
 121
 122     for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 123       if (!v.contains(seq[i]))
 124         v.addElement(seq[i]);
 125
 126     SequenceI[] tmp = new SequenceI[v.size()];
 127     v.copyInto(tmp);
 128     sequence = tmp;
 129   }
 130 }