src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.util.regex.Matcher;
  22 import java.util.regex.Pattern;
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26 import javax.swing.event.*;
  27
  28 import java.awt.event.*;
  29 import java.io.*;
  30
  31 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.datamodel.*;
  34 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  35 import jalview.structure.*;
  36 import jalview.io.*;
  37 import jalview.schemes.*;
  38 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  39 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  40 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  41 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  42 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  43 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  44 import fr.orsay.lri.varna.models.annotations.HighlightRegionAnnotation;
  45 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleBaseNucleotide;
  46 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  47
  48
  49 public class AppVarna extends JInternalFrame implements InterfaceVARNAListener,SecondaryStructureListener// implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  50
  51 {
  52   AppVarnaBinding vab;
  53
  54   VARNAPanel varnaPanel;
  55
  56   public String name;
  57
  58   public StructureSelectionManager ssm;
  59
  60   /*public AppVarna(){
  61           vab = new AppVarnaBinding();
  62           initVarna();
  63   }*/
  64
  65
  66
  67   public AppVarna(String seq,String struc,String name,AlignmentPanel ap){
  68           ArrayList<RNA> rnaList = new ArrayList<RNA>();
  69           RNA rna1 = new RNA(name);
  70           try {
  71                   rna1.setRNA(seq,replaceOddGaps(struc));
  72           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
  73                 e2.printStackTrace();
  74           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
  75                 e3.printStackTrace();
  76           }
  77           rnaList.add(trimRNA(rna1));
  78           rnaList.add(rna1);
  79           //rna1.setName("consensus_"+rna1.getName());
  80
  81
  82           vab = new AppVarnaBinding(rnaList);
  83           this.name=name;
  84           initVarna();
  85           ssm = ap.getStructureSelectionManager();
  86           ssm.addStructureViewerListener(this);
  87   }
  88
  89   public void initVarna(){
  90           //vab.setFinishedInit(false);
  91           varnaPanel=vab.get_varnaPanel();
  92           setBackground(Color.white);
  93           JSplitPane split = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,vab.getListPanel(),varnaPanel);
  94           getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  95           getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
  96           //getContentPane().add(vab.getTools(), BorderLayout.NORTH);
  97           varnaPanel.addVARNAListener(this);
  98           jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,"VARNA -"+name,getBounds().width, getBounds().height);
  99           this.pack();
 100           showPanel(true);
 101   }
 102
 103   public String replaceOddGaps(String oldStr){
 104           String patternStr = "[^([{<>}])]";
 105       String replacementStr = ".";
 106       Pattern pattern = Pattern.compile(patternStr);
 107       Matcher matcher = pattern.matcher(oldStr);
 108       String newStr=matcher.replaceAll(replacementStr);
 109           return newStr;
 110   }
 111
 112   public RNA trimRNA(RNA rna){
 113           RNA rnaTrim = new RNA("trim_"+rna.getName());
 114           try {
 115                   rnaTrim.setRNA(rna.getSeq(),replaceOddGaps(rna.getStructDBN()));
 116           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 117                 e2.printStackTrace();
 118           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 119                 e3.printStackTrace();
 120           }
 121
 122           StringBuffer seq=new StringBuffer(rnaTrim.getSeq());
 123           StringBuffer struc=new StringBuffer(rnaTrim.getStructDBN());
 124           for(int i=0;i<rnaTrim.getSeq().length();i++){
 125                   //TODO: Jalview utility for gap detection java.utils.isGap()
 126                   //TODO: Switch to jalview rna datamodel
 127                   if(seq.substring(i, i+1).compareTo("-")==0 || seq.substring(i, i+1).compareTo(".")==0){
 128                           if(!rnaTrim.findPair(i).isEmpty()){
 129                                   int m=rnaTrim.findPair(i).get(1);
 130                                   int l=rnaTrim.findPair(i).get(0);
 131
 132                                   struc.replace(m, m+1, "*");
 133                                   struc.replace(l, l+1, "*");
 134                           }else{
 135                                   struc.replace(i, i+1, "*");
 136                           }
 137                   }
 138           }
 139
 140           String newSeq=rnaTrim.getSeq().replace("-", "");
 141           rnaTrim.getSeq().replace(".", "");
 142           String newStruc=struc.toString().replace("*", "");
 143
 144           try {
 145                 rnaTrim.setRNA(newSeq,newStruc);
 146           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e) {
 147                 // TODO Auto-generated catch block
 148                 e.printStackTrace();
 149           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e) {
 150                 // TODO Auto-generated catch block
 151                 e.printStackTrace();
 152           }
 153
 154           return rnaTrim;
 155   }
 156
 157   public void showPanel(boolean show){
 158           this.setVisible(show);
 159   }
 160
 161   private boolean _started = false;
 162
 163   public void run(){
 164           _started = true;
 165
 166           try
 167       {
 168         initVarna();
 169       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 170       {
 171         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
 172       } catch (Exception ex)
 173       {
 174         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
 175       }
 176   }
 177
 178 @Override
 179 public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r) {
 180         // TODO Auto-generated method stub
 181
 182 }
 183
 184 @Override
 185 public void onWarningEmitted(String s) {
 186         // TODO Auto-generated method stub
 187
 188 }
 189 /**
 190  * If a mouseOver event from the AlignmentPanel
 191  * is noticed the currently selected RNA in the
 192  * VARNA window is highlighted at the specific position.
 193  * To be able to remove it before the next highlight
 194  * it is saved in _lastHighlight
 195  */
 196 private  HighlightRegionAnnotation _lastHighlight;
 197 @Override
 198 public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index) {
 199         // TODO Auto-generated method stub
 200         RNA rna=vab.getSelectedRNA();
 201         rna.removeHighlightRegion(_lastHighlight);
 202
 203         HighlightRegionAnnotation highlight = new HighlightRegionAnnotation(rna.getBasesBetween(index,index));
 204         rna.addHighlightRegion(highlight);
 205         _lastHighlight=highlight;
 206         vab.updateSelectedRNA(rna);
 207 }
 208
 209 @Override
 210 public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo) {
 211         // TODO Auto-generated method stub
 212
 213 }
 214
 215 @Override
 216 public void onStructureRedrawn()
 217 {
 218   // TODO Auto-generated method stub
 219
 220 }
 221
 222
 223 }