src/jalview/gui/AppVarna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.*;
  22 import javax.swing.*;
  23 import javax.swing.event.*;
  24
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.io.*;
  27
  28 import jalview.api.SequenceStructureBinding;
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.gui.ViewSelectionMenu.ViewSetProvider;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35
  36 public class AppVarna extends JInternalFrame // implements Runnable,SequenceStructureBinding, ViewSetProvider
  37
  38 {
  39   AppVarnaBinding vab;
  40
  41   JPanel scriptWindow;
  42
  43   JSplitPane splitPane;
  44
  45   //RenderPanel renderPanel;
  46
  47   AlignmentPanel ap;
  48
  49   Vector atomsPicked = new Vector();
  50
  51   public AppVarna(){
  52           initVarna();
  53   }
  54
  55   public void initVarna(){
  56           //vab.setFinishedInit(false);
  57           //renderPanel = new RenderPanel();
  58           // TODO: consider waiting until the structure/view is fully loaded before
  59           // displaying
  60           //this.getContentPane().add(renderPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
  61           //jalview.gui.Desktop.addInternalFrame(this,"test",300,300);
  62           AppVarnaBinding d = new AppVarnaBinding();
  63           d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  64           d.pack();
  65           d.setVisible(true);
  66   }
  67
  68   private boolean _started = false;
  69
  70   public void run(){
  71           _started = true;
  72
  73           try
  74       {
  75         initVarna();
  76       } catch (OutOfMemoryError oomerror)
  77       {
  78         new OOMWarning("When trying to open the Varna viewer!", oomerror);
  79       } catch (Exception ex)
  80       {
  81         Cache.log.error("Couldn't open Varna viewer!", ex);
  82       }
  83   }
  84
  85
  86 }