src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.awt.BorderLayout;
  21 import java.awt.Color;
  22 import java.awt.Component;
  23 import java.awt.Dimension;
  24 import java.awt.Font;
  25 import java.awt.GridLayout;
  26 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  27 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  28 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  29 import java.awt.dnd.DropTarget;
  30 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  31 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  32 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  33 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  34 import java.awt.event.ActionEvent;
  35 import java.awt.event.ActionListener;
  36 import java.awt.event.ComponentEvent;
  37 import java.awt.event.MouseEvent;
  38 import java.awt.event.MouseListener;
  39 import java.io.File;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Collection;
  42 import java.util.List;
  43
  44 import javax.swing.DefaultListModel;
  45 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  46 import javax.swing.Icon;
  47 import javax.swing.JButton;
  48 import javax.swing.JFrame;
  49 import javax.swing.JLabel;
  50 import javax.swing.JList;
  51 import javax.swing.JOptionPane;
  52 import javax.swing.JPanel;
  53 import javax.swing.JScrollPane;
  54 import javax.swing.JSplitPane;
  55 import javax.swing.JTextField;
  56 import javax.swing.ListModel;
  57 import javax.swing.ListSelectionModel;
  58 import javax.swing.UIManager;
  59 import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
  60 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  61 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  62
  63 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  64 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  65 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  66 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  67 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  68 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  69 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  70 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  71 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  72 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  73 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  74
  75 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  76         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  77         MouseListener
  78 {
  79
  80   /**
  81          *
  82          */
  83   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  84
  85   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  86
  87   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  88
  89   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  90
  91   public VARNAPanel vp;
  92
  93   protected JPanel _tools = new JPanel();
  94
  95   private JPanel _input = new JPanel();
  96
  97   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  98
  99   private JPanel _strPanel = new JPanel();
 100
 101   private JLabel _info = new JLabel();
 102
 103   private JTextField _str = new JTextField();
 104
 105   private JTextField _seq = new JTextField();
 106
 107   private JLabel _strLabel = new JLabel(" Str:");
 108
 109   private JLabel _seqLabel = new JLabel(" Seq:");
 110
 111   private JButton _createButton = new JButton("Create");
 112
 113   private JButton _updateButton = new JButton("Update");
 114
 115   private JButton _deleteButton = new JButton("Delete");
 116
 117   private JButton _duplicateButton = new JButton("Snapshot");
 118
 119   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 120
 121   private ReorderableJList _sideList = null;
 122
 123   private static String errorOpt = "error";
 124
 125   @SuppressWarnings("unused")
 126   private boolean _error;
 127
 128   private Color _backgroundColor = Color.white;
 129
 130   private static int _nextID = 1;
 131
 132   @SuppressWarnings("unused")
 133   private int _algoCode;
 134
 135   private BackupHolder _rnaList;
 136
 137   /*
 138    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 139    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 140    *
 141    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 142    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 143    */
 144
 145   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 146   {
 147     // super("VARNA in Jalview");
 148     initVarna(seq, struc);
 149
 150   }
 151
 152   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 153   {
 154
 155     // super("VARNA in Jalview");
 156     initVarnaEdit(rnaList);
 157   }
 158
 159   private void initVarna(String seq, String str)
 160   {
 161
 162     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 163
 164     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 165     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 166     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 167
 168     _sideList = new ReorderableJList();
 169     _sideList.setModel(dlm);
 170     _sideList.addMouseListener(this);
 171     _sideList.setSelectionModel(m);
 172     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 173     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 174     {
 175       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 176       {
 177         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 178         {
 179           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 180           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 181                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 182           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 183           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 184           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 185         }
 186       }
 187     });
 188
 189     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 190     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 191
 192     try
 193     {
 194
 195       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 196       _RNA1.setRNA(seq, str);
 197       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 198     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 199     {
 200       vp.errorDialog(e);
 201     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 202     {
 203       e2.printStackTrace();
 204     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 205     {
 206       e3.printStackTrace();
 207     }
 208     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 209     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 210
 211     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 212     vp.setBackground(_backgroundColor);
 213
 214     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 215     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 216
 217     // setVisible(true);
 218     vp.addVARNAListener(this);
 219   }
 220
 221   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 222   {
 223
 224     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 225
 226     int marginTools = 40;
 227
 228     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 229     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 230     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 231
 232     _sideList = new ReorderableJList();
 233     _sideList.setModel(dlm);
 234     _sideList.addMouseListener(this);
 235     _sideList.setSelectionModel(m);
 236     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 237     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 238     {
 239       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 240       {
 241         // System.out.println(arg0);
 242         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 243         {
 244           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 245           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 246                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 247           //vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 248           vp.showRNA(sel.rna, sel.config);
 249           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 250           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 251         }
 252       }
 253     });
 254     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 255
 256     try
 257     {
 258
 259       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 260       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 261       {
 262         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 263
 264       }
 265     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 266     {
 267       vp.errorDialog(e);
 268     }
 269     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 270     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 271     {
 272       if (i < rnaInList.size() - 1)
 273       {
 274         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 275                 .get(i).getName());
 276       }
 277       else
 278       {
 279         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 280                 .get(i).getName(), true);
 281       }
 282     }
 283
 284     /*
 285      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 286      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 287      */
 288
 289     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 290     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 291
 292     vp.setBackground(_backgroundColor);
 293
 294     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 295
 296     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 297     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 298     _seq.setFont(textFieldsFont);
 299     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 300
 301     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 302     {
 303       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 304       {
 305         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 306         sel.rna.setSequence("A");
 307       }
 308     });
 309
 310     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 311     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 312     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 313
 314     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 315     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 316     _str.setFont(textFieldsFont);
 317     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 318     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 319     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 320
 321     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 322     // _input.add(_seqPanel);
 323     _input.add(_strPanel);
 324
 325     JPanel goPanel = new JPanel();
 326     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 327
 328     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 329     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 330     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 331     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 332
 333     /*
 334      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 335      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 336      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 337      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 338      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 339      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 340      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 341      * Date()),true); }});
 342      */
 343     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 344
 345     JPanel ops = new JPanel();
 346     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 347     ops.add(_deleteButton);
 348     ops.add(_duplicateButton);
 349
 350     JLabel j = new JLabel("Structures Manager", JLabel.CENTER);
 351     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 352
 353     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 354     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 355     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 356
 357     // JSplitPane split = new
 358     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 359     /**
 360      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 361      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 362      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 363      */
 364
 365     // TODO setVisible(true);
 366     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 367
 368     vp.addVARNAListener(this);
 369   }
 370
 371   public JPanel getTools()
 372   {
 373     return _tools;
 374   }
 375
 376   public JPanel getListPanel()
 377   {
 378     return _listPanel;
 379   }
 380
 381   /**
 382    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 383    *
 384    * @return Currently selected RNA
 385    */
 386   public RNA getSelectedRNA()
 387   {
 388     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 389   }
 390
 391   /**
 392    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 393    *
 394    * @param rnaEdit
 395    */
 396   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 397   {
 398     vp.repaint();
 399     vp.showRNA(rnaEdit);
 400   }
 401
 402   /*
 403    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 404    * DefaultListModel();
 405    *
 406    *
 407    * int marginTools = 40;
 408    *
 409    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 410    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 411    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 412    *
 413    *
 414    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 415    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 416    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 417    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 418    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 419    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 420    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 421    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 422    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 423    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 424    * });
 425    *
 426    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 427    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 428    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 429    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 430    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 431    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 432    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 433    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 434    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 435    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 436    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 437    *
 438    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 439    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 440    *
 441    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 442    *
 443    *
 444    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 445    *
 446    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 447    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 448    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 449    *
 450    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 451    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 452    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 453    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 454    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 455    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 456    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 457    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 458    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 459    *
 460    *
 461    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 462    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 463    *
 464    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 465    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 466    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 467    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 468    * BorderLayout.CENTER);
 469    *
 470    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 471    * _input.add(_strPanel);
 472    *
 473    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 474    *
 475    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 476    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 477    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 478    *
 479    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 480    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 481    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 482    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 483    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 484    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 485    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 486    * Date()),true); }});
 487    *
 488    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 489    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 490    *
 491    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 492    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 493    *
 494    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 495    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 496    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 497    *
 498    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 499    *
 500    * JSplitPane split = new
 501    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 502    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 503    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 504    *
 505    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 506    *
 507    * vp.addVARNAListener(this); }
 508    */
 509   public static String generateDefaultName()
 510   {
 511     return "User file #" + _nextID++;
 512   }
 513
 514   public RNA getRNA()
 515   {
 516     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 517   }
 518
 519   public String[][] getParameterInfo()
 520   {
 521     String[][] info =
 522     {
 523         // Parameter Name Kind of Value Description,
 524         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 525         { "structureDBN", "String",
 526             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 527         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 528     return info;
 529   }
 530
 531   public void init()
 532   {
 533     vp.setBackground(_backgroundColor);
 534     _error = true;
 535   }
 536
 537   @SuppressWarnings("unused")
 538   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 539   {
 540     Color result;
 541     try
 542     {
 543       result = Color.decode(col);
 544     } catch (Exception e)
 545     {
 546       try
 547       {
 548         result = Color.getColor(col, def);
 549       } catch (Exception e2)
 550       {
 551         return def;
 552       }
 553     }
 554     return result;
 555   }
 556
 557   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 558   {
 559     return vp;
 560   }
 561
 562   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 563   {
 564     vp = surface;
 565   }
 566
 567   public String get_seq()
 568   {
 569     return _seq.getText();
 570   }
 571
 572   public void set_seq(String _seq)
 573   {
 574     this._seq.setText(_seq);
 575   }
 576
 577   public String get_str()
 578   {
 579     return _str.getText();
 580   }
 581
 582   public void set_str(String _str)
 583   {
 584     this._str.setText(_str);
 585   }
 586
 587   public JLabel get_info()
 588   {
 589     return _info;
 590   }
 591
 592   public void set_info(JLabel _info)
 593   {
 594     this._info = _info;
 595   }
 596
 597   /*
 598    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 599    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 600    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 601    */
 602
 603   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 604   {
 605     // TODO Auto-generated method stub
 606
 607   }
 608
 609   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 610   {
 611     // TODO Auto-generated method stub
 612
 613   }
 614
 615   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 616   {
 617     // TODO Auto-generated method stub
 618
 619   }
 620
 621   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 622   {
 623     try
 624     {
 625       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 626       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 627       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 628       {
 629         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 630         {
 631           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 632           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 633           if (ob instanceof List)
 634           {
 635             List list = (List) ob;
 636             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 637             {
 638               Object o = list.get(j);
 639
 640               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 641               {
 642                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 643                 Component c = dt.getComponent();
 644                 if (c instanceof VARNAPanel)
 645                 {
 646                   String path = o.toString();
 647                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 648                   try
 649                   {
 650                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 651                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 652                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 653                   {
 654                     int mn = 1;
 655                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 656                             .loadSecStr(path);
 657                     for (RNA r : mdls)
 658                     {
 659                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 660                       String name = r.getName();
 661                       if (name.equals(""))
 662                       {
 663                         name = path.substring(path
 664                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 665                       }
 666                       if (mdls.size() > 1)
 667                       {
 668                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 669                       }
 670                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 671                     }
 672                   }
 673                 }
 674               }
 675             }
 676           }
 677           // If we made it this far, everything worked.
 678           dtde.dropComplete(true);
 679           return;
 680         }
 681       }
 682       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 683       dtde.rejectDrop();
 684     } catch (Exception e)
 685     {
 686       e.printStackTrace();
 687       dtde.rejectDrop();
 688     }
 689
 690   }
 691
 692   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 693   {
 694   }
 695
 696   private class BackupHolder
 697   {
 698     private DefaultListModel _rnaList;
 699
 700     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 701
 702     JList _l;
 703
 704     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 705     {
 706       _rnaList = rnaList;
 707       _l = l;
 708     }
 709
 710     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 711     {
 712       add(c, r, r.getName(), false);
 713     }
 714
 715     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 716     {
 717       add(c, r, r.getName(), select);
 718     }
 719
 720     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 721     {
 722       add(c, r, name, false);
 723     }
 724
 725     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 726     {
 727       if (select)
 728       {
 729         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 730       }
 731       if (name.equals(""))
 732       {
 733         name = generateDefaultName();
 734       }
 735       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 736       _rnas.add(0, r);
 737       _rnaList.add(0, bck);
 738       if (select)
 739       {
 740         _l.setSelectedIndex(0);
 741       }
 742     }
 743
 744     public void remove(int i)
 745     {
 746       _rnas.remove(i);
 747       _rnaList.remove(i);
 748
 749     }
 750
 751     public DefaultListModel getModel()
 752     {
 753       return _rnaList;
 754     }
 755
 756     public boolean contains(RNA r)
 757     {
 758       return _rnas.contains(r);
 759     }
 760
 761     /*
 762      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 763      */
 764     public FullBackup getElementAt(int i)
 765     {
 766       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 767     }
 768
 769     public void removeSelected()
 770     {
 771       int i = _l.getSelectedIndex();
 772       if (i != -1)
 773       {
 774         if (_rnaList.getSize() == 1)
 775         {
 776           RNA r = new RNA();
 777           try
 778           {
 779             r.setRNA(" ", ".");
 780           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 781           {
 782           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 783           {
 784           }
 785           vp.showRNA(r);
 786           vp.repaint();
 787         }
 788         else
 789         {
 790           int newi = i + 1;
 791           if (newi == _rnaList.getSize())
 792           {
 793             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 794           }
 795           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 796           _l.setSelectedValue(bck, true);
 797         }
 798         _rnaList.remove(i);
 799       }
 800
 801     }
 802   }
 803
 804   public void onLayoutChanged()
 805   {
 806     // TODO Auto-generated method stub
 807
 808   }
 809
 810   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 811   {
 812     // patch to fix infinite loop
 813     // The problem is that onUINewStructure is called when user clicks
 814     // check with Yann about whether Jalview should do anything with this event.
 815     // e.g. if user has used VARNA's menu to import a structure .. Jalview may need to be told which structure is displayed.
 816
 817     // _rnaList.add(v, r, "", true);
 818   }
 819
 820   public void onWarningEmitted(String s)
 821   {
 822     // TODO Auto-generated method stub
 823
 824   }
 825
 826   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 827   {
 828     if (e.getClickCount() == 2)
 829     {
 830       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 831       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 832       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 833       ;
 834       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 835       /*
 836        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 837        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 838        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 839        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 840        * this._sideList.repaint(); }
 841        */
 842     }
 843   }
 844
 845   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 846   {
 847     // TODO Auto-generated method stub
 848
 849   }
 850
 851   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 852   {
 853     // TODO Auto-generated method stub
 854
 855   }
 856
 857   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 858   {
 859     // TODO Auto-generated method stub
 860
 861   }
 862
 863   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 864   {
 865     // TODO Auto-generated method stub
 866
 867   }
 868
 869   @Override
 870   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 871           String pdbId)
 872   {
 873     // TODO Auto-generated method stub
 874     return null;
 875   }
 876
 877   @Override
 878   public String[] getPdbFile()
 879   {
 880     // TODO Auto-generated method stub
 881     return null;
 882   }
 883
 884   @Override
 885   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 886           String pdbId)
 887   {
 888     // TODO Auto-generated method stub
 889
 890   }
 891
 892   @Override
 893   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 894   {
 895     // TODO Auto-generated method stub
 896
 897   }
 898
 899   @Override
 900   public void releaseReferences(Object svl)
 901   {
 902     // TODO Auto-generated method stub
 903
 904   }
 905
 906   @Override
 907   public void updateColours(Object source)
 908   {
 909     // TODO Auto-generated method stub
 910
 911   }
 912
 913   @Override
 914   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 915   {
 916     // TODO Auto-generated method stub
 917
 918   }
 919
 920   @Override
 921   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 922   {
 923     // TODO Auto-generated method stub
 924
 925   }
 926
 927   @Override
 928   public void componentResized(ComponentEvent e)
 929   {
 930     // TODO Auto-generated method stub
 931
 932   }
 933
 934   @Override
 935   public void componentShown(ComponentEvent e)
 936   {
 937     // TODO Auto-generated method stub
 938
 939   }
 940
 941   @Override
 942   public void onStructureRedrawn()
 943   {
 944     // TODO Auto-generated method stub
 945
 946   }
 947 }
 948
 949 /*
 950  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 951  * JTextField("ATGC");
 952  *
 953  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 954  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 955  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 956  */