src/jalview/gui/AppVarnaBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24
  25 import java.awt.BorderLayout;
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  32 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  33 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  34 import java.awt.dnd.DropTarget;
  35 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  36 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  37 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  38 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.event.ComponentEvent;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.awt.event.MouseListener;
  44 import java.io.File;
  45 import java.util.ArrayList;
  46 import java.util.Collection;
  47 import java.util.List;
  48
  49 import javax.swing.DefaultListModel;
  50 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  51 import javax.swing.JButton;
  52 import javax.swing.JLabel;
  53 import javax.swing.JList;
  54 import javax.swing.JPanel;
  55 import javax.swing.JScrollPane;
  56 import javax.swing.JTextField;
  57 import javax.swing.ListModel;
  58 import javax.swing.ListSelectionModel;
  59 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  60 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  61
  62 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  63 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  64 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  65 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  66 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  67 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  68 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  69 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  70 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  71 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  72 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  73
  74 public class AppVarnaBinding extends jalview.ext.varna.JalviewVarnaBinding
  75         implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener,
  76         MouseListener
  77 {
  78
  79   /**
  80          *
  81          */
  82   // private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
  83
  84   private String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
  85
  86   private String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
  87
  88   private String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
  89
  90   public VARNAPanel vp;
  91
  92   protected JPanel _tools = new JPanel();
  93
  94   private JPanel _input = new JPanel();
  95
  96   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
  97
  98   private JPanel _strPanel = new JPanel();
  99
 100   private JLabel _info = new JLabel();
 101
 102   private JTextField _str = new JTextField();
 103
 104   private JTextField _seq = new JTextField();
 105
 106   private JLabel _strLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.str"));
 107
 108   private JLabel _seqLabel = new JLabel(MessageManager.getString("label.seq"));
 109
 110   private JButton _createButton = new JButton(MessageManager.getString("action.create"));
 111
 112   private JButton _updateButton = new JButton(MessageManager.getString("action.update"));
 113
 114   private JButton _deleteButton = new JButton(MessageManager.getString("action.delete"));
 115
 116   private JButton _duplicateButton = new JButton(MessageManager.getString("action.snapshot"));
 117
 118   protected JPanel _listPanel = new JPanel();
 119
 120   private ReorderableJList _sideList = null;
 121
 122   private static String errorOpt = "error";
 123
 124   @SuppressWarnings("unused")
 125   private boolean _error;
 126
 127   private Color _backgroundColor = Color.white;
 128
 129   private static int _nextID = 1;
 130
 131   @SuppressWarnings("unused")
 132   private int _algoCode;
 133
 134   private BackupHolder _rnaList;
 135
 136   /*
 137    * public AppVarnaBinding() { //super("VARNA in Jalview");
 138    * //this.set_seq("ATGC"); //this.set_str(".()."); //RNAPanelDemoInit();
 139    *
 140    * //initVarna("ATGCATGATATATATATAT","....((((...))))....");
 141    * initVarna(this.DEFAULT_SEQUENCE,this.DEFAULT_STRUCTURE1); }
 142    */
 143
 144   public AppVarnaBinding(String seq, String struc)
 145   {
 146     // super("VARNA in Jalview");
 147     initVarna(seq, struc);
 148
 149   }
 150
 151   public AppVarnaBinding(ArrayList<RNA> rnaList)
 152   {
 153
 154     // super("VARNA in Jalview");
 155     initVarnaEdit(rnaList);
 156   }
 157
 158   private void initVarna(String seq, String str)
 159   {
 160
 161     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 162
 163     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 164     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 165     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 166
 167     _sideList = new ReorderableJList();
 168     _sideList.setModel(dlm);
 169     _sideList.addMouseListener(this);
 170     _sideList.setSelectionModel(m);
 171     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 172     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 173     {
 174       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 175       {
 176         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 177         {
 178           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 179           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 180                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 181           vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 182           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 183           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 184         }
 185       }
 186     });
 187
 188     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 189     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 190
 191     try
 192     {
 193
 194       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 195       _RNA1.setRNA(seq, str);
 196       _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 197     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 198     {
 199       vp.errorDialog(e);
 200     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2)
 201     {
 202       e2.printStackTrace();
 203     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3)
 204     {
 205       e3.printStackTrace();
 206     }
 207     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 208     _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), _RNA1, generateDefaultName(), true);
 209
 210     // TODO setBackground(_backgroundColor);
 211     vp.setBackground(_backgroundColor);
 212
 213     // TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 214     // TODO getContentPane().add(vp, BorderLayout.CENTER);
 215
 216     // setVisible(true);
 217     vp.addVARNAListener(this);
 218   }
 219
 220   private void initVarnaEdit(ArrayList<RNA> rnaInList)
 221   {
 222
 223     DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 224
 225     int marginTools = 40;
 226
 227     DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 228     m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 229     m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 230
 231     _sideList = new ReorderableJList();
 232     _sideList.setModel(dlm);
 233     _sideList.addMouseListener(this);
 234     _sideList.setSelectionModel(m);
 235     _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 236     _sideList.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
 237     {
 238       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0)
 239       {
 240         // System.out.println(arg0);
 241         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 242         {
 243           FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 244           Mapping map = Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA()
 245                   .getSize(), sel.rna.getSize());
 246           //vp.showRNAInterpolated(sel.rna, sel.config, map);
 247           vp.showRNA(sel.rna, sel.config);
 248           // _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 249           _str.setText(sel.rna.getStructDBN());
 250         }
 251       }
 252     });
 253     _rnaList = new BackupHolder(dlm, _sideList);
 254
 255     try
 256     {
 257
 258       vp = new VARNAPanel("0", ".");
 259       for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 260       {
 261         rnaInList.get(i).drawRNARadiate(vp.getConfig());
 262
 263       }
 264     } catch (ExceptionNonEqualLength e)
 265     {
 266       vp.errorDialog(e);
 267     }
 268     vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 269     for (int i = 0; i < rnaInList.size(); i++)
 270     {
 271       if (i < rnaInList.size() - 1)
 272       {
 273         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 274                 .get(i).getName());
 275       }
 276       else
 277       {
 278         _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), rnaInList.get(i), rnaInList
 279                 .get(i).getName(), true);
 280       }
 281     }
 282
 283     /*
 284      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 285      * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 286      */
 287
 288     JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 289     listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 290
 291     vp.setBackground(_backgroundColor);
 292
 293     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 294
 295     // _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 296     // _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 297     _seq.setFont(textFieldsFont);
 298     _seq.setText(rnaInList.get(0).getSeq());
 299
 300     _updateButton.addActionListener(new ActionListener()
 301     {
 302       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 303       {
 304         FullBackup sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 305         sel.rna.setSequence("A");
 306       }
 307     });
 308
 309     // _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 310     // _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 311     // _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 312
 313     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 314     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 315     _str.setFont(textFieldsFont);
 316     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 317     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 318     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 319
 320     _input.setLayout(new GridLayout(1, 0));
 321     // _input.add(_seqPanel);
 322     _input.add(_strPanel);
 323
 324     JPanel goPanel = new JPanel();
 325     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 326
 327     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 328     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 329     // _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 330     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 331
 332     /*
 333      * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 334      * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 335      * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 336      * actionPerformed(ActionEvent e) {
 337      * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().
 338      * clone(),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 339      * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 340      * Date()),true); }});
 341      */
 342     goPanel.add(_updateButton, BorderLayout.CENTER);
 343
 344     JPanel ops = new JPanel();
 345     ops.setLayout(new GridLayout(1, 2));
 346     ops.add(_deleteButton);
 347     ops.add(_duplicateButton);
 348
 349     JLabel j = new JLabel(MessageManager.getString("label.structures_manager"), JLabel.CENTER);
 350     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 351
 352     // _listPanel.add(ops, BorderLayout.SOUTH);
 353     _listPanel.add(j, BorderLayout.NORTH);
 354     _listPanel.add(listScroller, BorderLayout.CENTER);
 355
 356     // JSplitPane split = new
 357     // JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 358     /**
 359      * TODO getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 360      * getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 361      * getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 362      */
 363
 364     // TODO setVisible(true);
 365     DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 366
 367     vp.addVARNAListener(this);
 368   }
 369
 370   public JPanel getTools()
 371   {
 372     return _tools;
 373   }
 374
 375   public JPanel getListPanel()
 376   {
 377     return _listPanel;
 378   }
 379
 380   /**
 381    * TODO: Is it effective to transfer the whole RNA?
 382    *
 383    * @return Currently selected RNA
 384    */
 385   public RNA getSelectedRNA()
 386   {
 387     return _rnaList.getElementAt(_sideList.getSelectedIndex()).rna;
 388   }
 389
 390   /**
 391    * Substitute currently selected RNA with the edited one
 392    *
 393    * @param rnaEdit
 394    */
 395   public void updateSelectedRNA(RNA rnaEdit)
 396   {
 397     vp.repaint();
 398     vp.showRNA(rnaEdit);
 399   }
 400
 401   /*
 402    * private void RNAPanelDemoInit() { DefaultListModel dlm = new
 403    * DefaultListModel();
 404    *
 405    *
 406    * int marginTools = 40;
 407    *
 408    * DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 409    * m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 410    * m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 411    *
 412    *
 413    * _sideList = new ReorderableJList(); _sideList.setModel(dlm);
 414    * _sideList.addMouseListener(this); _sideList.setSelectionModel(m);
 415    * _sideList.setPreferredSize(new Dimension(100, 0));
 416    * _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){ public
 417    * void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) { //System.out.println(arg0); if
 418    * (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting()) { FullBackup
 419    * sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue(); Mapping map =
 420    * Mapping.DefaultOutermostMapping(vp.getRNA().getSize(), sel.rna.getSize());
 421    * vp.showRNAInterpolated(sel.rna,sel.config,map);
 422    * _seq.setText(sel.rna.getSeq()); _str.setText(sel.rna.getStructDBN()); } }
 423    * });
 424    *
 425    * _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList); RNA _RNA1 = new
 426    * RNA("User defined 1"); RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2"); try { vp =
 427    * new VARNAPanel("0","."); _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE,
 428    * DEFAULT_STRUCTURE1); _RNA1.drawRNARadiate(vp.getConfig());
 429    * _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 430    * _RNA2.drawRNARadiate(vp.getConfig()); } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 431    * vp.errorDialog(e); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 432    * e2.printStackTrace(); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 433    * e3.printStackTrace(); } vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 434    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 435    * _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 436    *
 437    * JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);
 438    * listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 439    *
 440    * setBackground(_backgroundColor); vp.setBackground(_backgroundColor);
 441    *
 442    *
 443    * Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 444    *
 445    * _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 446    * _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 447    * _seq.setFont(textFieldsFont); _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 448    *
 449    * _createButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 450    * actionPerformed(ActionEvent e) { try { RNA nRNA = new
 451    * RNA(generateDefaultName()); nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 452    * nRNA.drawRNARadiate(vp.getConfig()); _rnaList.add(new
 453    * VARNAConfig(),nRNA,true); } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 454    * { JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 455    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 456    * JOptionPane.showMessageDialog(vp, e1.getMessage(),"Error",
 457    * JOptionPane.ERROR_MESSAGE); } } });
 458    *
 459    *
 460    * _seqPanel.setLayout(new BorderLayout()); _seqPanel.add(_seqLabel,
 461    * BorderLayout.WEST); _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 462    *
 463    * _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 464    * _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 465    * _str.setFont(textFieldsFont); _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 466    * _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST); _strPanel.add(_str,
 467    * BorderLayout.CENTER);
 468    *
 469    * _input.setLayout(new GridLayout(2, 0)); _input.add(_seqPanel);
 470    * _input.add(_strPanel);
 471    *
 472    * JPanel goPanel = new JPanel(); goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 473    *
 474    * _tools.setLayout(new BorderLayout()); _tools.add(_input,
 475    * BorderLayout.CENTER); _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 476    * _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 477    *
 478    * _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 479    * actionPerformed(ActionEvent e) { _rnaList.removeSelected(); } });
 480    * _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() { public void
 481    * actionPerformed(ActionEvent e) {
 482    * _rnaList.add((VARNAConfig)vp.getConfig().clone
 483    * (),vp.getRNA().clone(),vp.getRNA
 484    * ().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new
 485    * Date()),true); }});
 486    *
 487    * JPanel ops = new JPanel(); ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 488    * ops.add(_deleteButton); ops.add(_duplicateButton);
 489    *
 490    * JLabel j = new JLabel("Structures Manager",JLabel.CENTER);
 491    * _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 492    *
 493    * _listPanel.add(ops,BorderLayout.SOUTH);
 494    * _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 495    * _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 496    *
 497    * goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 498    *
 499    * JSplitPane split = new
 500    * JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vp);
 501    * getContentPane().setLayout(new BorderLayout()); getContentPane().add(split,
 502    * BorderLayout.CENTER); getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 503    *
 504    * setVisible(true); DropTarget dt = new DropTarget(vp, this);
 505    *
 506    * vp.addVARNAListener(this); }
 507    */
 508   public static String generateDefaultName()
 509   {
 510     return "User file #" + _nextID++;
 511   }
 512
 513   public RNA getRNA()
 514   {
 515     return (RNA) _sideList.getSelectedValue();
 516   }
 517
 518   public String[][] getParameterInfo()
 519   {
 520     String[][] info =
 521     {
 522         // Parameter Name Kind of Value Description,
 523         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 524         { "structureDBN", "String",
 525             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 526         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 527     return info;
 528   }
 529
 530   public void init()
 531   {
 532     vp.setBackground(_backgroundColor);
 533     _error = true;
 534   }
 535
 536   @SuppressWarnings("unused")
 537   private Color getSafeColor(String col, Color def)
 538   {
 539     Color result;
 540     try
 541     {
 542       result = Color.decode(col);
 543     } catch (Exception e)
 544     {
 545       try
 546       {
 547         result = Color.getColor(col, def);
 548       } catch (Exception e2)
 549       {
 550         return def;
 551       }
 552     }
 553     return result;
 554   }
 555
 556   public VARNAPanel get_varnaPanel()
 557   {
 558     return vp;
 559   }
 560
 561   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface)
 562   {
 563     vp = surface;
 564   }
 565
 566   public String get_seq()
 567   {
 568     return _seq.getText();
 569   }
 570
 571   public void set_seq(String _seq)
 572   {
 573     this._seq.setText(_seq);
 574   }
 575
 576   public String get_str()
 577   {
 578     return _str.getText();
 579   }
 580
 581   public void set_str(String _str)
 582   {
 583     this._str.setText(_str);
 584   }
 585
 586   public JLabel get_info()
 587   {
 588     return _info;
 589   }
 590
 591   public void set_info(JLabel _info)
 592   {
 593     this._info = _info;
 594   }
 595
 596   /*
 597    * public static void main(String[] args) { AppVarnaBinding d = new
 598    * AppVarnaBinding(); d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 599    * d.pack(); d.setVisible(true); }
 600    */
 601
 602   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0)
 603   {
 604     // TODO Auto-generated method stub
 605
 606   }
 607
 608   public void dragExit(DropTargetEvent arg0)
 609   {
 610     // TODO Auto-generated method stub
 611
 612   }
 613
 614   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0)
 615   {
 616     // TODO Auto-generated method stub
 617
 618   }
 619
 620   public void drop(DropTargetDropEvent dtde)
 621   {
 622     try
 623     {
 624       Transferable tr = dtde.getTransferable();
 625       DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 626       for (int i = 0; i < flavors.length; i++)
 627       {
 628         if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType())
 629         {
 630           dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 631           Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 632           if (ob instanceof List)
 633           {
 634             List list = (List) ob;
 635             for (int j = 0; j < list.size(); j++)
 636             {
 637               Object o = list.get(j);
 638
 639               if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 640               {
 641                 DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 642                 Component c = dt.getComponent();
 643                 if (c instanceof VARNAPanel)
 644                 {
 645                   String path = o.toString();
 646                   VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 647                   try
 648                   {
 649                     FullBackup bck = VARNAPanel.importSession(path);
 650                     _rnaList.add(bck.config, bck.rna, bck.name, true);
 651                   } catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 652                   {
 653                     int mn = 1;
 654                     Collection<RNA> mdls = fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory
 655                             .loadSecStr(path);
 656                     for (RNA r : mdls)
 657                     {
 658                       r.drawRNA(vp.getConfig());
 659                       String name = r.getName();
 660                       if (name.equals(""))
 661                       {
 662                         name = path.substring(path
 663                                 .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 664                       }
 665                       if (mdls.size() > 1)
 666                       {
 667                         name += " (Model " + mn++ + ")";
 668                       }
 669                       _rnaList.add(vp.getConfig().clone(), r, name, true);
 670                     }
 671                   }
 672                 }
 673               }
 674             }
 675           }
 676           // If we made it this far, everything worked.
 677           dtde.dropComplete(true);
 678           return;
 679         }
 680       }
 681       // Hmm, the user must not have dropped a file list
 682       dtde.rejectDrop();
 683     } catch (Exception e)
 684     {
 685       e.printStackTrace();
 686       dtde.rejectDrop();
 687     }
 688
 689   }
 690
 691   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0)
 692   {
 693   }
 694
 695   private class BackupHolder
 696   {
 697     private DefaultListModel _rnaList;
 698
 699     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 700
 701     JList _l;
 702
 703     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 704     {
 705       _rnaList = rnaList;
 706       _l = l;
 707     }
 708
 709     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 710     {
 711       add(c, r, r.getName(), false);
 712     }
 713
 714     public void add(VARNAConfig c, RNA r, boolean select)
 715     {
 716       add(c, r, r.getName(), select);
 717     }
 718
 719     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 720     {
 721       add(c, r, name, false);
 722     }
 723
 724     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 725     {
 726       if (select)
 727       {
 728         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 729       }
 730       if (name.equals(""))
 731       {
 732         name = generateDefaultName();
 733       }
 734       FullBackup bck = new FullBackup(c, r, name);
 735       _rnas.add(0, r);
 736       _rnaList.add(0, bck);
 737       if (select)
 738       {
 739         _l.setSelectedIndex(0);
 740       }
 741     }
 742
 743     public void remove(int i)
 744     {
 745       _rnas.remove(i);
 746       _rnaList.remove(i);
 747
 748     }
 749
 750     public DefaultListModel getModel()
 751     {
 752       return _rnaList;
 753     }
 754
 755     public boolean contains(RNA r)
 756     {
 757       return _rnas.contains(r);
 758     }
 759
 760     /*
 761      * public int getSize() { return _rnaList.getSize(); }
 762      */
 763     public FullBackup getElementAt(int i)
 764     {
 765       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 766     }
 767
 768     public void removeSelected()
 769     {
 770       int i = _l.getSelectedIndex();
 771       if (i != -1)
 772       {
 773         if (_rnaList.getSize() == 1)
 774         {
 775           RNA r = new RNA();
 776           try
 777           {
 778             r.setRNA(" ", ".");
 779           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1)
 780           {
 781           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1)
 782           {
 783           }
 784           vp.showRNA(r);
 785           vp.repaint();
 786         }
 787         else
 788         {
 789           int newi = i + 1;
 790           if (newi == _rnaList.getSize())
 791           {
 792             newi = _rnaList.getSize() - 2;
 793           }
 794           FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 795           _l.setSelectedValue(bck, true);
 796         }
 797         _rnaList.remove(i);
 798       }
 799
 800     }
 801   }
 802
 803   public void onLayoutChanged()
 804   {
 805     // TODO Auto-generated method stub
 806
 807   }
 808
 809   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r)
 810   {
 811     // patch to fix infinite loop
 812     // The problem is that onUINewStructure is called when user clicks
 813     // check with Yann about whether Jalview should do anything with this event.
 814     // e.g. if user has used VARNA's menu to import a structure .. Jalview may need to be told which structure is displayed.
 815
 816     // _rnaList.add(v, r, "", true);
 817   }
 818
 819   public void onWarningEmitted(String s)
 820   {
 821     // TODO Auto-generated method stub
 822
 823   }
 824
 825   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 826   {
 827     if (e.getClickCount() == 2)
 828     {
 829       int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 830       ListModel dlm = _sideList.getModel();
 831       FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);
 832       ;
 833       _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 834       /*
 835        * TODO Object newName = JOptionPane.showInputDialog( this,
 836        * "Specify a new name for this RNA", "Rename RNA",
 837        * JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, (Icon)null, null, item.toString()); if
 838        * (newName!=null) { item.name = newName.toString();
 839        * this._sideList.repaint(); }
 840        */
 841     }
 842   }
 843
 844   public void mouseEntered(MouseEvent arg0)
 845   {
 846     // TODO Auto-generated method stub
 847
 848   }
 849
 850   public void mouseExited(MouseEvent arg0)
 851   {
 852     // TODO Auto-generated method stub
 853
 854   }
 855
 856   public void mousePressed(MouseEvent arg0)
 857   {
 858     // TODO Auto-generated method stub
 859
 860   }
 861
 862   public void mouseReleased(MouseEvent arg0)
 863   {
 864     // TODO Auto-generated method stub
 865
 866   }
 867
 868   @Override
 869   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 870           String pdbId)
 871   {
 872     // TODO Auto-generated method stub
 873     return null;
 874   }
 875
 876   @Override
 877   public String[] getPdbFile()
 878   {
 879     // TODO Auto-generated method stub
 880     return null;
 881   }
 882
 883   @Override
 884   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 885           String pdbId)
 886   {
 887     // TODO Auto-generated method stub
 888
 889   }
 890
 891   @Override
 892   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 893   {
 894     // TODO Auto-generated method stub
 895
 896   }
 897
 898   @Override
 899   public void releaseReferences(Object svl)
 900   {
 901     // TODO Auto-generated method stub
 902
 903   }
 904
 905   @Override
 906   public void updateColours(Object source)
 907   {
 908     // TODO Auto-generated method stub
 909
 910   }
 911
 912   @Override
 913   public void componentHidden(ComponentEvent e)
 914   {
 915     // TODO Auto-generated method stub
 916
 917   }
 918
 919   @Override
 920   public void componentMoved(ComponentEvent e)
 921   {
 922     // TODO Auto-generated method stub
 923
 924   }
 925
 926   @Override
 927   public void componentResized(ComponentEvent e)
 928   {
 929     // TODO Auto-generated method stub
 930
 931   }
 932
 933   @Override
 934   public void componentShown(ComponentEvent e)
 935   {
 936     // TODO Auto-generated method stub
 937
 938   }
 939
 940   @Override
 941   public void onStructureRedrawn()
 942   {
 943     // TODO Auto-generated method stub
 944
 945   }
 946
 947   @Override
 948   public void onZoomLevelChanged()
 949   {
 950     // TODO Auto-generated method stub
 951
 952   }
 953
 954   @Override
 955   public void onTranslationChanged()
 956   {
 957     // TODO Auto-generated method stub
 958
 959   }
 960 }
 961
 962 /*
 963  * public static void main(String[] args) { JTextField str = new
 964  * JTextField("ATGC");
 965  *
 966  * AppVarnaBinding vab = new AppVarnaBinding(); vab.varnagui.set_seq(str);
 967  * vab.varnagui.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 968  * vab.varnagui.pack(); vab.varnagui.setVisible(true); } }
 969  */