src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.StructureSelectionManagerProvider;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 import javax.swing.JOptionPane;
  30
  31 /**
  32  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  33  *
  34  * @author JimP
  35  *
  36  */
  37 public class AssociatePdbFileWithSeq
  38 {
  39
  40   /**
  41    * assocate the given PDB file with
  42    *
  43    * @param choice
  44    * @param sequence
  45    */
  46   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol,
  47           SequenceI sequence, boolean prompt,
  48           StructureSelectionManagerProvider ssmp)
  49   {
  50     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  51     MCview.PDBfile pdbfile = null;
  52     pdbfile = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(ssmp)
  53             .setMapping(false, new SequenceI[]
  54             { sequence }, null, choice, protocol);
  55     if (pdbfile == null)
  56     {
  57       // stacktrace already thrown so just return
  58       return null;
  59     }
  60     if (pdbfile.id == null)
  61     {
  62       String reply = null;
  63
  64       if (prompt)
  65       {
  66         reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
  67                 MessageManager
  68                         .getString("label.couldnt_find_pdb_id_in_file"),
  69                 MessageManager.getString("label.no_pdb_id_in_file"),
  70                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
  71       }
  72       if (reply == null)
  73       {
  74         return null;
  75       }
  76
  77       entry.setId(reply);
  78     }
  79     else
  80     {
  81       entry.setId(pdbfile.id);
  82     }
  83     entry.setType(PDBEntry.Type.FILE);
  84
  85     if (pdbfile != null)
  86     {
  87       entry.setFile(choice);
  88       sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  89       StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(ssmp)
  90               .registerPDBEntry(entry);
  91     }
  92     return entry;
  93   }
  94 }