src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import javax.swing.JOptionPane;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 /**
  29  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  30  *
  31  * @author JimP
  32  *
  33  */
  34 public class AssociatePdbFileWithSeq
  35 {
  36
  37   /**
  38    * assocate the given PDB file with
  39    *
  40    * @param choice
  41    * @param sequence
  42    */
  43   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol,
  44           SequenceI sequence, boolean prompt)
  45   {
  46     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  47     MCview.PDBfile pdbfile = null;
  48     try
  49     {
  50       // TODO JAL-674 extract secondary structure and transfer it to associated
  51       // sequence
  52       pdbfile = new MCview.PDBfile(false, false, choice, protocol);
  53       if (pdbfile.id == null)
  54       {
  55         String reply = null;
  56
  57         if (prompt)
  58         {
  59           reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
  60                   MessageManager
  61                           .getString("label.couldnt_find_pdb_id_in_file"),
  62                   MessageManager.getString("label.no_pdb_id_in_file"),
  63                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
  64         }
  65         if (reply == null)
  66         {
  67           return null;
  68         }
  69
  70         entry.setId(reply);
  71       }
  72       else
  73       {
  74         entry.setId(pdbfile.id);
  75       }
  76
  77     } catch (java.io.IOException ex)
  78     {
  79       ex.printStackTrace();
  80     }
  81
  82     entry.setFile(choice);
  83     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  84     return entry;
  85   }
  86 }