src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  15  *
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import javax.swing.JOptionPane;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26
  27 /**
  28  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  29  *
  30  * @author JimP
  31  *
  32  */
  33 public class AssociatePdbFileWithSeq
  34 {
  35
  36   /**
  37    * assocate the given PDB file with
  38    *
  39    * @param choice
  40    * @param sequence
  41    */
  42   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol,
  43           SequenceI sequence, boolean prompt)
  44   {
  45     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  46     try
  47     {
  48       MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice, protocol);
  49
  50       if (pdbfile.id == null)
  51       {
  52         String reply = null;
  53
  54         if (prompt)
  55         {
  56           reply = JOptionPane
  57                   .showInternalInputDialog(
  58                           Desktop.desktop,
  59                           MessageManager.getString("label.couldnt_find_pdb_id_in_file"),
  60                           MessageManager.getString("label.no_pdb_id_in_file"), JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
  61         }
  62         if (reply == null)
  63         {
  64           return null;
  65         }
  66
  67         entry.setId(reply);
  68       }
  69       else
  70       {
  71         entry.setId(pdbfile.id);
  72       }
  73     } catch (java.io.IOException ex)
  74     {
  75       ex.printStackTrace();
  76     }
  77
  78     entry.setFile(choice);
  79     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  80     return entry;
  81   }
  82
  83 }