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[jalview.git] / src / jalview / gui / AssociatePdbFileWithSeq.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  *  
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
18  */
19 package jalview.gui;
20
21 import javax.swing.JOptionPane;
22
23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
24 import jalview.datamodel.SequenceI;
25 import jalview.util.MessageManager;
26
27 /**
28  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
29  * 
30  * @author JimP
31  * 
32  */
33 public class AssociatePdbFileWithSeq
34 {
35
36   /**
37    * assocate the given PDB file with
38    * 
39    * @param choice
40    * @param sequence
41    */
42   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol,
43           SequenceI sequence, boolean prompt)
44   {
45     PDBEntry entry = new PDBEntry();
46     try
47     {
48       MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice, protocol);
49
50       if (pdbfile.id == null)
51       {
52         String reply = null;
53
54         if (prompt)
55         {
56           reply = JOptionPane
57                   .showInternalInputDialog(
58                           Desktop.desktop,
59                           MessageManager.getString("label.couldnt_find_pdb_id_in_file"),
60                           MessageManager.getString("label.no_pdb_id_in_file"), JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
61         }
62         if (reply == null)
63         {
64           return null;
65         }
66
67         entry.setId(reply);
68       }
69       else
70       {
71         entry.setId(pdbfile.id);
72       }
73     } catch (java.io.IOException ex)
74     {
75       ex.printStackTrace();
76     }
77
78     entry.setFile(choice);
79     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
80     return entry;
81   }
82
83 }