src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  *******************************************************************************/
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import javax.swing.JOptionPane;
  21 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  22
  23 import org.xml.sax.SAXException;
  24
  25 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  26 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  27 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  28 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  29
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  31 import jalview.datamodel.Sequence;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.io.FileParse;
  34 import jalview.io.IdentifyFile;
  35
  36 /**
  37  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  38  * @author JimP
  39  *
  40  */
  41 public class AssociatePdbFileWithSeq
  42 {
  43
  44 /**
  45  * assocate the given PDB file with
  46  * @param choice
  47  * @param sequence
  48  * @throws SAXException
  49  * @throws ParserConfigurationException
  50  * @throws ExceptionFileFormatOrSyntax
  51  * @throws ExceptionLoadingFailed
  52  * @throws ExceptionPermissionDenied
  53  * @throws InterruptedException
  54  * @throws ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  55  */
  56   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol, SequenceI sequence, boolean prompt) throws ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses
  57   {
  58     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  59     try
  60     {
  61
  62                 System.out.println("This is a annotation PDB");
  63
  64
  65       MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice,
  66               protocol);
  67
  68       if (pdbfile.id == null)
  69       {
  70         String reply = null;
  71
  72         if (prompt) { reply = JOptionPane
  73                 .showInternalInputDialog(
  74                         Desktop.desktop,
  75                         "Couldn't find a PDB id in the file supplied."
  76                                 + "Please enter an Id to identify this structure.",
  77                         "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);}
  78         if (reply == null)
  79         {
  80           return null;
  81         }
  82
  83         entry.setId(reply);
  84       }
  85       else
  86       {
  87         entry.setId(pdbfile.id);
  88       }
  89
  90     } catch (java.io.IOException ex)
  91     {
  92       ex.printStackTrace();
  93     }
  94
  95     entry.setFile(choice);
  96     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  97     return entry;
  98
  99   }
 100
 101 }