src/jalview/gui/BamFileOptionsChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.io.AlignmentFileReaderI;
  24 import jalview.io.BamFile;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26
  27 import java.awt.GridBagConstraints;
  28 import java.awt.GridBagLayout;
  29 import java.util.Arrays;
  30
  31 import javax.swing.BorderFactory;
  32 import javax.swing.JComboBox;
  33 import javax.swing.JLabel;
  34 import javax.swing.JPanel;
  35 import javax.swing.JTextField;
  36
  37 /**
  38  * A dialog where a user can choose import options for a bam file
  39  */
  40 public class BamFileOptionsChooser extends JPanel
  41 {
  42
  43   // text field for start of range
  44   // JFormattedTextField startRange = new JFormattedTextField(
  45   // new NumberFormatter(NumberFormat.getIntegerInstance()));
  46
  47   // text field for end of range
  48   // JFormattedTextField endRange = new JFormattedTextField(
  49   // new NumberFormatter(NumberFormat.getIntegerInstance()));
  50
  51   JTextField startRange = new JTextField(10);
  52
  53   JTextField endRange = new JTextField(10);
  54
  55   // combo box for chromosome list
  56   JComboBox<String> chroCombo;
  57
  58   public BamFileOptionsChooser(AlignmentFileReaderI source)
  59   {
  60     Object[] preprocessResult = source.preprocess();
  61     String[] chromosomes = Arrays.copyOf(preprocessResult,
  62             preprocessResult.length, String[].class);
  63
  64     setLayout(new GridBagLayout());
  65     GridBagConstraints c = new GridBagConstraints();
  66
  67     setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder(0, 10, 10, 10));
  68
  69     // set up chromosome input
  70     JLabel chroLabel = new JLabel(
  71             MessageManager.getString("label.bam_chromosome"));
  72     chroCombo = new JComboBox<>(chromosomes);
  73
  74     // set up region input
  75     JPanel range = new JPanel();
  76     JLabel rangeLabel = new JLabel(
  77             MessageManager.getString("label.bam_range"));
  78     startRange.setColumns(8);
  79     endRange.setColumns(8);
  80
  81     JLabel rangeSep = new JLabel("-");
  82     range.add(startRange);
  83     range.add(rangeSep);
  84     range.add(endRange);
  85
  86     // chromosome label top left
  87     c.gridx = 0;
  88     c.gridy = 0;
  89     c.anchor = GridBagConstraints.WEST;
  90     c.fill = GridBagConstraints.NONE;
  91     this.add(chroLabel, c);
  92
  93     // chromosome combo top right
  94     c.gridx = 1;
  95     c.weightx = 1;
  96     c.anchor = GridBagConstraints.WEST;
  97     c.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
  98     this.add(chroCombo, c);
  99
 100     // region label mid left
 101     c.gridx = 0;
 102     c.gridy = 1;
 103     c.anchor = GridBagConstraints.WEST;
 104     c.fill = GridBagConstraints.NONE;
 105     this.add(rangeLabel, c);
 106
 107     // region input mid right
 108     c.gridx = 1;
 109     c.weightx = 1;
 110     c.anchor = GridBagConstraints.WEST;
 111     c.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
 112     this.add(range, c);
 113   }
 114
 115   public void update(AlignmentFileReaderI source)
 116   {
 117
 118     int start = Integer.parseInt(startRange.getText());
 119     int end = Integer.parseInt(endRange.getText());
 120     ((BamFile) source).setOptions((String) chroCombo.getSelectedItem(),
 121             start, end);
 122
 123   }
 124
 125 }