src/jalview/gui/CalculationChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  25 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  26 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  27 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.Component;
  32 import java.awt.FlowLayout;
  33 import java.awt.Font;
  34 import java.awt.GridLayout;
  35 import java.awt.event.ActionEvent;
  36 import java.awt.event.ItemEvent;
  37 import java.awt.event.ItemListener;
  38 import java.awt.event.MouseAdapter;
  39 import java.awt.event.MouseEvent;
  40 import java.beans.PropertyVetoException;
  41 import java.util.ArrayList;
  42 import java.util.List;
  43
  44 import javax.swing.ButtonGroup;
  45 import javax.swing.JButton;
  46 import javax.swing.JCheckBox;
  47 import javax.swing.JComboBox;
  48 import javax.swing.JInternalFrame;
  49 import javax.swing.JLabel;
  50 import javax.swing.JLayeredPane;
  51 import javax.swing.JPanel;
  52 import javax.swing.JRadioButton;
  53 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  54 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  55
  56 /**
  57  * A dialog where a user can choose and action Tree or PCA calculation options
  58  */
  59 public class CalculationChooser extends JPanel
  60 {
  61   /*
  62    * flag for whether gap matches residue in the PID calculation for a Tree
  63    * - true gives Jalview 2.10.1 behaviour
  64    * - set to false (using Groovy) for a more correct tree
  65    * (JAL-374)
  66    */
  67   private static boolean treeMatchGaps = true;
  68
  69   private static final Font VERDANA_11PT = new Font("Verdana", 0, 11);
  70
  71   AlignFrame af;
  72
  73   JRadioButton pca;
  74
  75   JRadioButton tree;
  76
  77   JRadioButton neighbourJoining;
  78
  79   JRadioButton averageDistance;
  80
  81   JComboBox<String> modelNames;
  82
  83   private JInternalFrame frame;
  84
  85   private ButtonGroup treeTypes;
  86
  87   private JCheckBox includeGaps;
  88
  89   private JCheckBox matchGaps;
  90
  91   private JCheckBox includeGappedColumns;
  92
  93   private JCheckBox shorterSequence;
  94
  95   /**
  96    * Constructor
  97    *
  98    * @param af
  99    */
 100   public CalculationChooser(AlignFrame alignFrame)
 101   {
 102     this.af = alignFrame;
 103     init();
 104     af.alignPanel.setCalculationDialog(this);
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Lays out the panel and adds it to the desktop
 109    */
 110   void init()
 111   {
 112     frame = new JInternalFrame();
 113     frame.setContentPane(this);
 114     this.setBackground(Color.white);
 115
 116     /*
 117      * Layout consists of 4 or 5 panels:
 118      * - first with choice of Tree or PCA
 119      * - second with choice of tree method NJ or AV
 120      * - third with choice of score model
 121      * - fourth with score model parameter options [suppressed]
 122      * - fifth with OK and Cancel
 123      */
 124     tree = new JRadioButton(MessageManager.getString("label.tree"));
 125     tree.setOpaque(false);
 126     pca = new JRadioButton(
 127             MessageManager.getString("label.principal_component_analysis"));
 128     pca.setOpaque(false);
 129     neighbourJoining = new JRadioButton(
 130             MessageManager.getString("label.tree_calc_nj"));
 131     averageDistance = new JRadioButton(
 132             MessageManager.getString("label.tree_calc_av"));
 133     ItemListener listener = new ItemListener()
 134     {
 135       @Override
 136       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 137       {
 138         neighbourJoining.setEnabled(tree.isSelected());
 139         averageDistance.setEnabled(tree.isSelected());
 140       }
 141     };
 142     pca.addItemListener(listener);
 143     tree.addItemListener(listener);
 144     ButtonGroup calcTypes = new ButtonGroup();
 145     calcTypes.add(pca);
 146     calcTypes.add(tree);
 147     JPanel calcChoicePanel = new JPanel();
 148     calcChoicePanel.setOpaque(false);
 149     tree.setSelected(true);
 150     calcChoicePanel.add(tree);
 151     calcChoicePanel.add(pca);
 152
 153     neighbourJoining.setOpaque(false);
 154     treeTypes = new ButtonGroup();
 155     treeTypes.add(neighbourJoining);
 156     treeTypes.add(averageDistance);
 157     neighbourJoining.setSelected(true);
 158     JPanel treeChoicePanel = new JPanel();
 159     treeChoicePanel.setOpaque(false);
 160     treeChoicePanel.add(neighbourJoining);
 161     treeChoicePanel.add(averageDistance);
 162
 163     /*
 164      * score models drop-down - with added tooltips!
 165      */
 166     modelNames = buildModelOptionsList();
 167
 168     JPanel scoreModelPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 169     scoreModelPanel.setOpaque(false);
 170     scoreModelPanel.add(modelNames, FlowLayout.LEFT);
 171
 172     /*
 173      * score model parameters
 174      */
 175     JPanel paramsPanel = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
 176     paramsPanel.setOpaque(false);
 177     includeGaps = new JCheckBox("Include gaps");
 178     matchGaps = new JCheckBox("Match gaps");
 179     includeGappedColumns = new JCheckBox("Include gapped columns");
 180     shorterSequence = new JCheckBox("Match on shorter sequence");
 181     paramsPanel.add(new JLabel("Pairwise sequence scoring options"));
 182     paramsPanel.add(includeGaps);
 183     paramsPanel.add(matchGaps);
 184     paramsPanel.add(includeGappedColumns);
 185     paramsPanel.add(shorterSequence);
 186
 187     /*
 188      * OK / Cancel buttons
 189      */
 190     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
 191     ok.setFont(VERDANA_11PT);
 192     ok.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 193     {
 194       @Override
 195       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 196       {
 197         ok_actionPerformed();
 198       }
 199     });
 200     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
 201     cancel.setFont(VERDANA_11PT);
 202     cancel.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 203     {
 204       @Override
 205       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 206       {
 207         cancel_actionPerformed(e);
 208       }
 209     });
 210     JPanel actionPanel = new JPanel();
 211     actionPanel.setOpaque(false);
 212     actionPanel.add(ok);
 213     actionPanel.add(cancel);
 214
 215     boolean includeParams = false;
 216     this.add(calcChoicePanel);
 217     this.add(treeChoicePanel);
 218     this.add(scoreModelPanel);
 219     if (includeParams)
 220     {
 221       this.add(paramsPanel);
 222     }
 223     this.add(actionPanel);
 224
 225     int width = 350;
 226     int height = includeParams ? 400 : 220;
 227     String title = MessageManager.getString("label.choose_calculation");
 228     if (af.getViewport().viewName != null)
 229     {
 230       title = title + " (" + af.getViewport().viewName + ")";
 231     }
 232
 233     Desktop.addInternalFrame(frame,
 234             title, width,
 235             height, false);
 236
 237     /*
 238      * null the AlignmentPanel's reference to the dialog when it is closed
 239      */
 240     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 241     {
 242       @Override
 243       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 244       {
 245         af.alignPanel.setCalculationDialog(null);
 246       };
 247     });
 248
 249     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 250   }
 251
 252   /**
 253    * A rather elaborate helper method (blame Swing, not me) that builds a
 254    * drop-down list of score models (by name) with descriptions as tooltips.
 255    * There is also a tooltip shown for the currently selected item when hovering
 256    * over it (without opening the list).
 257    */
 258   protected JComboBox<String> buildModelOptionsList()
 259   {
 260     final JComboBox<String> comboBox = new JComboBox<String>();
 261     ComboBoxTooltipRenderer renderer = new ComboBoxTooltipRenderer();
 262     comboBox.setRenderer(renderer);
 263     final List<String> tips = new ArrayList<String>();
 264
 265     /*
 266      * show tooltip on mouse over the combobox
 267      * note the listener has to be on the components that make up
 268      * the combobox, doesn't work if just on the combobox
 269      */
 270     MouseAdapter mouseListener = new MouseAdapter()
 271     {
 272       @Override
 273       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 274       {
 275         comboBox.setToolTipText(tips.get(comboBox.getSelectedIndex()));
 276       }
 277
 278       @Override
 279       public void mouseExited(MouseEvent e)
 280       {
 281         comboBox.setToolTipText(null);
 282       }
 283     };
 284     for (Component c : comboBox.getComponents())
 285     {
 286       c.addMouseListener(mouseListener);
 287     }
 288
 289     /*
 290      * now we can actually add entries to the combobox,
 291      * remembering their descriptions for tooltips
 292      */
 293     ScoreModels scoreModels = ScoreModels.getInstance();
 294     for (ScoreModelI sm : scoreModels.getModels())
 295     {
 296       boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
 297       if (sm.isDNA() && nucleotide || sm.isProtein() && !nucleotide)
 298       {
 299         comboBox.addItem(sm.getName());
 300
 301         /*
 302          * tooltip is description if provided, else text lookup with
 303          * fallback on the model name
 304          */
 305         String tooltip = sm.getDescription();
 306         if (tooltip == null)
 307         {
 308           tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 309                   sm.getName());
 310         }
 311         tips.add(tooltip);
 312       }
 313
 314       /*
 315        * set the list of tooltips on the combobox's renderer
 316        */
 317       renderer.setTooltips(tips);
 318     }
 319
 320     return comboBox;
 321   }
 322
 323   /**
 324    * Open and calculate the selected tree on 'OK'
 325    */
 326   protected void ok_actionPerformed()
 327   {
 328     boolean doPCA = pca.isSelected();
 329     ScoreModelI sm = ScoreModels.getInstance().forName(
 330             modelNames.getSelectedItem().toString());
 331     SimilarityParamsI params = getSimilarityParameters(doPCA);
 332
 333     if (doPCA)
 334     {
 335       openPcaPanel(sm, params);
 336     }
 337     else
 338     {
 339       openTreePanel(sm, params);
 340     }
 341
 342     // closeFrame();
 343   }
 344
 345   /**
 346    * Open a new Tree panel on the desktop
 347    *
 348    * @param sm
 349    * @param params
 350    */
 351   protected void openTreePanel(ScoreModelI sm, SimilarityParamsI params)
 352   {
 353     String treeType = neighbourJoining.isSelected() ? TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING
 354             : TreeBuilder.AVERAGE_DISTANCE;
 355     af.newTreePanel(treeType, sm, params);
 356   }
 357
 358   /**
 359    * Open a new PCA panel on the desktop
 360    *
 361    * @param sm
 362    * @param params
 363    */
 364   protected void openPcaPanel(ScoreModelI sm, SimilarityParamsI params)
 365   {
 366     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 367     if (((viewport.getSelectionGroup() != null)
 368             && (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) && (viewport
 369             .getSelectionGroup().getSize() > 0))
 370             || (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))
 371     {
 372       JvOptionPane
 373               .showInternalMessageDialog(
 374                       this,
 375                       MessageManager
 376                               .getString("label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences"),
 377                       MessageManager
 378                               .getString("label.sequence_selection_insufficient"),
 379                       JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 380       return;
 381     }
 382     new PCAPanel(af.alignPanel, sm, params);
 383   }
 384
 385   /**
 386    *
 387    */
 388   protected void closeFrame()
 389   {
 390     try
 391     {
 392       frame.setClosed(true);
 393     } catch (PropertyVetoException ex)
 394     {
 395     }
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Returns a data bean holding parameters for similarity (or distance) model
 400    * calculation
 401    *
 402    * @param doPCA
 403    * @return
 404    */
 405   protected SimilarityParamsI getSimilarityParameters(boolean doPCA)
 406   {
 407     // commented out: parameter choices read from gui widgets
 408     // SimilarityParamsI params = new SimilarityParams(
 409     // includeGappedColumns.isSelected(), matchGaps.isSelected(),
 410     // includeGaps.isSelected(), shorterSequence.isSelected());
 411
 412     boolean includeGapGap = true;
 413     boolean includeGapResidue = true;
 414     boolean matchOnShortestLength = false;
 415
 416     /*
 417      * 'matchGaps' flag is only used in the PID calculation
 418      * - set to false for PCA so that PCA using PID reproduces SeqSpace PCA
 419      * - set to true for Tree to reproduce Jalview 2.10.1 calculation
 420      * - set to false for Tree for a more correct calculation (JAL-374)
 421      */
 422     boolean matchGap = doPCA ? false : treeMatchGaps;
 423
 424     return new SimilarityParams(includeGapGap, matchGap, includeGapResidue, matchOnShortestLength);
 425   }
 426
 427   /**
 428    * Closes dialog on cancel
 429    *
 430    * @param e
 431    */
 432   protected void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 433   {
 434     try
 435     {
 436       frame.setClosed(true);
 437     } catch (Exception ex)
 438     {
 439     }
 440   }
 441 }